复合益生菌制剂对人体肠道菌群组成的调节作用

为了研究复合益生菌制剂对人体肠道菌群的调节作用,该实验招募到15名健康志愿者,连续服用4周的复合益生菌制剂。干预前后收集志愿者的粪便样品,通过16S rDNA扩增子测序技术分析干预前后粪便中肠道菌群组成的变化。其结果表明：复合益生菌制剂干预4周后,人体肠道菌群的Shannon指数和Evenness指数不变（p>0.05）;在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度增加;在属水平上,除乳杆菌属（Lactobacillus）和双歧杆菌属（Bifidobacterium）的相对丰度增加以外,复合益生菌制剂干预对柯林斯菌属（Collinsella）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、多尔氏菌属（Dorea）和真细菌属（Eubacterium）等肠道内产氢气细菌的相对丰度也产生影响。由此认为,该复合益生菌制剂具有调节肠道菌群组成的作用,能够提高肠道内一些有益菌的丰度。     

基于代谢组学辨析广西长寿饮食模式对机体的有益影响

为了深入探究饮食与机体健康状态的关系,本研究试图从代谢组学的角度,评估所构建的广西长寿饮食模式对人体的有益影响。筛选志愿者在经过2周习惯性饮食后,高依从性地遵循这种饮食模式2周,在习惯性饮食前,广西长寿饮食前（习惯性饮食后）和广西长寿饮食后3次分别采集志愿者的血液和粪便样品,进行代谢组学分析。归纳所得结果发现,广西长寿饮食干预后志愿者血清组氨酸、甘油、α-葡萄糖和β-葡萄糖相对丰度显著增加（P<0.05）,胆碱和乳酸的相对丰度显著降低（P<0.05）。此外还发现,粪便中的乙酸盐和丁酸盐含量显著上升（P<0.05）。代谢物组富集分析和途径分析结果表明,这些代谢物的变化可能与糖酵解/糖异生途径、丙酮酸代谢和半乳糖代谢3条途径密切相关。通过对差异代谢物的分析,认为广西长寿饮食模式对改善机体炎症水平、调节机体健康状态、预防机体罹患心血管疾病具有一定的作用。上述结果也从代谢组学角度对饮食促进机体健康长寿的关系提供了一定机制方面的阐释。     

小米饲料干预对高脂膳食联合STZ诱导糖尿病大鼠肠道菌群的影响（网络首发、推荐阅读）

肠道菌群在Ⅱ型糖尿病的发生和发展过程中发挥重要作用,为了进一步全面探究小米饲料干预对糖尿病大鼠肠道菌群的影响,采用16S rRNA高通量测序技术,分别从横（不同组别）、纵（干预前后）两个维度全面比较了高脂饲料联合链尿佐菌素（Streptozotocin,STZ）诱导糖尿病大鼠经小米饲料饲喂后肠道微生物结构、组成及相对丰度的变化。结果显示,小米饲料干预后,糖尿病大鼠肠道内拟杆菌门和厚壁菌门比值下降,瘤胃球菌属（Ruminococcus_2）和乳酸杆菌的相对丰度显著增加,布劳特氏菌属的相对丰度显著减少,并且均与生理指标具有一定相关性,表明小米饲料干预能够在一定程度上逆转Ⅱ型糖尿病对大鼠肠道菌群的影响,使大鼠肠道微生物组成向着更为健康的方向发展。     

凝固型苦荞酸奶对小鼠肠道菌群的调节作用

通过动物实验,利用实时荧光定量聚合酶链式反应方法、气相色谱-质谱、Illumina高通量测序技术,对小鼠肠道菌群数量和种类,以及主要代谢产物——短链脂肪酸（乙酸、丙酸、丁酸、乳酸）的含量进行分析,探究凝固型苦荞酸奶对小鼠肠道菌群的调节作用。结果表明：与对照组相比,凝固型苦荞酸奶使肠道中3 种有益菌（乳酸杆菌、双歧杆菌、柔嫩梭菌）的数量分别增加了523.81、911.01、12.18 倍,3 种有害菌（肠杆菌、肠球菌、拟杆菌）的数量分别减少了99.89%、97.31%、99.02%。同时,凝固型苦荞酸奶组小鼠粪便中的乙酸、丙酸、丁酸、乳酸的含量分别增加了36.87%、75.59%、56.26%、92.36%,且效果优于普通酸奶组。高通量测序结果表明,凝固型苦荞酸奶较普通酸奶可以显著增加小鼠肠道菌群多样性,在门水平上显著降低厚壁菌门和疣微菌门的丰度,显著提高拟杆菌门的丰度（P＜0.05）;且在属水平上显著提高norank_f__Bacteroidales_S24-7_group、Faecalibaculum菌属的相对丰度,显著降低Ruminococcaceae_UCG-014、unclassified_f__Lachnospiraceae、Lachnospiraceae_UCG-006菌属的相对丰度（P＜0.05）,提高肠道菌群优势菌属的地位。综上所述,凝固型苦荞酸奶相较于普通酸奶,可以更好地促进小鼠肠道内有益菌的增殖并抑制有害菌的增殖,促进短链脂肪酸的生成,增加肠道菌群多样性,优化菌群结构。     

