浙江省人感染H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

目的分析浙江省2013年4月初一例人感染甲型H7N9禽流感患者的病原学和基因组序列特征.方法提取患者标本的病毒RNA并用荧光定量RT-PCR方法检测,一步法RT-PCR扩增H7N9禽流感病毒基因组的8个片段,测序并拼接出基因组序列.下载目前已经公布的H7N9禽流感病毒和其他H7、N9亚型的病毒的HA和NA序列,采用Mega 5.1软件对其进行序列比对并构建进化树.根据测序的结果分析该例H7N9禽流感病毒的序列变异情况.结果该患者标本甲型流感、H7亚型和N9亚型均为阳性,通过扩增基因组各片段并进行测序.对血凝素和神经氨酸酶基因进行比对和进化树构建,结果显示该H7N9病毒HA基因与A/duck/Zhejiang/12/2011(H7N3)的亲缘关系最近,NA基因与A/wild bird/Korea/A14/2011 (H7N9)的亲缘关系最近.编码内部蛋白的6个基因均与中国大陆近两年的H9N2毒株最为相似.该标本的病毒HA蛋白发生了Q226L突变,而与已经公布的人感染H7N9禽流感毒株均不一致的是PB2未发生E627K突变.结论从该份临床标本完成了检测和基因组各片段的扩增与测序.该病毒与已报道的人感染H7N9禽流感病毒同源性高,存在Q226L等重要位点的突变,但PB2未发生E627K突变.     

广西南宁市一起家庭聚集性人感染H7N9禽流感疫情的调查

目的 探讨南宁市一起人感染H7N9禽流感的传播模式。方法 应用现场流行病学方法调查2例病例及其82名密切接触者, 对采集的相关标本进行H7N9禽流感病毒核酸检测和病毒分离, 并分析基因序列和进化树同源性。结果 病例A在最后一次暴露于广东中山市活禽市场后4 d于当地发病, 并在发病后第2天返回广西南宁市横县家中。病例B(病例A之子, 5岁)无明确禽类接触史, 但与病例A同居一室密切接触, 4 d后发病。从2例中均分离出H7N9禽流感病毒, 2株病毒基因序列和系统进化树分析具有高度同源性, 且关系最近。指示病例(病例A)的其他81名密切接触者未出现人感染H7N9禽流感病毒症状。结论 二代病例(病例B)可能在无防护情况下密切接触指示病例而感染, 提示H7N9禽流感病毒可通过人-人传播, 但其传染力有限且非持续性。     

安徽省2株人感染H9N2流感病毒基因特征

目的 分析2015年安徽省2株人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法 对安徽省2015年4月和9月流感监测网络实验室先后发现并确诊的2例H9N2禽流感病毒感染病例及其病毒分离株全基因组序列进行分析,使用Mega 6.0等软件解析2株H9N2毒株全基因组特征。结果 安徽省首次报道人感染H9N2禽流感病毒病例,对病毒分离株分析显示,其HA和NA基因与中国2013年禽间流行的H9N2病毒高度同源,属于A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)支系;而PB2和MP基因属于A/quail/Hong Kong/G1/97支系,与H7N9、H10N8和H6N2具有较高的相似度。氨基酸序列比对发现该2株病毒出现多个人易感倾向位点分子特征:HA蛋白发生Q226L、H183N和E190T突变,且HA裂解位点为PSRSSR\GL排列,NA蛋白茎部发生63~65位氨基酸缺失,M2蛋白S31N突变,以及PA-100A、PA-356R和PA-409N。结论 安徽省首次报道的人感染禽源H9N2流感病毒为H9N2系间重配病毒,存在多个人易感位点。     

