结肠癌中miR-144、KLF12mRNA的表达及临床意义

目的研究结肠癌中miR-144与Krüppel样因子12(KLF12)的表达,并探讨二者表达的相关性及其临床意义。方法通过Oncomine公共数据库分析结直肠癌中KLF12基因mRNA的表达,通过UALCAN、GEPIA公共数据库分析结肠癌中KLF12基因mRNA的表达、通过GEPIA公共数据库分析KLF12表达与肿瘤病理分期的关系以及KLF12表达与患者生存期的关系。通过OncomiR公共数据库分析miR-144在结肠癌中的表达以及miR-144表达与患者生存期的关系。通过在线预测工具(TargetscanHuman 7.2, miRDB)预测KLF12是否为miR-144的靶基因。结果结肠癌中KLF12 mRNA表达水平下降,与结直肠癌的分期显著正相关,与无病生存率(Disease Free Survival, DFS)显著负相关。miR-144在结肠癌中表达水平升高,在生存组患者表达水平升高。在KLF12基因的3'UTR区域,有3处miR-144的结合位点。结论 miR-144可能通过影响KLF12的表达参与直肠癌的发生、发展。     

miR-320a、KLF5在结直肠癌中的表达及意义

目的 研究结直肠癌中miR-320a和KLF5的表达,分析二者表达相关性及其临床意义.方法 通过OncomiR公共数据库分析miR-320a在结直肠癌中的表达.通过GEPIA、HPA公共数据库分析结直肠癌中KLF5基因的表达,通过GEPIA分析KLF5表达患者生存期的关系.通过在线预测工具(TargetscanHuman 7.2,miRDB)预测KLF5是否为miR-320a的靶基因.应用实时定量PCR及Western blot在细胞水平检测miR-320a和KLF5的表达,并用CCK8法研究SW480、HCT116细胞的增殖能力.结果 OncomiR分析结果显示,结直肠癌中miR-320a表达下降(P＜0.05);GEPIA分析结果显示,在结直肠癌中,KLF5的mRNA表达增加;HPA分析结果显示,在结直肠癌中,KLF5的蛋白表达水平增加.在结肠腺癌患者中,KLF5的mRNA表达与无病生存期(DFS)显著相关(P＜0.05);在直肠腺癌患者中,KLF5的mRNA表达与总生存期(OS)显著相关(P＜0.05).在线预测网站预测结果显示,在KLF5基因的3'UTR区域,有1处miR-320a的结合位点.实时定量PCR及Western blot结果显示,miR-320a在SW480和HCT116中表达下降,KLF5在SW480和HCT116中表达增加.结论 在结直肠癌中miR-320a呈现低表达,KLF5呈现高表达,miR-320a可能通过靶向KLF5的表达影响结直肠癌的病程.     

结直肠癌中SPOCD1的表达及相关分子机制

目的 探讨含SPOC结构域蛋白1(SPOC domain-containing protein 1, SPOCD1)在结直肠癌中的表达及相关分子机制。方法 利用TCGA数据库和GEO数据库分析结直肠癌和癌旁正常组织中SPOCD1 mRNA的表达;采用免疫组化和Western blot法检测结直肠癌和癌旁正常组织或细胞系中SPOCD1蛋白表达,并分析其与临床病理特征的关系;应用GEPIA和Prognoscan数据库分析SPOCD1表达与结直肠癌患者预后的关系;基因集富集分析SPOCD1可能参与的通路;采用GEPIA数据库分析基因表达之间的相关性;利用siRNA沉默结直肠癌细胞系HCT116中SPOCD1蛋白表达,Western blot法验证下游基因。结果 TCGA和GEO数据库分析结果显示,SPOCD1 mRNA在结直肠癌组织中的表达显著增加;免疫组化结果显示,SPOCD1蛋白在结直肠癌组织中高表达(67.8%,40/59),显著高于癌旁正常组织(37.3%,22/59)(P<0.001);SPOCD1在结直肠癌细胞系(HCT116和LoVo)中的表达高于正常结直肠细胞系(NCM...     