小米膳食干预对糖耐量受损患者肠道菌群的影响

近年来,小米因其丰富的营养成分和潜在的健康功效而备受关注。为了进一步探究小米膳食干预对糖耐量受损（IGT）患者肠道菌群的影响,解析肠道菌群在小米降糖过程中的作用,本研究采用16S rRNA高通量测序技术,对比分析了12周小米膳食干预前后64名IGT患者肠道微生物组成和相对丰度的变化。结果表明,12周小米膳食干预可显著提高IGT患者肠道微生物的OUTs数量和α多样性指数,显著提高厚壁菌门的相对丰度和厚壁菌门/拟杆菌门比值,显著提高柔嫩梭菌属的相对丰度。此外,空腹血糖和胰岛素抵抗指数均可显著影响IGT患者的肠道菌群。本研究结果提示,小米膳食干预或能通过促进益生菌增值和改善肠道菌群失调来改善机体血糖代谢。     

超高压处理对太平洋牡蛎（Crassostrea gigas）肠道菌群的影响

为研究超高压（ultra-high pressure,UHP）处理对太平洋牡蛎（Crassostrea gigas）肠道菌群的影响,该研究通过16S rRNA测序的方法,分析100、200、400 MPa超高压处理5 min后牡蛎肠道菌群结构的变化。鲜活牡蛎肠道菌群主要以弧菌属（Vibrio）、支原体属（Mycoplasma）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、Roseimarinus、丙酸菌属（Propionigenium）、Psychrilyobacter、气单胞菌属（Aeromonas）、油螺旋菌属（Oleispira）和黄单胞菌属（Xanthomonas）为主。超高压处理后,牡蛎肠道菌群的Chao1指数和ACE指数有所提高,而Shannon指数有所下降;葡萄球菌属、气单胞菌属、类香味菌属（Myroides）、肠球菌属（Enterococcus）和气球菌属（Aerococcus）的丰度显著降低;而黄杆菌科（Flavobacteriaceae）和红杆菌科（Rhodobacteraceae）的海洋特色菌属的丰度显著增加,如400 MPa处理后,牡蛎肠道菌群主要由黄杆菌科组成,占比超过70%。此外,超高压处理能有效消除牡蛎肠道中常见腐败菌,如交替假单胞菌属（Pseudoalteromonas）和希瓦氏菌属（Shewanella）。这些结果表明,超高压处理可显著降低牡蛎肠道菌群的数量和多样性,并能有效减少牡蛎肠道中致病微生物菌属的丰度,使菌群结构的安全风险降低。     

大果山楂发酵液改善高脂饮食小鼠肥胖指标和肠道菌群多样性

研究大果山楂发酵液对高脂饮食小鼠体质量、体脂肪、血脂及肠道菌群的影响。将32只C57BL/6雄性小鼠随机分为4组：正常组、高脂饮食组、低浓度大果山楂发酵液组和高浓度大果山楂发酵液组,处理12周,测定相关肥胖指标和肠道菌群。结果表明,大果山楂发酵液可抑制由高脂饮食导致的体质量、内脏脂肪指数和肝脏指数增加;降低高脂饮食小鼠总胆固醇（TC）、肝甘油三酯（TG）和低密度脂蛋白（LDL）含量;增加高脂饮食小鼠肠道菌群丰度和多样性,提高拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度,降低厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度;8种菌的相对丰度在高脂饮食组和大果山楂发酵液组差异显著（P＜0.05）。     

