细菌性阴道病患者阴道分泌物16SrDNA序列分析

目的分析健康妇女及细菌性阴道病(Bacterial vaginosis,BV)患者阴道分泌物16S rDNA序列。方法提取20例健康妇女及40例BV患者阴道分泌物标本中的总DNA,针对细菌16S rDNA保守区设计通用引物进行PCR扩增、克隆、测序,将获得的16S rDNA序列与美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中的发表序列进行比对,分析克隆群中细菌种类和比例。结果通过阴道分泌物16S rDNA序列分析,发现健康妇女阴道分泌物中以卷曲乳酸杆菌(Lactobacillus crispatus),惰性乳酸杆菌(Lactobacillus iners),加氏乳酸杆菌(Lactobacillus gasseri)为优势菌种,而BV患者阴道菌群种类繁多,以加德纳菌属(Gardnerella)和奇异菌属(Atopobium vaginae)克隆子占较大比例,仅4例患者可见卷曲乳酸杆菌(Lactobacillus crispatus),其他患者均未见有乳酸杆菌克隆子且奇异菌属阴道病患者甲硝唑治疗疗效较差。结论健康妇女和BV患者阴道分泌物菌群种类有较大区别,BV患者在治疗前进行16S rDNA序列分析检测有较大的临床意义。     

农业有机废物与城市生活垃圾堆肥高温期微生物种群结构比较

通过PCR、克隆文库方法分析了农业有机废物和城市垃圾堆肥高温期间细菌和真菌种群的多样性.提取堆肥高温期的DNA,PCR扩增,构建各高温期的16S rDNA和18S rDNA克隆文库,结果表明:农业有机废物和城市生活垃圾16S rDNA克隆文库中分别共有18个、21个OTUs,分别属于细菌域的14个、15个不同属,其18S rDNA克隆文库中分别共有8个、9个OTUs,分别属于细菌域的8个、9个不同属,推断农业有机废物堆体的优势菌为Bacillus megaterium、Rhizobium sp.、Phanerochaete chrysosporium、Penicillium sp.同属或同种的菌株;城市生活垃圾堆体的优势菌为Bacillus megaterium、Azospirillum sp.、Phanerochaete chrysosporium同种或同属的菌株.     

空腹血葡萄糖及糖化血红蛋白在慢性肝病患者中诊断糖尿病的对比研究

目的:比较空腹血葡萄糖(FPG)和糖化血红蛋白(HbA1c)在肝病人群中糖尿病(DM)诊断中的意义.方法:对142例未诊断为DM的对象同时检测FPG和HbA1c.分别按1999年世界卫生组织(WHO)诊断糖尿病标准(FPG-≥ 7.0 mmol/L)和美国糖尿病协会(ADA)新标准(HbA1c≥ 6.5％),对研究对象进行分组(DM和非DM组),比较2个检测指标在诊断DM中的差异.以FPG为诊断DM的金标准,计算HbA1c诊断DM的灵敏度、特异度、预测值、似然比等诊断性能.结果:FPG均值在2种标准诊断的DM患者之间差异有统计学意义(P＜0.05),在2种标准诊断的非DM患者之间差异则无统计学意义(P＞0.05).HbA1c均值在2种标准诊断的DM患者间差异无统计学意义(P＞0.05),在2种标准诊断的非DM患者间差异无统计学意义(P＞0.05).HbA1c≥6.5％诊断糖尿病的灵敏度(S)为100％.特异度(Sp)为93％,阴性似然比(-LR)为0.00和阳性似然比(+LR)为14.29.结论:HbA1c在肝病人群中诊断糖尿病有较高的诊断灵敏度和特异度.     

