2021年宁夏回族自治区聚集性新型冠状病毒肺炎疫情分子流行病学分析

  目的  分析2021年10月宁夏回族自治区（宁夏）新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情的分子流行病学特征,为完善防控措施提供科学依据。  方法  收集2021年10月17日至11月6日宁夏COVID-19确诊病例的发病时间、病例分布、人群特征、基因测序结果等信息,进行描述性分析。  结果  宁夏2021年10月聚集性疫情共确诊COVID-19病例 44例,本轮疫情有2个独立的传播链,平均代间距约4 d,潜伏期中位数为5.3 d（1.1～8.0 d）,最多已传代至3代;获得43例COVID-19病例的全基因组序列,结果表明本起疫情是由VOC/Delta变异株（B.1.617.2进化分支）感染,同武汉参考株（NC_045512）序列相比,43例病例新型冠状病毒（SARS-CoV-2 ）基因组序列存在45～50个核苷酸突变位点;SARS-CoV-2 刺突（S）蛋白存在12个氨基酸突变位点。  结论  Delta毒株导致的疫情呈现出病毒载量高,潜伏期短,传播能力强的特点,境外输入的 SARS-CoV-2 变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的 SARS-CoV-2毒株进行分子监测。     

COVID-19患者5种标本的SARS-CoV-2核酸与血浆IgM抗体检测结果分析

目的 分析不同标本类型与检测次数对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测结果的影响,评价SARS-CoV-2核酸与IgM抗体检测技术在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者诊断中的应用.方法 连续3次(每天1次)采集患者的痰、咽拭子、血液、唾液和晨尿标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测SARS-CoV-2核酸,同时检测患者血浆SARS-CoV-2 IgM抗体.对检测结果进行以下分析:1次与连续3次(每天1次)检测5种标本的SARS-CoV-2核酸阳性率;1次与连续3次(每天1次)检测SARS-CoV-2 IgM抗体的阳性率;连续3次检测5种标本的SARS-CoV-2核酸阳性率与SARS-CoV-2 IgM抗体检测的阳性率比较,以及两者联合应用对COVID-19患者的检出情况.结果 1次检测5种标本SARS-CoV-2核酸,各标本的阳性率:痰46.66％,咽拭子40.00％,血浆13.33％,唾液33.33％,晨尿0;同种标本连续检测3次SARS-CoV-2核酸,各标本的阳性率:痰80.00％,咽拭子66.66％,血浆13.33％,唾液60.00％,晨尿0.1次与连续3次检测患者血浆SARS-CoV-2 IgM抗体的阳性率均为93.33％.血浆SARS-CoV-2 IgM抗体的阳性率明显高于SARS-CoV-2核酸技术,两种方法联合对COVID-19的检出率为100.00％.结论 SARS-CoV-2核酸检测阳性检出率与采集标本种类相关,多次多部位采集标本可明显提高SARS-CoV-2核酸阳性检出率.SARS-CoV-2 IgM抗体阳性检出率明显高于SARS-CoV-2核酸技术,两种方法联合可明显提高COVID-19的实验室检出率.     

4例COVID-19患者不同类型标本的SARS-CoV-2核酸及抗体检测结果分析

目的选择合适的标本类型进行SARS-CoV-2检测,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的早期诊断提供依据。方法采集咽拭子核酸检测阳性的4名COVID-19患者的鼻拭子、粪便、尿液、血液(分离血清)标本,用实时荧光RT-PCR进行SARS-CoV-2核酸检测,用化学发光法检测患者血清IgM和IgG。结果 4名患者咽拭子和3例粪便标本的SARS-CoV-2核酸检测阳性、2例鼻拭子核酸检测阳性;1例患者感染SARS-CoV-2一周内血清IgM及IgG出现,其余3例患者同期血清抗体检测阴性。结论 SARS-CoV2可以通过多种途径进行传播,选择多种类型标本联合检测可提高病毒的检出率;同时血清学抗体检测可以作为核酸检测的补充。     

