人肿瘤坏死因子α特异性结合miR-146b的新生物学特性研究

目的:探讨人肿瘤坏死因子α(TNF-α)作为micro RNA(mi RNA)结合蛋白的生物学特性。方法:Western印迹检测LPS激活的U937细胞中TNF-α蛋白表达水平,RT-PCR检测几种炎症相关的mi RNA在激活前后表达水平的变化;用RNA结合蛋白免疫共沉淀(RIP)技术钓取U937细胞中TNF-α结合的mi RNA,RT-PCR检测RIP产物中上述几种mi RNA的含量;用凝胶阻滞实验检测TNF-α与mi RNA是否直接结合。结果:LPS激活的U937细胞中能检测到膜结合型和可溶性2种形式的TNF-α,细胞激活前后mi R-16和mi R-21的表达水平在检测的几种mi RNA中最高,mi R-146b和mi R155次之;而RIP产物中mi R-146b的水平在实验组和对照组中有显著差异,其他mi RNA差异不明显;凝胶阻滞实验结果显示mi R-146b能与人TNF-α直接结合。结论:首次证实人TNF-α能够直接特异地结合mi R-146b,提示TNF-α可能作为mi RNA结合蛋白发挥生物学功能。     

原位杂交检测组织金属蛋白酶抑制因子-1mRNA在IgA肾病肾脏中的表达

为探讨组织蛋白酶抑制因子在 Ig A肾病肾小球硬化中的作用 ,本文用原位杂交法研究组织金属蛋白酶抑制因子 -1(TIMP- 1) m RNA在 3种类型 Ig A肾病 (轻度系膜增生型、中度系膜增生型及局灶型 )肾组织中的表达。结果表明 :TIMP-1m RNA原位杂交的阳性信号主要分布于部分肾小管上皮细胞内。在肾小球系膜细胞也可检测到 TIMP- 1m RNA阳性信号 ,但较肾小管弱。中度系膜增生型的 TIMP- 1m RNA阳性信号明显地较其他两型 Ig A肾病为强。以上结果表明 :由肾小管上皮细胞及系膜细胞合成的 TIMP- 1通过抑制基质金属蛋白酶的活性 ,可导致细胞外基质 (ECM)在肾小管间质及肾小球内过度沉积 ,从而对肾小球硬化有促进作用。     

介导siRNA传递的非病毒载体及其研究进展

RNA干扰(RNAi)是一种疾病治疗的新途径,其中小干扰RNA(siRNA)可破坏mRNA的完整性,抑制疾病相关基因的表达,而开发安全有效的siRNA传递载体仍面临巨大挑战。相较于病毒载体系统,非病毒载体系统安全性高、负载量大、生物相容性好,更适用于疾病治疗。综述了可用于siRNA传递的一些非病毒载体(包括脂质体、细胞穿膜肽、水凝胶、树枝状大分子、磷酸钙、碳纳米管等),阐述了载体与siRNA的结合,靶向疾病组织或细胞并诱导特异基因沉默的机制、瓶颈问题等。     

从茶尺蠖中分离到一株微小RNA病毒

从核型多角体病毒(PV)感染致死的茶尺蠖幼虫尸体中分离到一株微小RNA病毒(oPV)透射电镜观察纯化的病毒粒子为无囊膜、无表面特征、直径约26nm的球状颗粒.16%的SDS-PAGE显示它有两个分子量为31.5 kDa和28.8 kDa的衣壳蛋白,后者的含量是前者的2.5倍.3′端克隆序列分析表明EoPV基因组3′有poly(A)尾,编码RNA聚合酶(dRp)含有微小RNA病毒RNA聚合酶的八个保守基序,同源性分析表明它与榕透翅毒蛾微小RNA病毒(nPV)亲缘关系最近.这些特点表明该病毒为一株新的微小RNA病毒.     