应用16S rDNA克隆文库解析人工快速渗滤系统细菌种群多样性

本文出不穷通过构建16S rDNA克隆文库开展了人工快速渗滤(CRI)系统表层(10cm深)细菌种群多样性研究,结果表明,在CRI系统表层填料中细菌多样性十分丰富,存在7个主要类群,其中不可培养的酸杆菌纲(uncultured Acidobacteria)和其它不可培养细菌(uncultured bacteria)在整个克隆文库中比例最大,比例为53.72%,其次是浮霉菌纲(uncultured planctomycete)和β-变形菌纲(β-proteobacterium),分别占文库比例的13.89%和8.33%;克隆文库中反硝化菌的比例高于亚硝化单胞菌属细菌(O.925%),没有出现Nitrospira属的克隆子.本文通过16S rDNA克隆文库揭示了在生物膜上存在的优势茵为不可培养菌,而假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和紫色色杆菌(Chromobacterium sp.)等在平板分离培养中出现的频率较高,两种方法之间的结果存在差异.本研究采用16S rDNA克隆文库方法揭示的结果,将为CRI系统生物降解的进一步提高提供依据.     

柠檬酸废水IC反应器厌氧颗粒污泥真细菌结构分析

目的:分析柠檬酸工业废水IC厌氧反应器处理时产生的厌氧颗粒污泥中真细菌的菌群结构.方法:构建细菌的16S rDNA克隆文库,对文库中的16S rDNA基因序列进行测序,然后Blast比对,并进行分类、建系统发育树.结果:对获得的77个16S rDNA序列进行测序,按序列相似性≥97％的分类标准,这些序列可分为22个OTU,其中4个优势OTU分别与棒杆菌属(Corynebacterium)、梭菌属(Clostridium)、消化球菌属(Peptococcus)、疣微菌属(Verrucomicrobia)最为相近,其余OTU的克隆数较少.颗粒污泥中的真细菌主要为放线菌纲(Actinobacteria)、梭菌纲(Clostridia)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)以及δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)的细菌,分别占克隆总数的34/77、31/77、6/77、6/77.结论:该文研究了柠檬酸废水处理过程中产生的厌氧颗粒污泥中细菌的菌群组成和结构,为深入了解柠檬酸废水的厌氧处理过程提供了一定的理论借鉴作用.     

大庆油田油藏采出水的细菌群落结构

采用ARDRA (扩增性rDNA限制性酶切片段多态性分析)技术对大庆油田聚驱、水驱和过渡带3种油藏采出水中的细菌群落的基因组总DNA的16S rDNA克隆文库进行分析,研究了细菌群落结构.结果表明：随机挑取的596个阳性克隆可分为85个操作分类单元 (OTUs),其中聚驱、水驱和过渡带文库分别含有28、41和33个.通过对优势OTUs测序,并与GenBank进行序列比对,发现油藏采出水中的优势菌群为不动杆菌属、弓形杆菌属、厚壁菌门、假单胞菌属和硫磺单胞菌属.聚驱样品中细菌群落组成最简单,优势菌群为不动杆菌属,占库容的85%,假单胞菌属占7%;水驱样品中的优势菌群也是不动杆菌属,占库容的62%,假单胞菌属和硫磺单胞菌属各占20%和6%;过渡带文库的细菌群落的优势菌群为弓形杆菌属,占库容的50%,不动杆菌属和厚壁菌门各占19%和18%.     

应用16S rDNA克隆文库解析人工快速渗滤系统细菌种群多样性

本文通过构建16S rDNA克隆文库开展了人工快速渗滤(CRI)系统表层(10 cm深)细菌种群多样性研究, 结果表明, 在CRI系统表层填料中细菌多样性十分丰富, 存在7个主要类群, 其中不可培养的酸杆菌纲(uncultured Acidobacteria)和其它不可培养细菌(uncultured bacteria)在整个克隆文库中比例最大, 比例为53.72%, 其次是浮霉菌纲(uncultured planctomycete)和β-变形菌纲(β-proteobacterium), 分别占文库比例的13.89%和8.33%; 克隆文库中反硝化菌的比例高于亚硝化单胞菌属细菌(0.925%), 没有出现Nitrospira属的克隆子。本文通过16S rDNA克隆文库揭示了在生物膜上存在的优势菌为不可培养菌, 而假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和紫色色杆菌(Chromobacterium sp.)等在平板分离培养中出现的频率较高, 两种方法之间的结果存在差异。本研究采用16S rDNA克隆文库方法揭示的结果, 将为CRI系统生物降解的进一步提高提供依据。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

