基于网络药理学和分子对接探讨复方风湿宁片治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学联合分子对接技术探讨复方风湿宁片治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss TargetPrediction数据库及文献报道收集复方风湿宁片的活性化学成分靶点，并使用GeneCards数据库检索类风湿关节炎的疾病靶点，将两者取交集，并通过绘制“复方风湿宁片–活性成分–靶点–通路–类风湿关节炎”网络图。对复方风湿宁片中的活性成分与类风湿关节炎靶点进行分子对接。结果 通过网络药理学分析得到复方风湿宁片中有34种活性化学成分，对应1 059个靶点，与类风湿关节炎靶点交集356个。通过KEGG富集分析发现复方风湿宁片主要可能在肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路、Th17细胞分化、T细胞受体信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路、核因子κB（NF-κB）信号通路、Th1和Th2细胞分化、Janus激酶（JAK）-信号传导和转录激活蛋白3（STAT3）信号通路、B细胞受体信号通路和类风湿性关节炎等通路上发挥治疗作用。蛋白激酶B（Akt1）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、TNF、丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、白细胞介素-6（IL-6）和κB抑制因子激酶β（IKBKB）关键靶点与血根碱、珊瑚菜素、氧基白屈菜季铵碱、二氢白屈菜红碱、槲皮素、木犀草素、山奈酚、香叶木素、异鼠李素的结合较好。结论 复方风湿宁片治疗类风湿关节炎的作用机制可能主要在免疫调控及抑制炎症方面发挥多靶点、多通路治疗类风湿关节炎作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨三七治疗胃癌前病变的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨三七治疗胃癌前病变机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选三七有效成分和靶点,通过Uniprot数据库将获取的蛋白靶点转换为人类基因靶点,通过SwissTarget Prediction数据库进行成分潜在靶点预测补充。通过GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病相关靶点。筛选出三七治疗胃癌前病变交集靶点利用STRING数据库与Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络。利用David数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock vina对三七有效成分（配体）与核心靶点（受体）进行分子对接,利用PyMOL软件将结果进行可视化处理。结果 共收集到三七8种有效成分及三七治疗胃癌前病变的交集靶点128个;三七治疗胃癌前病变的5个最核心靶点分别为信号转导及转录激活蛋白3（STAT3）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、肿瘤蛋白P53（TP53）、蛋白激酶B（Akt1）、90KDA热休克蛋白ΑA1重组蛋白（HSP90AA1）,2个核心有效活性成分为槲皮素和人参皂苷F₂。GO富集分析显示,相关靶点参与基因调控、细胞凋亡、DNA及RNA转录等多个生物学过程发挥作用。KEGG富集分析显示,三七治疗胃癌前病变在癌症通路富集最明显,核心靶点还参与了包括Janus激酶-信号转导及转录激活因子（JAK/STAT）、MAPK、TP53、磷脂肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路在内的多种信号通路途径发挥作用。结论 三七治疗胃癌前病变具有多成分、多靶点、多通路的特点,机制复杂,可能主要通过癌症通路途径发挥作用。     

枸杞子治疗代谢相关脂肪性肝病机制的网络药理学研究

目的 基于网络药理学方法研究枸杞子治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD,曾用名非酒精性脂肪肝）主要活性成分的作用靶点及机制。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）获取枸杞子的活性成分,设定口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18,并筛选出枸杞子作用靶点,构建成分-靶点网络。通过GenCards数据库筛选出枸杞子治疗MAFLD的潜在作用靶点,利用Cytoscape软件构建疾病-成分-靶点可视化网络图,进行基因本体论（GO）功能分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 获得枸杞子活性成分45个,MAFLD差异基因1 656个,交集靶点87个,涉及60条通路,可能通过AKT1、IL6、IL1B等关键靶蛋白,参与DNA结合转录激活因子活性表达、RNA聚合酶Ⅱ特异性转录、肽链内切酶活性等生物学过程,枸杞子可能通过作用于IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、MAFLD信号通路等发挥治疗MAFLD的作用。结论 枸杞子通过多成分、多靶点、多通路治疗MAFLD。     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的作用机制

