基于网络药理学和分子对接探讨丹参治疗乳腺癌的作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接的方法探索丹参治疗乳腺癌的作用靶点及分子机制。方法 由TCMSP数据库检索丹参的活性成分,由GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选乳腺癌的作用靶点,使用Cytoscape软件构建“成分–疾病–靶点”网络图。由STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,再由AutoDock Vina软件完成活性成分与核心靶点的分子对接验证,计算结合能,最终通过PyMol软件将对接结果可视化。结果 筛选出丹参成分的对应靶点114个,疾病靶点2 488个,得到共同靶点67个。富集分析表明共同靶点主要参与RNA转录、基因表达、细胞增殖与凋亡等生物过程,包括大分子复合物、细胞核、细胞质等细胞组分,具有酶结合、蛋白质结合、蛋白磷酸酶结合等分子功能,参与癌症通路、前列腺癌、脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。分子对接结果表明,木犀草素、隐丹参酮、二氢丹参酮Ⅰ、丹参酮Ⅱ_A与关键靶点Akt1、肿瘤抑制基因(TP53)...     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

液相色谱-质谱联用技术分析秦巴硒菇提取物活性成分及其治疗慢性粒细胞白血病的网络药理学研究

目的 利用液相色谱质谱联用和网络药理学、分子对接技术探讨秦巴硒菇提取物治疗慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia, CML)的潜在活性靶点及相关信号通路,并通过体外实验进一步验证。方法 应用液相色谱质谱分析秦巴硒菇提取物的活性成分,通过Swiss Target Prediction数据库预测药物靶点;从GeneCards、DisGeNET数据库获取CML的疾病靶点。筛选出药物和CML的共同靶点,通过STRING数据库进行蛋白质互作分析,利用Cytoscape软件构建蛋白互作网络图,并通过DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析。分别应用DockThor和Pymol进行分子对接及可视化处理。利用CCK-8法测定秦巴硒菇提取物对K562细胞的增殖抑制作用,Western blot验证其对相关蛋白及磷酸化水平的影响。结果 秦巴硒菇提取物活性成分共126种,药物和疾病共同靶点172个;KEGG通路分析结果显示PI3K/Akt/mTOR信号通路可能在治疗CML疾病中起到关键作用。秦巴硒菇提取物在K562细胞中24、48 h的IC₅₀分别为1...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台收集筛选益气开秘方中组方药材的有效活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD及DrugBank数据库获取疾病靶点;利用R软件4.1.1筛选成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库（version 11.5）和Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）网络;运用R软件4.1.1进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 益气开秘方主要包含68个活性成分,活性成分对应靶点170个;便秘疾病靶点共1 586个;益气开秘方与便秘的交集靶点基因共68个。PPI分析出核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、MAPK3、蛋白激酶B1（AKT1）等;GO功能注释得到生物学过程条目1 825条（如衰老、平滑肌细胞增殖、肽基-丝氨酸磷酸化等）,细胞组成条目60条（如膜筏、膜微结构域、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物等）、分子功能条目157条（如磷酸酶结合、内肽酶活力、丝氨酸肽链内切酶活性等）;KEGG通路富集分析确定了168条益气开秘方治疗便秘作用靶点的通路（如PI3K/AKT信号通路、细胞衰老、MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等）;分子对接提示MAPK1、MAPK3、AKT1与主要核心成分（槲皮苷、木犀草素以及山柰酚）的结合能均<—20 kJ/mol。结论 益气开秘方中的槲皮苷、木犀草素以及山柰酚等活性成分可能通过与MAPK1、MAPK3、AKT1等靶点进而调控MAPK信号通路以及磷酸肌醇-3-激酶（PI3K）/AKT信号通路等信号通路起到治疗便秘的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学从线粒体自噬途径探讨八味沉香散抗缺血性心脏病的作用机制北大核心CSCD