以CB—F83—Oligo（dT）—纤维素批量亲和层析分离poly（A）RNA

Poly(A)RNA分离是反向转录cDNA,构建cDNA文库以及进行差异杂交等的基础工作,也是改善RNA凝胶吸Ep和S_1核酸酶保护实验质量的基本措施。Poly(A)RNA的分离主要采用Oligo(dT)-纤维素柱亲和层析的方法。我们在非洲爪赡卵母细胞及早期胚胎Poly(A)RNA的分离过程中,先后使用了Poly(A)Quick Column(Stratagene产品)和 Oligo(dT)Cellulose,Type 7(pharmacia产品)柱亲和层析以及CB-F 83-Oligo(dT)-纤     

5′-和3′-末端带双羟基的寡聚核糖核苷酸具有不寻常的聚丙烯酰胺凝胶电泳行为

为了制备核糖核酸酶P的底物——人工合成的tRNA前体,我们用五核苷四磷酸_(HO)U_PC_PC_PA~*_PC_(OH)(~*P代表~(32)P)与天然的酵母丙氨酸tRNA或其5′半分子在T_4RNA连接酶催化下反应,连接产率甚低。但观察到一个很奇特的现象:不管何种反应条件,甚至不加tRNA和不加酶的对照实验中,经聚丙烯酰胺凝胶(PAG)电泳分析反应产物时发现,在约相当于RNA序列分析“梯子”18核苷酸(nt)处总     

从茶尺蠖中分离到一株微小RNA病毒

从核型多角体病毒(NPV)感染致死的茶尺蠖幼虫尸体中分离到一株微小RNA病毒(EoPV)透射电镜观察纯化的病毒粒子为无囊膜、无表面特征、直径约26nm的球状颗粒。16％的SDS-PAGE显示它有两个分子量为31．5kDa和28．8kDa的衣壳蛋白，后者的含量是前者的2、5倍。3′端克隆序列分析表明EoPV基因组3′有poly(A)尾，编码RNA聚合酶(RdRp)，含有微小RNA病毒RNA聚合酶的八个保守基序，同源性分析表明它与榕透翅毒蛾微小RNA病毒(PnPV)亲缘关系最近。这些特点表明该病毒为一株新的微小RNA病毒。     

巨噬细胞中与识别抗原有关的RNA合成及特性

用~3H-尿苷离体掺入实验研究兔腹腔巨噬细胞在识别抗原过程中的RNA合成。当用不同种类的红细胞膜作抗原时,无论是自体兔膜还是人、羊、异体兔的膜,都促进~3H-尿苷掺入巨噬细胞RNA,但程度上有所不同(异体兔>羊、人>自体兔)。然而,如果用利福平或放线菌素D预先完全抑制巨噬细胞正常转录之后,再用不同种类的红细胞膜刺激,结果发现自体膜不再能刺激巨噬细胞的RNA合成,而其他种类的膜都在一定程度上恢复巨噬细胞的RNA合成。用2.5％聚丙烯酰胺-0.5％琼脂糖凝胶电泳分析巨噬细胞在抗原刺激下新合成的RNA,结果表明上述几种红细胞膜都促进所有种类的RNA合成,但当用利福平完全抑制正常转录时,外来抗原只促进4—5 S RNA的合成。poly(U)-Sepharose亲和层析表明这种4—5 S RNA带有poly(A)。根据这些结果,提出了一个关于巨噬细胞识别抗原过程的工作假设。     

一种大量提取红豆杉中总RNA的方法研究

旨在确定高质量红豆杉中总RNA的提取和纯化工艺条件。以湖南长沙红豆杉叶为材料,以Trizol和CATB两种植物RNA通用提取方法为基础,以RNA的浓度、OD_(260)/OD_(280)及OD_(260)/OD_(230)的比值为标准,考察提取方法、提取试剂、提取时间等因素对RNA提取率的影响,优化了红豆杉叶中总RNA的提取方法;通过对比PVP法、β-巯基乙醇法、高盐沉淀法、低浓度乙醇沉淀法、凝胶柱层析法五种不同纯化方法来探讨对红豆杉RNA的影响。考虑到成本的问题,选择使用Trizol法提取红豆杉总RNA,确定了较优的提取条件:红豆杉叶与Trizol提取液的作用体积确定为3∶40;裂解时间确定为5 min;氯仿与水液的作用体积确定为1∶5。实验表明凝胶柱层析法能显著的提高红豆杉总RNA的纯度并能得到富含mi RNA的小分子RNA。最终可得到浓度约为1 000μg/m L,OD_(260/)OD_(280)在2.00-2.20之间及OD_(260/)OD_(230)大于1.7的高质量RNA样品。与现有的提取方法相比,本方法提取的红豆杉总RNA具有很高的质量和纯度,且大大降低了提取成本,并首次实现了植物总RNA的大量提取。     

