一种检测腹泻相关病毒的方法

目的 建立检测腹泻粪便标本中病毒病原的方法.方法 选取本实验室检测的杯状病毒、肠道腺病毒、轮状病毒、博卡病毒、星状病毒以及肠道病毒阳性标本各一份,通过非序列依赖性单-PCR扩增(Sequence-independent single primer amplification,SISPA)构建基因文库,从中筛查病毒基因片段.结果 六份标本中都可以得到相对应的病毒核酸序列.结论 本研究采用的方法可以检测到粪便标本中引起腹泻的相关病毒,为进一步研究检测目前尚未发现的病毒病原奠定基础.     

发-肝-肠综合征患儿SKIV2L基因变异分析1例

分析2021-01-24南京医科大学附属儿童医院消化科1例发-肝-肠综合征（tricho-hepato-enteric syndrome,THES）患儿临床特征及基因变异情况,采集患儿及其父母外周血提取基因组DNA,使用二代测序对患儿进行基因检测,对检出的可疑变异进行一代Sanger验证及生物信息学分析。患儿临床特征为肝功能损害、腹泻、头发蓬松易断、生长迟缓。头发光镜下见脆性结节。基因测序提示患儿SKIV2L基因存在复合杂合新变异c.29C>T(p.P10L)和c.321C>G(p.H107Q)。两种变异既往均未见报道,位点较为保守,多种生物信息学预测为有害。由此得到SKIV2L基因复合杂合变异c.29C>T/c.321C>G为患者的致病原因的结论。新变异位点的检出丰富了SKIV2L基因的变异谱,为该家系的遗传咨询提供了依据。     

一起由水污染引起的儿童及成人A组轮状病毒腹泻暴发

目的 确定2006年11月广西大新县大范围腹泻暴发性流行的病原及其分子生物学特点.方法进行流行病学个案调查和粪便标本的实验室检测,用ELISA试剂盒进行A组轮状病毒的检测,对检测阳性标本进行轮状病毒分型并对其中4份检测阳性轮状病毒的vfy7全基因扩增.结果 采集的64份腹泻患者粪便标本中共有30份检测为轮状病毒阳性,总阳性率为46.9%,此次暴发的流行病学和临床特征也符合轮状病毒腹泻特征,RT-PCR进行G/P分型显示为G1P[8]型轮状病毒,VP7氨基酸显示第68位氨基酸改变.结论 G1P[8]型A组轮状病毒是此次腹泻暴发的病原.值得注意的是,此次A组轮状病毒暴发累及儿童和成人.     

2005-2008年兰州地区婴幼儿腹泻腺病毒感染的分子流行病学调查

目的 通过分子流行病学调查研究兰州地区婴幼儿腺病毒(AdV)腹泻特点.方法 采用聚合酶链反应(PCR)对2005年7月-2008年6月兰州地区婴幼儿腹泻粪便标本进行AdV检测.结果 889份标本中共检出AdV的感染43例,总阳性率是4.8%,其中肠道腺病毒(EAdV,F亚属)Ad40,Ad41阳性率3.8%(34/889),其次是非肠道腺病毒(NEAdV)Ad12,Ad18,Ad31,Ad2,Ad5,Ad6,Ad7阳性率1.0%(9/889).发病年龄高峰以1岁内的婴幼儿为主,呈全年散发流行,未表现出明显的季节性.结论 AdV是兰州地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原之一,其主要的流行株为Ad41型.     