目的基于网络药理学结合分子对接技术及细胞实验验证,探讨八味沉香散经线粒体自噬途径抗缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)的潜在机制。方法利用Swiss target prediction平台预测八味沉香散入血成分靶点;从GeneCards、NCBI、OMIM数据库中筛选缺血性心脏病、线粒体自噬相关靶点;取三者交集得到八味沉香散经线粒体自噬途径抗缺血性心脏病的潜在靶点。构建“成分-疾病-潜在靶点”网络及蛋白质相互作用网络,分别进行网络分析筛选出关键活性成分和核心靶点,并进行分子对接。利用DAVID数据库进行GO富集及KEGG富集分析。构建H9C2细胞缺氧模型,考察八味沉香散含药血清对H9C2细胞存活率、自噬水平及关键通路相关蛋白表达的影响。结果筛选得到八味沉香散经线粒体自噬途径抗IHD的关键活性成分9种,核心靶点8个;分子对接结果显示关键活性物质和核心靶点均有较好的结合活性。KEGG结果显示八味沉香散经线粒体自噬途径抗IHD的作用可能与EGFR、PI3K-Akt、MAPK、FoxO等信号通路有关。细胞实验结果表明八味沉香散可增加缺氧条件下H9C2细胞的细胞活性,明显降低细胞中LC3、p62的蛋白相对表达量,升高p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT的蛋白相对表达量。结论八味沉香散可能通过槲皮素、山奈酚、柚皮素、去氢二异丁香酚等活性成分作用于AKT1、STAT3、MAPK3,EGFR等多个靶点调控线粒体自噬发挥抗缺血性心脏病的作用,其具体机制可能与PI3K-AKT信号通路相关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接技术，筛选并分析丹参治疗缺血性脑卒中（CIS）的关键化合物、作用靶点、生物学功能及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库检索丹参的活性成分及作用靶点，在GeneCards、NCBI和OMIM数据库中获取CIS的靶点，并将药物和疾病交集后的靶点输入STRING数据库，构建蛋白质相互作用网络，利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络。通过Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2将得到的关键活性成分和核心靶点进行分子对接，运用Pymol和Ligplot软件对结果进行可视化。结果 从丹参中共筛选出65个活性成分和108个对应靶点，以及CIS交集后获得靶点87个，其中度值大于50的靶点有6个，包括AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR，即本研究的核心靶点。GO功能富集分析得到GO条目124个（P<0.05），KEGG通路富集分析筛出134条信号通路（P<0.05），以PI3K-AKT信号通路所占靶点数目最多。构建的药物-化合物-作用靶点-疾病网络显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用；分子对接结果显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A与6个核心靶蛋白均具有较好的亲和力（结合能远小于-5 kJ/mol）。结论 丹参的主要活性化合物，包括木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等，可作用于AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR等核心靶点，共同参与调节PI3K-AKT等多条信号通路，发挥抑制细胞凋亡、抗炎、神经保护等作用，可能是丹参治疗CIS的潜在机制。     

基于网络药理学及分子对接探讨加味六安煎治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨加味六安煎（JWLAD）治疗咳嗽变异性哮喘（CVA）潜在的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选JWLAD的活性成分及其潜在靶点,利用Genecards、Drugbank、OMIM、Disgenet、TTD数据库检索CVA相关靶点。运用Cytoscape及STRING平台构建活性成分-靶点、蛋白质互作（PPI）网络,借助Metascape对共同靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,最后由Autodock Vina实现主要活性成分及核心靶点的分子对接。结果:最终得到中药活性成分64种涉及348个潜在靶点,CVA相关靶点1 290个,两者共同靶点167个。GO分析过程涉及2 336条生物过程、112条细胞组分和118条分子功能。KEGG共富集169条主要涉及各种癌症通路,白细胞介素17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、神经活性配体和受体相互作用、细胞凋亡,Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路等。分子对接结果提示主要活性成分与核心靶点均有较强的亲和能力。结论:JWLAD通过多成分-多靶点-多通路综合调控网络发挥治疗CVA的作用,为后期临床和实验研究提供理论基础。     

基于网络药理学及分子对接的五子衍宗丸治疗肝纤维化作用机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨补肾复方五子衍宗丸治疗肝纤维化的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmspsearch.php)数据库预测五子衍宗丸有效成分的靶点并通过Uniprot数据库进行靶点名称标准化;通过OMIM、Gene Cards、DisGeNET数据库收集肝纤维化靶点,通过韦恩图筛选活性成分靶点和疾病靶点基因的交集,获取五子衍宗丸治疗肝纤维化的潜在靶点;运用Cytoscape 3.9.0构建有效成分-靶点-肝纤维化网络,预测核心靶点,构建基于STRING平台的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools软件,结合PPI网络及GO功能、KEGG通路分析,将核心靶点与有效成分进行对接验证。结果 获得五子衍宗丸活性成分84个,筛选出有效成分作用靶点179个,肝纤维化靶点798个,五子衍宗丸与肝纤维化交集靶点81个,经拓扑属性分析筛选得到五子衍宗丸26个活性成分、37个治疗肝纤维化关键靶点;根据“活性成分-靶点-通路”网络图,预测槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素为五子衍宗丸作用于肝纤维化的重要活性成分;RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL6)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等为核心靶点。GO功能富集分析的生物学过程(BP)主要与RNA聚合酶II启动子转录的正调控、基因表达的正调控等关联;细胞组分(CC)主要与细胞外空间、细胞核等关系密切;分子功能(MF)主要与大分子复合物结合、蛋白激酶活性、RNA聚合酶II核心启动子近端序列特异性DNA结合等相关。五子衍宗丸治疗肝纤维化途径主要包括化学致癌-活性氧信号通路、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。核心成分槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素与核心作用靶点AKT1、TNF、IL6、VEGFA、CASP3等对接结合稳定,分子对接初步证明关键成分自发地与多个核心蛋白结合,可对多个关键靶点进行调控。结论 通过网络药理学及分子对接初步揭示补肾复方五子衍宗丸影响凋亡过程的正负调控、氧化应激、炎症因子、血管生成等反应过程,具有多成分、多靶点、多通路等作用特点,可为临床肝纤维化治疗中重视补肾法提供参考依据。     