26例病毒性脑(膜)炎儿童脑脊液病原学特征研究

病毒是儿童脑(膜)炎发病的重要病原体,为全面了解脑(膜)炎儿童脑脊液中的病毒感染情况,采集2019年6月-2019年9月复旦大学附属儿科医院26例病毒性脑(膜)炎(Viral encephalitis and meningitis,VEVM)儿童脑脊液标本,通过两种核酸检测方法进行病毒检测.病毒宏基因组测序检测到小RNA病毒科(Picornaviridae,82.42％)、浓病毒亚科(Densovirinae,9.07％)、指环病毒科(Anelloviridae,3.21％)、圆环病毒科(Circoviridae,0.85％)、星状病毒科(Astroviridae,0.76％)和小双节 RNA 病毒科(Picobirnaviridae,0.38％),通过聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)检测到肠道病毒(Enterovirus,EV)、单纯疱疹病毒 1 型(Herpes simplex virus,HSV-1)、人单纯疱疹病毒4型(Epstein-Barr virus,EBV)及腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV),检出率分别为42.31％、7.69％﹑7.69％和3.85％.本研究初步明确了26例VEVM儿童脑脊液病毒信息,为深入研究其病原学进化分析奠定了基础.     

RNA干扰沉默三角帆蚌HcCA3基因对贝类矿化作用的影响

为探究三角帆蚌基质蛋白基因Hc CA3的功能,本研究根据Hc CA3基因的c DNA全长序列,设计并合成特定的干扰链(si RNA),将干扰链注射到三角帆蚌闭壳肌内,实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测Hc CA3基因在外套膜不同部位即前端缘膜(amp)、后端缘膜(pmp)和中央膜(mc)的表达变化。在RNA干扰预实验中,筛选了三条目的基因干扰链,其中si RNA-Hc CA3-1干扰链干扰效果最好;同时筛选了4条阴性对照链,发现Hc CA3基因在注射不同的阴性对照链的各个组织中的表达均呈现不同程度的显著性下降,并没有筛选到合适的阴性对照链。在RNA干扰正式实验中,随着累计注射干扰链si RNA-Hc CA3-1,Hc CA3基因在前端缘膜和后端缘膜内出现了相似的表达特征,12 d出现了敲降作用(分别为对照组的28%和30%),Hc CA3基因在中央膜中表达从12 d开始显著下降(为对照组的84%),18 d为对照组的76%。本实验通过累积注射si RNAHc CA3-1,成功的抑制了Hc CA3基因在外套膜不同部位的表达,推测该基因参与了贝壳和珍珠的矿化,为进一步研究Hc CA3基因的功能提供了基础。     

一种从RNA Blot杂交膜上脱除探针的改进方法

目的：探讨脱除RNA Blot膜上的杂交探针的方法,解决杂交中RNA Blot膜重复使用的问题。方法：经NBT／BCIP化学显色的RNA Blot杂交膜先用二甲基甲酰胺在60℃处理90min,然后用脱探针溶液(50％去离子甲酰胺、50mmol/L Tris—HCl pH7．5、5％SDS)在80℃处理90min,经过处理的膜再次用于下一轮的杂交。结果：用这一改进的方法,可以完全脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针,RNA Blot膜可以重复杂交5轮以上,杂交带仍然保持清晰锐利。结论：该改进方法操作简便,能有效地脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针。     

