DNA提取方法对苎麻脱胶菌群PCR-DGGE结果偏移的影响

为筛选和优化出较适宜的苎麻脱胶菌群DNA提取方法,本文分别以来自苎麻沤麻环境的6种纯培养菌等丰度混合物和苎麻自然沤麻菌群为材料,研究"溶菌酶-SDS"法、"超声波-溶菌酶-SDS"法、"蛋白酶K-SDS"法以及"冻融-蛋白酶K-SDS"法4种DNA提取方法对菌群16Sr DNA基因PCR-DGGE偏移结果的影响。结果表明,4种方法均能从2类材料中提取出了超过1600ng/μL的DNA,不同方法之间DNA产率略有差异,经过超声波处理或反复冻融处理的DNA有明显的降解,但4种方法提供的DNA模板均扩增出了450bp的16Sr DNA基因片段。4种DNA提取方法对DGGE结果有明显影响,且只有"冻融-蛋白酶K-SDS"法检测到了纯培养菌混合物中的全部6种细菌,4种方法获得的自然沤麻菌群的DGGE指纹图谱也明显不同,最多产生17条带("冻融-蛋白酶K-SDS"法),最少只有9条带("溶菌酶-SDS"法),增加超声波或冻融等物理处理可以使部分弱带变强。因此,组合应用物理、生物和化学等细胞裂解方法可以提供更有代表性的DNA,可减少PCR-DGGE结果的偏移。     

活性污泥总DNA提取方法的研究

采用冻融＋玻璃珠、溶菌酶＋SDS和冻融＋玻璃珠＋溶菌酶＋SDS的方法提取活性污泥的微生物总DNA,并对以上三种方法进行比较,从中确定最佳的方法,以实现普通实验条件下成功提取符合PCR扩增要求的DNA。经紫外光度分析及电泳结果表明,冻融＋玻璃珠＋溶菌酶＋SDS方法所得的DNA的OD260/OD280为1．81,电泳结果显示,所提DNA片段分子量大于10kb,适于酶解和PCR扩增要求,为PCR技术应用于活性污泥的研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

小鼠胚胎胃肠道细菌基因组DNA提取方法比较

目的:筛选能均衡地提取小鼠胚胎胃肠道微生物区系各种细菌总DNA的方法.方法:分别采用反复冻融法、CTAB -SDS法、柱式基因组DNA提取试剂盒法提取小鼠胚胎胃肠道细菌基因组DNA,对其进行琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计测定、PCR扩增等质量检测.结果:CTAB -SDS方法提取的基因组DNA纯度较高,OD260/OD280平均值最高,为1.845,电泳条带清晰,能满足下游的PCR扩增等分子操作.结论:确定CTAB -SDS方法为提取小鼠胚胎胃肠道细菌基因组DNA的最佳方法,为研究不同种动物胚胎的肠道菌群的结构和多样性奠定了基础.     

浙贝母根际土壤总DNA提取和纯化方法的比较

本研究通过对6种土壤总DNA提取方法(CTAB-SDS-冻融法、玻璃珠-SDS-酚氯仿抽提法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-SDS法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-溶菌酶法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-冻融法和UltraClean试剂盒法)和4种纯化方法(改进琼脂糖凝胶电泳法、2%聚乙烯吡咯烷酮-琼脂糖凝胶电泳法、PVPP层析柱法和低熔点琼脂糖电泳法)的比较,证明利用20 mmol/L EDTA(pH 7.5)预处理土壤后,利用CTAB-SDS-冻融法提取土壤总DNA并经改进琼脂糖凝胶电泳法纯化获得的浙贝母根际土壤总DNA的得率和纯度相对较高,达44.00 μg/g±2.65 μg/g土壤,可用于后续基于16S rDNA分析基础上的土壤微生物分子生态学的分析工作.     

一种高效可直接用于PCR分析的土壤总微生物DNA抽提方法

以CTAB-溶菌酶-蛋白酶K-冻融裂解法直接抽提土壤总微生物的基因组DNA,利用G8000沉淀和纯化DNA.结果表明,该方法是一种简便、有效可直接应用于PCR分析的土壤总微生物基因组DNA的抽提方法.采用含聚乙烯吡咯烷酮(PVP)的缓冲液预洗,添加CaCl₂和BSA,可以去除腐殖酸;用PEG8000沉淀DNA,可以提高DNA质量;采用冻融法破碎细胞,CTAB、溶菌酶和蛋白质酶K共同作用以裂解细胞,可以保证获得大片段的DNA,提高DNA产率.用该方法抽提的七子花林下土壤总微生物DNA产率为9.22 μg·g^-1,A260/A280为1.65,可适用于 PCR扩增及扩增rDNA限制酶切分析(ARDRA)技术,适宜的模板DNA浓度为0.67 ng·μl^-1.快速、有效、可直接用于PCR分析的土壤总微生物DNA提取方法的建立,为大规模的土壤微生物分子生态学研究提供了可能.     

