南大西洋深海沉积物中可培养放线菌的多样性

探究了南大西洋深海沉积物中可培养放线菌的多样性,筛选药源活性次级代谢产物产生菌,为后续资源开发奠定基础.采用3种预处理方法及8种选择性培养基对南大西洋3个深海沉积物样品中的放线菌菌株进行选择性分离鉴定;利用兼并引物扩增法,选取代表菌株进行聚酮合酶（PKSⅠ、PKSⅡ）基因和非核糖体多肽合成酶（NRPS）基因的检测;以4株细菌为指示菌检测代表菌株的抑菌活性.共分离得到132株放线菌纯菌株,分布于放线菌亚纲的6个目、13个科、19个属中,其中有5个属为较新或较稀有种属,有2株为潜在新种.34株化合物合成基因检测菌中PKSⅠ基因、PKSⅡ基因呈阳性的比率均为17.64%,NRPS基因呈阳性的则为52.94%.抗枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）和抗副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus）的菌株分别有47.06%和7.82%.南大西洋深海沉积物中放线菌资源丰富,存在较多潜在新分类单元,筛选到的活性菌株可用于后续药源活性次级代谢产物的分离.     

皱纹盘鲍脓疱病病原菌──河流弧菌-Ⅱ的抗药机制的初步研究

1993年9月至1995年末，大连地区的一龄鲍至成鲍都出现了脓疱病，用常规方法从3个养殖厂的病鲍中分离到了3个菌株，分别为D株、N株和T株。经鉴定这3个菌株为同一种──河流弧菌-Ⅱ。这3个菌株来自3个不同的海区、不同的单位，并且这3个单位使用的抗生素种类和浓度也木同，所以这3个菌株对18种抗生素的敏感度也木同。D株对环丙沙星（抑菌坏直径30mm）、复方新诺明（抑菌坏直径27mm）等敏感，而对青霉素、青霉素Ⅱ、氨苄青霉素（抑菌环直径0mm）等耐药。N株除对青霉素Ⅱ、白霉素、吡哌酸等耐药外，对其它12种抗生素都敏感或中度敏感（抑菌环直径13．5－30mm）。T株对氟派酸（抑菌环直径22mm）、环丙沙星（抑菌环直径20．3mm）等敏感，而对氯霉素、复方新诺明等耐药。研究发现，经常使用同一种抗生素很容易使病原菌产生耐药性．连续3d使用单一的抗生素（青霉素）就会产生耐药的菌株。为证明上述3个菌株的抗药性是属于哪一类，以T株为例，提取总DNA，并对总DNA进行EcoRⅠ酶切图谱分析，图谱有明显的异同，说明3个菌株的抗药性不同可能与基因突变有关。不管是非遗传型还是遗传型，都是由于抗生素为细菌提供了耐药突变株的选择环境，从而使耐药菌株得以大量繁殖。     

斜带髭鲷养殖群体遗传多样性的同工酶研究

应用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）技术，对取自广东饶平海水网箱养殖的斜带髭鲷（Hapalogenys nitens)人工苗养殖群体同工酶的多态性进行分析。结果表明：在对48尾鱼所检测出的11种同工酶的23个基因座位中，超氧化物歧化酶（SOD）、苹果酸脱氢酶（MDH)过氧化物酶（PER）等酶的基因座位上发现多态性，其平均多态位点比例（P）为17.39%，基因座位有效等位基因的平均数（Ne)为1.174，平均杂合度的观测值（Ho)为0.051，预期值（He)为0.039，Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）为0.291。这说明该养殖群体具有较高的遗传变异水平。     

海胆相关菌株抗菌活性筛选及其生物学特性

以8个菌株（3株革兰氏阳性菌、3株革兰氏阴性菌和2株真菌）作为指示菌,采用管碟法对分离自南海硇洲岛马粪海hP-（Hemicentrotuspulcherrimus）中的106株细菌（含放线菌）进行抗菌活性筛选,并对其中抗菌活性较强的菌株进行了基于16SrRNA基因序列的系统发育分析和生物学特性研究。结果显示．具有抗菌活...     