基于TCGA数据分析HSP90AA1在乳腺癌中的表达与预后

目的通过对人类肿瘤基因组(TCGA)数据库的数据挖掘,探讨热休克蛋白90α编码基因(HSP90AA1)在乳腺癌组织表达水平及与患者预后的相关性。方法 GEPIA在线分析工具分析HSP90AA1在乳腺癌组织和正常乳腺组织中的表达;Kaplan Meier plotter在线分析工具分析HSP90AA1表达与患者预后相关性;Ualcan在线分析工具分析HSP90AA1在不同人种及不同类型患者中的表达与预后的关系;通过String在线分析工具,探索与HSP90AA1相互作用的蛋白网络。结果 HSP90AA1 mRNA在乳腺癌组织比正常组织中表达明显增高(P0.05),表达水平与患者总体生存期(OS)和无病生存期(DFS)具有明显相关,HSP90AA1高表达患者OS和DFS明显缩短(P0.05); AKT1、CDC37、HSPA4等与HSP90AA1作用相关。结论 HSP90AA1 mRNA在乳腺癌组织中高表达,且与患者生存期有关,将为后续的乳腺癌研究提供重要的理论依据。     

PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD在胶质瘤中的表达及其意义

目的应用在线公共数据集,研究胶质瘤中PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD表达及与预后的关系。方法通过ONCOMINE在线数据库对临床癌症样本中PIK3CA、PIK3CB和PIK3CD mRNA表达进行分析;应用GEPIA分析TCGA和GTEx数据库中的PIK3CA、PIK3CB和PIK3CD在胶质瘤和正常样本中的表达及与病人生存期的关系。通过cBioportal分析TCGA胶质瘤数据库中PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD的突变、共表达以及调控网络。结果PIK3CA在胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)中表达增加,其表达与GBM和LGG患者总体生存率(OS)和无病生存率(DFS)无显著相关。PIK3CB在GBM中表达水平下降,但差异不显著,在LGG中表达无明显变化,与GBM和LGG患者OS和DFS无显著相关。PIK3CD在GMB和LGG中表达水平下降,但差异不显著(P0.05),其表达与GBM患者的DFS显著相关,与LGG患者的DFS和OS显著相关(P0.05)。PIK3CA在GBM和LGG病例中突变比例较高,分别为12%和10%,PIK3CB和PIK3CD的突变较低;在GBM和LGG病例中,PIK3CB与PIK3CA的表达存在正相关;表达调控网络分析结果显示,此调控网络中包含51节点,包含PIK3CA和其它50个相关基因,IK3CA主要通过I3K/AKT发挥生物学作用。结论 PIK3CD在胶质瘤中表达下降,且与胶质瘤的预后密切相关。     

基于TCGA数据库的结直肠癌差异表达基因筛选及CCDC78新基因验证

目的:通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中大样本结直肠癌组织基因表达谱RNA测序(RNA-Seq)数据进行生物信息学分析,挖掘与结直肠癌预后密切相关的新基因,并对筛选出的新基因进行验证和功能研究。方法:从TCGA数据库下载结直肠癌RNA-Seq数据筛选差异表达基因,采用R-survival包对差异表达基因进行生存分析,筛选出与结直肠癌预后相关的基因,并从中挑选尚未在肿瘤研究中报道的表达上调最显著的新基因进行验证。采用RT-qPCR检测新基因在人结肠癌细胞、人正常结肠上皮细胞、人结直肠癌组织及配对的癌旁组织中表达水平的变化。采用慢病毒载体构建稳定沉默新基因表达的结肠癌细胞,以转染阴性对照慢病毒的结肠癌细胞为对照,采用CCK-8和Transwell实验研究稳定沉默新基因表达对结肠癌细胞活力、迁移和侵袭的影响。结果:(1)筛选出结直肠癌差异表达基因4 017个,Kaplan-Meier生存分析显示69个基因与结直肠癌患者预后差密切相关(P0. 01),其中表达上调基因36个,这36个基因中有11个尚未在肿瘤研究中被报道。(2)表达上调倍数前3位的基因为CCDC78、PGGHG及TSPEAR,这3个基因的mRNA表达水平在结肠癌细胞中显著上调(P0. 01),CCDC78 mRNA表达水平在结直肠癌组织中也显著上调(P0. 01)。(3)稳定沉默CCDC78表达可显著抑制结肠癌细胞活力、迁移和侵袭(P0. 01)。结论:基于TCGA数据库的生物信息学分析有助于发现与结直肠癌预后相关的新基因;CCDC78可能是一个新的与结直肠癌预后差相关的癌基因。     