一种改进的普洱茶固态发酵过程微生物DNA提取方法

为开发一种改进的普洱茶固态发酵过程微生物DNA提取方法,首先配制含有吐温-20、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、乙二胺四乙酸二钠(Na2EDTA)等组分的洗涤缓冲液,引入超声波振荡、涡旋、65℃水浴、反复洗涤等手段,把普洱茶发酵微生物较高质量的收集起来,再使用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取微生物总DNA。按照本文所述方法所得到的菌体沉淀接近白色,后续提取出的DNA总量高、色度低、杂质少,适用于PCR及基因组学等研究。     

枝干树皮宏基因组DNA的提取

旨在得到一种适用于提取多种枝干树皮的高质量DNA的方法。参考前人提取植物DNA的经验,综合了研磨时加PVP、缓冲液洗涤、SDS与CTAB结合使用、高浓度KAc低温冻融、高浓度Na Cl条件下异丙醇沉淀、DNA完全溶解后加微量RNase A处理等操作,所得5种基因组DNA浓度介于190-970 ng/μL,纯度都很高,皆能被限制性内切酶切割,都可用作模板扩增到细菌16S r RNA基因片段,以苹果树皮DNA为模板扩增到苹果BIP和PDI基因且苹果树皮基因组DNA经测序公司检测,质量满足高通量测序法研究微生物多样性对环境宏基因组的要求。     

几种直接从高温热泉沉积物中提取DNA方法之比较

用酶解法,化学裂解法和微波炉法,冻融法等物理裂解方法组合出5种方法直接从滇西一个高温热泉沉积物提取DNA。经常规的琼脂糖凝胶电泳检测,发现用溶菌酶,蛋白酶K酶解,SDS化学裂解结合微波炉法裂解不仅可以得到较大量的DNA。而且碎片段较少,提取出来的DNA经RNA酶和蛋白酶K处理后可直接进行PCR扩增。同时DGGE（变性梯度凝胶电泳）电泳检测,结果表明,此法不仅可以得到该种环境中较多微生物分类单位的DNA,而且还能够较好地体现出它们在量上的差异。     

响应面法优化胆木基因组DNA的提取方法

为了得到较高质量的胆木基因组DNA,并将该方法应用于其他茜草科植物。本研究采用DX8Trial软件分别对PVP、β-巯基乙醇、Na Cl、CTAB、EDTA等胆木DNA提取因素进行设计,同时加入醋酸钠进行单因素试验,确定胆木基因组DNA的最佳提取方案,并将该方案应用到6种茜草科植物进行基因组DNA提取。结果得出最优提取方案为5%PVP、3.25%β-巯基乙醇、4.24%NaCl、2%CTAB、3%EDTA,提取过程中加入75%乙醇720μL以及醋酸钠90μL,该方案同时也适用于6种茜草科植物基因组DNA提取。响应面法的应用为胆木植物DNA提取提供了依据,为其分子生药学研究提供依据。     

芒果DNA提取方法比较及ISSR反应体系的优化

为从芒果幼叶中提取高质量的核总DNA,比较了5种DNA提取方法提取芒果叶片核DNA的效果,结果表明:改良CTAB法1提取的DNA A260/A280值最好,ISSR-PCR扩增效果最佳,是有效提取芒果基因组DNA的方法。为得到最佳的芒果ISSR-PCR反应体系,以(ATG)6为引物,采用单因素实验法,优化了ISSR-PCR反应体系:在总体积25μl的反应体系中,含1×反应缓冲液,0.20mmol.L-1dNTPs,0.20μmol.L-1引物,0.60 UTaqDNA聚合酶,30-50 ng DNA模板,不足体积用无菌超纯水补足。     

一种从活性污泥中提取微生物总DNA的方法

对活性污泥的微生物群落进行研究的首要前提是获得大量的高纯度微生物基因组DNA。本文建立了一种高效、简便的提取活性污泥总DNA方法。从提取的核酸总量、纯度、基因组完整性等多方面对所得到的DNA质量进行了评价,结果表明,本法从单位活性污泥中提取的DNA得率为105-823μg/g,结构完整,纯度很高,无需进一步的纯化,可直接进行微生物群落分析及构建文库等后续分子生物学操作。现在实验室使用的提取活性污泥中DNA的方法,纯度普遍都无法达到PCR反应和建立文库的要求,本文建立的活性污泥DNA提取方法则可以克服这一难题。     