青鱼(Mylopharyngodon piceus)新发病病原类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)的分离鉴定

为研究青鱼暴发性死亡原因,从病症典型青鱼(Mylopharyngodon piceus)肌肉、肝脏和肾脏处进行细菌接种,分离获得一株细菌(HZ2015),对其进行了形态观察、生化特性检测和16S r RNA序列分析,通过动物回归实验、毒力检测和药敏试验了解其对青鱼的致病性、毒力及药物敏感性。所得菌株为类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides),动物回归实验能复制出类似症状,且能从体内再次分离到该菌株;分离株对小鼠的半数致死量(LD50)为106.6 CFU;对头孢呋辛、头孢哌酮、庆大霉素、卡那霉素、复达欣高度敏感。研究表明,菌株HZ2015为青鱼体表溃烂病病原,本研究系类志贺邻单胞菌致青鱼体表溃烂病的首次报道。     

海豚链球菌胞外产物的抗原性及免疫保护效果研究

以健康牙鲆(Paralichthys olivaceus)为攻毒对象,检测了5株海豚链球菌(Streptococcus iniae)菌株的毒力特性。结果显示,菌株NUF849、NUF812、NUF701、NUF693和NUF633对牙鲆的半数致死浓度分别为3.0×105、1.1×106、4.2×107、1.2×107和2.4×107 CFU/mL。以平板玻璃纸法分别制备5株海豚链球菌的胞外产物,SDS-PAGE分析其蛋白组成。结果显示,5株海豚链球菌胞外产物均存在14、20、27、30、38、46、57和68kDa等主要蛋白条带,而36kDa蛋白条带仅存在于毒力较强的NUF849、NUF812和NUF693菌株。以强毒株NUF849的胞外产物免疫健康牙鲆,并在免疫后28d进行攻毒,取攻毒后存活牙鲆的血清对5株海豚链球菌的胞外产物进行western-blot检测。结果显示,制备的抗血清可与5株菌共有的46、50、62及88kDa蛋白条带发生阳性反应。以制备的强毒株NUF849和弱毒株NUF701胞外产物分别免疫牙鲆,在免疫后42d以菌株NUF812对免疫牙鲆进行攻毒。结果显示,菌株NUF849和NUF701胞外产物对牙鲆感染的相对免疫保护率分别为32.4%和16.2%。研究结果为揭示海豚链球菌胞外产物的毒力特性和亚单位疫苗候选蛋白的筛选提供了参考数据。     

4株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)鉴定及其毒力基因检测

为明确江苏连云港养殖长牡蛎大规模死亡病因,对分离自长牡蛎的4株病原菌开展了致病性、表型特征、分子特征等研究,结果表明4株病原菌均具致病性,4株病原菌ML1、ML2、ML3、ML4对长牡蛎的半数致死量LD50分别为2.8×105、1.1×105、1.8×105和1.6×105 CFU/mL;4株病原菌均为呈短杆状革兰氏阴性细菌,氧化酶阳性,还原硝酸盐,能利用甘露醇、纤维二糖,形态及理化特性结果表明4株分离菌与弧菌属的哈维氏弧菌亲缘关系最近;16SrRNA、gyrB、rpoA基因同源性检索及系统发育学分析结果表明4株分离菌与GenBank数据库中哈维氏弧菌的基因序列相似性最高且在系统发育树中聚为1个分支;根据4株分离菌的致病性、表型与分子特征,表明引起长牡蛎大规模死亡的病原为哈维氏弧菌。为进一步明确分离菌株毒力基因的携带情况,检测了分离鉴定的4株病原菌的9种毒力基因,结果表明,4株病原菌均可检测到luxR、toxR、vhhA和vhhB 4种毒力基因,扩增片段大小分别为679bp、390bp、1324bp和216bp,其他5种毒力基因未检测到,且分离鉴定的4株病原哈维氏弧菌携带相同的毒力基因,这些毒力基因可作为检测致病性哈维氏弧菌的分子标记。     

海洋细菌对赤潮藻生长及其产毒量的影响

采用麻痹性贝类毒素小白鼠生物测定法 ,研究了在可控生态条件下两株海洋细菌S1 0 、P42 对塔玛亚历山大藻生长及其产毒量的影响。结果表明 ,菌株S1 0 在较高浓度下对藻细胞的生长有明显的抑制作用 ,在较低浓度下抑藻生长作用较弱 ,不同浓度的菌株S1 0 均能有效地抑制藻细胞内麻痹性贝类毒素的产生 ,且在较低浓度下效果较好 ;菌株P42 对该藻的作用恰好与S1 0 相反 ,在较低浓度下明显抑制藻细胞的生长 ,不同浓度的菌株P42 也能有效地抑藻产毒 ,且在较高浓度下作用较明显。实验用的藻株毒力约为 ( 0 .95— 1 2 .1 4)× 1 0 - 6MU/cell,属于低毒藻株 ,该藻株在培养第 1 4天达到毒性最高峰 ,峰值为 1 2 .1 4× 1 0 - 6MU/cell,之后逐渐下降。讨论了海洋细菌在赤潮生物防治中的应用前景     

