梅毒螺旋体荧光定量PCR检测方法的建立和初步临床应用

目的 建立一种利用MGB-Taqman探针的快速、灵敏、特异、准确定量检测梅毒螺旋体的方法。方法选择梅毒螺旋体的基因组的保守区域，设计合成引物和MGB-Taqman探针，构建质粒标准品pMD18-T-TP．优化定量PCR反应体系，并进行方法学评价。结果1）成功构建了重组质粒pMD18-T-TP。2）建立了利用MGB-Taqman探针的荧光定量PCR方法，其线性范围：10^1～10^10％opies／μl；灵敏度：10copies／μl；重复性：批内CV为2．02％，批间CV为2．83％，日间CV为4．23％；特异性：100％。3）初步临床应用证明：该方法比血清学检测方法灵敏度更高，假阳性率低。结论利用MGB-Taqman探针定量检测梅毒螺旋体的方法灵敏度高，特异性高，操作简便，适合临床检验诊断的要求。     

新型二聚体蝎型探针技术在结核分枝杆菌荧光定量聚合酶链反应中的应用

目的利用二聚体蝎型荧光探针技术，建立一种敏感特异、快速价廉且能广泛应用的结核分枝杆菌DNA荧光定量聚合酶链反应（PCR）检测方法。方法构建重组质粒pMD18-T-senX3-regX3 IR作为标准品，自行设计二聚体蝎型探针，优化定量PCR体系，并进行方法学评价及初步临床应用。结果（1）成功构建了重组质粒pMD18-T-senX3-regX3IR。（2）建立了利用二聚体蝎型荧光探针的荧光定量PCR方法，其线性范围：10^1～10^7拷贝／μ1；灵敏度：10^1拷贝／μ1；重复性：批内变异系数（CV）为2．35％，批间CV为3．17％，日间CV为4．06％；特异性100％；（3）初步临床应用证明：该方法比商品化Taqman方法阳性检出率更高，检测时间更短和成本也明显降低。结论本研究首次建立了以二聚体蝎型荧光探针技术为平台的结核分枝杆菌荧光定量聚合酶链反应（FQ-PCR）方法，这为应用二聚体蝎型荧光探针技术开辟检测结核分枝杆菌的分子诊断新途径奠定了一定的基础。     

自身猝灭探针定量PCR检测HCV方法的建立

目的 建立自身猝灭荧光探针定量PCR技术检测HCV方法.方法 构建重组质粒pMD18-T-HCV5'NCR作为标准品,并通过Sigma在线软件设计自身猝灭探针,优化定量PCR体系,并进行方法学评价.结果 建立了自身猝灭荧光探针的定量PCR方法,线性为101～1010copies/μl;灵敏度达50 copies/μl;批内CV为6.1%,批间CV为6.5%,日间CV为6.8%;特异性为100%,与其他肝炎病毒无交叉反应.与紫外定量方法比较,结果差异无显著性,且高度相关.结论 以自身猝灭荧光探针建立的HCV荧光定量PCR检测方法,灵敏度高、特异性强,为新型试剂盒的开发奠定了基础.     

