广西野生桃金娘SRAP体系优化及建立北大核心CSCD

利用均匀设计方法优化了桃金娘SRAP反应体系。得出最佳反应体系,其总反应体积为25μL,包括2.5μL10×PCR buffer,1.0U Taq DNA聚合酶,20 ng模板DNA,0.2 mmol.L-1 dNTPs,0.3μmol.L-1引物,2.5 mmol.L-1Mg2+。采用优化的扩增体系,以Me1-Em11引物组合对8个参试种质进行SRAP扩增,扩增出的条带清晰、多态性好。所确立的体系稳定可靠,适于进行桃金娘的SRAP遗传分析。     

丹参MSAP分子标记技术体系的优化及其应用

以陕西省野生丹参为材料利用正交设计对MSAP预扩增和选择性扩增体系中关键因素优化筛选,以建立适合丹参的MSAP反应体系,并用于5个野生丹参居群表观遗传多样性分析.结果表明:25μL MSAP双酶切反应体系中加入EcoRⅠ和MspⅠ各10 U,37℃酶切8 h,酶切较充分;最佳预扩增反应体系25μL,包含连接产物2.5μL,Mg2+(25 mmoI/L)1.0μL,dNTPs(2.5 mmol/L)2.0μL,Taq酶(5 U/μL)0.4μL,上下游引物E00/HM00(50ng/μL)各1.0μL;最佳选择性扩增反应体系25μL,包含稀释100倍的预扩增产物1.5 μL,Mg2+(25 mmol/L)2.0μL,dNTPs(2.5 mmol/L)2.0μL,Taq酶(5 U/μL)0.1μL,上下游引物E-ACG/HM-CAA(50 ng/μL)各0.8μL.选用5对引物组合对5个野生丹参居群的50个单株进行表观遗传多样性分析,平均DNA甲基化多态性谱带为95.48%;UPGMA聚类分析结果表明,50个丹参单株在相似性系数0.58处可分为3大类.     

石蒜SRAP-PCR扩增体系的建立与优化

以陕西产野生石蒜〔Lycorisradiata (L’Hr.)Herb.〕为材料,通过单因子实验分别研究了模板DNA、Mg2 、dNTPs、引物浓度及Taq DNA聚合酶用量对石蒜SRAP分子标记扩增体系的影响,并对扩增体系进行了优化。优化后的反应体系总体积为10μL,含20ng模板DNA、3.0mmol·L-1Mg2 、0.20mmol·L-1dNTPs、0.4μmol·L-1引物和0.50UTaq DNA聚合酶。运用优化体系对9个石蒜居群的基因组DNA进行扩增,获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富。说明SRAP-PCR可用于石蒜属植物的亲缘关系、系统演化、物种鉴别和遗传多样性等领域的研究。     

节瓜ISSR-PCR反应体系的建立与正交优化

旨在开展节瓜种质资源分类鉴定与遗传多样性研究。通过正交试验设计与单因素分析相结合的方法,对节瓜ISSR-PCR反应体系5个因素(模板DNA浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度与Taq聚合酶浓度)在4个水平上进行优化分析,建立了节瓜稳定可靠且具丰富多态性的最佳反应体系,进而对引物退火温度进行梯度试验分析。结果表明,20μL节瓜ISSRPCR最佳反应体系为70 ng模板DNA、0.2 mmol/L dNTP、1.2 mmol/L Mg2+浓度、0.96μmol/L引物、0.8 U Taq DNA聚合酶和2.0μL10×buffer;引物IS807最佳退火温度为53℃。以此为基础,利用4条引物对4份节瓜种质进行最佳反应体系稳定性验证,证明该体系稳定可靠、扩增谱带清晰、多态性丰富且重复性较好。     

岩白菜ISSR-PCR反应体系的优化

目的:优化岩白菜ISSR-PCR反应体系,为利用ISSR标记进行岩白菜遗传多样性研究服务。方法:采用5因子4水平正交设计法优化岩白菜ISSR-PCR反应体系。结果:五个因子从大到小的影响力排序结果为:dNTPs>Mg2+>模板DNA>引物=Taq酶。岩白菜ISSR-PCR最佳反应体系为:总体积25μL,内含10×PCR缓冲液2.5μL、2.5 mmol.L-1Mg2+、2.0 U Taq酶、0.2 mmol.L-1dNTPs、0.48μmol.L-1ISSR引物、125 ng模板DNA。结论:研究获得的最佳反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力强、重复性好等特点,为利用ISSR标记技术研究岩白菜遗传多样性奠定了基础。     