INHBA基因表达上调与左、右半结肠癌临床病理特征及预后的相关性

目的初步探讨左、右半结肠癌基因转录水平的分子差异,及其差异表达基因INHBA与结肠癌临床病理特征及预后的相关性。方法收集具有完整随访资料的结肠癌标本,分析左、右半结肠癌患者的生存情况,同时利用公共数据库中的结肠癌数据,筛选左、右半结肠癌组织的差异表达基因,并应用RT-PCR及免疫组化分析差异表达基因INHBA的表达水平与结肠癌临床病理特征及预后的相关性。结果结直肠癌公共数据库分析结果显示,左、右半结肠癌转录组水平差异表达基因在TGF-β、NF-κB等信号通路中显著富集,TGF-β通路中的相关差异表达基因INHBA在右半结肠癌组织中的mRNA及蛋白表达水平显著高于左半结肠癌(P 0. 05),并且INHBA高表达与右半结肠癌的脉管浸润、远处转移及不良预后呈正相关(P 0. 05)。结论 INHBA基因在右半结肠癌组织中的表达水平显著高于左半结肠癌,并且其表达与患者的恶性进展及不良预后密切相关,INHBA表达上调可能在右半结肠癌的发生和演进过程中发挥着重要作用。     

肺癌组织UCHL1高表达与不良预后相关

目的：探讨泛素C末端水解酶L1(UCHL1)在肺癌组织中的表达及其与预后的关系。方法：Oncomine数据库筛选UCHL1基因在肺癌中的表达;STRING数据库构建UCHL1互作网络并进行富集分析;GEPIA数据库和免疫组化分析肺癌及癌旁组织UCHL1蛋白的表达;Kaplan Meier-Plotter分析UCHL1和相关蛋白与患者总生存率（OS）的关系;χ2检验分析UCHL1表达与肺癌患者临床特征的相关性;Cox回归模型预测肺癌患者OS的危险因子。结果：Oncomine数据库研究表明UCHL1在肺癌中显著性上调;STRING数据库筛选出与UCHL1互作得分前10的蛋白;UCHL1及相关蛋白主要富集于蛋白去泛素化、宿主细胞成分、泛素蛋白连接酶结合和泛素介导的蛋白质水解通路;UCHL1及相关蛋白（UCHL3、SNCA）在肺癌中存在差异表达;UCHL1低表达患者的OS明显增高,SNCA低表达患者的OS降低;UCHL1表达与患者性别和病理分期显著相关;UCHL1表达和N分期是肺癌患者OS的独立危险因素。结论：UCHL1在肺癌组织中表达上调并与肺癌患者不良预后相关,有可能成为肺癌患者治疗以及判...     

PLOD3：一种潜在的直肠癌预后生物标志物北大核心CSCD

目的：探讨PLOD3在直肠癌中的生物学功能及预后价值。方法：GEPIA2、GENT2、TIMER、HPA、K-M Plot、cBioPortal、UALCAN、NetworkAnalys、GeneMANIA、Metascape、DAVID和SurvivalMeth用于分析PLOD3基因在直肠癌中的预后价值和生物学功能。结果：与正常直肠组织相比，直肠癌中PLOD3基因的mRNA和蛋白呈显著高表达状态。高表达PLOD3与直肠癌患者较短的总生存期(OS)显著相关。PLOD3的表达水平与肿瘤免疫浸润细胞CD8+T呈负相关。基因突变分析结果显示直肠癌患者中PLOD3基因突变率约为10%。K-M生存分析发现在肿瘤突变负荷(TMB)高危组中，PLOD3的mRNA高表达与直肠癌患者较短的OS显著相关。功能富集分析(KEGG、GO)显示直肠癌中PLOD3的生物学功能主要包括蛋白质羟基化、胶原蛋白生物合成和修饰酶、赖氨酸降解、细胞修饰氨基酸代谢过程、脂肪酸氧化。直肠癌组织中PLOD3甲基化水平较对照组显著降低，高危组患者甲基化水平显著降低，高危组与较短的OS显著相关。结论：PLOD3是直肠癌预后新的生物标志物，为直肠癌的诊断、寻找潜在治疗靶点、个体化治疗及预后评估提供参考。     