自身淬灭荧光定量PCR检测慢性粒细胞白血病bcr/abl mRNA

目的利用自身淬灭探针技术建立一种能检测慢性粒细胞白血病（CML）bcr／abl融合基因mRNA的实时荧光定量PCR方法，为CML的诊断、疗效观察以及微量残留白血病（MRD）的监测提供有效手段。方法用逆转录PCR方法（RT—PCR）扩增K562细胞的bcr／abl融合基因，A-T克隆法构建定量标准模板；设计自身淬灭荧光引物（探针），建立自身淬灭荧光定量逆转录PCR方法（FQ—RT—PCR），并对该方法的线性检测范围、灵敏度、重复性、稳定性进行检测；然后检测临床白血病患者骨髓标本bcr／abl mRNA。结果建立的FQ—RT—PCR方法可检测10copies／μl的bcr／abl重组质粒，并能从10^5个正常细胞中检出1个白血病细胞，该方法的批内、批间变异系数（CV）分别为2．1％、6．1％，线性检测范围为10^2-10^9copies／μl。25例CML患者bcr／abl融合基因mRNA表达量中位数为4．50×10^4[（0．45—89．00）×10^4]copies／μg RNA，其中11例慢性期初诊患者bcr／abl mRNA表达量中位数为5．45×10^4[（2．95—19．30）×10^4]copies／μg RNA，6例急变期患者bcr／abl mRNA表达量中位数为13．00×10^4[（4．10～89．00）×10^4]copies／μg RNA，8例慢性期治疗后复查患者bcr／abl mRNA表达量中位数为2．35×10^4[（0．45—5．12）×10^4]copies／μg RNA，CML急变期患者bcr／abl融合基因表达水平与慢性期患者之间差异有统计学意义（q=3．41，P〈0．05）。PCR产物经电泳分析，其中21例CML患者为b3a2型，4例CML患者为b2a2型；3例急性淋巴细胞白血病（ALL）患者中，1例有bcr／abl mRNA表达，为b2a2型。结论所建立的基于自身淬灭探针技术的实时荧光定量PCR检测方法灵敏、特异、重复性好，结果用拷贝数表示，准确可靠，利于标准统一。可广泛用于CML的诊断、疗效观察以及MRD的监测。     

一种快速检测HBV基因的荧光定量PCR法的建立

目的：利用二聚体蝎型荧光探针技术,建立一种能用于临床的快捷、敏感、特异、价格低廉的HBV实时荧光定量PCR检测方法。方法：根据HBV基因组保守区域precore／core设计二聚体蝎型荧光探针和引物,构建质粒标准品,优化荧光定量PCR条件,并进行方法学评价。结果：所建方法的检测范围为10^1～10^8 copies／μl,灵敏度达到10copies／μl,低拷贝样品的批内和日间重复性（CV）分别为1．71％和2．57％,高拷贝样品的批内和日间GV,分别为3．00％和3．86％。与商品化TaqMan试剂盒相比,本法阳性检出率较高,且检测时间缩短了45min（约减少1／3）,成本降低50％。结论：成功建立了快速检测HBVDNA的二聚体蝎型荧光定量PCR方法,为研发适合临床应用的HBV基因定量检测试剂盒奠定了基础。     

梅毒螺旋体荧光定量PCR检测方法的建立和初步临床应用

目的建立一种利用MGB-Taqman探针的快速、灵敏、特异、准确定量检测梅毒螺旋体的方法.方法选择梅毒螺旋体的基因组的保守区域,设计合成引物和MGB-Taqman探针,构建质粒标准品pMD18-T-TP,优化定量PCR反应体系,并进行方法学评价.结果1)成功构建了重组质粒pMD18-T-TP.2)建立了利用MGB-Taqman探针的荧光定量PCR方法,其线性范围:101～1010copies/μl;灵敏度:10copies/μl;重复性:批内CV为2.02%,批间CV为2.83%,日间CV为4.23%;特异性:100%.3)初步临床应用证明:该方法比血清学检测方法灵敏度更高,假阳性率低.结论利用MGB-Taqman探针定量检测梅毒螺旋体的方法灵敏度高,特异性高,操作简便,适合临床检验诊断的要求.     

实时荧光定量聚合酶链反应技术检测解脲脲原体生物群的研究

目的建立解脲脲原体生物群Taqman荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测方法。方法根据解脲脲原体生物群MBA基因差异,分别设计并合成引物和探针。优化引物和探针浓度及试验条件,并进行试验的灵敏度、特异性和重复性评价。结果生物1群最适缓冲体系:25μL反应体系中包含2.5U Taq酶,Mg2+2.5mmol/L,上、下游引物0.1pmol/L,TaqMan探针0.2pmol/L,模板DNA 2μL。生物2群最适缓冲体系:25μL反应体系中包含2.5UTaq酶,Mg2+2.5mmol/L,上、下游引物0.2pmol/L,TaqMan探针0.3pmol/L,模板DNA2μL。PCR反应条件:95℃2min;95℃10s;55℃(检测荧光信号)20s,循环40次。该方法线性范围在1.0×102～8 copy/mL之间,检测限达到100～200copy/mL,特异性达到100%,CV值为2.5%。结论 本研究建立的TaqMan荧光PCR检测解脲脲原体生物群线性范围宽、灵敏度高、特异性及重复性好,能够快速进行解脲脲原体生物群检测。     