细菌超广谱β-内酰胺酶提取方法研究进展

超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)可水解β-内酰胺类抗生素,使产ESBLs细菌对目前常用的头孢菌素和青霉素类等抗生素产生多耐药性和高耐药性,由此使得产ESBLs细菌感染的诊断和治疗成为临床抗感染诊疗工作的重点。目前细菌的ESBLs提取主要包括超声波破碎法、溶菌酶法和反复冻融法等。本文对现有文献中此三种方法的提取原理、提取步骤和影响因素进行了综述,同时对各种提取方法的优缺点进行了分析比较,并对采用反复冻融法联合超声法和溶菌酶法联合超声法等联合提取法提高酶提取效率的展望予以了简要分析,以期为产酶多重耐药菌的控制提供参考。     

土壤微生物总DNA提取方法的优化

【目的】土壤中未培养微生物约占总量的99%,这就意味着绝大多数微生物资源还未得到开发和利用。本研究通过优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,为后期研究土壤微生物的多样性及构建大插入片段的宏基因组文库奠定基础。【方法】通过综合比较已报道的微生物DNA提取方法的优缺点,我们设计出一种新的提取方案。对提取过程中的几个关键步骤进行了优化,包括联合使用SDS-CTAB和溶菌酶一起来破细胞,利用氯仿除蛋白,使用PVPP柱纯化DNA等。比较分析了优化后的方法和3种已报道方法所获得的土壤总DNA的产量、纯度及片段大小。【结果】优化后的方法所获得的土壤DNA质量明显有所提高:每克土壤最高能提取95μg DNA,A260/A280和A260/A230比值更接近理想水平,PCR扩增能够得到明显的目标条带,DNA片段最大能达到100 kb左右。【结论】通过比较分析,最终确立了一种较理想的土壤微生物总DNA提取方法,为更好地开发利用土壤未培养微生物资源提供了有力工具。     

沼气池污泥微生物总DNA提取方法的比较

沼气发酵系统是一个复杂的生态系统,其污泥微生物超过99%是不可培养的。为了优化沼气池纤维素的转化效率、沼气的产率和开展污泥微生物多样性研究,本研究采用化学裂解法、溶菌酶裂解法和QIAampDNA Stool Mini Kit提取了沼气池污泥样品中微生物的总DNA,对三种方法的DNA得率、纯度、大片段提取效果以及是否含有PCR反应抑制剂进行了研究,最后对16S rRNA基因V3区的扩增产物进行了PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析。与化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit法相比,溶菌酶裂解法得到的DNA量大、片段长、片段分布广、PCR扩增效率高;同时PCR-DGGE图谱显示,溶菌酶裂解法可更好地展示沼气池污泥中微生物的多样性。该结果为进一步提高沼气池中纤维素的转化效率和沼气生产优势菌种的质和量打下了一定的前期基础。     

苎麻总DNA提取的CTAB法优化方案

根据苎麻组织自身含有较多的本分类,粘状物及黄酮类等次生代谢物质的特点,对CTAB法进行优化后用于提取苎麻组织总DNA。在研磨过程中加入抗氧化剂PVP,提取缓冲液加入终浓度6%的PVP和4%的β-巯基乙醇,可防止整个提取过程中溶液变褐;在第2次用氯仿/异戊醇抽提时,加入10%的CTAB和4%的NaCl高盐溶液,以除去多糖。经几种改良方案提取总DNA的ISSR-PCR扩增结果验证,以同时加入抗氧化剂和高盐溶液的CTAB-4法效果最好。     

慢性阻塞性肺疾病患者支气管肺泡灌洗液细菌宏基因组DNA的制备

【目的】优化稳定期慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary diseases,COPD)患者支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluids,BALF)细菌宏基因组DNA的提取方法,以便于高效提取微量的细菌DNA进行后续的PCR反应和测序。【方法】取稳定期COPD患者的BALF 5mL,离心收集细胞。为了有效提取样品中革兰氏阳性菌的基因组,对QIAGEN的DNA提取试剂盒的操作步骤进行优化:加入裂解缓冲液ATL后首先运用研磨珠和多功能生物样品匀质器破碎菌壁,再加入蛋白酶K孵育,然后加入裂解缓冲液AL振荡混匀。无水乙醇沉淀DNA后,将全部溶液过柱,用洗液AW1和AW2各洗柱一次,最后加50μL洗脱液洗脱DNA。提取的DNA定量后,运用PCR方法检测样本中的细菌16S rDNA量,并按照测序要求构建DNA文库进一步验证。【结果】试剂盒优化法提取的BALF的DNA总量为467.5(135.0-1697.5)ng,明显高于按照传统酚-氯仿法提取的DNA总量95.0(0-612.5)ng,并且所提取的DNA可以很好的扩增细菌的16S rDNA以及构建DNA文库,改良后的扩增产物明显增多(P=0.002)。【结论】使用DNA提取试剂盒结合研磨珠和多功能生物样品匀质器破菌壁的方法能够更高效的提取BALF中微量的宏基因组DNA,为进一步的测序和菌群分析打下基础。     