目的 运用网络药理学技术探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCM-ID数据库和BATMAN-TCM数据库，筛选知柏地黄丸的有效活性成分和作用靶点，利用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库和GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因，并与活性成分作用靶点取交集得到共同靶点；通过String 11.5数据库构建知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的蛋白质互作（PPI）网络，并借助Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件筛选核心靶点；通过Metascape基因功能注释分析工具对交集靶点进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，使用Cytoscape 3.8.2软件构建药物活性成分–靶点–通路相互作用网络，获取核心活性成分。结果 共筛选出知柏地黄丸活性成分80个，与疾病的交集靶点117个，主要涉及肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt、MAPK、核因子-κB（NF-κB）、雌激素等信号通路可能是知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的关键信号通路，由药物活性成分–靶点–通路网络得出槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等是发挥作用的核心活性成分。结论 知柏地黄丸中的槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等核心活性成分，能够作用于TP53、Akt1、TNF、IL-6、ESR1、MAPK1等多个关键靶点，调节PI3K-Akt、MAPK、NF-κB、雌激素等信号通路，发挥治疗乳腺癌内分泌耐药的作用。     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,核心靶点涉及肿瘤蛋白P53（TP53）、β-肌动蛋白（ACTB）、肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、缺氧诱导因子-1α（HIF1A）和胱天蛋白酶3（CASP3）等。GO富集分析得到生物学过程相关条目572条、分子功能相关条目115条及细胞组分相关条目84条（P<0.01）。KEGG通路富集分析得到173条信号通路（P<0.01）,主要涉及癌症通路、脂质与动脉粥样硬化通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、细胞衰老、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、磷酯酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路和细胞凋亡等。分子对接结果表明关键成分和关键靶点间均具有较好的结合活性。结论 化橘红通过多靶点、多通路发挥治疗动脉型肺动脉高压的作用。     

基于网络药理学探讨黄连温胆汤治疗心律失常的机制

目的 通过网络药理学探讨黄连温胆汤治疗心律失常的机制。方法 通过TCMSP平台收集黄连温胆汤相关药物的有效成分及作用靶点;经过UniProt获取标准蛋白名并转换靶点基因名;使用DIGSEE、OMIN、Drugbank等数据库收集心律失常疾病基因靶点,合并后去重与复方中药靶点取交集;使用String数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape 3.9.1经过拓扑分析获取核心靶点;使用R语言进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）及基因本体（GO）富集分析并对排名靠前的通路进行可视化处理;对KEGG排名靠前的通路使用Cytoscape 3.9.1构建中药成分–靶点–通路图。结果 通过拓扑分析得到表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）1、MAPK3、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、CAMP反应性元素结合蛋白1（CREB1）、雌激素受体（ESR1）等19个核心靶点;通过KEGG富集分析共得到186条信号通路,黄连温胆汤可能通过晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）、MAPK等信号通路对心律失常起治疗作用。结论 黄连温胆汤可通过多种目标基因、分子通路治疗心律失常。     