应用荧光探针定量PCR检测生殖道沙眼衣原体和解脲脲原体

目的 了解淋病奈瑟菌性尿道炎(GU)和非淋病奈瑟菌性尿道炎(NGU)患者同时感染沙眼衣原体(Ct)和解脲脲原体(Uu)的状况。方法 应用荧光探针定量聚合酶链反应(PCR)对198例NGU患者和102例GU患者分别进行Ct和Uu检测。结果 NGU患者Ct、Uu的感染率分别为27．3％、18．2％，二者均感染的为8．1％；GU患者Ct、Uu的感染率分别为44．1％、38．2％，二者均感染的为15．7％。结论 GU患者中伴Ct、Uu感染的比NGU患者更多见。     

SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测生存素基因的方法建立及条件优化

目的建立SYBRGreenⅠ染料实时定量PCR检测生存素（Survivin）基因定量的方法。方法根据PCR产物荧光强度、循环阈值（Ct值）、标准曲线斜率、相关系数和熔解曲线优化反应体系中各组分的量及反应条件，对引物二聚体消除策略和Ct值获取方式进行评价。并用该方法检测43份胃癌组织Survivin基因扩增情况。结果SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR体系扩增Survivin的最佳组成和条件是：Taq酶2．5U／100μl、MsCl2 2mmol／L、引物浓度0．2μmol／L和退火温度58℃；在PCR循环延伸结束后设置1个低于特异产物退火温度值2℃的荧光读取温度，能有效消除引物二聚体对定量检测的影响；以二次倒数最大值方式确定Ct值，能避免主观因素所致误差。研究建立的SYBRGreenⅠ染料实时定量PCR检测Survivin基因含量方法的灵敏度为10拷贝／μl，线性范围10^1～10^4拷贝μl（r=0．9997），批内变异系数（CV）1．13％-1．91％，批间CV3．31％-4．50％；胃癌组织中Sttrvivin基因扩增率为13．9％（6／43）。结论优化后的SYBRGreenI实时定量PCR方法具有方便、经济、灵敏度高和重复好等特性，可用于Survivin基因含量分析。     

EV71-CA16肠道病毒荧光定量RT-PCR诊断试剂盒的研制

目的研制一种能同时检测EV71,CA16肠道病毒的二联实时荧光定量PCR检测试剂盒,主要用于EV71,CA16肠道病毒的快速检测和流行病学监测。方法设计特异度的EV71型、CA16型基因的引物和探针,优化实时荧光定量PCR检测体系,并研究产品的灵敏度、精密度、稳定性和检测线性范围;同时对2014年5月份收集的26份样品进行检测。结果试验得到了阳性重组质粒,线性范围在5*102 copies/μl～105 copies/μl,该范围内检测结果良好;优化后肠道病毒CA16上下游引物和探针浓度分别为0.48,0.24μmol/L,EV71上下游引物和探针浓度分别为0．40,0.20 μmol/L。敏感度达到500 copies/μl,重复性变异系数CV≤5％;该荧光定量PCR检测试剂盒稳定性强,在-20℃下可以保存一年,对EV71,CA16肠道病毒具有良好的特异度。用该方法检测20份临床阳性样品和6份阴性样品,阳性检出率为100％(20/20),阴性检出率为100％(6/6)。结论试验建立的EV71,CA16肠道病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法可用于EV71,CA16肠道病毒的临床诊断。     

实时荧光定量聚合酶链反应检测血清2型猪链球菌的研究

目的 基于TaqMan-MGB探针实时荧光定量聚合酶链反应(Real.time PCR)技术,建立针对血清2型猪链球菌的快速检测方法.方法 针对血清2型猪链球菌的csp2J基因序列,应用Beacon Designer 7.0,设计了引物和TaqMan-MGB探针,建立Real-time PCR检测方法;把目的 片段克隆...     