基于SHIME研究橘皮汤对肠道菌群结构的影响

本研究基于人体肠道微生态系统模拟装置(simulator of the human intestinal microbial ecosystem,SHIME),引入人体肠道微生物模拟人体体外微生态,通过16S rRNA高通量测序技术分析橘皮汤对肠道菌群的影响,通过气相色谱技术分析橘皮汤对肠道菌群代谢产物短链脂肪酸的影响。结果显示橘皮汤干预后韦荣氏球菌属水平相对丰度在干预期下降了33.65%、在维持期下降了92.78%,克雷伯菌属水平相对丰度在干预期下降了63.60%、在维持期下降了67.82%,巨单胞菌属水平相对丰度在干预期升高了27.5%、在维持期升高了62.61%;短链脂肪酸中乙酸含量先下降后上升,总体增加了3.21%,丙酸含量减少了45.43%(p<0.01),异丁酸、丁酸、异戊酸与戊酸的含量显著增加(p<0.01),分别增加了52.94%、40.86%、48.94%和80.00%。橘皮汤干预能起到改变肠道微生物多样性的功效,并具有调节菌群丰度水平的作用,表现出抑制韦荣氏球菌属、克雷伯菌属等肠道有害微生物的生长,并对肠道菌群代谢产物短链脂肪酸的产生有一定的促进作用,有效改善了人体肠道菌群结构。     

焦谷氨酸对高盐饮食小鼠肠道健康及肠道菌群的作用

建立高盐饮食小鼠模型,给予小鼠焦谷氨酸干预,通过对小鼠小肠病理学分析和形态学观察,检测炎性细胞因子、粪便中白蛋白渗漏量等相关物质,结合高通量测序分析小鼠盲肠内容物中菌群的α-多样性、β-多样性及基于门、属水平的物种组成,探究焦谷氨酸对高盐饮食小鼠肠道健康和肠道菌群的作用,开发其新应用方向。结果表明,焦谷氨酸可以显著缓解由高盐饮食引起的小鼠肠道结构损伤、降低小肠炎症细胞因子分泌水平。同时,焦谷氨酸可减少部分由高盐饮食导致显著增加的菌群丰度,例如拟杆菌属(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)等;另使部分在高盐饮食过程中减少的菌群丰度得到恢复和部分益生菌丰度增加,包括分节丝状菌(Candidatus Arthromitus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)等多种益生菌。综上,焦谷氨酸对高盐饮食小鼠机体显著的有益作用,可以稳定肠道结构、降低肠道炎症水平和改善肠道菌群结构和丰度。     

人乳与牛乳N-链寡糖组对小鼠肠道菌群的影响

目的：探究人乳N-链寡糖组（human milk N-glycome,HMN）与牛乳N-链寡糖组（bovine milk N-glycome,BMN）对小鼠肠道菌群的影响。方法：以C57BL/6J雄性小鼠为对象,首先在体外测定粪便菌群中与N-链寡糖相关的糖苷酶活性,并模拟粪便菌群对HMN与BMN的利用;然后将小鼠随机分为对照组、HMN和BMN处理组,灌胃21 d后,测定盲肠内短链脂肪酸（short chain fatty acids,SCFAs）的含量,并采用16S rDNA高通量测序分析肠道菌群的变化。结果：鼠粪便菌群中能够检测到β-半乳糖甘酶、α-岩藻糖苷酶及β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶等活性,且HMN与BMN均可被粪便微生物降解利用;体内实验发现,与对照组相比,HMN的摄入显著增加了肠道中总SCFAs的含量（P＜0.05）,而BMN组无显著变化（P＞0.05）;HMN与BMN的摄入均可显著影响鼠肠道菌群的组成,且两组之间也存在差异;在门水平上,与对照组相比,HMN的摄入降低了拟杆菌门的相对丰度,提高了厚壁菌门的相对丰度,而BMN的摄入降低了变形菌门的相对丰度;在属水平上,与对照组相比,摄入HMN与BMN后Muribaculaceae_norank与副鞭毛菌属的相对丰度均降低,拟杆菌属及粪肠球菌属的相对丰度均升高,HMN与BMN组之间的拟杆菌属、粪肠球菌属相对丰度差异不明显;此外,与对照组和BMN组相比,摄入HMN增加了小鼠肠道菌群中乳杆菌属、Erysipelotrichaceae-Unclassified与大肠埃希氏菌属的相对丰度,而BMN组的阿克曼菌属的相对丰度高于对照组与HMN处理组。结论：HMN与BMN能够显著影响小鼠肠道菌群的构成,实验可为了解N-链寡糖的功能和未来婴儿配方奶粉的开发提供参考。     