基于网络药理学探讨黄精防治痛风的机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测黄精防治痛风的有效成分作用靶点及通路。方法 利用TCMSP和Drugbank数据库获取黄精活性成分及作用靶点,利用TTD、OMIM和GeneCards数据库获得痛风相关靶点,将两者输入Venny 2.1中筛选得到黄精治疗痛风的核心靶点。通过Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络模型,STRING数据库构建PPI网络,Metascape数据库进行GO与KEGG通路富集分析,并用Autodock＿vina软件进行分子对接研究。最后,通过LPS结合MSU诱导RAW264.7细胞模拟体外痛风模型,并对预测结果进行验证。结果 预测共得到13种活性成分、90个潜在靶点、1 139个痛风相关疾病靶点,19个黄精-痛风交集靶点,涉及MAPK14、CAT、PPARG、NOS2、VEGFA等,并推断其作用机制可能与PI3K-Akt信号通路、血小板激活信号通路、钙信号通路和雌激素信号通路等有关。分子对接结果表明,活性成分与核心靶点的结合能在–10.4～–4.6 kcal·mol^-1,具有较好的结合能力。细胞实验显示,薯...     

基于网络药理学探究丹参-赤芍-益母草治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的 采用网络药理学方法研究丹参、赤芍、益母草治疗心力衰竭(CHF)的药用成分、作用靶点及作用机制。方法 在GeneCard和OMIM数据库中列出了疾病目的靶点。TCMSP和SwissTargetPrediction数据库列出药物成分和靶点。使用Venny软件得出其交叉靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质关系,通过图像处理得到PPI网络关系图。借助Cytoscape生成“CHF-交叉靶点-药物成分”网络图。利用HIPLOT平台对位点进行GO分析和KEGG通路富集分析。结果 文章预测了102个活性成分和101个交叉靶点,其中主要靶点为：MAP激酶、信号转导和转录激活子3、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶等。GO分析结果表明,其与信号传导受体激活物活性、受体配体活性、生长因子受体结合等的发生有关。KEGG通路富集分析：与AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌蛋白多糖等相关。结论 本文初步阐述了丹参-赤芍-益母草治疗CHF的主要作用靶点和作用途径,为今后治疗CHF提供临床参考价值。     

基于网络药理学探讨银杏叶干预激素性股骨头坏死的作用机制

目的：基于网络药理学探讨银杏叶干预激素性股骨头坏死的作用机制。方法：利用TCMSP及PharmMapper数据库预测银杏叶活性成分及作用靶点，运用Genecards和OMIM数据库检索与激素性股骨头坏死相关的疾病靶点。使用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图，通过STRING数据库对银杏叶干预激素性股骨头坏死的靶点进行核心靶点分析、模块化分析、GO富集分析和KEGG通路分析。结果：本研究共筛选得到16种银杏叶活性成分及547个靶点，其中与激素性股骨头坏死相关的靶点为133个。通过PPI网络拓扑分析，证明TP53、AKT1、IL6、VEGFA、MAPK1、JUN、MAPK8、EGFR、EGF、MYC为核心靶点。GO模块化分析表明这些核心靶点主要与细胞凋亡、血管新生相关。GO富集分析了核心靶点参与的生物学过程、细胞定位及分子功能。KEGG富集分析靶点主要参与的分子信号通路，其中PI3K/AKT信号通路相关性最高。结论：银杏叶通过多组分、多靶点和多途径协同干预激素性股骨头坏死，为后续细胞实验及动物实验提供理论依据及参考。     