长沙市家禽市场环境中H5N1亚型禽流感病毒传播风险研究

目的 对长沙市家禽市场职业暴露人群进行禽流感病毒（AIV）H5N1亚型抗体水平和环境AIV核酸检测,并对环境中AIV H5N1亚型的血凝素（HA）基因进行测序分析。方法 抽取长沙市1个区和1个县,各选择2个城区或乡镇家禽市场进行职业暴露人群H5N1抗体和环境AIV核酸检测。利用单放射免疫扩散溶血实验（SRH）对102份家禽市场职业暴露人员血清标本进行H5N1抗体检测,real-time PCR方法检测160份家禽市场环境标本（污水、禽类粪便、羽毛和禽类笼具表面涂抹标本）AIV核酸,对4份污水H5N1亚型AIV核酸阳性标本进行HA基因RT-PCR扩增和TA克隆测序,测序结果利用Lasergene和Mega 5.0软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果AIVH5N1抗体监测结果显示,家禽市场职业暴露人群血清H5N1抗体阳性率为25.5%（26/102）,其中乡镇和城区家禽市场职业暴露人群阳性率分别为50.0%（9/18）和25.4%（17/67）,乡镇家禽市场职业暴露人群阳性率高于城区。长沙市家禽市场环境中H5亚型AIV核酸阳性率为31.3%（50/160）,其中乡镇家禽市场阳性率为37.3%（31/83）,高于城区家禽市场24.7%（19/77）;不同标本H5亚型AIV核酸阳性率不同：污水（50.0%,24/48）、羽毛（44.5%,4/9）、禽类粪便（29.8%,14/47）和禽类笼具表面涂抹（14.3%,8/56）;差异均有统计学意义（P＜0.01）。TA克隆测序得到4个AIVH5N1亚型HA基因序列,进化树显示4个AIVH5N1亚型HA基因与中国内地和香港禽来源的AIV分离株为同一分组,属于欧亚分支;4个AIV H5N1亚型HA基因受体结合位点氨基酸序列仍然为禽源（QSG）、HA1和HA2蛋白之间连接肽为多个碱性氨基酸序列（RERRRKK或RERRGKK）,与入源AIV H5N1亚型具有相同的受体结合位点和高致病性的分子特征。结论 长沙市家禽市场环境中存在较多数量的AIVH5N1亚型,是导致职业暴露人群抗体阳性率达25.5%的原因之一;环境中存在的AIVH5N1亚型HA基因表现出来的高致病性分子特征,增加了家禽市场环境中发生AIV传播的风险。     

中国大陆地区438例人感染H7N9禽流感空间聚集性分析

目的 了解中国大陆438例人感染H7N9禽流感空间分布特征及发展趋势。方法 建立438例人感染H7N9禽流感发病数据库(2013年2月至2014年5月),利用ArcGIS 10.0软件对疫情分布进行趋势及空间自相关分析,应用SPSS 16.0软件分析人口学特征。结果 2013年6月至2014年5月中国大陆人感染H7N9禽流感总体呈增长趋势,但上海地区病例明显减少;建立的趋势面分析显示其发病由北向南呈明显上升趋势,自西向东直线斜率有所减小。2013年2－5月省级水平和2013年6月至2014年5月市级水平的全局Moran''s I值分别为0.144 718、0.117 468(P<0.05),差异有统计学意义。由局部Moran''s I和热点分析显示浙江省北部、广东省南部是人感染H7N9禽流感发病的主要高聚集区域(Z>2.58)。结论 2013年2月至2014年5月中国大陆地区人感染H7N9禽流感疫情表现为省级水平空间聚集性下降,但地市级水平的空间聚集性和局部热点数量有所增加,应根据空间分布相关特点,科学制定防控疫情传播的措施。     

浙江省6例人感染H7N9禽流感确诊病例的临床与流行病学特征分析

目的分析2013年4月浙江省人感染H7N9禽流感确诊病例的临床与流行病学特征,探讨其临床特征、感染重点地区和人群及危险因素。方法采用实时荧光定量PCR检测病例和密切接触者咽拭子H7N9禽流感病毒核酸;采用流行病学个案调查与描述性流行病学相结合方法,收集与分析6例确诊病例的临床与流行病学相关资料;采用SPSS 17．0软件进行统计分析。结果6例人感染H7N9禽流感确诊病例主要分布在杭州和湖州地区,平均年龄60．83(M=64．50)岁,男性多于女性(5：1);咳嗽常为首发症状,主要临床表现有发热、头晕、肌肉酸痛、咳嗽、咳痰以及气促、呼吸困难等,胸部影像学均显示严重肺炎,大部分病例(5／6)有慢性基础性疾病。所有病例均无病(死)禽暴露史,但有高频度农贸市场暴露史,其暴露的农贸市场外环境标本H7N9禽流感病毒核酸阳性率达43．21％。6例病例的375名密切接触者中有32人(8．53％)出现异常症状,但咽拭子H7N9禽流感病毒核酸检测均为阴性。结论人感染H7N9禽流感以急性呼吸系统损害为主要I临床表现;老年男性,特别是有慢性基础性疾病者是浙江省人感染H7N9禽流感病例的危险人群,其感染来源可能与禽类暴露有关,暂无充分证据支持病毒的人际传播。     