高脂饮食对不同性别小鼠肠道菌群的影响

本文以C57BL/6J小鼠为模式动物,研究高脂饮食对不同性别小鼠肠道微生物的影响。16只8周龄SPF级C57BL/6J小鼠,雌雄各半,以基础饲料喂养的小鼠为对照组,45%高脂饲料喂养的小鼠为实验组(每组4只)。饮食干预6周后,收集小鼠新鲜粪便并提取总基因组DNA,通过PCR扩增16S-rDNA的V3+V4区域并进行HiSeq2500高通量测序,分析菌群的组成及丰富度变化。结果显示,高脂饮食改变了小鼠肠道微生物组成及其多样性,在门分类水平上,较之对照组,雌性高脂组小鼠的变形菌门相对丰富度极显著下降(P<0.05),放线菌门相对丰富度显著升高(P<0.01),雄性高脂组小鼠的变形菌门相对丰富度极显著上升(P<0.01),放线菌门相对丰富度无明显变化。在种分类水平上,雌性高脂组小鼠的Lactobacillus_murinus菌种相对丰富度与对照组相比极显著升高(P<0.01),雄性高脂组较之对照组无显著差异。表明高脂饮食对雌性和雄性小鼠肠道微生物组成及结构的影响不同。本研究结果为深入研究饮食及性别因素对肠道微生物的影响提供依据。     

全小米膳食干预对轻度高血压患者肠道菌群的影响

本文研究了全小米膳食对轻度高血压患者肠道菌群的改善作用,结果表明,经过12周的全小米膳食干预,轻度高血压受试者的肠道菌群丰度得到显著提高,而多样性指数没有显著变化。属水平上,柔韧梭菌属和乳杆菌属的相对丰度得到显著提升(P﹤0.01),说明小米可调节轻度高血压受试者某些菌属的相对丰度。另外,以乳酸盐产生菌的积累、乙酸盐和丁酸盐产生菌的减少为特征的高血压受试者的肠道菌群失衡状态得到改善。其中丁酸盐产生菌的相对丰度增加较为明显,比基线时上升了20%。小米对轻度高血压受试者肠道菌群的改善作用为全谷物降压作用的机理研究提供了新思路。     

应用Illumina NovaSeq测序技术比较3 种杂粮对大鼠肠道菌群的影响

为探究燕麦、荞麦和小米对健康大鼠肠道结构、肠道菌群及肠道中短链脂肪酸（short-chain fatty acids,SCFAs）含量的影响,本实验将48 只SPF级雄性SD大鼠随机分为4 组（空白对照组（饲喂标准维持饲料）、燕麦组（饲喂含22%（质量分数,下同）燕麦的饲料）、荞麦组（饲喂含22%荞麦的饲料）和小米组（饲喂含22%小米的饲料））,每周测定大鼠体质量,12 周后处死大鼠,取肝脏、结肠组织及结肠内容物,对大鼠肝脏和结肠组织进行病理学检测;应用Illumina NovaSeq高通量测序技术检测大鼠肠道菌群变化;利用液相色谱-质谱联用仪检测大鼠结肠内容物SCFAs含量。结果表明,燕麦可增加大鼠肠道菌群多样性,提高大鼠结肠乳杆菌属（Lactobacillus）和阿克曼氏菌属（Akkermansia）丰度;荞麦和小米可增加厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度,降低疣微菌门（Verrucomicrobia）和拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度;燕麦、荞麦和小米均可降低拟杆菌属（Bacteroides）丰度;燕麦和小米可显著提高大鼠结肠内乙酸和总SCFAs含量（P＜0.05）,小米可显著提高丙酸和异丁酸含量（P＜0.05）。综上,燕麦对大鼠肠道菌群具有一定的改善作用,荞麦和小米对肠道菌群的影响相似度较高,相关研究结果可为谷物功能食品的开发提供科学依据。     