山口红树林根际土壤可培养细菌多样性及其活性筛选

为探讨广西山口红树林土壤可培养细菌的多样性，采用纯培养分离技术对采集的25个红树林样品进行可培养细菌多样性分析，挑选117株菌株进行16S rRNA基因测序并构建系统发育树分析。结果表明117株菌株分别属于9个纲20个目27个科35个属，9个纲包括α-变形菌纲（21.37%）、β-变形菌纲（1.71%）、γ-变形菌纲（12.82%）、δ-变形菌纲（0.85%）、噬纤维菌纲（0.85%）、鞘脂杆菌纲（0.85%）、黄杆菌纲（2.56%）、放线菌纲（27.35%）、芽孢杆菌纲（31.62%）。优势属为芽孢杆菌属，占所有菌株的28.20%，此外α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲中发现了7株潜在的新物种。分离菌株的产酶活性检测表明，山口红树林根际土壤蕴含丰富的产淀粉酶、蛋白酶、葡聚糖、纤维素酶和几丁质酶等生物活性酶的菌株，其中芽孢杆菌纲的产酶菌株数最为丰富。初步研究结果表明广西山口红树林土壤可培养细菌资源丰富，新物种资源多样，是农业微生物开发应用的重要资源库。     

海绵共附生微生物基因多态性的RAPD-PCR分析

采用传统分离手段对中国南海海域的细薄星芒海绵（Stelletta tenui（Lindgren，1897）1、皱皮软海绵（Halichondria rugosa（Ridley＆Dendy））、澳大利亚厚皮海绵（Craniella australiensis（Carter））、贪婪倔海绵（Dysidea avara（Schmidt））4种海绵体内的微生物进行了分离培养，随机挑选64株芽孢杆菌属细菌（每种海绵16株）进行了RAPD-PCR基因多态性分析。研究表明，一些海绵微生物是可以通过传统分离手段得到的，来自同一或者不同海绵的微生物均具有丰富的基因多态性。     

洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)与三个鲫品系群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、野生二倍体和三倍体鲫(C.auratus)、彭泽鲫(C.auratus var.Pengze)4个鲫品系群体共120个个体的遗传多样性进行分析。9个ISSR引物在四个鲫品系群体中共获得1637个扩增位点,其中多态位点1572个,多态位点比例为96.03%。4个鲫品系群体内的多态位点比例分别为46.14%、65.40%、73.76%和51.94%,遗传距离分别为0.0905、0.1186、0.1351和0.1056。在4个鲫品系群体之间,洞庭青鲫与彭泽鲫的遗传距离最小(0.1191),二倍体鲫和三倍体鲫的遗传距离次之(0.1336),而洞庭青鲫、彭泽鲫与二倍体鲫的遗传距离(分别为0.1377、0.1367)略小于它们与三倍体鲫的遗传距离(均为0.1378)。UPGMA聚类结果为洞庭青鲫与彭泽鲫聚成一个分支,二倍体鲫与三倍体鲫聚成另一个分支。结果表明,洞庭青鲫、彭泽鲫等养殖群体内的遗传多样性明显低于野生鲫群体;四个鲫品系中,洞庭青鲫与彭泽鲫的亲缘关系较近,二倍体鲫与三倍体鲫的亲缘关系较近,推测洞庭青鲫、彭泽鲫、三倍体鲫均起源于二倍体鲫。二倍体洞庭青鲫和二倍体野生鲫资源的保护必须引起重视。     

绿鳍马面鲀微卫星标记开发及在丝背细鳞鲀中的通用性检测

为充分挖掘绿鳍马面鲀(Thamnaconus modestus)基因组资源,开发可用于群体遗传学研究的分子标记,本研究利用NCBI数据库中公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛查微卫星位点并在野生群体中验证,在85个选取的位点中筛选得到30个新的多态性较高的微卫星标记。每个微卫星标记的等位基因数为4~16,平均为8.5个;观测杂合度范围为0.207~0.916,平均值为0.685;期望杂合度范围为0.315~0.971,平均值为0.756;多态信息含量范围为0.301~0.898,平均值为0.716,其中属于高度多态的位点有26个,占总位点数的86.67%;经过Bonferroni校正后,有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。将30个绿鳍马面鲀多态性微卫星标记在丝背细鳞鲀(Stephanolepis cirrhifer)中进行通用性检测,其中13个位点成功扩增,9个位点具有多态性。本研究开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀及相关物种的遗传多样性分析、QTL定位以及系统进化等研究。     