甘肃省人感染和外环境来源的H9N2禽流感病毒基因特征分析

目的 分析甘肃省发现的人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法 对甘肃省2016年流感样病例中发现并确诊的1例人感染H9N2禽流感病毒病例进行病原学分析,并使用MEGA 7.0等软件解析该毒株全基因组特征。结果 该毒株HA、NA、MP、NP、NS、PA、PB1和PB2各个基因片段与甘肃省2014-2019年外环境中分离获得的H9N2禽流感病毒各基因片段高度相似,且均>90%;其HA基因属于BJ/94-like支系,PB2和MP属于G1/97-like支系,PB1、PA、NS和NP基因属于F/98-like支系,MP和PB2与H7N9、H10N8和H5N6亲缘关系较近;氨基酸序列比对发现HA裂解位点呈PSRSSR↓GLF排列,发生H183N和Q226L突变,有7个HA糖基化位点;NA茎部62～64位均缺失ITE 3个氨基酸;M2-31N、NS1-42S、PA-356R和PA-409N突变。结论 人感染H9N2禽流感病毒为偶发感染,但甘肃省外环境中分离的H9N2禽流感病毒具有一系列哺乳动物适应性分子标记,提示人群感染风险较高,需多部门加强监测,共同应对流感大流行。     

中国2013-2017年人感染H7N9禽流感的流行病学特征

目的 对我国人感染H7N9禽流感的流行病学特点进行分析，为H7N9禽流感的预防控制提供依据。方法 以2013年3月至2017年4月公开发表的人感染H7N9禽流感数据为对象，利用Excel 2007软件对数据进行统计学分析，描述其三间分布、暴露史及聚集性。结果 中国共确诊人感染H7N9禽流感病例1 416例，死亡559例，病死率为39.5%，2016年病例最少（127例），病死率最高（57.5%）；报告病例前三位的省份主要是浙江、广东、江苏；发病年龄M＝55岁，男女性别比为2.3∶1，男性病例远多于女性。66%的病例在发病前确定有活禽相关暴露史，31%的病例暴露情况不详，仅有3%的病例无相关活禽暴露史。共发生35起家庭聚集性病例，共涉及72例病例，占总发病例数的5%。结论 H7N9禽流感疫情有较明显的季节分布及区域分布特点；存在有限的家庭聚集性；感染病例多与禽类接触有关。     

上海市2006-2016年戊型病毒性肝炎的时空分布特征分析

目的 分析2006－2016年上海市戊型病毒性肝炎（戊肝）空间聚集性和时空分布特征,为戊肝防控工作提供依据。方法 戊肝发病数据和医疗机构诊疗信息来源于中国疾病预防控制信息系统。地理信息数据来源于上海市测绘院提供,地图比例为1∶750 000。采用ArcGIS 10.1软件对戊肝发病数据的空间聚集性进行全局和局部自相关分析,采用SaTScan 9.4.4软件对戊肝发病数据的时空聚集性进行时空扫描分析。结果 2006－2016年上海市累计报告戊肝病例6 048例,年均发病率为2.14/10万。空间自相关分析显示,戊肝发病率存在空间正相关,“高-高”聚集区域主要位于上海市中心城区,发病率存在明显的时空聚集性特征。结论 掌握2006－2016年上海市戊肝发病数据的空间分布特点、时空聚集区域等时空分布特征,对于合理配置公共卫生资源、有效预防和控制戊肝,有重要的公共卫生学意义。     

甘肃省流感季节性流行特征及病原变迁研究

目的 分析甘肃省流感季节性流行特征,为制定适宜的科学防控措施,优化流感疫苗预防接种指导意见提供依据。方法 收集2010年第1周至2016年第40周甘肃省分周流感病原学监测数据, χ²检验比较不同季节流感病毒核酸检测阳性率及病原型别构成,并用时间序列季节性分解方法分析流感病毒总阳性率及各型别阳性率的季节性流行特征。结果 共检测标本59 791份,流感病毒核酸阳性8 501份,阳性率14.22%,病毒型别以A（H1N1）pdm09型、A（H3N2）型和B型为主,占所有阳性标本的98.76%。不同季节流感病毒阳性率分别为春季15.12%、夏季0.98%、秋季4.02%、冬季24.26%。不同季节病毒型别构成,秋冬季以A（H3N2）型居多,春季以B型为主。甘肃省季节性流感呈典型的单峰型分布,流行高峰多出现在12月至次年1月,高峰起始时间以A（H3N2）型最早,其次是A（H1N1）pdm09型,B型最晚。结论 流感季节性流行高峰出现时间、持续时间与主要优势株的型别构成有关。甘肃省流感疫苗接种时间应为每年10月份,以便在流行期提供有效保护。     

基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

目的 利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法 对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果 系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论 本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。     

长沙市1例人感染H3N8禽流感病例的流行病学调查和病原学分析

目的 了解人感染H3N8禽流感病例的流行病学特征和临床特征及其病原的分子生物学特征，为人感染H3N8禽流感防控提供科学依据。方法 采用流行病学调查方法对长沙市2022年5月1例人感染H3N8禽流感病例的可疑暴露史、感染途径、发病及就诊经过，以及密切接触者、可疑暴露者等涉疫重点人员进行现场调查，并进行描述性分析；采用核酸检测和基因测序技术，进行病原学检测和基因特征分析。结果 病例发病前6 d有活禽交易市场暴露史，在活禽交易市场、活禽来源批发市场均检测出禽流感H3、N8亚型阳性。深度基因测序显示，病毒对哺乳动物发生适应性突变，对烷胺类药物敏感性降低，未检测到神经氨酸酶抑制剂类药物和聚合酶抑制剂类药物相关的耐药性突变。结论 病例暴露于被H3N8禽流感病毒污染的活禽交易市场环境而感染，未发现人际间传播。     