低聚果糖对C57BL/6小鼠肥胖预防及其肠道菌群的调节作用

为探究低聚果糖（fructooligosaccharides,FOS）对 C57BL/6小鼠肥胖预防及其肠道菌群的调节作用,将50 只雄性5 周龄C57BL/6小鼠随机分为5 组,正常组食用正常饲料,其他组通过食用高脂饲料构建肥胖模型,正常组、模型组灌胃给予生理盐水,实验组灌胃给予高、低剂量的FOS,阳性对照组灌胃给予奥利司他,实验进行6 周。采用高通量16S rRNA基因扩增测序、酶联免疫吸附测试等方法,分析FOS对C57BL/6小鼠的肥胖预防及肠道菌群的调节作用。结果表明,高、低剂量FOS都显著降低了肥胖模型小鼠的Lee’s指数、附睾脂肪指数（P＜0.05）,并显著升高了肥胖模型小鼠血清高密度脂蛋白胆固醇（high density lipoprotein cholesterol,HDL-C）浓度（P＜0.05）;高剂量FOS显著降低了肥胖模型小鼠的体质量增量及血清低密度脂蛋白胆固醇（low density lipoprotein cholesterol,LDL-C）、肿瘤坏死因子α（tumor necrosis factor α,TNF-α）、脂多糖（lipopolysaccharide,LPS）水平（P＜0.05）。在肠道菌群方面,与正常组相比,模型组小鼠的厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度显著升高（P＜0.05）,拟杆菌门（Bacteroidota）相对丰度显著降低（P＜0.05）。FOS干预组小鼠肠道菌群得到一定恢复,菌群组成与正常组趋近。综上,FOS可控制小鼠肥胖,改善其肠道菌群。     

发酵陈皮黑茶改善高脂饮食诱导的小鼠糖脂代谢紊乱

本研究通过高脂饮食诱导C57BL/6J小鼠建立代谢紊乱模型,探究发酵陈皮黑茶对小鼠的体质量增长、空腹血糖水平、糖耐量、胰岛素水平、血脂水平以及肠道菌群变化等的影响。结果表明,与模型对照组相比,0.75～3.00?g/kg?mb的发酵陈皮黑茶干预可以有效降低高脂饮食诱导的小鼠空腹血糖水平,3.00?g/kg?mb的发酵陈皮黑茶干预可以显著改善糖耐量水平,并改善早期肝脂肪沉积,其中,中剂量（1.50 g/kg mb）干预能够降低肝组织中的总胆固醇水平。肠道菌群分析发现,饮用发酵陈皮黑茶可以逆转高脂饮食导致的菌群相对丰度改变,降低变形菌门以及厚壁菌门/拟杆菌门比例;在属水平上,抑制脱硫弧菌属、乳杆菌属和乳球菌属,并增加梭菌属、Lachnospiraceae_NK4A136_group的相对丰度。代谢通路分析预测得出,发酵陈皮黑茶可以下调糖酵解关键酶乳酸脱氢酶、6-磷酸-β-葡萄糖苷酶,从而抑制与革兰氏阳性菌富集、黏附相关脂磷壁酸的合成。基于菌群分析结果推测,发酵陈皮黑茶可能有助于保护肠道上皮屏障,并作用于脂肪酸吸收、胆汁酸代谢及脂肪分解环节,发挥改善糖代谢、改善肝脏脂肪沉积的作用。因此,发酵陈皮黑茶具有调节肠道菌群、改善糖脂代谢的作用,是一种潜在的健康饮品。     

