一株生孢噬纤维细菌的16S rDNA 基因序列分析

利用双层平板法从土壤中分离获得了一株能够降解纤维素的好氧性滑动细菌--生孢噬纤维细菌Sporocytophaga sp.JL02,通过菌株基因组DNA的提取、16S r DNA的PCR扩增及克隆、16S r DNA的全序列分析等手段,对该菌株的16S rDNA的基因序列进行了研究.通过扩增,得到了一长度为1560bp的16S rDNA的基因,并对其基因序列进行了分析.     

基于末端产物和基因序列的SRB菌系统发育分析

为实现细菌的多相分类,应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采出液中分离到8株硫酸盐还原菌.通过对菌株的气相色谱末端产物测定,16S rDNA、16S～23S rDNA间隔区(ISR)序列克隆进行菌株的系统发育分析.结果表明:8株菌分别属于Salmonella(D2、I7)、Clostridium(F4、D10、H1)、Anaerofilum(A8、A18)、Enterobacter(E1).聚类分析表明,菌株的ISR序列长度差异较大,包含的tRNA种类和数目不同,间隔区序列可以作为16S rDNA序列系统发育分类的一个有力的补充;气相色谱末端产物相似的菌株,亲源关系比较接近,可以作为细菌鉴定的依据;其中16S rDNA序列作为细菌分类的主要依据,对存在争议的菌株,应该结合形态、生理生化特征和ISR序列以及气相色谱末端产物等综合对其进行系统分类.     

厌氧氨氧化细菌的分子生物学鉴定

采用分子生物学方法从厌氧氨氧化污泥中提取细菌总DNA,使用特异性引物进行PCR扩增。扩增产物经过克隆、测序后,得到厌氧氨氧化菌部分16S rDNA序列(长度为838 bp)。将得到的序列构建系统发育树进行分析。结果表明,厌氧氨氧化污泥中的厌氧氨氧化细菌与Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete(AJ131819)细菌在进化上关系最近,并将该类细菌暂命名为Anaerobic Ammonium-Oxidizing Planctomycete ASBBR Gene。     

嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

高效产氢新菌种的分离鉴定与16S rDNA全序列

为快速确定分离细菌的分类地位和获得高效产氢细菌,从生物制氢反应器活性污泥中,分离到一株高效产氢细菌.分离菌株能利用糖蜜废水生产氢气.分离菌株Rennanqilyfl的16S rDNA碱基为1517 bp,登记注册号为AY332397.为革兰氏阳性,杆菌,菌体端生2根鞭毛,鞭毛较长,无芽孢.菌株R1为中温嗜中性偏酸产氢菌,最佳生长代时为7.8 h.最佳生长温度为38℃;最佳生长pH为4.5;严格厌氧.单位体积产氢量(YH2)为1902.8 ml/L,每克干细胞最大产氢速率(QH2)为12.9 mmol/(g·h).该菌株的16S rDNA序列在GenBank中比较得出的最为接近的种分别来自Clostridium等5个菌属,其中与纤维素梭状菌亲缘关系最近,16S rDNA同源性为91%,其他则为89%-90%.新分离菌株Rennanqilyfl是一个与其最近的梭状菌属各成员都不相同的新种,暂命名为生物制氢菌属Biohydrogenbacterium Gen.Nov.Sp.Nov.     

长白山湿地细菌群落结构分析及优势菌株鉴定

对长白山北坡和西坡不同湿地的土壤细菌的群落结构及优势菌株进行了总体研究.采用PCR-DGGE分子生物学技术,对湿地土壤样品中总DNA的16S rDNA的V3区进行PCR扩增,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)对扩增产物进行分离.回收了26个清晰的条带,对其中19个特征性条带进行了测序,除了条带12、13、16为可培养的微生物外,其他16个条带都是不可培养微生物.通过传统培养法,利用MIDI微生物鉴定系统,对8种可培养的最优势菌株进行了分析,各菌种分别为Bacillus sp., Bacillus licheniformis, Virgibacillus pantothenticus, Bacillus cereus, Micrococcus luteus, Paenibacillus alginolyticus, 优势菌株间的相似性水平较低.     

浓香型白酒窖泥中总DNA提取方法的研究

本研究针对5种白酒窖泥总DNA提取方法（预处理＋DNA提取液＋SDS法,改进的化学裂解法,CTAB＋ SDS＋反复冻融,SDS细胞裂解法,玻璃珠＋CTAB＋溶菌酶法）,探索适合微生物多样性研究的细菌16S rDNA和真菌ITS-5.8S rDNA的PCR扩增的窖泥总DNA提取方法.结果表明,采用玻璃珠＋CTAB＋溶菌酶法和化学裂解法提取DNA无明显降解、重复性好,可用于后续细菌16S rDNA和真菌ITS-5.8S rDNA的PCR扩增.     

中国浓香型白酒窖池中原核微生物的特性及系统发育分析

利用PBS缓冲液富集窖池酒醅中的微生物菌体，研究窖池中微生物区系分布及相互关系。在分子分类水平上，运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定窖池中原核微生物的16S rRNA基因全序列，根据与基因数据库中相似菌群16S rDNA序列的同源性比较建立系统发育树图。结果发现：当浓香型窖池中酒醅发酵60d后，窖池中心部位仅有细菌分布且主要分为4个菌群，高G C(mol)％革兰氏阳性放线菌群、低G C(mol)％革兰氏阳性乳酸细菌群、梭杆菌群、革兰氏阴性紫细菌群，其中，β-紫细菌群约占窖池中原核微生物的80％。     

阿尔金山盐湖极端嗜盐古生菌的分离及16S rDNA序列分析

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种资源,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ2和AJ4,采用PCR方法扩增出其16S rRNA基因(16S rDNA),并测定了基因的核苷酸序列.基于16Sr DNA序列的同源性比较和系统发育学分析,发现菌株AJ2是Natrmema属中一个与其他成员不同的新种,命名为Natrinema ajinwuensis sp.nov.;菌株AJ4是Haloarcula属中成员argentinensis的一个亚种,取名为Haloar-cula argentinensis subsp.ajinwuensis.菌株AJ2和AJ4的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号分别为AY208972和AY208973.     

