基于网络药理学及分子对接研究健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝的分子作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探讨健脾化浊调脂颗粒(国家专利号ZL 201510430075.8)治疗非酒精性脂肪肝的具体分子机制。方法通过中国知网、TCMSP、BATMAN-TCM 3个数据库对健脾化浊调脂颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集。从DisGeNET数据库中寻找与非酒精性脂肪肝相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝最终作用靶标。将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化。输入DAVID数据库进行KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"活性成分-靶标-作用通路"网络图。将"蛋白-蛋白"互作图中排名前5位靶标蛋白与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果通过网络药理学预测后发现,健脾化浊调脂颗粒中有117个有效成分可用于治疗NAFLD,其中涉及113个靶基因及包括AMPK、PPAR、FOXO、胰岛素抵抗等18个信号通路。通过分子对接发现,5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论从分子对接技术揭示了健脾化浊调脂颗粒有直接治疗非酒精性脂肪肝的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗非酒精性脂肪的分子机制,为后续的研究提供了基础。     

基于网络药理学和分子对接的理肠四方治疗溃疡性结肠炎分子机制的比较研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨理肠四方(白头翁汤、参苓白术散、痛泻要方、乌梅丸)治疗溃疡性结肠炎的分子机制及比较作用。方法:从TCMSP、BATMAN-TCM、DisGeNET数据库中得出理肠四方治疗溃疡性结肠炎的作用靶标,对共有基因构建PPI网络。利用DAVID数据库进行KEGG Pathway富集并构建"活性成分-靶标-作用通路"图。将PPI中排名前5的靶标与君药进行分子对接。结果:网络药理学发现白头翁汤作用该病的靶基因147个,有效成分75个,通路4个。参苓白术散靶基因230个,有效成分306个,通路8个。痛泻要方靶基因193个,有效成分134个,通路28个。乌梅丸靶基因202个,有效成分331个,通路30个,且其作用Toll样受体、NF-κB信号通路最明显。分子对接表明靶标蛋白与君药结合性较好。结论:四方均有治疗溃疡性结肠炎的作用,从分子生物学层面比较乌梅丸效果更好。本研究为后续的研究提供了基础。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学的六味地黄丸治疗高血压作用机制探讨

目的:基于网络药理学探索六味地黄丸治疗高血压的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集六味地黄丸的有效化合物,在PharmMapper数据库中预测化合物可能的靶点,与GeneCards数据库中高血压相关靶点相映射,获得六味地黄丸调节高血压的可能作用靶点;对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建、基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,以揭示六味地黄丸治疗高血压可能的作用机制;运用AutoDock进行分子对接验证。结果:共筛选出六味地黄丸中的69个化合物及269个作用靶点,其中作用于高血压的相关靶点有14个;PPI网络显示,血清白蛋白(ALB)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、表皮生长因子受体(EGFR)、肾素(REN)是4个联系最多的靶点,涉及对胆固醇的反应、血小板活化的负调节等生物过程,作用机制与调控黏附分子表达、破骨细胞分化、FoxO信号通路、肾素-血管紧张素系统等生物学通路有关。结论:六味地黄丸治疗高血压的主要成分有茯苓酸、泽泻醇、芍药苷、谷甾醇、豆甾醇等,ALB、NOS3、EGFR、REN是其主要作用靶点。     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

基于网络药理学和分子对接探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松（OP）相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析（P<0.05）;运用Maestro version 11.5对主要活性成分及靶点蛋白进行分子对接。结果:获得“杜仲-牛膝”药对治疗OP的活性成分共42个和133个有效靶点;获得251条GO生物过程和90条相关信号通路,涉及PI3K-AKT、TNF、Wnt、HIF-1、MAPK信号通路等。结论:“杜仲-牛膝”药对可能通过调控细胞增殖、分化与凋亡、骨代谢来治疗OP,具有多成分、多靶点、多系统的特点,为系统阐明“杜仲-牛膝”药对主要成分治疗OP的分子机制提供了参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT3、VEGFA、IL6、TP53、EGF、AKT1、JUN、MAPK8、EGFR、TNF基因可能起着关键的作用。结论：杜仲叶可能通过减轻氧化应激损伤、抑制破骨细胞形成、促进成骨细胞形成等作用发挥抗骨质疏松作用。     