加味丹参饮治疗心肌梗死的网络药理学研究

目的 基于网络药理学的方法，分析加味丹参饮对于治疗心肌梗死的潜在作用机制。方法 借助TCMSP、Drugbank、Pubchem、Swiss Target Prediction等数据库及参考文献获取加味丹参饮的有效成分及靶标。通过HPO、OMIM平台检索心肌梗死疾病相关的靶标，并借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络（PPI），获得关键靶标。使用Cytoscape3.6.0软件对加味丹参饮-心肌梗死疾病进行网络可视化，并构建“加味丹参饮-化学成分-靶点”、“疾病-靶点”、“加味丹参饮-相关化学成分-疾病-关键靶点”网络图，使用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物过程和KEGG代谢通路分析。结果 从加味丹参饮中共筛选出94个有效成分，148个与心肌梗死相关的作用靶点，其中有效成分与疾病对应的相同靶点21个，其中包含血管内皮生长因子A（VEGFA）、酪氨酸激酶2（JAK2）、肿瘤坏死因子（TNF）等。经GO和KEGG通路富集分析，靶点主要涉及G蛋白偶联受体信号通路、调节细胞增殖、RNA聚合酶II转录因子活性等功能过程，可能通过调节PI3K-Akt信号通路、微小RNA-癌症相关通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、JAK-STAT信号通路等多条代谢通路来发挥加味丹参饮治疗心肌梗死的作用。结论 通过建立靶点网络图，可从多方位阐明复方加味丹参饮治疗心肌梗死多成分、多靶点的机制，可进一步为深入研究加味丹参饮治疗心肌梗死相关疾病机制提供理论依据。     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台收集筛选益气开秘方中组方药材的有效活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD及DrugBank数据库获取疾病靶点;利用R软件4.1.1筛选成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库（version 11.5）和Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）网络;运用R软件4.1.1进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 益气开秘方主要包含68个活性成分,活性成分对应靶点170个;便秘疾病靶点共1 586个;益气开秘方与便秘的交集靶点基因共68个。PPI分析出核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、MAPK3、蛋白激酶B1（AKT1）等;GO功能注释得到生物学过程条目1 825条（如衰老、平滑肌细胞增殖、肽基-丝氨酸磷酸化等）,细胞组成条目60条（如膜筏、膜微结构域、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物等）、分子功能条目157条（如磷酸酶结合、内肽酶活力、丝氨酸肽链内切酶活性等）;KEGG通路富集分析确定了168条益气开秘方治疗便秘作用靶点的通路（如PI3K/AKT信号通路、细胞衰老、MAPK信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等）;分子对接提示MAPK1、MAPK3、AKT1与主要核心成分（槲皮苷、木犀草素以及山柰酚）的结合能均<—20 kJ/mol。结论 益气开秘方中的槲皮苷、木犀草素以及山柰酚等活性成分可能通过与MAPK1、MAPK3、AKT1等靶点进而调控MAPK信号通路以及磷酸肌醇-3-激酶（PI3K）/AKT信号通路等信号通路起到治疗便秘的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症潜在的活性成分和作用机制。方法 利用TCMSP数据库结合《中国药典》2020版筛选候选活性成分,并通过文献检索进行补充和删减得到最终成分,并通过Swiss Target Prediction数据库预测和筛选出活性成分的潜在的作用靶点。通过权威数据库（Genecard、Drugbank、TTD）检索骨质疏松症相关靶点,通过Cytoscape 3.9.0软件建立中药–成分–靶点网络模型进行网络分析,并将交集靶点导入至String在线数据库进行蛋白相互作用（PPI）网络构建并进行分析。利用David数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。结果 共筛选出护骨胶囊59个活性成分、78个交集靶点。PPI网络分析表明,肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、酪氨酸蛋白激酶3（MAPK3）、雌激素受体α（ESR1）等可能是护骨胶囊治疗骨质疏松症的关键靶点。GO和KEGG富集分析表明护骨胶囊主要通过细胞外空间、质膜、宿主细胞核等细胞组分参与细胞生存、生长、分裂等众多生物学过程,继而与蛋白质特异性结合,发挥调节核受体活性、过渡金属离子结合、类固醇结合等分子功能,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等。分子对接结果表明,地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元核心成分与TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1核心靶点均具有良好的结合能力。结论 护骨胶囊中的地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元等可能是治疗骨质疏松症的物质基础,能够作用于TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1等多个靶点,通过调节糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等参与骨骼重塑、抑制破骨细胞的形成与分化、促进骨形成和抗炎作用,进而发挥治疗骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨京尼平苷治疗脑缺血的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接方法研究京尼平苷治疗脑缺血潜在作用机制。方法 通过PubChem、PharmMapper、GeneCards、OMIM数据库分别对京尼平苷和疾病的靶点进行预测,借助Venny 2.1.0工具将二者取交集获取共有靶点,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,随后通过Cytoscape 3.7.2软件对核心靶点进行网络拓扑分析;基于核心靶点基因开展基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）基因富集分析。利用AutodockTool软件对所筛选的核心靶点分别与京尼平苷进行分子对接。结果 通过STRING数据库构建交集靶点的PPI网络,获得173个交集靶点,包括酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（AKT1）、热休克蛋白90α家族A级成员1（HSP90AA1）、PIK3R1、表皮生长因子受体（EGFR）等。京尼平苷治疗脑缺血可能通过调控磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）–蛋白激酶B（Akt）信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）–晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、Ras信号通路等多种信号通路发挥治疗脑缺血的作用。结论 预测了京尼平苷治疗脑缺血的潜在作用机制,为后续实验研究提供理论依据和研究方向。     