2013 - 2017年山东省人感染H7N9禽流感流行特征分析

目的 分析山东省2013 - 2017年人感染H7N9禽流感流行特征和外环境应急监测结果,探讨影响人感染H7N9禽流感疫情传播的因素。方法 收集2013 - 2017年确诊的人感染H7N9禽流感病例的流行病学和外环境应急监测资料进行描述性研究。结果 研究期间,山东省共报告29例人感染H7N9禽流感病例,死亡12例,病死率41.38%。病例以冬春季节高发,病例年龄中位数为55岁,男女比例为6.25∶1,86.21%的病例有活禽或者活禽市场接触史,活禽市场外环境标本检测阳性率为9.30%。结论 山东省人感染H7N9禽流感冬春季高发,病例呈现高度散发状态,病毒具有一定人传人能力,禽类和活禽市场接触是主要的感染途径,职业人群和农村地区病例有所增多。     

一起无防护禽肉加工引起人感染H7N9禽流感病毒的流行病学调查

目的 分析1例人感染高致病性H7N9禽流感病例的感染模式及病原变异情况,为禽流感防控提供依据。方法 采用流行病学方法调查病例可疑暴露史及感染途径,追踪调查病例病情进展;使用核酸检测、病毒分离、基因测序及进化分析等技术对采集的相关标本展开病原学分析。结果 病例无活禽接触史,发病前一周在狭小通风不畅厨房内不带手套加工烹饪光鸡;病例下呼吸道提取物、病家剩余冷冻光鸡表面涂抹标本、活禽来源市场环境标本均检出高度同源的H7N9禽流感病毒,且均在HA基因的裂解位点出现多个碱性氨基酸（PEVPKRKRTAR/GL）插入的突变。结论 无防护禽肉操作是"禽-人"传播模式下的重要感染方式之一,现行的活禽限售区防控措施效果有限,应尽快推进规模化标准养殖,实现活禽全城限售、集中屠宰、冰鲜上市。     

河南省首例人感染H7N9禽流感病例的流行病学调查

[目的]通过对1例人感染H7N9禽流感病毒患者的调查分析,为人感染H7N9禽流感的科学防控提供依据。[方法]采用流行病学调查方法,调查病例的发病经过、可能的感染来源、传播途径及暴露因素等,医学观察患者的密切接触者,同时对患者进行临床诊治、实验室检测。[结果]确诊1例人感染HTN9禽流感病毒,经救治后痊愈出院。患者有明确的活禽接触史,咽拭子检测H7N9禽流感病毒核酸阳性。患者的密切接触者中均未发现异常临床表现。通过扩大监测流感病例160例和职业人群858例,均未发现H7N9禽流感病毒核酸阳性。当地活禽交易市场鸡咽拭子标本检出2份H7N9禽流感病毒核酸阳性,阳性鸡来源于外省。[结论]活禽暴露是人感染H7N9禽流感病毒的关键风险因素,暂无证据人传人,未发现人群隐性感染和轻症病例。仍需开展扩大监测和流行病学调查,以完善对感染谱的认识。     

泰州市人感染H7N9禽流感疫情及相关因素分析

目的 了解2015—2018年近四年来泰州市人感染禽流感疫情的流行病学特征,为今后防控人感染禽流感提供参考。 方法 以近四年来泰州市人感染H7N9禽流感疫情及禽、环境监测数据为基础,分析禽流感疫情与禽、环境病毒分布的关系。 结果 研究期间泰州市共报告人感染H7N9禽流感18例,发病日期分布于2016年12月—2017年3月。禽、环境监测样本1 488份,发现阳性120份,其中H7N9病毒核酸阳性32份。疫情由南向北、呈现以人口密集区域为中心向周边扩散的趋势。 统计学分析病例数与禽、环境监测H7N9标本阳性率相关性未显示统计学意义(r=0.738,P>0.05)。病例咽拭子H7N9禽流感核酸检测阳性,在病例暴露的活禽交易场所环境样本中检出H7N9禽流感病毒核酸阳性,121名密切接触者核酸检测阴性。 结论 疫情冬春季节高发,禽、环境监测H7N9病毒核酸阳性的地区更易出现疫情,活禽交易可能是疫情传播与扩散的主要途径,疫情与禽、环境阳性监测结果趋势一致。