人前列腺特异膜抗原膜外区基因的克隆表达及抗体的制备

利用RT PCR技术 ,从前列腺癌组织总RNA中扩增人前列腺特异膜抗原 (PSMA)基因编码区序列 ,克隆至pcDNA3.1载体 ,以此为模板再次PCR扩增出PSMA膜外区cDNA(edPSMA) ,序列测定表明克隆获得的PSMA及edPSMA与基因库所登录的序列相一致。构建原核表达质粒pMAL c2x edPSMA ,经IPTG诱导表达的MBP edPSMA融合蛋白分子量约 12 0kD ,Westernblot证实表达产物可特异地与PSMA单克隆抗体 4G5结合。用直链淀粉琼脂糖凝胶 (Amyloseresin)亲和层析纯化蛋白质可得到电泳均一的融合蛋白 ,免疫BALB C小鼠制备多抗 ,获得效价为 1∶12 80 0的多克隆抗体 ,该抗体可用于前列腺癌组织标本PSMA表达的检测     

长链非编码RNA 1500026H17Rik对高糖培养的肾小球系膜细胞增殖的影响

为了探讨长链非编码RNA 1500026H17Rik对小鼠肾小球系膜细胞增殖的影响,采用qRT-PCR(quantitative Real-time PCR)检测1500026H17Rik在糖尿病肾病小鼠肾脏组织及在高糖和低糖条件下培养的肾小球系膜细胞中的表达水平;扩增小鼠1500026H17Rik的全长序列,将其克隆到pcDNA3.1(+)载体上,构建pcDNA3.1(+)-1500026H17Rik过表达质粒,并设计合成si RNA;将1500026H17Rik-si RNA和pcDNA(+)-1500026H17Rik过表达质粒分别转染至高糖或低糖培养的肾小球系膜细胞中,通过5-乙基-2′-脱氧尿嘧啶核苷(5-ethyny1-2′-doexyuridine,Ed U)检测肾小球系膜细胞的增殖能力。结果表明,在糖尿病肾病小鼠肾脏组织和高糖培养的系膜细胞中1500026H17Rik表达水平显著提高。在低糖培养的系膜细胞中转染pcDNA3.1(+)-1500026H17Rik过表达质粒后与低糖培养的系膜细胞或空质粒转染对照组相比,低糖1500026H17Rik过表达的肾小球系膜细胞的增殖能力明显提高。同时,将通过qRT-PCR筛选出的一条敲低效率最佳的1500026H17Rik-si RNA转染至高糖培养的系膜细胞后,与高糖培养的系膜细胞或si RNA转染对照组相比,1500026H17Rik敲低的肾小球系膜细胞的增殖能力明显减弱。lnc RNA-1500026H17Rik在糖尿病肾病小鼠肾脏组织中呈高表达,且影响高低糖培养的肾小球系膜增殖,提示1500026H17Rik可能参与了糖尿病肾病的发生。     

几种不同分离polyA—RNA方法的比较

本实验采用四种方法:(1)冷酚法。(2)琼脂糖凝胶2 B柱层析(3)超速离心。(4)镁离子沉淀,从大鼠肝中分离出poly A RNA。用(1)法提取总RNA,用其他方法分别抽提pRNA,再分别经Oligo(dT)—纤维素柱层析分离出poly A RNA。从A260/A280,A280/A260,A260/A230,比值、收得率、电泳行为作一比较,初步认为:冷酚法所得polg A RNA收得率较好,但有其他RNA;2 B拄层析法收得率最高,可是纯度较差;超离心法仪器昂贵,不宜普及,镁离子沉淀法则是一个操作简便而又适用的方法。     