新型冠状病毒IgM/IgG抗体在病程监测中的临床意义

目的评价新型冠状病毒(SARS-CoV-2)IgM/IgG抗体检测(化学发光法)在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病程监测和转归方面的临床意义。方法回顾性研究。收集2020年1月20日至2020年3月1日在天津市疾病预防控制中心核酸检测阳性的COVID-19确诊患者88例(115例血清样本)作为疾病组,排除COVID-19(核酸检测阴性)的其他疾病患者245例(245例血清样本)作为对照组。用化学发光法检测SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体。结果 SARS-CoV-2 IgM抗体检测的敏感性、特异性分别为90.91%、100%;SARS-CoV-2 IgG抗体检测的敏感性、特异性分别为88.64%、100%;IgM和IgG抗体联合检测敏感性显著提高至96.59%,特异性为100%,与核酸检测的总符合率高达99.10%。SARS-CoV-2 IgM抗体水平在COVID-19病程中呈现先升高后降低的趋势,IgG抗体水平随着病程的进展逐渐升高。结论 SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体化学发光法联合检测敏感性高,可作为COVID-19一种有效的辅助诊断,在病程监测和转归方面有一定的意义。     

新型冠状病毒肺炎患者血清SARS-CoV-2 抗体的检测分析

目的 分析新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019,COVID-19） 患者血清新型冠状病毒（severeacute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）IgM 和IgG 抗体的变化规律及临床应用。方法 收集2020 年1 ～ 2 月初温州医科大学附属乐清医院收治的28 例SARS-CoV-2 核酸检测阳性的COVID-19 患者作为病例组,排除COVID-19 的30 例其他疾病患者作为对照组。利用全自动化学发光免疫分析技术检测所有研究对象的血清SARS-CoV-2IgM 和IgG,分析SARS-CoV-2 抗体的变化规律。结果 SARS-CoV-2 IgM,发病第1 ～ 6 天均阴性,发病第7 ～ 10 天,2 例患者阳性,发病第18 天后均转阳性,一个月左右达峰值,2 例患者分别在第49 天和第55 天出现9.80AU/ml（阴性）和10.79AU/ml（弱阳性）。SARS-CoV-2 IgG,发病第1 ～ 6 天均阴性,发病第8 天后均阳性。结论 发病10 天内SARS-CoV-2 IgM 阴性的患者不能排除SARS-CoV-2 感染,发病超过一周或多次核酸检测阴性的疑似患者检测SARSCoV-2 IgM 和IgG 具有重要意义。     

境外输入新型冠状病毒肺炎无症状感染者的临床特征及实验室指标的动态变化

目的分析境外输入新型冠状病毒肺炎(COVID-19)无症状感染者的临床特征及实验室指标的变化,为疫情防控提供科学依据。方法回顾性分析该院收治的25例境外输入COVID-19无症状感染者的临床特征,并对其胸部CT检查结果、新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸、特异性IgM和IgG抗体、血常规、炎症指标进行分析。结果25例无症状感染者从入院至出院胸部CT均未见肺部有磨玻璃影等病毒感染表现。10例无症状感染者仅在第1次SARS-CoV-2核酸检测时呈阳性,2~3 d后迅速转阴;6例无症状感染者SARS-CoV-2核酸持续阳性时间超过8 d;其余9例SARS-CoV-2核酸检测结果在7 d内转阴。在监测的15 d内,8例(32%)无症状感染者IgG抗体阳性,13例(52%)无症状感染者IgM抗体阳性。首次SARS-CoV-2核酸检测阳性后7 d内与>7 d时无症状感染者的IgM与IgG抗体水平差异均无统计学意义(P>0.05)。25例无症状感染者中,外周血白细胞计数低于3.5×10⁹/L的有2例,淋巴细胞计数低于1.1×109/L的有3例,C反应蛋白、降钙素原、血清淀粉样蛋白A、血清铁蛋白水平均在正常范围内。结论境外输入COVID-19无症状感染者胸部CT常无病毒性肺炎表现,炎症指标及血常规多在正常范围内;抗体检测在无症状感染者的筛查中意义不大。     

SARS-CoV-2抗体检测在新型冠状病毒肺炎诊断中的应用价值

目的探讨血清严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV-2)IgM和IgG抗体检测在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)诊断中的价值。方法选取COVID-19患者173例(COVID-19组),其中140例SARSCoV-2首次核酸检测阳性,33例多次检测后呈阳性。以101例排除COVID-19的患者作为对照组。采用胶体金免疫层析法(CGIA)检测SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测SARS-CoV-2核酸。以临床诊断为金标准,分析SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体诊断COVID-19的效能。结果 SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体的敏感性分别为76.9%、74.6%,特异性分别为94.0%、95.1%,临床总符合率分别为83.2%、82.1%,与临床诊断的一致性均较好(kappa值分别为0.663、0.644)。受试者工作特征(ROC)曲线分析结果显示,SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体诊断COVID-19的曲线下面积(AUC)均为0.85。结论 SARS-CoV-2抗体检测具有较高的敏感性、特异性和临床总符合率,可用于COVID-19的辅助诊断。     