NEXN基因高表达预示结直肠癌患者的不良预后且与免疫抑制性细胞浸润相关

目的研究nexilin F-肌动蛋白结合蛋白(NEXN)基因表达与结直肠癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性。方法利用Oncomine数据库分析NEXN基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析NEXN基因表达与结直肠癌患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析NEXN基因高表达与免疫浸润的相关性。结果 Oncomine数据库分析结果表明NEXN在结直肠癌中高表达(fold change=3.057,P0.000 1);Prognoscan数据库GSE17536和GSE14333的芯片分析结果表明,NEXN高表达与结直肠癌患者的不良预后呈正相关(P0.05);TIMER数据库分析显示NEXN与CD4+T细胞、巨噬细胞、树突状细胞及中性粒细胞的浸润具有中度或强的相关性(COR值0.4,P0.05);进一步分析不同细胞亚群标志基因发现NEXN高表达与Treg细胞、M2巨噬细胞标志基因表达呈中度或强的相关性,与T细胞耗竭相关基因TIM3和TIGIT呈中度相关性(COR值0.4,P 0.05);利用GEPIA数据库分析也证实上述结果。结论 NEXN高表达与结直肠癌患者不良预后呈正相关,而M2型巨噬细胞、Treg细胞的浸润可能是重要的原因。     

Clinical correlations of alpha2,6-sialyltransferase expression in colorectal cancer patients

We have previously demonstrated a link between alpha2,6-Sialyltransferase (alpha2,6-ST; E.C. 2.4.99.1) expression and differentiation of colon tumors. So far, information is not available relative to the expression of alpha2,6-ST in tumors and the survival of patients with colorectal cancer. We have examined the expression of alpha2,6-ST in a variety of colorectal adenocarcinomas (n = 46) at different stages of differentiation (G1 to G3) by immunoperoxidase assay using monoclonal antibody (MAb) 6B9. Clinical outcome of the patients in a 5-year follow-up study has been correlated with the expression of alpha2,6-ST in tumors surgically removed from the same patients. No significant difference in the alpha2,6-ST expression was noted when age, sex, and tumor locations (colon, rectum) were included as parameters. However, 52% of the moderate (G2) and well-differentiated (G1) adenocarcinomas showed stronger alpha2,6-ST expression compared with poorly differentiated (G3) adenocarcinomas. Notably, absence to moderate levels of tumor alpha2,6-ST expression was correlated with 100% survival in patients with stage I and II tumors compared with 64% survival in patients with strong tumor alpha2,6-ST expression (p < 0.01). These studies suggest a negative correlation between the expression of alpha2,6-ST in tumors and a good clinical outcome in colorectal cancer patients.     

FAT10基因表达与结直肠癌患者临床病理因素及预后的关系

目的:探讨结直肠癌(CCT)组织中FAT10(Diubiquitin,双泛素)的基因表达与其病理因素及预后的关系。方法:收集我院2000～2003年73例有5年以上完整随访资料的结直肠癌术后患者,采用RT-PCR方法检测FAT10 mRNA在CCT、癌旁组织(TCT)和正常结直肠组织(NCT)中的表达情况,并分析临床病理因素对FAT10阳性表达率和相对表达量的影响,以及FAT10表达与预后的关系。结果:FAT10 mRNA在CCT阳性表达率为52.24%(35/67),且在CCT的相对表达量(0.735±0.034)明显高于TCT(0.561±0.044)和NCT(0.397±0.028)(P<0.05);FAT10 mRNA的阳性表达率及相对表达量受临床进展、淋巴结转移和TNM分级的影响较明显(P<0.05),而患者年龄、肿瘤大小、肿瘤分化程度等对其无明显影响(P>0.05);Log-Rank检验显示CCT患者中,FAT10表达阳性者生存率明显低于FAT10表达阴性者(P<0.01)。结论:FAT10在CCT的表达状况与CCT转移及预后关系密切,可以作为反映生物学行为和判断预后的有效指标。     