新型二聚体突变荧光引物定量检测沙眼衣原体

目的 以二聚体突变荧光引物技术为基础建立对沙眼衣原体进行定量检测的新方法.方法 以沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)基因构建重组质粒作为DNA标准品,设计二聚体突变荧光引物,优化定量PCR体系并进行性能评价;同时对148例临床生殖道标本进行检测.结果 建立的二聚体突变荧光引物的定量PCR方法,其线性范围为101～109...     

Application of self-quenched JH consensus primers for real-time quantitative PCR of IGH gene to minimal residual disease evaluation in multiple myeloma

Monitoring multiple myeloma patients for relapse requires sensitive methods to measure minimal residual disease and to establish a more precise prognosis. The present study aimed to standardize a real-time quantitative polymerase chain reaction (PCR) test for the IgH gene with a JH consensus self-quenched fluorescence reverse primer and a VDJH or DJH allele-specific sense primer (self-quenched PCR). This method was compared with allele-specific real-time quantitative PCR test for the IgH gene using a TaqMan probe and a JH consensus primer (TaqMan PCR). We studied nine multiple myeloma patients from the Spanish group treated with the MM2000 therapeutic protocol. Self-quenched PCR demonstrated sensitivity of >or=10(-4) or 16 genomes in most cases, efficiency was 1.71 to 2.14, and intra-assay and interassay reproducibilities were 1.18 and 0.75%, respectively. Sensitivity, efficiency, and residual disease detection were similar with both PCR methods. TaqMan PCR failed in one case because of a mutation in the JH primer binding site, and self-quenched PCR worked well in this case. In conclusion, self-quenched PCR is a sensitive and reproducible method for quantifying residual disease in multiple myeloma patients; it yields similar results to TaqMan PCR and may be more effective than the latter when somatic mutations are present in the JH intronic primer binding site.     

空肠弯曲菌 TaqMan-MGB双重探针实时荧光定量 PCR快速检测

目的　开发一种特异、灵敏的TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 方法,用于空肠弯曲菌的快速定量检 测。方法　针对空肠弯曲菌鞭毛蛋白A 和马尿酸酶基因设计特异性引物和探针,建立一种新型TaqMan-MGB 双重探针 实时荧光定量PCR 检测空肠弯曲菌方法,对该方法的定量检测线性范围、特异度、灵敏度、重复性、稳定性进行评价, 应用该方法对临床标本中的空肠弯曲菌进行检测,同时用细菌培养、普通PCR、基因克隆和测序鉴定。结果　建立的 空肠弯曲菌TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 检测方法专属性强,能准确检出空肠弯曲菌,而与其他细菌无交 叉反应,特异度为100%。该技术灵敏度高,能精确定量检测空肠弯曲菌DNA 线性范围达10 个数量级,最低检测限为 4 个菌落形成单位。重复性和稳定性良好,组内和组间相对标准偏差均小于1%。应用该方法成功从78 例临床标本中定 量检出28 例空肠弯曲菌阳性标本,用普通PCR 和基因克隆测序分析确认,细菌培养方法仅获得6 株存活的空肠弯曲菌。 结论　TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 具有快速简便、可靠稳定、特异灵敏的优点,可用于临床标本中空肠 弯曲菌定量检测,值得推广应用。     

实时荧光PCR技术检测登革病毒的研究

目的：建立登革病毒的荧光定量PCR检测技术。方法：针对1-4型登革病毒3′端非编码区的一段高度保守序列设计引物和探针,建立登革病毒实时荧光PCR检测方法及定量的检测方法。并对10例ELISA法检测为登革病毒阳性的病例,取其发热1-2天的临床血清标本进行荧光定量PCR检测。结果：实时荧光PCR检测1-4型登革病毒均为阳性,该探针和引物是登革病毒检测的通用探针和引物。实时荧光PCR检测10份临床血清,6份为阳性,阳性率为60%。结论：实时PCR方法是一个快速、特异性强、敏感性高的检测登革病毒的方法,适用于登革热的临床早期诊断,具有很好的社会效益和经济效益。     