青花菜SRAP-PCR体系优化与品种分子鉴定

本试验对青花菜基因组DNA的SRAP-PCR体系中主要影响因子Mg2+、dNTPs和引物浓度进行了优化。结果表明,反应体系中适宜浓度为Mg2+1.5-3.0mmol/L,dNTPs0.4mmol/L,引物0.25-0.50μmol/L(模板DNA约20ng,16μL反应体系)。运用优化的反应体系,对20个青花菜品种进行分子鉴定,从10个引物组合中筛选到7个多态性引物组合,获得60个多态性位点,平均每个引物组合在供试品种中产生8.6个多态性位点,鉴别品种数4.3个。双引物组合me1/em6与me2/em9可以区分所有供试材料。     

麻栎SRAP-PCR体系优化与遗传多样性分析

对麻栎基因组DNA的SRAP-PCR体系中dNTP、Taq酶、Mg2+、引物、模板DNA进行正 交试验优化,结果表明最佳反应体系为dNTP浓度为0.3 mmol*L-1,Taq酶1.5U, Mg 2+浓度为2mmol*L-1,引物浓度0.2ìmol*L-1,模板DNA 40ng(20ìL反 应体系).运用优化体系,从110对SRAP引物组合中,筛选出多态性较好的8对SRAP引物,对8 个不同地区麻栎进行SRAP标记分析.共检测到45个多态性位点,多态性条带百分比为51.72% .应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),建立了麻栎亲缘关系树状图,表明SRAP可有效用于麻栎种质资源鉴定与遗传多样性分析.     

桂花SRAP—PCR体系的确立及验证

以桂花[Osmanthus fragrans (Thunb. ) Lour. ]品种'早银桂'的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、 dNTPs和引物浓度以及Taq DNA聚合酶用量进行单因子实验, 确立了适合桂花总DNA的 SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10 μL,包括30 ng模板DNA、 2.5 mmol·L-1 Mg2+ 、 0.20 mmol·L-1dNTPs、 0.4 μmol·L-1上下游引物和0.75 U Taq DNA聚合酶及1×PCR buffer.采用SRAP引物组合pm21-em8,以78个桂花品种的总DNA为样品,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,共扩增出632条带,多态性条带百分率75.32%;扩增位点15个,多态性位点百分率为86.67%.运用优化的SRAP-PCR体系,使用筛选出的18对SRAP引物组合对88个桂花品种、1个桂花野生种以及2个外类群[柊树O. heterophyllus (G. Don) P. S. Green和华东木犀O. cooperi Hemsl. ]的总DNA进行扩增,共扩增出296个位点,其中多态性位点248个,多态性位点百分率为83.78%.实验结果显示,运用优化的SRAP-PCR反应体系获得的DNA条带清晰、扩增结果稳定、多态性较丰富;SRAP分子标记可用于桂花遗传多样性、品种资源鉴定、亲缘关系以及系统进化等方面的研究.     

SRAP 分子标记分析体系的建立及白簕资源亲缘关系分析

本实验对影响SRAP-PCR体系中的Mg2+、dNTPs和引物浓度等因子进行了体系优化,建立了一套适合白簕SRAP检测的25μL反应体系:1.5mmol/LMg2+,1.5mmol/LdNTPs,1μmol/L引物,10ng模板DNA,1.5UTaqDNA聚合酶;进一步以白梗簕菜为模板,利用优化的体系进行多态性标记引物组合分析,共筛选出17对引物;利用这些引物对7个白簕品种进行SRAP遗传多样性分析,共扩增出461条谱带。其中多态性谱带155条,多态性谱带比率为33.6%,白簕品种间的相似系数为0.7077~0.9474。经UPGMA聚类分析结果显示,所检测的7个白簕品种分为两大类,其中亲缘关系较近的青梗簕菜和细叶密刺簕菜聚成了一组;而其余的4个种,包括白梗簕菜、细叶小刺簕菜、紫柄簕菜、大叶大刺簕菜和红梗簕菜,聚成另一组。     

