基于网络药理学探讨黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索黄芪山药药对中药物成分,并以口服生物利用度(OB)值≥30%、类药性(DL)值≥0.18为条件筛选出黄芪山药的有效活性成分,确定药物有效活性成分后通过TCMSP数据库预测相应靶点,再将预测的靶点输入到Uniprot中转换为相应的基因。将有效活性成分及靶点对应的基因导入Cytoscape3.2.1中构建黄芪-山药有效成分—靶点网络。通过Pharm Gkb数据库检索2型糖尿病相关基因,并将检索出的基因导入Cytoscape3.2.1,利用Bisogenet插件构建2型糖尿病疾病靶点网络。利用Cytoscape3.2.1软件中Merge插件将黄芪-山药有效活性成分—靶点网络和疾病靶点网络进行合并。根据degree值筛选核心基因团,最后利用DAVID对筛选出的核心基因团进行GO注释和KEGG通路分析。结果黄芪有效活性成分20个,山药有效活性成分16个,2型糖尿病相关疾病基因43个。KEGG通路为PI3K/Akt信号通路、Fox O信号通路相关、甲状腺激素信号通路。结论黄芪-山药的有效活性成分治疗2型糖尿病可能与PI3K/Akt信号通路、Fox O信号通路相关、甲状腺激素信号通路相关。     

中药对神经干细胞增殖分化信号通路的综合调控作用分析

寻找促进神经干细胞增殖与分化的有效方法是加速神经干细胞临床应用的途径之一。该文分析了近十年来中外文献关于调控神经干细胞增殖分化的中药及其作用靶点与信号通路的报道,发现中药对神经干细胞增殖分化信号通路具有综合调控作用。第一,中药能通过Notch,PI3K/Akt,Wnt/β-catenin,GFs等信号通路影响神经干细胞的增殖与分化。(1)黄芪、淫羊藿、龟甲、远志能通过调节Notch信号通路中的关键蛋白或基因Notch1,NICD和Hes的表达起调控作用;(2)人参、银杏叶、丹参能通过介导PI3K/Akt信号通路发挥调控作用,但对该通路中上下游靶标的具体作用机制尚无研究;(3)姜黄、蛇床子可以上调Wnt/β-catenin信号通路中的关键靶蛋白Wnt3a及β-catenin的水平从而介导Wnt/β-catenin信号通路起调控作用;(4)三七、川芎可以通过促进分泌性生长因子EGF,b FGF等的表达发挥作用。第二,一些中药能通过多种途径诱导神经干细胞的增殖或分化:黄芪中的黄芪甲苷可以通过Notch信号通路调控神经干细胞的增殖或分化,但黄芪多糖含药血清又可以通过调节VEGF含量,活化PI3K/Akt信号通路发挥作用;淫羊藿中的淫羊藿苷和淫羊藿黄酮类可以分别介导Notch或GFs信号通路来控制神经干细胞的命运转化;人参皂苷Rg1可以通过Notch和PI3K/Akt信号通路发挥调控作用;银杏内酯B可通过激活PI3K/Akt信号通路、上调HIF-1α表达来有效调节神经干细胞凋亡相关基因和促进细胞增殖与分化,进而起到神经保护作用,而银杏叶提取物也能通过上调多种细胞因子的释放促进神经干细胞的增殖与分化;姜黄素可以通过Wnt/β-catenin与Notch信号通路来调控神经干细胞的增殖与分化。第三,信号通路的串话(cross-talk)是一些中药发挥促NSCs增殖与分化的重要途径。Notch与GFs信号通路、GFs与PI3K/Akt信号通路、Notch与Wnt/β-catenin信号通路等在调控神经干细胞的过程中相互协调,相互制约,在中药促进神经干细胞增殖或分化中发挥着关键的作用。中药对调控神经干细胞增殖分化信号通路的串话研究有待进一步加深,阐明其多靶点和多途径的作用机制与综合调控作用。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗肌少——骨质疏松症的作用机制＊