南美白对虾肠道微生物群落的分子分析

采用分子生物学手段16S rDNA克隆文库方法对实验室养殖条件下的南美白对虾肠道细菌进行了多样性研究。用限制性片段长度多态性(RFLP)方法从文库中筛选出可能不同细菌来源的克隆子12个,测定其16S rDNA片段核甘酸序列,将所获得的序列与GenBank数据库进行BLAST比对,结果表明:南美白对虾肠道的16S rDNA克隆文库中126个克隆子分属2个不同的细菌类群:变形细菌(Proteobacteria)和厚壁细菌(Firmicutes),其中厚壁细菌为优势菌群占到75.4%,且与最相似序列同源性均低于94%;变形细菌占到24.6%,与最相似序列同源性均高于98%,分别为希瓦氏菌属(Shewanella),泛菌属(Pantoea),Aranicola属,假单胞菌属(Pseudomonas)和弧菌属(Vibrio)。     

健康妇女及3例细菌性阴道病患者阴道菌群的非培养分析

根据Amsel标准及Nugent标准, 确诊筛选健康妇女及细菌性阴道病(bacterial vaginosis, BV)患者各3例。提取其阴道分泌物样本的总DNA, 构建16S rRNA基因克隆文库, 并对阳性克隆进行ARDRA和测序分析。结果表明, 健康妇女样本的基因文库中, 分别以卷曲乳酸杆菌(L. crispatus)和惰性乳酸杆菌(L. iners)的克隆子占较大比例, 另外存在少量的阴道乳酸杆菌(L. vaginalis)或詹氏乳酸杆菌(L. jensenii)的克隆子。BV患者样本的基因文库中, 克隆子所代表的菌种类型明显增多, 但均以阴道加德纳氏菌(Gardnerella vaginalis)和阴道阿托波氏菌(Atopobium vaginae)的克隆子占较大比例, 且无乳酸杆菌克隆子。说明健康妇女阴道菌群的种类单一, 以乳酸杆菌占优势, L. iners为优势菌种之一; BV患者阴道菌群的种类复杂多样, 但均以Gardnerella vaginalis及Atopobium vaginae共同占优势。     

Determination of stoichiometry of radioiodination of proteins

A sensitive method for the detection of small quantities of hydrophobic antioxidant free radical scavengers such as butylatedhydroxytoluene (BHT) and butylatedhydroxyanisole (BHA) in aqueous samples is described. The procedure involves extraction of the hydrophobic free radical scavenger into an organic solvent phase, followed by the subsequent reaction of an aliquot of this extract with the stable cation radical tris(p-bromophenyl)amminium hexachloroantimonate (TBACA). In experiments with BHT and BHA, the loss of TBACA absorbance at 730 nm was found to be linearly proportional to the amount of antioxidant added, with quantities of BHT as small as 200 pmol being easily detectable. In aqueous suspensions of dimyristoylphosphatidylcholine vesicles, assays of the aqueous BHT concentration showed that BHT partitioned strongly into the membrane phase, achieving very high BHT/phospholipid ratios. For a given concentration of BHT, partitioning into the membrane phase was greater in large, multilamellar liposomes than in either small, single-walled vesicles or in purified rat brain synaptic vesicle membranes. Direct assay of BHT and BHA in phospholipid membranes, however, was complicated by a nonspecific interaction between TBACA and the phospholipid.     

六种藓类植物茎的比较解剖学研究

通过对6种藓类植物,即褶叶青藓(Brachythecium salebrosum(Web.et Mohr.)B.S.G.)、湿地匐灯藓(Plagiomnium acutum(Lindb.)Kop.)、侧枝匐灯藓(Plagiomnium maximoviczii(Lindb.)Kop.)、大凤尾藓(Fissidensnobilis Griff.)、大羽藓(Thuidium cymbifolium(Doz.et Molk.)B.S.G.)和大灰藓(Hypnum plumaeforme Wils.)嫩茎和老茎的石蜡切片和显微观察发现,同一藓类植株的嫩茎和老茎,茎结构稳定,不同种藓类植物茎横切面具有不同特征.植物体茎横切面形状、表层细胞的层数、细胞大小和细胞壁厚薄、皮层细胞大小和形状、中轴的有无以及比例等特征可以作为藓类植物的分科分类依据之一.