濒危物种胡杨和灰叶胡杨总DNA提取及RAPD体系优化

以濒危物种胡杨和灰叶胡杨硅胶干燥的叶片为材料,研究其总DNA提取方法及RAPD-PCR体系优化条件。结果表明,用改良CTAB法提取的DNA适用于胡杨和灰叶胡杨的RAPD分析。优化的胡杨和灰叶胡杨RAPD-PCR体系为:20μL的反应体系中含Mg2+2.5 mmol·L-1、dNTP 0.15 mmol·L-1、引物0.2μmol·L-1、模板DNA100 ng和1.5 U Taq DNA聚合酶。用6条多态性引物对优化体系的稳定性进行检测,结果显示扩增结果稳定,多态性丰富。该优化体系为在分子水平开展胡杨和灰叶胡杨的保护生物学研究提供了技术支持和参考。     

莲SRAP-PCR反应体系的优化与建立

以中国古代莲(Nelumbo nucifera)和美洲黄莲(N.lutea)为材料,利用单因素分析法对影响莲SRAP-PCR扩增效果的模板、Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物浓度进行了探索和研究.获得了能稳定扩增莲基因组的SRAP-PCR最佳10 μL反应体系:模板DNA浓度为50 ng、1μL10×Buffer、MgCl2浓度为2 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度为0.75 U、正反向引物浓度均为0.8μmol/L.为检测该优化体系的稳定性,进一步选取16对引物组合对88份花莲核心种质进行PCR扩增,获得了183条清晰的谱带,其中165条具有多态性,比率为90％,说明建立的莲SRAP反应体系是稳定可靠的.莲SRAP-PCR反应体系的优化和建立,为利用SRAP标记技术深入开展莲的遗传多样性评价、遗传连锁图构建和分子辅助育种等研究提供成熟的技术体系支撑.     

狗牙根SRAP-PCR反应体系的优化

本研究以狗牙根幼叶为为试材,采用单因子试验和正交设计试验2种方法,对SRAP-PCR反应体系进行优化试验,结果表明狗牙根25μL SRAP-PCR最佳反应体系为:1.5 mmol/L Mg~(2+)、0.25 mmol/L dNTP、0.4 μmol/L引物、1.5 U Taq酶和80 ng模板DNA,最佳退火温度为50.6℃.运用该体系对30份狗牙根种质进行验证,电泳结果显示扩增条带清晰、多态性高,证明该体系稳定可靠,这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对狗牙根进行分子生物学研究提供了帮助.     

SRAP体系中苔藓植物遗传多样性分析中的正交优化及初步应用

以黄灰藓为材料,通过正交法优化SRAP-PCR反应条件,并在此基础上对11种苔藓植物进行遗传多样性分析。结果表明:苔藓植物SRAP反应(25μL体系)的最佳条件为:40 ng DNA模板,2.5 mmol/LMg~(2+),0.3 mmol/L dNTP,15 pmol引物,1.5 U Taq酶。用30对引物组合进行筛选,有5对引物组合扩增条带清晰,重复性好,共扩增出65条带,其中多态性条带63条,多态性比率为96.9%。通过SPSS11.5分析软件对扩增结果进行聚类分析,结果与形态学分类基本一致,说明SRAP技术可用于苔藓植物的遗传多样性研究。     

光萼荷属植物SSR反应体系确立与指纹图谱构建

利用正交试验设计优化并确立光萼荷属（Aechmea）植物SSR反应体系,构建部分光萼荷属植物的SSR分子指纹图谱。结果表明：光萼荷属植物的最佳SSR反应体系为10 μL总体积包括1×PCR buffer、Mg²⁺ 2.0 mmol·L^-1、dNTPs 200 μmol·L^-1、引物2.5 μmol·L^-1、模板DNA 90 ng和Taq DNA聚合酶1.5 U。利用该体系和6对SSR引物对15份光萼荷属植物进行扩增反应和电泳检测,其中M1、M3、M4等3对SSR引物扩增图谱清晰、多态性较高,均能将该15份光萼荷属植物鉴别出来,初步建立了15份光萼荷属植物的SSR分子指纹图谱,进一步证明该SSR反应体系稳定可靠,可以有效用于光萼荷属植物种质资源鉴定。     