基于网络药理学和分子对接研究麻黄-五味子药对治疗肺纤维化的作用机制

目的：研究麻黄-五味子药对治疗肺纤维化的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台及文献补充收集麻黄-五味子的化学成分，利用Swiss Target Prediction平台预测成分相关靶标；采用MalaCards、TTD、OMIM及PharmGKB数据库收集肺纤维化相关靶蛋白，并与成分靶标比对，筛选潜在治疗疾病的交集靶标，进行京都基因和基因组数据库代谢通路富集和基因本体论生物功能分析，构建成分-靶标-通路网络。采用分子对接法验证该药对潜在活性成分与核心靶蛋白的相互作用。结果：从麻黄-五味子中共筛选得到62个活性成分对应1 022个靶标；与肺纤维化疾病匹配后得到37个共有靶标，涉及趋化因子受体、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶等靶标，以及肿瘤坏死因子信号通路、缺氧诱导因子1信号通路、松弛素信号通路等相关通路。分子对接结果表明麻黄-五味子药对中的活性成分与关键靶标蛋白具有较强的结合能力。结论：麻黄-五味子药对治疗肺纤维化具有多靶标、多通路协同作用的特点。     

网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的机制研究

目的通过网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及中医整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)获得三仁汤君药(苦杏仁、白蔻仁、薏苡仁)全部化学成分并筛选,结合相关文献筛得主要活性成分。借助Uni Port数据库查询活性成分对应靶标蛋白,Cytoscape3.7.2构建成分-靶点网络。通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络,运用cytoHubba分析关键子网络。CTD数据库对三仁汤君药活性成分靶蛋白进行GO、KEGG富集分析。以三仁汤君药活性成分及洛匹那韦等相关化学药物为配体,通过CB-Dock网站分别与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果三仁汤君药共有39个活性成分,对应有效靶标168个。GO功能富集分析筛得生物学过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)分别为25条、14条及2条。KEGG富集筛得先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号转导(cytokine signaling in immune system)及白介素信号通路(signaling by interleukins)等信号通路,共36条。分子对接提示三仁汤君药活性成分白桦脂酸、枣素及齐墩果酸与SARS-CoV-2 3CL水解酶结合性较好,三者的Vina得分与3CLpro抑制剂洛匹那韦及Rd Rp抑制剂瑞德西韦的得分相近。结论三仁汤君药可能通过调控炎症因子,参与炎症相关信号通路,以多成分、多靶点、多途径参与COVID-19的多种生理过程,对治疗COVID-19发挥一定的干预作用,且其活性成分具有潜在抗SARS-CoV-2的可能性。     

基于网络药理学及分子对接探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎的分子机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎(CP)的分子机制。方法通过查询TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss数据库获取前列舒通胶囊的成分及作用靶点,通过Genecards、OMIM、DisGeNET数据库获取治疗CP的作用靶点,利用R软件获取药物和疾病共有靶点基因,利用String平台对共有基因构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用R软件对共有基因进行GO及KEGG富集分析。利用Cytoscape软件构建"药物—成分—靶点—通路"网络图。利用PyMoL及AutoDock Vina软件进行分子对接。根据预测结果绘制前列舒通胶囊治疗CP的作用机制图。结果筛选后得到前列舒通胶囊有效成分186个,垂钓靶点277个,作用于CP的有效成分133个,靶点108个。与调节氧化应激反应、凋亡信号通路、脂多糖、活性氧代谢、细菌原始分子等相关,涉及NF-κB、IL-17、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。分子对接表明靶标蛋白与药物主要活性成分结合性较好。结论 NF-κB、IL-17、PI3K-Akt及MAPK信号通路可能是前列舒通胶囊治疗CP的主要作用通路。     