缢蛏(Sinonovacula constricta)微卫星标记的分离及近缘物种通用性

采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到12对缢蛏(Sinonovacula constricta)的多态性微卫星引物。每个位点的观测等位基因数为2—15个,有效等位基因数为1.0339—8.8063个;观测杂合度(Ho)为0.0333—1.0000,平均观测杂合度为0.7525;期望杂合度(He)为0.0333—0.9020,平均期望杂合度为0.6866;多态信息含量(PIC)为0.0320—0.8680。所有位点中,有8个位点属于高度多态位点(PIC0.5),SC1-5和SC4-6属于低度多态位点(PIC0.25);经Bonferroni校正后,无显著偏离哈迪-温伯格平衡的位点;连锁不平衡检验结果表明,位点间不存在连锁不平衡现象。此外,分析了这些引物在近缘种长竹蛏(Solen strictus)、大竹蛏(Solen grandis)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的通用性情况,结果显示:长竹蛏中,位点SC1-4、SC2-8、SC3-1、SC3-14表现出了高度多态(PIC0.5);在大竹蛏中,位点SC3-4、SC3-7、SC4-6表现出了高度多态性(PIC0.5),SC2-9为低态位点(PIC0.25);在小刀蛏中,位点SC1-7、SC2-9、SC3-4、SC3-14表现出了高度多态性(PIC0.5),SC4-6为低态位点(PIC0.25)。     

利用ISSR 分子标记技术分析浙江沿海4 株坛紫菜的遗传多样性

利用 ISSR 分子标记技术对采自浙江省南麂岛和渔山列岛的4株不同形状野生坛紫菜(Porphyra haitanensis)进行了遗传多样性分析.从33条引物中筛选出11条可扩增出清晰条带的引物,在4株坛紫菜中共扩增出62条 DNA 带,其中多态性条带比例达88.71%.遗传距离分析表明4株坛紫菜之间的遗传距离范围是0.3226~0.6129,聚类分析结果表明渔山列岛坛紫菜遗传距离最近,而南麂岛的两株坛紫菜则距离相对较远.该研究说明浙江附近岛屿的野生坛紫菜遗传多样性丰富     

基于微卫星标记的洞庭青鲫与三个鲫品系群体遗传多样性分析

选取12个微卫星标记对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、野生二倍体和三倍体鲫(C.auratus)、彭泽鲫(C.auratus var.pengzesis)4个鲫品系群体进行遗传多样性检测。在12个基因座位中,共检测出78个等位基因,其中14个为共有等位基因;每个座位检测到等位基因4—12个,平均等位基因数6.58个;4个鲫品系群体的平均观测杂合度(Ho)分别为0.633、0.750、0.800、0.717;平均期望杂合度(He)分别为0.502、0.713、0.757、0.602;平均多态信息含量(PIC)分别为0.364、0.599、0.637、0.470。上述结果表明,野生二倍体和三倍体鲫的遗传多样性较为丰富,以三倍体鲫的遗传多样性为最高;而洞庭青鲫和彭泽鲫养殖群体存在杂合度降低,遗传多样性下降的现象,以洞庭青鲫的遗传多样性为最低。基于遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,洞庭青鲫与彭泽鲫两个养殖群体聚为一支,而二倍体与三倍体野鲫群体聚为另一支,说明洞庭青鲫与彭泽鲫之间亲缘关系较近,野生二倍体与三倍体鲫之间的亲缘关系较近。研究不同倍性鲫品系的遗传多样性,对于探讨鲫的多倍体起源演化以及鲫品系的种质资源保护和选育种实践具有重要意义。     

文蛤（Meretrix meretrix）4个壳色花纹品系的遗传差异分析

应用AFLP技术对文蛤红壳（RS）、黑斑（BS）、细纹（TC）、暗纹（DF）4个壳色花纹品系进行遗传差异分析。利用15对AFLP引物组合对4品系共128个个体进行了PCR扩增和电泳检测,共得到789个位点,总多态位点比例90．75％。Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数显示,4个品系的遗传多样性大小,依次为...     