南药益智SRAP-PCR体系优化及引物筛选

为了建立适用于南药益智的SRAP-PCR体系,并筛选特异性引物用于研究不同地理居群的南药益智的遗传多样性,采集了海南不同地理居群的益智资源,利用植物基因组DNA提取试剂盒提取益智基因组DNA,并检测其纯度和浓度。采用正交试验对SRAP-PCR体系进行优化,最终建立了最优反应体系（总体积为25 μL）：Taq酶0.5 U,dNTPs 4 mmol/L,Mg2+ 2 mmol/L,引物各2 μmol/L,DNA模板10 ng,10×PCR buffer 2.5 μL。再利用最优反应体系对144对引物进行筛选,共获得7对特异性引物,其扩增片段的大小均在100~2 000 bp以内且分布较均匀,多态性条带比率皆达85%以上。该研究结果为南药益智遗传多样性的研究奠定了基础。     

利用正交设计优化异色瓢虫SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验,试验结果用DPS和MINITAB软件进行分析,建立了异色瓢虫SRAP-PCR反应的最佳体系,即在20μL体系中模板50~100ng、引物0.25μmol/L、dNTPs0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、Mg2+0.375~0.625mmol/L。并对反应体系进行梯度退火试验,得到最佳退火温度为50.3℃。这一优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行瓢虫遗传图谱的构建、多态性分析和基因定位奠定了技术基础。     

罗汉果SRAP反应体系的建立与优化

建立适合罗汉果的SRAP-PCR扩增体系,为罗汉果的遗传图谱构建及基因定位奠定基础。实验对罗汉果SRAP-PCR反应体系的影响因素(引物,dNTP,Taq酶,Mg~(2+),模板DNA)在多个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了罗汉果SRAP-PCR反应的最佳体系(10μL):引物0.6μmol/L、dNTP0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、Mg~(2+)2.0 mmol/L和模板DNA 30 ng。该体系的建立能很好的满足罗汉果基因组DNA的扩增要求,SRAP标记应用于罗汉果遗传研究是可行的。     

珍稀濒危树种毛红椿微卫星DNA分离及SSR反应体系优化

本研究以江西宜丰种源毛红椿为材料,成功提取其基因组DNA。利用改良的链亲和素磁珠法亲和捕捉出毛红椿基因组微卫星DNA片断,并构建了富含微卫星的基因组文库。从构建的基因组文库中随机挑选了63个单克隆进行测序,其中50个单克隆成功测序,含有微卫星的单克隆有18个,并根据测序结果设计并合成SSR引物18对。利用所合成的引物优化SSR反应体系,对影响SSR反应的各个因子进行了探讨。确定了模板DNA浓度最适浓度为30ng;dNTP的最适浓度为0.3mmol·L-1;0.3μmol·L-1是引物在反应体系中的最合适浓度。建立了重复性好、稳定性好的SSR反应体系,为下一步进行毛红椿群体遗传结构和遗传变异研究提供了技术支持。     

美国黑核桃SSR反应体系优化

优化SSR-PCR反应体系是黑核桃（Juglans nigra L.）SSR基因鉴定和群体遗传等研究的基础。本研究通过对PCR反应中Mg²⁺浓度、牛血清白蛋白（Bovine Serum Albumin,BSA）浓度、Taq聚合酶用量、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA量的组合以及PCR程序组合试验,确定了黑核桃SSR的最佳反应体系,即在10 μL的PCR反应体系中,含10 ng模板DNA,0.1 mg·mL^-1牛血清蛋白（BSA）,0.25 mmol·L^-1 dNTPs,1.5 mmol·L^-1 Mg²⁺ 1 μL 10X Taq DNA聚合酶反应缓冲液,0.5 U Taq聚合酶,1.0 mmol·L^-1单对引物（0.5 mmol·L^-13对引物）。SSR-PCR反应扩增程序为：94℃变性3 min;93℃变性15 s,50℃或者53.5℃退火1 min,72℃延伸30 s,32个循环;72℃后延伸10 min,置4℃保存。利用此反应体系对黑核桃进行PCR扩增并电泳检测,其结果清晰、稳定、可靠,适合进一步对黑核桃群体遗传、基因型鉴定和分子生态研究。