基于网络药理学和分子对接研究白花蛇舌草和半枝莲药对治疗宫颈癌的作用机制

目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨金银花-连翘药对治疗川崎病的机制

目的基于网络药理学与分子对接技术探讨“金银花-连翘”（Jinyinhua-Lianqiao,JYH-LQ）药对治疗川 崎病的主要活性成分与潜在分子机制。方法利用TCMSP 数据库筛选“金银花-连翘”药对的主要活性成分及 其作用靶标,其中TCMSP 数据库中没有靶点信息的化合物应用SwissTargetPrediction 数据库进行靶标预测补 充。通过OMIM、DRUGBANK、GeneCards 以及Disgenet 数据库查找与川崎病相关的靶标,建立川崎病相关靶 标数据集,与“金银花-连翘”药对潜在作用靶标取交集。利用STRING 数据库和Cytoscape 软件构建“金银 花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图,并利用Cytoscape 软件的插件 Cytohubba 筛选出PPI 网络中的核心基因。利用DAVID 数据库对“金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标进行 GO 功能和KEGG 通路富集分析。使用Autodock 软件进行分子对接验证。结果“金银花-连翘”药对中共筛选 出42 个主要活性成分,282 个潜在作用靶标。共得到川崎病相关靶标1 127 个,其中75 个川崎病相关靶标是 “金银花-连翘”药对的潜在作用靶标,涉及36 个活性成分。IL-6、TNF、PTGS2 等17 个靶标被进一步筛选为 “金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的PPI 网络图中的核心基因。KEGG 富集分析显示,“金银花-连翘” 药对-川崎病的交集靶标主要富集于TNF 信号通路等,进而构建“金银花-连翘药对-活性成分-川崎病靶标-通 路”网络图。分子对接结果显示,“金银花-连翘”药对的核心活性成分槲皮素、芦丁、山柰酚、汉黄芩素以及 β-胡萝卜素可以对富集于TNF 信号通路中的11 个核心基因（IL-6、TNF、PTGS2、MMP9、AKT1、CASP3、 CCL2、ICAM1、MAPK8、IL-1β 以及MAPK1）发挥调控作用。结论研究结果表明,“金银花-连翘”药对治 疗川崎病具有多成分、多途径、多靶点作用的特点,涉及抗炎、抗血小板等多个作用,为其治疗川崎病的物质 基础和分子机制研究提供了新的线索,也为其临床应用提供了一定的依据。     

基于系统生物学和分子对接探讨益肾固胎颗粒治疗复发性流产的作用机制

目的 基于系统生物学和分子对接探讨益肾固胎颗粒治疗复发性流产(RSA)的作用机制。方法 通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取益肾固胎颗粒有效成分靶基因,以GeneCards和OMIM数据库获取与RSA相关的靶基因,进行韦恩分析,获得疾病-药物交集靶点。利用Cytoscape3.8.2软件及STRING数据库分析药物和疾病相关靶点之间的关系,分别构建D-A-T网络及PPI网络图;将数据上传DAVID数据库,进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用AutoDockTools 1.5.6和PyMOL软件对益肾固胎颗粒主要活性成分及关键靶基因进行分子对接。结果 包含11味中药的益肾固胎颗粒,共检索到161个有效活性成分,1 101个靶点,与RSA的交集靶点346个,涉及的核心靶点10个,主要作用于AGE-RAGE、HCMV、癌症中的蛋白聚糖、PI3K-Akt、TNF、MAPK、IL-17等20条信号通路。分子对接显示,主要有效成分与核心靶点的结合能力好。结论 通过网络药理学揭示出了益肾固胎颗粒通过“多靶点、多通路”治疗RSA的特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于网络药理学的鼻渊通窍颗粒治疗过敏性鼻炎的分子机制研究

