基于集成特征选择策略的基因共表达模式识别

为有效识别内含子 miRNA 及其宿主基因共表达模式, 提出了一种基于集成特征选择的识别方法。 首先 使用基于支持度的集成特征选择算法, 获取相关性和稳定性较高的特征子集, 再使用封装式特征选择方法结合 FCBF(Fast Correlation-Based Filter)搜索策略进一步去除冗余特征和弱相关的特征, 获得最优的特征子集。 实验 结果表明, 该方法融合了多个特征选择方法的优点, 能提高学习模型的泛化能力并能有效识别内含子 miRNA 及其宿主基因的共表达模式。     

基于Gene Ontology的MicroRNA功能聚类

MicroRNA(miRNA)的许多生物过程是通过影响靶基因的转录后表达.miRNA与靶标之间的互补程度和性质决定其基因调控作用.结构相似性可以作为一个强有力的方法推断分子功能的相似性.然而,结构比对的方法来度量miRNA之间的相似性通常不太准确,而且时间开销大.对这些表达差异的miRNA的靶标基因进行聚类,可以很好地理解miRNA的功能.提出一个新的GO(gene Ontology)语义相似性的方法来区分miRNA功能组.该方法采用项信息和边的权重来度量GO项的权重.此外,2个GO图的共同项和非共同项还被用来度量这2个图之间的相似度.对于2个miRNA,它们之间的相似性可以用它们靶标基因标注的GO项的相似性来计算.实验结果表明此方法不仅可以将相似功能的miRNA聚在一起,而且可以预测未知miRNA的功能.     

基于二阶马尔科夫模型预测可趋近性miRNA靶基因

miRNA是一类重要的基因表达调节因子.准确预测miRNA的靶基因对研究miRNA的功能和作用机制至关重要.文中提出一种考虑靶位点可趋近性(accessibility)的miRNA靶基因预测算法.算法首先选择满足种子互补条件的“部分可趋近性”位点；然后用二阶马尔科夫模型计算与miRNA种子区互补的特定核苷酸片段(寡聚体)在3′UTR任意位置上出现的概率并统计“部分可趋近位点”上寡聚体出现的次数；采用过表达水平值评估一个或多个互补位点上至少出现一次寡聚体的概率；最后根据过表达水平值排序miRNA-3UTR对,并取排序的前N个miRNA-3′UTR对作为预测结果.在果蝇和人类数据集上测试的实验结果表明此算法具有较高的灵敏性和精确性.     

儿童急性淋巴细胞性白血病复发期miRNA的表达特征研究

儿童急性淋巴细胞性白血病(Acute Lymphoblastic Leukemia,ALL)是儿童常见的恶性肿瘤.尽管已有研究报道miRNA在ALL发病机理中起重要调控作用,但其与ALL复发的关系目前还不完全清楚.本研究采用第二代高通量测序技术分别对一例B淋巴细胞ALL(B-ALL)和一例T淋巴细胞ALL(T-ALL)患儿初发和复发期的骨髓细胞进行miRNA检测,比较初发和复发期样本miRNA的表达差异.在T-ALL和B-ALL中分别鉴定出复发期较初发期表达发生明显变化的miRNA 168和123种.其中在T-ALL样本中,复发期表达上调的miRNA有115种,表达下调的有53种;而在B-ALL样本中,复发期表达上调的miRNA只有38种,表达下调的有85种.比较两种类型ALL,共有17种miRNA在两种类型中发生相同的改变.通过realtime RT-PCR验证,证实Hsa-miR-17在复发期ALL中明显升高,而Hsa-miR-10a则明显降低.     

应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证

大鼠已公布的microRNA(miRNA) 数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre- miRNAs, 在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT- PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.     

植物miRNA研究进展

miRNA是一类长度为 2 0～ 2 5nt,能调节mRNA表达的非编码RNA基因产物 .自 1993年首次在线虫中发现以来 ,miRNA的研究一直局限于动物中 .2 0 0 2年 ,miRNA被证实也存在于植物中 ,随后植物中越来越多的miRNA相继被报道 ,有关植物miRNA的形成、特征、作用机制以及它与植物生长发育的关系也日益引起人们的兴趣 .本文就植物中miRNA的研究现状做一综述 .     

基于功能网络信息传播预测疾病-miRNAs的关联

为了快速发现与疾病关联的miRNA, 基于功能网络信息传播,提出PMBP算法用于改进随机游走法,使用留一交叉验证评估了算法性能,最后进行案例分析.实验结果表明:对于尚未发现关联miRNA的疾病,随机游走法是失效的,而PMBP以疾病相似性作为先验信息,能够有效预测;对于已经关联miRNA的疾病,PMBP提高了预测性能,AUC值为0.866.对乳腺癌进行案例分析,预测的前50个miRNAs都被证实与乳腺癌相关,体现了PMBP算法的有效性.