目的 利用网络药理学研究黄芪治疗肌少-骨质疏松症的作用机制。方法 首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标、肌少症疾病靶标和骨质疏松症疾病靶标,将肌少症疾病靶标和骨质疏松症疾病靶标取交集,得到肌少-骨质疏松症疾病靶标。将中药靶标与肌少-骨质疏松症疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶标基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果 筛选得到黄芪治疗肌少-骨质疏松症的20个活性成分和10个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与催乳素信号通路、内分泌失调信号通路、雌激素信号通路、乳腺癌信号通路、类风湿性关节炎信号通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等有关。结论 基于网络药理学探讨了黄芪治疗肌少-骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药单体开发提供了理论依据。     

基于网络药理学的麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘作用机制

目的利用网络药理学技术,探索麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的作用机制。方法基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取麻黄、甘草的化学成分及其作用靶点,UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,通过OMIM数据库获取哮喘相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建"中药活性化合物-关键靶标-主要通路"多维网络关系图。结果筛选出115个活性成分,12个作用于小儿哮喘的蛋白靶点;GO富集(P0.01)提示有24个生物过程条目、3个分子功能条目、3个细胞组分条目,KEGG富集29条通路(P0.01),关键靶点包括TNFRSF1A、TNF、IKBKG、TP53、NFKBIA、IKBKB等,关键通路包括细胞凋亡、NF-κB信号通路、TNF信号通路、小细胞肺癌、脂肪细胞因子信号通路、RIG-I样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等。结论该研究通过网络药理学初步揭示了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的多维调控网络,从多角度探索了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的潜在分子机制及药理作用,为其的临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆(vascular dementia,VD)的作用机制。方法采用TCMSP分析平台检索中药活性成分和中药靶点,利用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选肉苁蓉治疗VD的作用靶点,构建蛋白互作网络(PPI),进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的中药-疾病靶点相关的信号通路。结果从肉苁蓉中筛选出4个有效成分,作用于60个血管性痴呆靶点,肉苁蓉治疗VD的核心基因主要有IL6、VEGFA、EGFR、CASP3、MYC、CCND1、FOS、PPARG、AR、RELA、NOS3、ICAM1等。中药-疾病靶点涉及的GO功能主要包括DNA结合转录激活活性、核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA、乙酰胆碱受体活性、泛素蛋白连接酶结合、RNA聚合酶II转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、前列腺癌信号通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、PI3K-Akt信号通路、肝细胞癌信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了肉苁蓉治疗血管性痴呆的分子机制,为中药现代化研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于网络药理学的黄芪-山药药对治疗2型糖尿病作用机制研究

目的采用网络药理学方法探讨黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的作用机制。方法使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪-山药药对活性成分,通过Uniprot数据库获得活性成分可能作用靶点,利用CTD数据库获得2型糖尿病作用靶点,通过基因注释工具Matescape分析黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的分子机制。结果筛选出黄芪-山药药对活性成分26个,预测获得与2型糖尿病相关靶点223个,蛋白相互作用网络筛选出关键靶点41个。黄芪-山药药对治疗2型糖尿病的关键靶点MAPK1、PTGS2、NCOA2、PTGS1主要与细胞增殖、分化、凋亡、炎症等生物学过程有关,可以作用于糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、内分泌耐药性、IL-17信号通路、雌激素信号通路中的关键靶点。结论黄芪-山药药对通过细胞增殖、分化、凋亡、炎症机制对2型糖尿病起到直接或间接治疗作用。     

淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病分子机制的网络药理学及分子对接研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM生物信息学分析工具收集3味中药主要成分及潜在的作用靶点,并将其与阿尔茨海默病(AD)相关基因进行映射,得出3味中药治疗AD的作用靶标,构建蛋白-蛋白相互作用网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG通路富集并构建"重要活性成分-靶标-作用通路"图。将蛋白-蛋白相互作用网络图中排名前5位的靶标及目前已知与AD发病密切相关的四个基因(淀粉样前体蛋白、Tau蛋白、乙酰胆碱酯酶、糖原合成酶激酶-3β)与3味中药主要有效成分进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到77个有效成分,428个靶基因及56个信号通路。分子对接表明3味中药有效成分和靶基因的结合效果与西药去铁胺、盐酸多奈哌齐和靶基因的结合效果相似。系统对接显示中药有效成分与靶基因结合性较好。结论:淫羊藿、黄芪、葛根均有直接治疗AD的作用,且效果与西药类似;治疗的分子机制与钙信号通路、Toll样受体信号通路、mTOR信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制