基于网络药理学及分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘的作用机制

[摘要]目的：通过网络药理学和分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘（cough variant asthma,CVA）的作用机制。方法：基于文献研究和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库挖掘定喘汤中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,借用Uniprot数据库校正靶点蛋白对应基因;通过GeneCards、OMIM数据库获得咳嗽变异性哮喘的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.7.2软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析,利用String数据库构建蛋白互作网络并筛选出核心靶点。基于DAVID对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析;通过AutoDock Vina和Pymol将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果：收集定喘汤复方中活性成分218个,得到相关潜在靶点452个,CVA相关靶点689个,得到交集靶点131个。核心靶点主要为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）,共有靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论：定喘汤治疗CVA具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究定喘汤治疗CVA的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和实验验证探讨黄芪-丹参治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学探讨黄芪-丹参治疗肝纤维化的潜在作用机制，并通过小鼠体内实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库和疾病靶点数据库筛选黄芪-丹参的主要活性成分及其作用靶点，并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析，选择磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)通路，利用Cytoscape3.7.2软件构建黄芪-丹参的核心成分-关键靶点-目标通路的网络图。将50只SPF级KM小鼠，随机分成正常对照组，模型组，黄芪-丹参低、中、高剂量(2.5、5.0和10.0 g·kg^-1·d^-1，黄芪丹参生药质量比1 1)组，每组10只。检测实验处理前后小鼠体重、肝重、肝脏组织病理以及关键靶蛋白和mRNA表达水平变化。结果 黄芪-丹参活性靶点与肝纤维化疾病靶点映射得到183个共有靶点。通过“黄芪丹参核心成分-关键靶点-目标通路”网络分析，血管内皮生长因子α(VEGFA)、碱性成纤维细胞生长因子2(FGF2)、表皮生长因子受体(EGFR)、有丝分裂原活化蛋白激酶1(MAPK...     

基于网络药理学和分子对接技术的金卷升板胶囊治疗血小板减少症作用机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9. 1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;利用Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果 共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体（AGE-RAGE）信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论 金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路...     

磷脂酰肌醇-3磷酸激酶/AKT/雷帕霉素靶蛋白信号通路参与中枢神经损伤保护与修复的研究进展

中枢神经细胞对各种损伤刺激耐受差,损伤后神经修复困难.因此促进神经保护增强神经再生能力已成为神经治疗关键.磷脂酰肌醇-3磷酸激酶/AKT/雷帕霉素靶蛋白(PI3K/AKT/mTOR)信号通路是调节细胞周期的重要通路,在细胞增殖、生长、分化过程中起中心调控作用,在神经损伤过程中通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路可减少神经细胞死亡,促进神经修复.该文对PI3K/AKT/mTOR信号通路在中枢神经损伤保护作用、修复机制及可能风险作一综述,探讨将PI3K/AKT/mTOR信号通路作为靶点治疗中枢神经疾病.     

基于网络药理学方法探讨黄芪-半枝莲抗结直肠癌的作用机制

目的基于网络药理学分析方法探讨黄芪-半枝莲抗结直肠癌的有效成分及分子机制。方法运用中药药理学分析平台数据库(TCMSP)检索黄芪与半枝莲的有效成分及作用靶点, 通过GeneCards数据库等筛选结直肠癌相关靶点, 运用Cytoscape(Version 3.9.1)软件构建药物-成分-潜在靶点网络关系图。通过String数据库平台构建蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络图, 并用Metascape数据库对潜在靶点进行功能和信号通路富集分析。结果通过数据库筛选出黄芪有效成分17种, 半枝莲有效成分28种, 黄芪-半枝莲与结直肠癌靶点交集共24个潜在蛋白靶点。基因本体论(gene ontology, GO)富集分析显示黄芪-半枝莲主要与DNA损伤、细胞凋亡、调节酶活性等生物学功能相关, 京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析显示主要通路包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TN...     

基于网络药理学探讨黄芪在卒中相关性肌少症中的作用机制

目的 利用网络药理学方法对黄芪进行多成分、多靶点研究,分析其在卒中相关性肌少症中的作用靶点及相关通路。方法 采用TCMSP数据库收集黄芪活性化合物并进行初步筛选;采用Swiss Target Prediction数据库预测活性化合物靶点,通过GeneCards数据库预测卒中相关性肌少症作用靶点,取两者交集获得交互靶点。采用String数据库及Cytoscape软件Network analyzer功能构建共同靶点PPI网络。采用DAVID数据库并结合Cytoscape软件对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果 收集筛选出黄芪20个活性化合物,616个作用靶点,卒中相关性肌少症136个作用靶点,交集出25个交互靶点,其中AKT1、IL-6、TNF、IGF1R、ESR1等蛋白相互作用最明显,主要在细胞基质中影响类固醇结合、锌离子结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、雌激素受体活性、胰岛素及能量代谢等生物过程,通过胰岛素抵抗、HIF-1信号通路、TNF信号通路等在卒中相关性肌少症中发挥作用,AKT1、PI3CG、mTOR、IL-6、TNF等交互靶点在各通路中参与次数较多。结论 黄芪在卒中相关性肌少症中体现了多成分、多靶点、多途径的特点,其可能通过调控IRS-1/PI3K/AKT2/mTOR信号通路,靶向调控胰岛素抵抗途径相关能量代谢障碍,进而治疗和预防卒中相关性肌少症。