MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具

采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.     

美洲鲎miRNA的生物信息学挖掘与分析

利用miRBase数据库中已有动物的小RNA（miRNA）,通过生物信息学方法对美洲鲎(Limulus polyphemus)表达序列标签（Expressed Sequences Tag,EST）和cDNA进行序列比对,挖掘美洲鲎miRNA,得到了 72个miRNA前体(pre-miRNA)、49个可编码成熟miRNA,隶属于40个miRNA家族。miRNA家族归类结果表明,无论在低等脊椎动物还是高等动物中,miRNA家族的存在都是相当保守的。以miR-10基因前体为例,分析其序列与其他物种同源序列的差异,显示miRNA序列的高度保守性。miR-10前体序列分析系统进化发现,物种聚类与传统分类亲缘关系一致。     

弱精症患者精子miRNA表达谱的构建和分析

应用基因芯片技术构建弱精症患者精子中miRNA表达谱．收集30份弱精症患者精液标本和20份成年健康有生育能力男性的精液标本,提取精子RNA,标记后,与miRCURY^TM Array芯片杂交．分析弱精症患者精于中miRNA表达情况．高活力精子和低活力精子共196个miRNA存在表达差异,上调miRNA93个,下调miRNA103个．弱精症患者精子miRNA表达谱的建立对分析精子运动的分子机制和探讨弱精症的病因将会有所帮助．     

MicroRNA特征与功能

通过分析总结现代分子生物学国际前沿microRNA(miRNA)领域的研究文献，整理出miRNA研究的基本脉络和走向。miRNA是一类长度～22nt的非编码小分子RNA，在包括线虫、果绳、家鼠、人体以及拟南芥等生物中普遍存在；它在调节基因转录与表达，调控生物体正常发育等生理过程中扮演重要角色。从比较的角度出发，揭示了miRNA与小干扰RNA在其代谢与功能方面共用某些途径，相互交叉与替代，可能同属一个更广范围的小分子RNA介导的生理调控机制。miRNA的研究可能对新一代基因药物的开发具有深远意义。     

棉花腺体形成相关的miRNA差异表达研究

植物miRNAs在基因表达、生长、发育等方面有十分重要的作用．本实验以棉花显性无腺体近等基因系为材料,利用miRNA基因芯片杂交技术,分析与腺体形成相关的miRNA的差异表达．结果表明,棉花腺体形成期共有30个miRNA有差异表达,其中表达上调的miRNA有24个,分别属于miR156,miR157,miR166和miR390家族．表达下调的miRNA有6个,分别属于miR149,miR169,miR289,miR705,miR1224和miR1227家族．miRNA家族作用的靶基因分析发现主要分布在发育     

芯片和荧光定量PCR分析与精子生成有关的microRNAs

提取性未成熟和性成熟小鼠睾丸组织总RNA,分离纯化并标记miRNA,利用miRNA芯片筛选出在两种组织中差别表达miRNA,并用荧光定量PCR进一步验证,利用计算机软件预测可能与精子发育有关的基因. 通过miRNA芯片发现19个miRNA在两种组织中有明显变化,选取其中14个通过荧光定量PCR进一步验证,通过软件预测了一批与精子发育直接相关的基因,将对这些基因进一步分析.     

miRNA调控诱导的随机增益和双峰表达

一方面,miRNA通过加速mRNA的降解对基因表达进行后转录调控; 另一方面,最新的研究表明某些细胞中miRNA以切换的方式对mRNA进行调控.基于此,建立起一个miRNA后转录调控的基因表达模型.通过对相应化学主方程的分析求解与数值模拟,研究了miRNA调控过程中的噪声对mRNA表达的定量和定性影响.结果显示:这种随机涨落既能提高mRNA的平均表达水平(称这种现象为随机增益)又能诱导mRNA的双峰表达.研究结果表明:miRNA后转录调控是一种有效控制基因表达的机制.     

miRNAs在不同物种进化中序列保守性的研究

miRNAs在不同物种的进化中存在保守性,不仅单独在动物或是植物中存在保守性,而且在动植物之间也同样存在．本研究在人和动物的不同组织中克隆到了同源性很高的序列,将所得结果与已发表的成熟的miRNAs比对,发现克隆到的序列与植物中miRNA319家族的相似性较高,并且保守区靠近其5’端,推测新miRNAs可能与miRNA319扮演相似的角色,而这些序列的保守性跨越不同进化阶段的物种,也为miRNAs广泛的保守性增加新的证据,显示miRNAs在物种进化过程中发挥着重要的功能．     

circRNA研究进展

环形RNA（circular RNAs,circRNAs）是一类通过反向剪接所形成的闭合环状RNA分子,广泛存在于各种生物细胞中,并且具有结构稳定、表达量丰富以及在不同组织及其不同发育阶段具有表达特异性等特征。circRNAs可以作为miRNA海绵调控m iRNA的表达,通过cis或trans调控其母基因的表达,并参与蛋白的翻译。此外,circRNA在神经发育及相关疾病的发生和发展过程中起着重要的调控作用,有望成为疾病诊断的分子标志物。本文就circRNA的分子特征、形成机制、功能、常用的数据库及其与神经系统疾病的关系做一综述。