目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。     

基于网络药理学探讨黄芪对肾小球肾炎的作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾小球肾炎的作用机制.方法:利用TCMSP平台获取黄芪的活性成分及相关的潜在靶点,通过Gene Cards数据库检索有关肾小球肾炎的相关疾病靶点,对中药-疾病靶点取交集,得到黄芪-肾小球肾炎的药效靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建黄芪-肾小球肾炎靶点网络;使用String数据库进行蛋白相互作用网络(PPI)的绘制;借助R语言以及Bioconductor数据库对黄芪治疗肾小球肾炎潜在作用靶点进行GO分子功能分析和KEGG通路分析.结果:筛选得到黄芪的20个有效成分及98个中药-疾病共同靶标,GO分子功能显示黄芪治疗肾小球肾炎主要涉及细胞因子受体结合、核激素受体结合、细胞因子活性、受体配体活性、转录因子活性等方面.KEGG通路分析结果显示,黄芪治疗肾小球肾炎核心靶点主要涉及晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、Toll样受体信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等.结论:黄芪对于肾小球肾炎的治疗作用是多成分-多靶点-多途径的过程,基于网络药理学对此的研究,为临床应用黄芪治疗肾小球肾炎提供了参考价值.     

基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的:运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonaryfibrosis,PF)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肾素-血管紧张素(RAS)通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、微小RNA信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等;参与炎性反应、氧化应激、细胞凋亡和血管新生等多种生物过程。结论:黄芪-水蛭药对通过多成分、多靶点、多通路协调整合地发挥抗PF的作用,为后续细胞和动物实验提供参考。     

基于中药系统药理学方法研究六味地黄丸治疗骨质疏松症的药效成分、作用靶点及作用特点

目的:基于中药系统药理学方法探讨六味地黄丸治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药效成分、作用靶点及作用特点。方法:在中药综合数据库中检索六味地黄丸中的已知化学成分,然后使用中医药分子机制生物信息学分析工具预测六味地黄丸已知化学成分的作用靶点。通过检索DisGeNET数据库和人工阅读文献,查找OP相关靶基因和蛋白,通过与预测得到的作用靶点进行交叠,筛选六味地黄丸治疗OP的作用靶点。利用Cytoscape 3.7软件自带的BiNGO和ClueGO插件,分别对筛选出的靶点进行基因注释和信号通路富集分析。最后选取前期构建的绝经后OP疾病模型中的87个差异表达蛋白(基于血清蛋白质组学筛选的绝经后OP女性与绝经后骨量正常女性的血清差异表达蛋白),与筛选出的六味地黄丸治疗OP的作用靶点进行交叠,筛选六味地黄丸治疗OP的关键靶点,通过分析原始数据,确定相应的中药及其药效成分。结果:通过检索发现六味地黄丸化学成分130个,其中熟地黄化学成分8个、山药化学成分20个、山茱萸化学成分46个、泽泻化学成分21个、牡丹皮化学成分18个、茯苓化学成分21个;茯苓与山茱萸、山茱萸与牡丹皮各含有1个相同化学成分,泽泻与山茱萸含有2个相同化学成分。根据六味地黄丸化学成分共预测到1169个作用靶点,其中君药熟地黄作用靶点42个,臣药山茱萸和山药作用靶点997个,佐药泽泻、牡丹皮和茯苓作用靶点共622个;君药与臣药共有12个共同作用靶点,君药与佐药有14个共同作用靶点,臣药与佐药有472个共同作用靶点,君药、臣药、佐药共有6个共同作用靶点。经检索DisGeNET数据库和人工阅读文献,共检索到OP相关靶点687个,通过与预测到的六味地黄丸作用靶点交叠,共筛选出六味地黄丸治疗OP的作用靶点142个。靶点基因注释发现,六味地黄丸治疗OP的142个作用靶点主要参与了20种生物学过程,分布于8种细胞成分中,具有10种分子功能,其作用涉及骨重建、骨化、血管重塑、软骨发育、肌肉发育、骨骼发育、维生素D代谢、维生素应答、雌激素刺激应答、破骨细胞分化、成骨细胞分化、骨矿化、Wnt信号通路和Samd信号通路等生物学行为的调控。信号通路富集分析发现,119个信号通路被显著富集,破骨细胞分化、NF-κB信号通路和卵巢类固醇生成等24个功能组被显著富集,其中Wnt信号通路和与绝经后OP密切相关的雌激素调控信号通路等在24个功能组中广泛分布。通过将87个差异表达蛋白与筛选出的六味地黄丸治疗OP的作用靶点交叠,筛选出血管紧张素原、载脂蛋白E、Dickkopf相关蛋白3、RAS相关蛋白7a和蛋白质二硫键异构酶共5个关键靶点,对应山茱萸、山药、茯苓的6个药效成分,包括马兜铃酮、α-考绕咖烯、豆甾醇、尿囊素、鞘氨醇A及齿孔醇。结论:六味地黄丸治疗OP的药效成分包括山药、山茱萸和茯苓所含化合物马兜铃酮、α-考绕咖烯、豆甾醇、尿囊素、鞘氨醇A及齿孔醇,主要作用靶点包括血管紧张素原、载脂蛋白E、Dickkopf相关蛋白3、RAS相关蛋白7a和蛋白质二硫键异构酶。六味地黄丸治疗OP具有多靶点、多系统协同作用的特点。     