2009—2010年南京地区腹泻婴幼儿中人类杯状病毒感染流行病学特点分析

目的研究南京地区5岁及以下腹泻患儿人类杯状病毒感染的分子流行病学特点。方法 2009年7月至2010年6月在南京儿童医院共采集1~59个月的腹泻患儿粪便标本300份,采用多重RT-PCR方法检测人类杯状病毒(诺如病毒、札如病毒)。结果 300份标本中71份检出人杯状病毒,检出率23.67%。其中,诺如病毒67份,其中58份为GⅡ/4基因型(2006b亚型),8份为GⅡ/3基因型,1份为GⅡ/12基因型;扎如病毒4份,其中2份为GI/1基因型,GI/2和GⅡ/1基因型各1份。结论人类杯状病毒是南京地区腹泻婴幼儿中的主要病原体之一,主要的流行优势株是诺如病毒GⅡ/4基因型(2006b亚型)。     

人博卡病毒1型的近似全基因组扩增及HBoV1-4重组分析

目的 扩增人博卡病毒1型的近似全基因组序列,分析HBoV1-4之间的基因重组关系.方法 以检出HBoV1单阳性的鼻咽抽吸物为原始标本,采用PCR的方法扩增HBoV1的5个片段并测序,Blast比对确定是HBoV1片段后用DNAMAN进行序列拼接,拼接序列与已提交的近似全基因组的HBoV1在不同编码区进行同源性分析,并构建进化树;对HBoV1-4的不同编码区进行序列比对和进化分析,揭示HBoV1-4间的基因重组.结果 得到近似全长为5287 bp的HBoV1-NC序列,同源性分析发现HBoV1-NC与重庆株进化关系最近,与广州株进化距离最远;HBoV3可能由HBoV1和HBoV4重组进化而来,HBoV4可能由HBoV2与HBoV3重组进化而来.结论 本研究成功获得近似全基因组的HBoV-NC,HBoV1-4间存在着基因重组关系.     

河北卢龙县婴幼儿星状病毒腹泻分子流行病学研究

[目的]研究2006～2007年河北卢龙地区5岁以下住院腹泻患儿中星状病毒感染的流行特征,确定流行毒株的基因型别和基因组别[方法]收集2006年1月～2007年12月河北卢龙地区住院腹泻患儿粪便标本572份,采用RT-PCR方法检测星状病毒,测序确定其基因型别和基因组别[结果]检测出星状病毒阳性标本47份,检出率为8.2%,患儿的性别比为2.36︰1,年龄为1～24月龄,小于18月龄者占93.6%,,发病以秋冬季多见,10～12月为发病高峰期,74.5%的患儿伴有呕吐或/和发热,42份ORF2基因片段序列和38份ORF1a基因片段序列比对结果为HastV-1,genogroupA。[结论]星状病毒是卢龙地区婴幼儿腹泻的重要病原,HAstV-1为该地区的流行毒株。     

应用不依赖序列的单引物扩增技术获得人博卡病毒全基因序列

目的 研究通过不依赖序列的单引物扩增（Sequence independent single primeramplification,SISPA）技术获得腹泻标本中人博卡病毒的全基因序列.方法 筛检仅含有人博卡病毒的标本,经过滤、超速离心富集和核酸酶处理后提取病毒核酸,采用SISPA-PCR技术扩增病毒序列,克隆后测序,经比对分析获得人博卡病毒基因序列,再用DNAstar拼接成全基因序列.结果 获得了人博卡病毒4834bp的序列,仅两端少部分序列未得到.结论 SISPA-PCR技术是一种可直接从样品中获得病毒全基因序列的方法.     

在兰州地区儿童粪便中检测Aichi virus

目的 从兰州腹泻和正常儿童粪便标本中检测 Aichi virus,同时探讨 Aichi virus 与婴幼儿腹泻之间的联系.方法 根据文献发表资料,采用RT-PCR方法扩增 Aichi virus 3CD 片段,阳性产物经测序确定,并与已发表的该病毒序列进行比对分析.结果 在46份腹泻住院患儿粪便标本和299份腹泻门诊就诊患儿标本中各检出1例 Aichi virus,总检出率为0.06%,正常对照儿童中未检测到 Aichi virus.2株病毒3CD区基因与已知参考株核苷酸序列同源性均为97%,系统进化分析显示这2株病毒属于B基因型.结论 我国存在B基因型的 Aichi virus,但要明确我国 Aichi virus 的病原学及流行病学特点需要更多研究.