小鼠体内SEG蛋白靶向运送shRNA抑制狂犬病毒复制

【目的】本试验前期已经证实,用单链抗体(sc Fv)-绿脓杆菌跨膜区(ETA)-酵母DNA结合结构域(GAL4)表达的蛋白(简写为SEG蛋白),SEG能与含sh RNA(short hairpin RNA)的质粒(p RNATU6.3-sh RNA)结合形成复合物SEG-sh RNA,并靶向运送该质粒进入感染狂犬病毒(Rabies virus,RV)的细胞,抑制RV复制。本研究用感染狂犬病病毒的小鼠模型,进行SEG-sh RNA复合物小鼠体内靶向性运送si RNA(short interfering RNA)和抑制RV复制的研究。【方法】用已建立RV CVS-24株小鼠肌肉注射模型进行试验。取50 LD_(50) CVS-24攻毒,在攻毒后12 h尾静脉注射SEG-sh RNA,流式细胞仪检测SEG-sh RNA的体内靶向性;同样方法攻毒后,尾静脉注射SEG-sh RNA,连续4 d,攻毒后第5天小鼠脑组织用q RT-PCR、RT-PCR、Western blot、免疫荧光染色法检测其中RV的含量;统计小鼠存活率;并检测小鼠体内IFN-α含量,从而分析SEG-sh RNA在体内的抗病毒作用。【结果】结果表明仅在RV攻毒小鼠的注射部位检测到绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)的表达,未注射RV的腿部及脑、肝、脾、肾均无GFP表达,说明SEG-sh RNA可靶向RV感染细胞运送sh RNA。攻毒后第5天脑组织q RT-PCR结果表明靶向药物组比病毒对照减少4.88倍(3.9/0.8);RT-PCR、Western blot、免疫荧光染色试验结果表明使用SEG-sh RNA组病毒量明显少于病毒对照组;且攻毒后13 d,动物存活率达50%,而病毒对照100%死亡。检测小鼠体内IFN-α未见升高。【结论】以上试验表明SEG蛋白在小鼠体内靶向运送含sh RNA的质粒到感染组织细胞;对小鼠体内RV有明显抑制作用,因此可以用于狂犬病毒感染的特异辅助性救治研究。     

大肠杆菌Small RNA EsrE的转录调控

【背景】大肠杆菌中Small RNA EsrE调控琥珀酸脱氢酶的表达并影响细胞生长,对其调控机制的探究有利于加深EsrE对细胞生长影响的认识。【目的】探究大肠杆菌Small RNA EsrE的转录调控机制。【方法】通过双质粒报告系统筛选转录调控因子,并通过凝胶迁移实验(electrophoretic mobilityshiftassay,EMSA)和qRT-PCR研究方法验证转录调控因子。【结果】双质粒报告系统证明RNA聚合酶亚基σ~(32) (RpoH)上调P_(esrE),β-羟酰-ACP脱水酶(FabZ)下调PesrE。EMSA结果和体内实验显示RpoH结合P_(esrE)片段,FabZ不结合P_(esrE)片段。【结论】RpoH直接结合启动子序列参与调控,FabZ以其他方式间接参与Small RNA EsrE的转录调控。     

SARS冠状病毒非结构蛋白Nsp的原核表达

严重急性呼吸综合征病毒,即SARS冠状病毒((Severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV),为具有囊膜的单股正链RNA病毒,基因组约长29～31kb.基因组从5′到3′端依次编码复制酶蛋白(Rep)、刺突蛋白(S)、囊膜蛋白(E)、膜蛋白(M)和核蛋白(N)以及其他一些辅助性蛋白[1].     

用于直接固定全细胞中mRNA的快速吸印技术

溶于NaI的信使RNA(mRNA)将吸附在硝酸纤维素膜上。在低温下,核糖RNA、天然DNA和变性DNA的结合是很少的。固定的mRNA使用于分子杂交,并可被翻译成蛋白质,或反转录成DNA。     

大麦黄花叶病毒属成员UTR系统进化树分析及编码蛋白跨膜结构推测

对大麦黄花叶病毒属成员的同源性和系统进化树分析表明 ,同一病毒RNA1和 2基因组 5′ UTR区域在进化上的相关性高于不同病毒同一RNA组分间的关系 ,而 3′ UTR则相反。蛋白质二级结构分析显示RNA1编码的P3和 14K蛋白存在跨膜结构。BaMMVALS1分离物P3蛋白跨膜结构在大肠杆菌中原核表达时有致死作用。类比Potyviridae科其它属成员功能 ,此 2个蛋白可能与膜附着功能相关。RNA2编码的P2蛋白存在两个结构保守的跨膜区域 ,一些摩擦接种保存的大麦和性花叶病毒 (BaMMV)分离物和燕麦花叶病毒 (OMV)P2蛋白此两个结构(或一个 )缺失后 ,不能由介体禾谷多粘菌 (P .graminis)传播 ,揭示P2蛋白跨膜结构与禾谷多粘菌传播能力相关