基于网络药理学原理的黄芪-金银花药对干预急性呼吸窘迫综合征的分子机制研究

[目的]基于网络药理学原理,探讨课题组前期实验有效方益气化瘀解毒方核心药对黄芪-金银花干预急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子通路及作用机制。[方法]应用整合药理学平台对黄芪、金银花化学成分及ARDS疾病候选靶标进行收集,根据结构相似性原理选取相似性分数≥0. 8的所有药物靶标作为"黄芪-金银花"药对的潜在作用靶标,建立药物候选靶标信息数据库,通过该平台的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI)数据库,获得"黄芪-金银花"药对作用的潜在靶标与ARDS疾病靶标之间的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI),通过网络分析,构建"中药-核心成分-关键靶标-主要通路"的可视化网络图,进一步明确中药干预疾病的作用机制。[结果]黄芪-金银花药对共预测得到76个活性成分,其中黄芪化合物成分29个,金银花化合物成分47个。其干预ARDS作用涉及的前100个核心靶标中已知治疗ARDS的直接靶标(known disease target)78个,潜在药物靶标(putative drug target)3个,共同靶标(common target)2个;其干预ARDS的作用涉及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、神经营养因子信号转导通路、细胞生长与死亡等相关生物过程和代谢通路。[结论]黄芪-金银花药对主要活性成分可针对多个靶点、多条通路发挥干预ARDS的作用,其作用与TSC1、NSDHL、GRB2、MYC、MAP2K等关键靶标及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、MAPK信号通路和PI3K-AKT信号通路等有关。     

基于网络药理学探讨缓衰方对慢性肾脏病心肾保护作用的机制

目的：探讨缓衰方对慢性肾脏病（CKD）心肾保护作用的机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缓衰方中5味中药的有效活性成分并获得相应的预测靶点;通过GEO数据库、GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索与CKD和心血管疾病（CVD）相关的靶点,并对药物靶点和疾病靶点进行映射取交集作为缓衰方对CKD患者心肾保护作用的关键靶点。基于String数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,并通过拓扑分析得到缓衰方对CKD患者心肾保护作用的核心靶点,基于autodock软件对缓衰方的活性成分和核心靶点作分子对接,分析成分和靶点的结合能力。并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共得到缓衰方有效活性成分105种,预测靶点135个,得到CKD疾病相关靶点1 436个,CVD疾病相关靶点744个。共得到缓衰方对CKD心肾保护作用的关键靶点53个,拓扑分析得到核心靶点18个,分子对接结果显示缓衰方的11个活性成分和10个核心靶点平均最低结合能为-6.58 kcal/mol,其中豆甾醇、槲皮素与PTGS2靶点蛋白结合能最高。共得到对氧含量的反应、细胞对药物的反应、循环系统中的血管过程等1 275个GO富集结果和低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等76条KEGG信号通路。结论：缓衰方通过多成分、多靶点、多信号通路途径实现对CKD的心肾保护作用。     