镇江香醋固态发酵醋醅中微生物总DNA提取方法比较

【目的】为了更加全面地分析我国传统固态发酵过程中微生物群落的多样性和演替情况,本文以镇江香醋固态发酵为例,对比研究了11种不同的总DNA提取法对醋醅中总DNA提取的影响。【方法】使用紫外分光光度计法和荧光定量PCR(Realtime Quantitative PCR)测定了不同提取方法得到的醋醅样品总DNA的产量与纯度,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)法对固态发酵中细菌和真菌的多样性进行了分析。【结果】醋醅总DNA得率最高可达93.2±1.5μg/g干醅,细菌总数最高达到1.73×1013 copies.(g干醅)-1,真菌总数最高达到6.49×1012 copies.(g干醅)-1。不同的提取方法对DGGE结果有明显的影响,6种基于SDS裂解的方法所获得的条带较多。【结论】结果表明,液氮研磨+溶菌酶+SDS高盐抽提法(方法3)为最优的醋醅总DNA提取方法。     

三氯乙酸(TCA)提取法与微波提取法检测活性污泥中三磷酸腺苷(ATP)

【目的】针对活性污泥法中的重要参数ATP进行研究分析,通过在不同条件下检测污泥的活性,得出以ATP为指标的污泥活性状态,为准确判定活性污泥的活性提供依据。【方法】分别运用三氯乙酸(TCA)提取法及微波提取法检测活性污泥中的ATP,并对检测ATP的影响因素(TCA浓度、冰浴时间、p H、微波频率及时间等)进行探讨与优化。【结果】运用TCA提取法检测ATP时,在1.0%-7.0%的TCA体积百分数内,活性污泥中TCA最佳体积百分数为2.5%;在2-60 min的冰浴时间内,最佳冰浴时间为10 min;三羟甲基丙烷-乙二胺四乙酸(Tris-EDTA)缓冲液的最佳p H 7.5;运用微波提取法检测ATP适宜的微波辐射条件为:功率800 W,辐射时间15 s。【结论】TCA提取法和微波提取法均可以检测活性污泥中的ATP,但与微波提取法相比,TCA提取法更能保证从细胞内释放出来的ATP的完整性,因此TCA提取法更适合用于检测活性污泥中的ATP。     

临床标本细菌基因组DNA提取方法探讨

目的优化细菌基因组DNA提取方法,使其适合临床细菌分子生物学检测需要。方法分别采用专用DNA提取液法、热裂解法、溶菌酶法、热裂解法与碱性裂解法组合改良法,对纯培养细菌和临床标本中细菌基因组DNA进行提取。结果专用DNA提取液法、溶菌酶法提取成功率为100%,热裂解法革兰阳性菌提取成功率为0%,革兰阴性菌成功率为100%,碱性裂解液法在NaOH浓度大于4 mmol时提取成功,临床标本在NaOH溶液超过20 mmol/L并含2%SDS时细菌基因组DNA的提取成功率为100%。结论热裂解法与碱性裂解法组合改良法提取细菌基因组DNA方便快速、简单实用,适用临床标本检测。     

高粱基因组DNA提取方法的比较与优化

目的：比较CTAB法和高盐低pH法提取高粱总DNA效果,进一步优化建立高盐低pH值法提取高粱基因组DNA的方法。方法：采用CTAB法、高盐低pH法对高粱叶片DNA进行提取,并从电泳结果、纯度、得率三方面进行比较研究。通过提取缓冲液中SDS浓度的优化,不同组织器官的DNA提取纯化以及不同沉淀方法的优化,比较不同方法对高粱基因组DNA提取的影响。结果：高盐低pH法DNA平均得率为689.36μg/g,略小于CTAB法的718.26μg/g,但其A260/A230平均值为1.854,比CTAB法的2.164更接近标准要求。高盐低pH法提取高粱基因组DNA的适宜条件确定如下：提取液中含有2%SDS、2%PVP、2%β-巯基乙醇;水浴时间30min;沉淀方法采用0.7体积异丙醇室温沉淀的沉淀方法。结论：综合考虑高盐低pH法是提取高粱基因组DNA的最佳方法。