通用TaqMan探针技术在apoE基因3937T/C单核苷酸多态性检测中的应用

目的　建立一种基于通用TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR方法 ,用于检测apoE基因第四外显子上的一个单核苷酸多态性 (SNP)位点 (3937T/C)。方法　应用PCR RFLP分型方法建立apoE 3937T/C多态性分析的参考样本 ,同时对部分样本进行PCR产物直接测序以验证PCR RFLP分型结果。选择一对能够有效区分 3937T/C多态性的等位基因特异的上游引物 ,配对进行通用TaqMan探针实时PCR扩增 ,然后通过比较两个平行反应达到阈值时所经历的循环数 (Ct)的大小 ,对apoE 3937T/C多态性进行区分。结果　建立的基于通用TaqMan探针技术的实时荧光PCR方法 ,用于apoE基因第四外显子上 3937T/CSNP分析 ,检测结果与PCR RFLP方法、DNA测序法结果完全一致。结论　在进行PCR扩增条件优化的前提下 ,应用通用TaqMan探针对PCR进行全程监测是可行而且是非常经济的 ;基于通用TaqMan探针技术的等位基因特异的实时荧光PCR方法敏感、简单、快速 ,可实现对apoE基因 3937T/C单核苷酸多态性的快速检测 ,而且在其他的SNP位点高通量分析中具有潜在的应用价值     

人乳头瘤病毒18型E6蛋白真核表达载体的构建及其在子宫颈癌细胞株Hela细胞中的表达

目的构建并鉴定p3×flag-myc-CMV-24-HPV18E6真核表达载体,并转染Hela细胞后,检测其在Hela细胞中的表达。方法用RT-PCR法从Hela细胞中扩增出带HindⅢ、SalⅠ酶切位点的HPV18E6基因片段,将HPV18E6基因片段连接到pMD-18T载体上,通过限制性内切酶HindⅢ、SalⅠ酶切,T4连接酶连接到含有上述酶切位点的p3×flag-myc-CMV-24真核表达载体上,通过脂质体将p3×flag-myc-CMV-24-HPV18E6转染入Hela细胞48h后,Western-blot检测HPV18E6及3×flag表达情况。结果p3×flag-myc-CMV-24-HPV18E6真核表达载体构建成功,构建的真核表达载体可以被限制性内切酶HindⅢ、SalⅠ切开,电泳可显示相应条带,经测序其序列与设计的一致,转染到Hela细胞48h后经Western-blot检测可见HPV18E6的高表达及flag的表达。结论p3×flag-myc-CMV-24HPV18E6真核表达载体的成功构建为进一步研究HPV18E6的致癌机制奠定了基础。     

Unlabeled probes for the detection and typing of herpes simplex virus

BACKGROUND: Unlabeled probe detection with a double-stranded DNA (dsDNA) binding dye is one method to detect and confirm target amplification after PCR. Unlabeled probes and amplicon melting have been used to detect small deletions and single-nucleotide polymorphisms in assays where template is in abundance. Unlabeled probes have not been applied to low-level target detection, however. METHODS: Herpes simplex virus (HSV) was chosen as a model to compare the unlabeled probe method to an in-house reference assay using dual-labeled, minor groove binding probes. A saturating dsDNA dye (LCGreen Plus) was used for real-time PCR. HSV-1, HSV-2, and an internal control were differentiated by PCR amplicon and unlabeled probe melting analysis after PCR. RESULTS: The unlabeled probe technique displayed 98% concordance with the reference assay for the detection of HSV from a variety of archived clinical samples (n = 182). HSV typing using unlabeled probes was 99% concordant (n = 104) to sequenced clinical samples and allowed for the detection of sequence polymorphisms in the amplicon and under the probe. CONCLUSIONS: Unlabeled probes and amplicon melting can be used to detect and genotype as few as 10 copies of target per reaction, restricted only by stochastic limitations. The use of unlabeled probes provides an attractive alternative to conventional fluorescence-labeled, probe-based assays for genotyping and detection of HSV and might be useful for other low-copy targets where typing is informative.