目的：通过网络药理学方法筛选鼻渊通窍颗粒化学成分,构建成分-疾病靶点网络,研究其治疗过敏性鼻炎的潜在分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和DrugBank数据库,筛选鼻渊通窍颗粒所含的化学成分,并获取其作用靶点;应用GeneCards数据库,以“Allergic Rhinitis”为关键词检索过敏性鼻炎疾病靶点;获得药物和疾病的共同靶点并导入STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）关系,通过Cytoscape 3.7.2构建PPI网络。使用clusterProfiler进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。以药物网络分子中结合位点较多的槲皮素、芹菜素、山柰酚通过AutoDock软件同PTGS1、PTGS2,以及与过敏性鼻炎密切相关的血清因子IgE抗体进行分子对接。结果：网络药理学研究发现鼻渊通窍颗粒治疗过敏性鼻炎可能的活性成分为槲皮素、芹菜素、山柰酚、熊果酸、迷迭香酸,通过调节PTGS2、PTGS1、CHRM2、ADRB2、NOS2等靶点,调控MAPK、HIF-1、核因子κB、cAMP等信号通路,发挥其抑制炎症的作用。分子对接结果显示,关键成分对PTGS1、PTGS2和IgE抗体具有良好的亲和性。结论：本研究基于网络药理学理论和分子对接技术揭示了鼻渊通窍颗粒以多成分、多靶点、系统调节过敏性鼻炎,为临床药物治疗提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术研究五达颗粒治疗胃肠动力障碍的分子机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术研究分析五达颗粒治疗胃肠动力障碍（Gastrointestinal motility disorder,GMD）的分子机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集五达颗粒有效成分及其作用靶点,GeneCards与OMIM数据库收集胃肠动力障碍相关靶点,Cytoscape软件构建“成分-靶点”网络,STRING数据库构建靶点蛋白PPI网络,所获关键靶点行GO生物功能注释及KEGG通路分析,五达颗粒核心活性成分及胃肠动力障碍关键靶点用AutoDockTools软件行分子对接。结果：“成分-靶点”网络显示五达颗粒核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚;PPI网络显示JUN、IL-6及FOS等蛋白作用显著;GO功能富集为信号转导、炎症反应及免疫反应等;KEGG通路富集在TNF及IL-17等信号通路;分子对接结果显示核心活性成分与关键靶点均有较好的结合活性。结论：五达颗粒治疗GMD的作用机制可能是槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚作用于JUN、IL-6及FOS以调节信号转导、炎症反应及免疫反应。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病分子机制的网络药理学及分子对接研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM生物信息学分析工具收集3味中药主要成分及潜在的作用靶点,并将其与阿尔茨海默病(AD)相关基因进行映射,得出3味中药治疗AD的作用靶标,构建蛋白-蛋白相互作用网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG通路富集并构建"重要活性成分-靶标-作用通路"图。将蛋白-蛋白相互作用网络图中排名前5位的靶标及目前已知与AD发病密切相关的四个基因(淀粉样前体蛋白、Tau蛋白、乙酰胆碱酯酶、糖原合成酶激酶-3β)与3味中药主要有效成分进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到77个有效成分,428个靶基因及56个信号通路。分子对接表明3味中药有效成分和靶基因的结合效果与西药去铁胺、盐酸多奈哌齐和靶基因的结合效果相似。系统对接显示中药有效成分与靶基因结合性较好。结论:淫羊藿、黄芪、葛根均有直接治疗AD的作用,且效果与西药类似;治疗的分子机制与钙信号通路、Toll样受体信号通路、mTOR信号通路等相关。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络数据库（STRING）构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等相关靶点起到治疗寻常型银屑病的功效,本研究初步揭示了土茯苓治疗寻常银屑病的潜在活性化合物与可能作用机制。