胃癌中RUNX3、cyclin E和P21蛋白表达与患者生存的关系

目的：探讨胃癌RUNX3蛋白表达对细胞周期蛋白的影响及其与胃癌患者生存和生物学特性的关系。方法:应用免疫组化，分析RUNX3蛋白的表达；应用流式细胞术，分析cyclinE和P21蛋白表达；采用Kaplan-Meier限乘法计算生存率。结果:在56例胃癌中RUNX3蛋白、cyclinE和P21蛋白的阳性表达率分别为44.6%、64.3%和32.1%。胃癌细胞RUNX3蛋白表达与淋巴转移和远处转移有关(P<0.05)。胃癌细胞cyclinE的表达与浸润深度、淋巴转移和远处转移有关(P<0.05)。而胃癌细胞P21的表达与远处转移有关(P<0.05)。胃癌细胞中RUNX3和P21的表达之间呈明显正相关(r=0.57,P<0.05)，而与 cyclinE的表达之间无相关性(r=0.25,P>0.05)。用Kaplan-Meier生存曲线经Log-rank检验发现，RUNX3和cyclinE的阳性表达与生存相关(P<0.05)，P21的阳性表达与生存无关(P>0.05) 。结论：RUNX3蛋白可能通过影响P21蛋白的表达影响胃癌的发生发展；检测RUNX3和cyclinE的表达可作为反映胃癌临床病理学特点和预后的指标。     

胃癌RUNX3表达对凋亡与增殖细胞转换的影响及其预后价值

目的探讨胃癌RUNX3基因表达对细胞凋亡与增殖细胞转换[凋亡率与增殖率之比值(AI/PI)]的影响及其与胃癌预后的关系。方法应用免疫组织化学分析RUNX3基因的表达;应用流式细胞术分析胃癌细胞的凋亡率和增殖率;采用Kaplan-Meier限乘法计算生存率。结果在60例胃癌中RUNX3基因的阳性表达率为46.7%。胃癌细胞RUNX3基因表达与淋巴转移和远处转移有关(P<0.05)。胃癌细胞的AI/PI经频数分布表分析和检验均服从正态分布。胃癌细胞AI/PI范围显示为0.05~0.46,胃癌细胞AI/PI与淋巴转移和远处转移有关(P<0.05)。胃癌细胞中RUNX3和AI/PI的表达之间存在明显相关关系(r=0.39,P<0.05)。用Kaplan-Meier生存曲线经Logr-ank检验发现,RUNX3的阳性表达与生存相关(P<0.05)。结论RUNX3基因可能通过影响凋亡与增殖细胞转换而影响胃癌的发生发展;RUNX3基因检测可作为胃癌临床病理学特点和预后的指标。     

Expression of ITGB1 predicts prognosis in colorectal cancer: a large prospective study based on tissue microarray

Background: ITGB1 is a heterodimeric cell-surface receptor involved in cell functions such as proliferation, migration, invasion and survival. The aim of this study was to assess ITGB1 expression in colorectal cancer and correlate it with clinicopathological features, as well as to evaluate its potential prognostic significance. Materials and methods: In this study, we examined the expression of ITGB1 using tissue microarrays containing analyzed specimens by immunohistochemistry. ITGB1 expression was further correlated with clinicopathological and prognostic data. The prognostic significance was assessed using Kaplan-Meier survival estimates and log-rank tests. A multivariate study with the Cox’s proportional hazard model was used to evaluate the prognostic aspects. Results: ITGB1 expression was present in 88.5% of the analyzed specimens. Significant differences in ITGB1 expression were found between normal mucosa and carcinomas (P<0.001). High ITGB1 expression was associated with poor prognosis, and it independently correlated with shortened overall survival and disease-free survival in colorectal cancer patients (P<0.001). More so, ITGB1 expression, bowel wall invasion, lymph node metastasis and distant metastasis were independent prognostic factors for overall survival. Additionally, significant differences in ITGB1 expression were observed in adenomas and tumors from patients with familial adenomatous polyposis compared to normal colon mucosa (P<0.05) Conclusion: The results of this study indicate that ITGB1 overexpression in colorectal tumors is associated with poor prognosis, as well as aggressive clinicopathological features. Therefore, ITGB1 expression could be used as potential prognostic predictor in colorectal cancer patients.     

