湖南省首例人感染H3N8亚型禽流感病例的病毒分离及分子进化分析

目的 本研究从流感样病例样本中分离出湖南省首例人感染H3N8亚型AIV毒株，并对该毒株进行了分子进化分析，为人感染H3N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)的防控提供实验室依据。方法 通过实时荧光RT-PCR方法检测甲型流感病毒核酸、接种MDCK细胞进行病毒培养并通过血凝试验进行初步鉴定，继而对分离到的AIV进行高通量二代基因测序，并将测序结果进行相似性比较、基因特征和进化分析。结果 鉴定出人感染H3N8亚型AIV分离株(A/Changsha/1000/2022(H3N8),相似性分析显示HA和NA基因序列与来自河南省的人感染AIV株A/Henan/4-10CNIC/2022(H3N8)相似性最高，6个内部基因(MP、NS、PB1、PB2、NP、PA)均来源于H9N2亚型AIV。HA蛋白裂解位点为PEKQTR/GLF,未出现连续重复碱性氨基酸，符合低致病性AIV的特征，NA基因出现了耐药位点I312V突变，可能对奥司他韦有耐药性改变。PB2基因出现E627V宿主适应性突变，M2蛋白出现S31N金刚烷胺耐药性位点突变。分子进化显示HA基因属于欧亚分支，...     

长沙市诺如病毒暴发疫情中GⅡ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析

目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析。方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法扩增开放阅读框（ORF）1和ORF 2连接区进行分型鉴定。GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序。测序结果进行序列比对及进化分析。结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04%（122/277）。分型鉴定发现诺如病毒GⅡ.2[P16]型占比45.08%（55/122）。从疫情分布月份和机构来看,9—12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66%（26/29）。对53份GⅡ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5%~100%。对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5%~99.5%,与GⅡ.2[P16]2016-2017（KY771081）毒株同源性为97.9%~98.2%,进化树处于不同亚分支。RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变。结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支。本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测。     

2018—2021年长沙市诺如病毒暴发疫情流行特征分析

目的 了解2018年1月至2021年3月长沙市诺如病毒(Norovirus, NoV)暴发疫情的流行病学和进化特征。方法 采集2018年1月至2021年3月急性胃肠炎暴发疫情临床病例标本463份，采用实时荧光RT-PCR法进行诺如病毒GI和GII基因群的鉴定；对阳性标本采用特异引物RT-PCR扩增，所得扩增产物测序后进行进化分析。结果 2018年1月至2021年3月共报告诺如病毒疫情64起，采集标本463份，NoV检出阳性率为57.67%,男性检出率为60.16%,女性检出率为54.71%;12～18岁年龄组检出率最高，达74.24%。每年冬春季(10月至次年3月)为流行高峰季节；有64.06%(41/64)的疫情发生在托幼机构。64起暴发疫情中由GII基因群NoV引起的占82.81%(53/64),由GI基因群NoV引起的占7.81%(5/64),混合基因型占9.38%(6/64)。GI基因群NoV的具体基因型别有GI.2[P2]、GI.3[P13]、GI.5[P4]、GI.6[P11];测序分型成功的GII基因群NoV具体基因型别有GII.1[P16]、GII.2[P16]、GII...     

2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情流行病学特征及病原学特点分析

目的 分析2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情的流行病学特征及病原学特点，为制定流行性感冒(以下简称“流感”)防控策略提供科学依据。方法 收集长沙市2013年1月1日—2021年12月31日流感样病例暴发疫情流行病学及病原学资料，对疫情的规模、发生时间、地区、场所和病原监测结果进行描述性分析。结果 2013—2021年长沙市共报告163起流感样病例暴发疫情，报告发病病例8 504例，平均罹患率为2.60%(8 504/326 872)。2019年报告数量最多，共81起(49.69%)。2013—2021年报告病例主要集中在冬春季节(11月—12月和1月、3月),构成比为85.89%,浏阳市和长沙县病例数构成比分别为39.26%和23.93%。疫情暴发病例主要发生在中、小学校，共151起(92.64%)。检测病原学标本1 265份，阳性率为67.19%。2013—2021年流感阳性疫情154起，仅1种型别单独流行的年份为2015年的A(H3N2)型和2021年的B(Victoria)型，其他有流感疫情报告的年份均为A、B型别交替混合感染。结论 2013—2021年长沙市冬春季中、...