蛋氨酸限制对高脂饮食小鼠肠道氧化还原状态、炎症和菌群的影响

目的：研究饮食蛋氨酸限制对高脂饮食小鼠肠道氧化还原状态、炎症和菌群的影响。方法：将27 只SPF级雄性C57BL/6小鼠随机分为3 组,分别为正常饮食组（C：0.86%（质量分数,下同）蛋氨酸、4%猪油）、高脂饮食组（HM：0.86%蛋氨酸、20%猪油）、高脂蛋氨酸限制组（LM：0.17%蛋氨酸、20%猪油）,每周测定小鼠体质量,12 周实验结束后处死小鼠,并取血液、回肠、盲肠和结肠样品,测定血浆胆固醇（total cholesterol,TC）、甘油三酯（triglyceride,TG）、高密度脂蛋白胆固醇（high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C）、低密度脂蛋白胆固醇（low-density lipoprotein cholesterol,LDL-C）、脂多糖（lipopolysaccharide,LPS）和LPS结合蛋白（LPS-binding protein,LBP）的含量;测定回肠和结肠组织中氧化应激相关指标;用实时荧光定量聚合酶链式反应测定回肠炎症基因肿瘤坏死因子-α（tumour necrosis factor-α,TNF-α）、白介素-6（interleukin-6,IL-6）mRNA的表达水平;提取盲肠内容物DNA,用限制性末端酶切的方法分析小鼠盲肠内容物中菌群的变化;提取结肠内容物DNA,用高通量测序分析小鼠结肠内容物中菌群的变化。结果：与HM组相比,LM组小鼠体质量、血浆TC、TG和LDL-C水平显著降低（P＜0.05,P＜0.01）,HDL-C水平极显著增加（P＜0.01）;回肠总抗氧化能力和还原型谷胱甘肽/氧化型谷胱甘肽（glutathione/oxidizided glutathione,GSH/GSSG）的比值显著增加（P＜0.05）;结肠GSH/GSSG比值显著增加（P＜0.05）,丙二醛含量显著降低（P＜0.05）;血浆LPS和LBP水平显著降低（P＜0.05,P＜0.01）;回肠TNF-α、IL-6 mRNA的表达水平显著下调（P＜0.05）;盲肠菌群Shannon-Weiner指数与均匀度指数显著上升（P＜0.05）,结肠菌群中双歧杆菌和颤螺杆菌丰度显著增加（P＜0.05）。结论：饮食蛋氨酸限制具有显著改善高脂饮食小鼠肠道组织氧化还原状态、炎症反应和菌群结构的作用。     

抹竹膳食补充剂防护小鼠代谢综合征的试验研究

研究抹竹(源自竹叶的绿色微粉)作为膳食补充剂防治小鼠代谢综合症的作用及机制。将60只雄性C57小鼠随机分成6组,用高脂饲料造模并进行膳食干预,12周后测定体脂、血脂和血糖等多项指标,检测炎症因子、细胞因子及氧化应激水平,并对其肠道菌群进行分析。结果表明,饲料中添加2.5%苦竹-抹竹,对小鼠的体重控制效果最好,试验组较模型组下降10.9%(P<0.001),其次为等剂量的抹茶组(7.5%,P<0.001)。该剂量的苦竹-抹竹能显著抑制高脂饲料诱导的血脂和血糖异常,防止脂肪肝形成,使小鼠体内炎症因子水平显著下降(IL-6下降42%),瘦素和脂多糖水平显著降低(P<0.01),脂联素水平明显升高(P<0.01),肠道菌群保持良好的多样性。研究认为,抹竹通过降低机体氧化应激水平,抑制炎症因子分泌,改善肠道菌群结构等多种途径,有效防护了实验动物的代谢综合征。不同竹叶来源的抹竹中,苦竹效果好于冷箭竹,且2.5%的添加量优于5.0%。抹竹可望在人类社会不断高发的慢病防治中发挥积极作用。     

The Alternate Consumption of Quercetin and Alliin in the Traditional Asian Diet Reshaped Microbiota and Altered Gene Expression of Colonic Epithelial Cells in Rats

The diet of traditional Asian is similar to the Mediterranean that was considered as a healthy dietary pattern. The report was scarce on whether different plant‐derived components with similar anti‐oxidative and anti‐inflammatory function such as quercetin and alliin in traditional Asian diet consumed in an alternate style cooperatively affect health including the growth of host and the status of the gut microbiota and colonic epithelial immunity. In the present study, the effects of alternate consumption of quercetin and alliin on host health judging by the profile of gut microbiota and gene expression of colonic epithelial cells were investigated with the Illumina MiSeq sequencing (16S rRNA genes) and Illumina HiSeq (RNA‐seq) technique, respectively. The results showed that the alternate consumption significantly increased the rat body weight and reshaped the gut microbiota composition. At the phylum level, it significantly increased the relative abundance of fecal Firmicutes and Cyanobacteria but decreased that of Bacteroidetes (P < 0.05) and increased the relative abundance of Candidatus Arthromitus, Lactococcus, Geobacillus, and Ruminococcus at the genus level that benefits the host's health. The alternate consumption of quercetin and alliin also altered 13 genes expression involved in the KEGG pathways of complement and coagulation cascades and hematopoietic cell lineage to improve the gut immunity. Therefore, the alternate consumption of quercetin and alliin in traditional Asian diet can contribute beneficial metabolic effects by optimizing gut microbiota and altering the immunologic function of colonic epithelial cells, resulting in its potential to improve the sub‐health status.