RUNX3基因表达对判断人乳腺癌预后的价值

目的探讨乳腺癌组织中RUNX3基因的表达及其与乳腺癌生物学特征和预后的关系。方法采用免疫组化SP法检测RUNX3蛋白在88例乳腺癌、40例乳腺纤维腺瘤和40例乳腺增生病组织中的表达。结果（1）RUNX3在乳腺癌中的阳性表达率为35．23％，明显低于在乳腺纤维腺瘤（85％）及乳腺增生病（87．5％）组织中的表达率，差异具有统计学意义（P〈0．05）。（2）RUNX3蛋白表达与乳腺癌有无浸润、临床分期、淋巴结转移、ER、PR表达相关，而与病人的年龄、肿瘤类型、病理分级无关。（3）RUNX3表达阳性者的：生存率高于表达阴性者的生存率（P〈0．05）。RUNX3阳性表达者，术后生存时间长。结论（1）乳腺癌组织中RUNX3蛋白表达降低，证明RUNX3基因可能作为一个抑癌基因参与乳腺癌的发生。（2）随着乳腺癌的临床进展，RUNX3表达下降。（3）RUNX3在乳腺癌中的表达对评价患者的预后有一定价值。     

Prognostic importance of COX-2 expression in patients with colorectal cancer

A relationship between cyclooxygenase-2 (COX-2) expression and the pathogenesis of colorectal cancer has been reported in recent studies. Moreover, it has been indicated that COX-2 expression may have a prognostic role in colorectal cancer patients. In this study, we investigated the prognostic significance of COX-2 expression in 83 patients with colorectal cancer. COX-2 expression was assessed using immunohistochemical methods and was evaluated by grading both staining intensity and staining extension. The relationships between COX-2 expression and clinicopathological features of the patients and patient survival were evaluated. There was no relationships between COX-2 expression and tumor size (tm < 3 cm or tm > or = 3 cm), tumor histopathological differentiation (poorly differentiated or moderately + well differentiated), number of metastatic lymph nodes (< 4 or 3 > or = 4), histopathology of the tumor, localization of the tumor (colon or rectum), distant metastasis, and vascular invasion of the tumor. In the multivariate analysis, COX-2 expression was not found as an independent prognostic factor. We demonstrated that COX-2 expression was not correlated with clinicopathological characteristics of colon carcinoma and disease outcome.     

Overexpression of FZD7 is associated with poor survival in patients with colon cancer

BackgroundOverexpression of Frizzled-7 (FZD7) has been associated with tumor invasion and distant metastases, but little is known about the relationship between FZD7 expression and prognosis in colon cancer.Patients and methodsA total of 114 patients with colon cancer between June 2010 and December 2010 were enrolled in this study. The expression of FZD7 in cancerous and adjacent non-cancerous tissues was determined by immunohistochemistry, and the association between FZD7 expression and patient’s clinicopathological characteristics was explored. The correlation between FZD7 expression and prognosis of colon cancer patients was analyzed using the Oncomine database and R2.ResultsFZD7 expression levels were significantly higher in colon cancer tissues compared with adjacent non-cancerous tissues (P < 0.001). High expression of FZD7 was significantly associated with metastatic or recurrent disease in colon cancer (P = 0.010). Kaplan-Meier survival analysis demonstrated that colon cancer patients with high expression of FZD7 had a significantly poorer OS (P = 0.013) and DFS (P = 0.010). Cox regression demonstrated that the expression of FZD7 was an independent prognostic factor for DFS (HR = 6.647, P = 0.023). A meta-analysis from the Oncomine database demonstrated that FZD7 mRNA levels were significantly higher in colorectal cancer tissues than in normal colorectal tissues, and FZD7 high expression was associated with a significantly poorer event and relapse-free survival time by analyzing the data from the R2: Genomics Analysis and Visualization Platform.ConclusionsOverexpression of FZD7 was associated with poor survival in patients with colon cancer. Our data suggest that FZD7 expression could be an effective prognostic biomarker for colon cancer.