山西省一起家庭聚集性百日咳病例的实验室诊断

  目的   分析山西省一起百日咳家庭聚集性病例的实验室诊断情况,总结百日咳鲍特菌的病原学及流行病学特点。  方法   对疑似百日咳病例进行病例资料收集,采集病例（患儿）及其密切接触者（母亲）的鼻咽拭子样本进行百日咳鲍特菌分离鉴定及核酸检测,并对菌株进行基因测序分析。  结果   患儿及其母亲鼻咽拭子样本百日咳鲍特菌培养均为阳性,患儿鼻咽拭子核酸检测阴性,母亲鼻咽拭子核酸检测阳性。 菌株基因测序结果显示,多位点序列分型均为ST-2型,属于ST-2 克隆群,与美国国立生物技术信息中心数据库中890株百日咳鲍特菌基因组进行聚类分析,发现与25 株百日咳鲍特菌遗传进化关系较近。  结论   对该起百日咳家庭聚集性病例进行实验室检测确诊,提供了准确的病原学信息,为百日咳的诊断及疫情监测提供参考。     

普通型新型冠状病毒肺炎患者咽拭子病毒核酸检测结果复阳情况分析

目的:探讨普通型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者住院期间咽拭子新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测转阴后复阳的发生率及可能因素。方法:多次采集2020年2月2日至2020年3月10日武汉大学人民医院东院收治的40例确诊的普通型COVID-19患者咽拭子,采用实时反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法进行SARS-CoV-2核酸检测。结果:所有患者在首次RT-PCR检测结果呈阴性后,第2次RT-PCR检测结果为阳性12例(30%),连续2次RT-PCR检测为阴性第3次检测为阳性的患者为13例(32.5%),连续3次RT-PCR检测阴性第4次检测为阳性的患者为3例(7.5%),连续4次RT-PCR检测为阴性第5次检测为阳性的患者为0例。结论:作为COVID-19患者确诊及出院的重要指标,咽拭子核酸检测存在一定的假阴性率。     

胶体金免疫层析法检测SARS-CoV-2血清抗体的临床价值探讨

目的通过对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)免疫球蛋白(Ig)M和总抗体(即IgM/IgG)的检测,探讨应用胶体金免疫层析法(GICA法)在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)诊断中的应用价值。方法收集76例患者共计83份血清,其中32例为SARS-CoV-2核酸阳性患者(确诊组),44例为SARS-CoV-2核酸阴性患者(对照组)。确诊组中7例患者为两次时间点采集标本。采用GICA法检测SARS-CoV-2 IgM和总抗体。结果GICA法检测SARS-CoV-2 IgM的灵敏度50.00%(16/32),特异度90.91%(40/44),符合率73.68%(56/76),阳性预测值80.00%(16/20)、阴性预测值71.43%(40/56);SARS-CoV-2总抗体检测的灵敏度68.75%(22/32)、特异度97.73%(43/44)、符合率85.53%(65/76)、阳性预测值95.65%(22/23)、阴性预测值81.13%(43/53)。GICA法检测SARS-CoV-2 IgM和总抗体的特异度均大于90%,符合率均大于70%,满足临床需求。结论GICA法检测SARS-CoV-2 IgM和总抗体,标本采集易标准化,报告时间快,灵敏度不高,但特异度较高,有辅助诊断的价值。     

我国早期新型冠状病毒肺炎疫情传染病动力学模型分析

  目的   利用传染病动力学模型模拟我国早期新型冠状病毒肺炎的传播过程,分析和评估相关防控措施对疫情的影响。  方法  以2019年12月2日至2020年4月8日中国疾病预防控制中心传染病报告系统上报新型冠状病毒肺炎疫情数据为依据,建立动力学模型对疫情发展进行模拟分析。  结果  我国实施的交通管制措施,使R₀从疫情发展初期的4.82［95%可信区间（CrI）:4.81～4.83］降低到1.13（95% CrI:1.11～1.16）,新型冠状病毒感染者集中隔离和大规模核酸筛查等措施使R₀进一步降低到0.31（95% CrI:0.30～0.32）,模型估计得到无症状感染者的检出率为54.7%（95% CrI:45.7%～65.3%）。 保持防控措施实施的时间点不变,将无症状感染者检出率提高至75%、95%,分别能够避免新增3.4%、5.6%的感染者。 保持无症状感染者检出率不变,将防控措施实施的时间点整体前移1周、2周,分别能够避免新增78.2%、95.3%的感染者。  结论  交通管控措施显著降低了新型冠状病毒的传播速度。对感染者的集中隔离和大规模核酸筛查消除了病毒在人群中的传播。 我国实施的大规模核酸检测能够发现一半以上隐匿的无症状感染者。 相对于提高无症状感染者的检出率,防控措施的尽早实施能够避免更多的新增感染。     