鲈鱼群体生化遗传学研究Ⅱ.种群生化遗传结构及变异

1995年6月—1996年5月分别在汕头及青岛收集共100尾鲈鱼生化样品，采用淀粉胶及聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了鲈鱼17种同工酶，记录出31个基因座位，统计了基因频率。结果表明，2群体间遗传相似度和遗传距离分别为0.9920和0.0080。作者初步认为中国近海鲈鱼为1个种，分南、北2个种群。汕头种群多态座位比例为22.6%，青岛种群为25.8%。x2检验表明，2个群体多态座位等位基因频率除汕头的Est-4外均符合Hardy-Weinberg平衡。汕头与青岛种群平均杂合度分别为0.079和0.099，表明目前鲈鱼种质资源状况尚好，但当前捕捞鲈鱼苗的压力过大，应严格控制鲈鱼苗的捕捞，以免因滥捕仔稚幼鱼而导致资源衰竭。     

洞庭湖水系五强溪水库光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)遗传多样性的AFLP分析

为了了解沅水五强溪大坝阻隔对光泽黄颡鱼可能造成的遗传多样性影响,采用AFLP分子标记技术,对沅水五强溪水库库区和沅水下游两个光泽黄颡鱼野生群体进行了遗传多样性分析。9对选择性引物在两个光泽黄颡鱼群体中,共扩增出1243个位点,多态位点1091个,多态位点比率为87.77%。其中库区和沅水下游群体多态位点比率分别为85.41%、83.25%,观测等位基因数分别为1.854±0.592、1.803±0.622,有效等位基因数分别为1.597±0.381、1.574±0.377,Nei’s多样性指数分别为0.220±0.211、0.207±0.195,Shannon’s信息指数分别为0.330±0.305、0.302±0.338;两个群体内的平均遗传距离分别为0.124±0.072、0.119±0.057,群体间的平均遗传距离为0.127±0.100。两个群体的遗传参数比较不存在显著差异(P0.05)。聚类分析显示,UPGMA系统树没有依据群体而形成明显的两大分支。以上结果表明,五强溪水库库区和沅水下游两个光泽黄颡鱼群体的遗传多样性丰富,光泽黄颡鱼种群遗传结构对水库大坝阻隔的响应不明显。     

我国沿海不同地理原种文蛤(Meretrix meretrix)的SRAP分析

采用序列相关扩增多态SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)标记对国家级江苏文蛤良种场(筹)保存的广西北海(GX)、江苏南通(JS)、辽宁大连(LN)三个地理种群原种文蛤进行种质资源分析。结果表明:(1)15对引物在文蛤3种群共扩增223个位点,其中多态位点数为159个,多态性位点百分率为71.30%,显示了较高的多态性;(2)GX、JS、LN3种群的多态性位点百分率分别为69.12%、57.81%、51.85%,平均杂合度分别为0.2532、0.2162、0.1836,香农信息指数分别为0.3649、0.3127、0.2714,均以GX种群最高,表明GX种群遗传多样性更为丰富;(3)3种群扩增位点显性基因频率的分布规律揭示,与LN和JS两种群相比,GX种群中低频基因位点显著增加,而隐性纯合基因位点显著减少,表明GX种群中存在大量稀有等位基因。各地理种群原种文蛤遗传多样性水平相对较高,遗传改良潜力大,GX种群作为选择育种的基础群更为适合。     

黄口荔枝螺转录组数据的微卫星标记开发与分析

以黄口荔枝螺转录组测序所得到的拼接序列为基础,利用MISA软件进行微卫星分析,利用Primer5.0设计引物160对。结果显示,83对引物能够成功扩增,引物在黄口荔枝螺渔山列岛群体多态性检测中发现,37个SSR位点能够表现出多态性,一共获得了129个等位基因,各位点等位基因数为2~5个,平均每个位点等位基因数为3.49个,观测杂合度H_o,期望杂合度H_e,多态信息含量PIC范围分别介于0.000~0.800、0.146~0.645、0.139~0.573之间,有9个表现为高度多态,20个表现为中度多态,8个表现为低度多态。实验结果进行Hardy-Weinberg平衡检测后,利用Bonferroni correction法进行校正,有29个位点显著偏离,结果表明渔山列岛黄口荔枝螺群体总体遗传多样性水平较低。