基于网络药理学分析宣肺败毒方治疗SARS、MERS和COVID-19的作用机制

目的 探讨宣肺败毒方对冠状病毒感染治疗作用的有效成分、作用靶点、信号通路等,从而阐释其作用机制。方法 利用Cytoscape构建了宣肺败毒方的药物–性–味–归经网络。采用TCMSP数据库、SwissADME数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选宣肺败毒方的有效成分和相关靶点,通过GeneCards数据库和CTD数据库收集严重急性呼吸道疾病（SARS）、2012年的中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的疾病靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集,利用Cytoscape软件构建网络;运用String数据库,对潜在靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络模型构建;通过Metascape数据库对潜在靶点进行GO和KEGG富集分析,并且用Cytoscape构建网络。结果 宣肺败毒方中有10种药材与肺经有关。从中筛选出167个活性成分和242个潜在作用靶点,核心药物为甘草、麻黄、青蒿、马鞭草、虎杖,核心成分为槲皮素、豆甾醇、山柰酚、木犀草素、异鼠李素等,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF等,可能的作用机制与PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway和TNF signaling pathway等多个信号通路有关。结论 通过网络药理学探讨了宣肺败毒方对SARS、MERS和COVID-19的潜在共同作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制

目的 通过网络药理学方法筛选金银花-连翘药对中活性成分和IgA肾病靶点,探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索金银花、连翘中活性成分及其作用靶点.通过OMIM、NCBI、GeneCards数据库获取IgA肾病相关基因靶点.利用Venny 2.1软件得到中药活性成分...     

基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌的机制研究

目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;通过GEO数据库搜索并筛选LUAD表达数据集,用R语言分析获得差异表达基因;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建药物疾病交集靶点PPI网络,利用Metascape平台对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;使用分子对接方法对核心成分与靶点进行对接验证。结果经过对OB、DL初步筛选,获得16个活性成分和353个潜在靶点,其中MMP-9、MMP-1、CAT等靶点与LUAD密切相关。威麦宁治疗LUAD主要涉及液体剪切应力和动脉粥样硬化、癌症通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等。结论探讨了威麦宁治疗LUAD主要有效成分、作用靶点,以及相关的通路,并为进一步的研究提供依据和思路。     

基于网络药理学附子泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的探究附子泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选附子泻心汤4味中药的活性成分及相应靶点;利用DisGeNet数据库筛选慢性萎缩性胃炎相关靶点,运用Cytoscape软件构建疾病–药物–靶点网络;通过STRING数据库进行蛋白互作网络(PPI)分析,得到核心靶点。利用R语言"clusterprofiler"包进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果共得到附子泻心汤87个活性成分,216个作用靶点,得到慢性萎缩性胃炎相关靶点639个,药物与疾病交集靶点85个,其中核心靶点包括AKT1、TP53、VEGF、TNF、PTGS2、IL6、JUN、CASP3等。附子泻心汤主要参与脂多糖应答、对细菌起源的分子应答、活性氧化物代谢、氧化应激、金属离子应答、信号通路调节等生物过程,通过调节PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎等通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎的作用。结论附子泻心汤可通过多靶点、多机制、多途径治疗慢性萎缩性胃炎。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、肿瘤坏死因子(TNF)、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较关键的通路。分子对接结果显示,汉黄芩素、黄芩素、表小檗碱、黄芩新素等与Akt1、TNF、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、白细胞介素-6(IL-6)蛋白等有较强的相互作用,其中与黄芩素结合性最好。结论 黄芩对糖尿病心肌病的治疗作用可能是汉黄芩素、黄芩素、表小檗碱、黄芩新素等活性成分通过调控Akt1、TNF、GAPDH、IL-6等靶点,作用于AGE-RAGE、PI3K-Akt、MAPK等信号通路来实现的。