2021年青海省一起职业暴露引起的新型冠状病毒肺炎聚集性疫情流行病学调查

目的 分析2021年10月17日至11月2日青海省西宁市一起职业暴露引起的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集性疫情,探讨职业人群在COVID-19防护中存在的问题。方法 按照《新型冠状病毒肺炎防控方案（第八版）》的要求,开展流行病学调查及现场处置工作,采集病例、密切接触者和次密切接触者咽拭子标本,用反转录–聚合酶链式反应法进行核酸检测,使用高通量测序技术对部分确诊病例咽拭子样本进行基因测序。结果 本次疫情涉及病例11例,其中3例为家庭聚集性,8例为医护人员,女性9例;男性2例。共传3代,平均潜伏期为3.18 d,发病地点主要集中在办公室区域,共同使用电话、电脑等办公用品是本次疫情的高危行为,病例首发症状以咳嗽为主（10例,90.97%）。现场流调人员脱防护服时不规范以及防水靴套设计不科学,成为本次职业暴露的最主要风险点。本次疫情中新型冠状病毒基因序列属于VOC/Delta变异株。结论 本起疫情主要为职业暴露,建议流行病学现场防护服穿脱时指定专人监督和评估,建议改良防水靴套脚踝处设计,进入过现场的工作人员应减少与其他工作人员接触。     

2022年浙江省春季新型冠状病毒感染本土聚集性疫情流行病学特征分析

目的 分析自2022年3月以来浙江省本土新型冠状病毒感染（新冠）聚集性疫情流行病学特征。方法 收集2022年3月3日至5月8日浙江省本土新冠聚集性疫情的流行病学调查资料,采用描述性流行病学方法进行分析。结果 262起疫情波及11个市的71个县（市、区）,累计报告确诊病例668例,无症状感染者866例。局部空间自相关分析显示,嘉善县、平湖市、海宁市、临平区、余杭区、拱墅区、上城区和婺城区存在热点聚集性。本次疫情由上海市输入并导致关联疫情占72.90%;50例以上规模疫情持续时间为7～15 d,10 d左右控制动态基本再生数（Rt）<1。结论 本轮疫情主要发生在嘉兴市和杭州市,大部分是外省输入病例引起的关联疫情;疫情R t控制在1以下的时间越早,规模越小,疫情持续时间越短。     

新型冠状病毒肺炎常态化防控措施下疫情发生及演变的模拟研究

  目的  通过构建基于接触网络和个体状态变化的计算模型,探究常态化条件下应对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）突发病例的防控措施,以及对不同突发情况模拟相应防控措施下的疫情演进过程,为疾控部门制定方案和进行疫情预测提供理论和方法支撑。  方法  通过基于个体模型评估COVID-19病例直接密切接触者隔离和次级密切接触者隔离对防控的影响;分别模拟零星突发、聚集性突发和连续输入病例在常态化防控措施下的疫情演变动力学过程。  结果  模拟结果表明,对COVID-19病例次级密切接触者追踪隔离的疫情控制措施效果显著,与仅采取对直接密切接触者的隔离措施相比,大大降低了疫情的规模。 根据模型计算提出的常态化防控策略,可以有效控制零星突发、聚集性突发和连续输入病例所引起的疫情发展。  结论  基于模型对不同情况下的疫情演变过程进行计算,评估了常态化条件下疫情防控措施的有效性,表明次级密切接触者隔离措施对于疫情的有效防控是必要的,建议疫情发生后尽早执行密切接触者隔离和限制接触措施。     