基于网络药理学探讨黄芪-当归配伍活性成分改善血管内膜增生的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨肉苁蓉-巴戟天药治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对肉苁蓉-巴戟天药对中活性成分进行筛选，通过GeneCards、OMIM数据库检索股骨头坏死疾病靶点，取得交集基因后使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于生物学信息注释数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共得到肉苁蓉-巴戟天药对的21个活性成分和182个潜在靶点，相关的疾病靶点727个，GO富集分析主要包括细胞凋亡、脂质代谢异常、活性氧反应等功能途径；KEGG通路分析主要包括缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 基于网络药理学初步揭示出肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死多成分、多靶点、多通路的整体调节作用，其作用机制可能与脂质代谢异常、细胞凋亡、缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路密切相关。     

基于网络药理学探究清热解毒与补气养血中药配伍对骨髓炎的分子作用机制

目的:利用网络药理学相关技术探究清热解毒与补气养血中药配伍对骨髓炎的分子作用机制。方法:基于中药数据库获得黄芪、当归、甘草、金银花所含活性成分,并根据活性成分2D结构查找预测靶点,并基于疾病数据库获得骨髓炎相关靶基因,将两组靶基因映射并根据自由度筛选出核心靶点。将核心靶点输入生物信息学相关数据库进行基因可视化分析。结果:筛选出黄芪、当归、甘草、金银花17个活性成分及161个靶基因,寻找出与骨髓炎相关靶基因140个,共映射出关键靶点127个,degree≥23的核心靶点13个。富集出生物过程126个,信号通路42条。结论:AKT1、EGFR、HSP90AA1、SRC等核心靶点协同作用于雌激素、前列腺癌、黏着斑、RAP1等多条信号通路,改善炎症反应,降低体内氧化应激水平,同时通过促进成骨细胞增殖分化、调控血管生成等多方面过程干预骨髓炎进程,为中药组方治疗骨髓炎提供相关理论基础。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗缺血性中风的作用机制

目的:通过构建药物与疾病之间的网络关系探究黄芪对缺血性中风（IS）的治疗机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索黄芪有效活性成分和相关靶点;以“Cerebral Ischemic Stroke”为关键词,在人类基因的综合数据库（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索IS疾病基因靶点;利用Perl脚本分析计算出黄芪-IS之间的共同基因,String网站用来构建黄芪-IS之间蛋白作用关系网络,黄芪-IS交集基因的GO功能富集分析、KEGG通路富集分析则借助R软件完成。结果:从黄芪中筛选出16个有效成分,作用于137个IS疾病靶点,黄芪治疗IS的核心基因主要有AKT1、IL6、VEGFA、CASP3、JUN等。中药-疾病靶点共有144条GO生物学过程,功能主要与细胞活性、特异性DNA的表达和酶反应有关。共获得164条KEGG信号通路,主要包括AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎病毒通路、前列腺癌通路、TNF信号通路、人巨细胞病毒感染通路、膀胱癌通路、胰腺癌通路、丙型肝炎通路、内分泌抵抗通路等。结论:黄芪可通过多成分、多靶点和多通路治疗IS,为临床用药提供科学理论支撑。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学的仙鹤草-鸡血藤治疗原发免疫性血小板减少症的作用机制研究

目的：基于网络药理学方法研究仙鹤草-鸡血藤治疗原发免疫性血小板减少症(ITP)的作用机制。方法：通过TCMSP平台筛选仙鹤草-鸡血藤的活性成分及其对应的靶基因,搜索疾病靶点、仙鹤草-鸡血藤治疗ITP的共同靶标基因,构建仙鹤草-鸡血藤活性成分-ITP靶标基因关系网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：获得仙鹤草-鸡血藤活性成分29种,作用靶点663个,疾病相关靶点1001个,成分-疾病-靶点47个。PPI网络显示,肿瘤坏死因子、白介素-6、白介素-1β、信号转导及转录激活蛋白3等靶点与仙鹤草-鸡血藤治疗ITP的关系最为密切。GO功能富集分析中,生物过程主要集中在对炎症反应、细胞对有机化合物的反应、对脂多糖的反应等;分子功能主要集中在蛋白结合、细胞因子活性、相同的蛋白质结合等;细胞组分主要集中在细胞外间隙、等离子膜外侧、细胞外区域等。KEGG通路富集分析主要包括肿瘤坏死因子信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸-苏氨酸激酶信号通路等。结论：仙鹤草-鸡血藤可通过多靶...