四川省成都市境外输入新型冠状病毒肺炎病例流行病学特征分析

  目的  分析四川省成都市境外输入新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例的流行病学特征,为科学开展疫情防控提供依据。  方法  收集截至2020年11月30日成都市入境航班及境外输入病例相关信息,采用Epidata Manager、WPS 2019和R 4.0.3软件进行数据管理和统计分析。  结果  截至2020年11月30日,成都市累计入境航班677班次（含包机44班次）,来自36个国家或地区,累计入境90 900人。 病例主要来自亚洲地区（63.98%,58 154/90 900）,非洲地区来成都航班人员患病率（1.09%,141/12 890）较高（χ2=133.137,P<0.001）。 136班次航班报告COVID-19病例,单次航班最多报告36例,单日最高报告病例数为25例。 成都市报告境外输入确诊病例占全国同期境外输入病例的6.88%（266/3 866）,多数病例症状轻微,有60.90%（162/266）的病例无自觉临床症状,多以肺部CT异常而确诊。 成都市73.97%（324/438）的境外输入病例由入境口岸检疫初筛阳性后确诊,共涉及38起聚集性疫情,以男性（82.89%,373/450）、年龄20～50岁（80.00%,360/450）、工人（40.89%,184/450）病例为主。  结论  成都市境外输入病例较多,病例大多症状轻微,多来自非洲和亚洲国家（或地区）,加强入境口岸筛查和密切接触筛查对控制成都市乃至全国疫情都具有重要意义。     

一起经航空器境外输入的新型冠状病毒肺炎聚集性疫情的调查处置

  目的  调查广东省广州市一起与航空器有关的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集性疫情,探讨病例感染来源。  方法  以广州市某入境航班报告的COVID-19病例为研究对象,采用回顾性调查方法,使用统一调查表,以现场和电话调查相结合的方式对航班累计报告的病例进行线索追踪和个案调查,通过回顾性队列研究探索可能的感染危险因素。  结果   该航班共有乘客211人,机组人员14人,累计报告COVID-19确诊病例和无症状感染者31例,均为乘客,发病率为14.69%（31/211）,其中确诊病例11例,无症状感染者20例。 病例以GC公司员工为主23例（74.19%）。 回顾性队列研究提示和外国人接触频率高、与感染者同住是本次疫情病例发病的危险因素,其中接触频率高的人员感染风险是接触频率低或不接触人员的6倍左右,与感染者同住人员的感染风险是不和感染者同住人员的11倍左右［risk ratio（RR）=11.500,95% 置信区间（95%CI）为1.835～72.069］。  结论   在本次事件中,报告病例在境外国家感染后通过乘同一航班输入我国广州市的可能性高,因共同暴露于同一航班而感染的可能性低,但在乘坐航空器期间仍需做好个人防护以有效降低因航空器共同暴露传播的风险。     

2020年12月中国大陆需关注的突发公共卫生事件风险评估

  目的  评估2020年12月在中国大陆地区发生或者可能由境外输入的突发公共卫生事件风险。  方法  根据国内外突发公共卫生事件报告及重点传染病监测等各种资料和部门通报信息,采用专家会商法,并通过视频会议形式邀请省（自治区、直辖市）疾病预防控制中心专家参与评估。  结果  总体上,预计12月突发公共卫生事件的报告数将较11月有所上升。 全球新型冠状病毒肺炎疫情此起彼伏、持续蔓延,我国境内发生境外输入及续发本地传播风险持续存在,但在可控范围内。  结论  需要对新型冠状病毒肺炎予以特别关注。     

2020年贵州省新型冠状病毒肺炎疫情特征分析

  目的  分析2020年贵州省新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例流行病学特征,为制定防控措施和策略提供依据。  方法  收集2020年贵州省报告的COVID-19病例信息,采用描述性流行病学方法,对病例的三间分布、感染来源及疫情特征等进行分析。  结果  2020年1月22日至12月31日,全省累计报告COVID-19病例173例,死亡2例,病死率为1.16%。 其中确诊病例147例（84.97%）,无症状感染者26例（15.03%）;重症病例31例（21.09%）;本地病例84例（48.55%）、境内输入病例87例（50.29%）、境外输入病例2例（1.16%）。 疫情曲线呈双峰型,两个高峰间隔7 d,第1个发病高峰以境内输入病例为主,第2个发病高峰以本地病例为主。 全省9个（100%）市/州44个（50%）县（区）均有病例报告,主要分布在贵阳市、毕节市及遵义市（占全省总病例的70.70%）。 男、女性别比为1.06∶1;各年龄组均有病例报告,年龄中位数为37岁。 82例（47.40%）病例是通过密切接触者主动筛查发现,55例（31.79%）是通过主动就诊发现,36例（20.81%）是通过对湖北省武汉市来黔等重点人员主动筛查发现。 暴露因素以密切接触者（42.77%）和武汉市旅居史人员（38.73%）为主。 29起聚集性疫情均为家庭聚集病例。  结论  贵州省COVID-19病例以境内输入及密切接触感染为主。 对疫情重点地区人员及密切接触者等重点人员的早期排查、集中隔离管理及对发热病例的监测是早发现和防止疫情传播的关键。