BEAC工艺中微生物群落变化和种群稳定性

为了解生物增强活性炭(BEAC)上微生物群落变化和种群的稳定性,从运行13 d、26 d和39 d的BEAC炭柱的上层、中层、下层进行取样,通过细胞裂解来获取基因组DNA,纯化后,用对细菌16S rDNA基因V3区具有特异性的通用引物F357-GC和R518对其进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,得到长约250 bp的PCR产物.用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对PCR产物进行分离,获得炭柱内微生物群落的16S rDNA基因V3区的指纹图谱.研究表明:随着反应器的运行,活性炭柱内微生物的群落结构、种类以及数量都具有时序动态性;原水带入的其他菌的种类和数量不断减少;人工强化固定的5株菌一直存在,它们在空间上呈现不同的分布,这些菌经历了动态的演替后,逐渐成为优势菌群,群落结构趋于稳定.固定化菌群的稳定性从根本上保证了整个系统的运行和处理效果的稳定性.     

附着型硫酸盐还原菌的分离及其定量检测

针对附着型硫酸盐还原菌(A-SRB)对管道和罐壁的腐蚀问题,应用Hungate厌氧技术对附着型硫酸盐还原菌进行分离、系统发育分析和定量检测研究.研究表明,在地面系统中的SRB菌里,附着型SRB菌占多数,该菌株主要分布在厚壁菌门梭菌纲(Clostridia)、变形菌门的γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria),其中梭菌属(Clostridium)为优势菌属,附着型的硫酸盐还原菌的种类比较新颖.通过安装在管壁上的检测装置和绝迹稀释法(MPN)联用实现附着型SRB菌的定量检测,该技术已在油田生产中实际应用.     

Length polymorphisms for intergenic spacer regions of 16S- 23S rDNA in members of the new hydrogen-producing bacteria

A method based on PCR amplification of the 16S rRNA gene (rDNA)-23S rDNA intergenic spacer regions (ISR) was developed for the identification of species within the novel group hydrogen-producing anaerobes. The sizes of the PCR products varied from 1264 to 398 bp. Strain of isolate Rennanqilyf 3 was characterized as having products of 1262,398,638,437 and 436 bp. The isolate Rennanqilyf 1 had product of 1264 bp. The isolate Rennanqilyf 13 had products of 1261,579 and 485 bp. Of the 3 species of the novel group hydrogen-producing anaerobes examined, no one was indistinguishable. Two environmental isolates were identified as hydrogen-producing bacteria, which were new species in present taxon. Rennanqilyf 3 could not be associated with any Clostridium sp. studied. Rennanqilyf 1 could be classified into Clostridium genus. The combination between 16S rDNA equencing and length polymorphisms of IRS in 16S-23S rDNA is a better method for determining species of the hydrogen-producing bacteria.     

硫酸盐还原菌Anaerofilum Pentosovorans A9鉴定及其生长因子研究

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田常规水驱采出液中分离到一株硫酸盐还原功能菌株A9,进行形态、生理生化、16S rDNA以及16S-23S rDNA间隔区序列鉴定以及生长因子研究.该菌株为G ,短杆状,能运动,具有硫酸盐还原功能,产H2S,兼性厌氧;能以水溶性聚丙烯酰胺为唯一碳源;A9菌株与Anaerofilum pentosovorans(AP716816S)的相似性水平达98%,初步鉴定可能为Anaerofilum属的新种,暂时命名为Anaerofilum pentosovoransA9.生长因子及其正交试验结果表明,pH、温度都达到极显著的水平,聚合物影响达到显著水平;菌株最适生长pH为8.0,喜中性偏碱环境;最适温度为40℃,属于嗜中温菌;聚合物质量浓度为600 mg/L生长较好,菌株对降低聚合物黏度效果明显;总矿化度最适生长范围为1.5×103-2.5×104mg/L.     

Isolation and identification of a sulfate reducing bacteria and sequence analysis of its dissimilatory sulfite reductase gene

A sulfate reducing bacteria was isolated from mining sewage of Daqing Oilfield by Hungate anaerobic technology. Physiological-biochemical analysis showed that the strain could utilize polyacrylamide as sole carbon and nitrogen source. The sequence analysis of 16S rDNA illustrated that the similarity of F8 and Desulfovibrio desulfuricans (AF192153) was 99%, and the similarity sequence of dissimilatory sulfite reductase gene (DSR) cloned from the strain and Desulfovibrio desulfuricans (AF273034) was 98%. Their phylogenitic analysis was basically anastomosed, and thus temporarily named as Desulfovibrio desulfuricans F8. The DSR cloned from F8 strain was 2740 bp in length consisting of three ORF, DSRA, DSRB and DSRD as a single operon (DSRABD) regulated by the same operator. DSRA contained typical conservative box of sulfate—sulfite reducing enzyme (SiteⅠand SiteⅡ), which could bind siroheme and [Fe4S4]. DSRB retained a [Fe4S4] binding site, with an uncomplimentary structure for siroheme binding. There was no conservative box in DSRD. Sequence analysis of DSR will provide a theoretical basis for quantitative detection, metabolic pathway modification through gene engineering, and sulfate reducing bacteria (SRB) suppression.     

生物制氢细菌分离培养与分子鉴定技术进展

分离鉴定、培养产氢发酵细菌是提高利用高浓度有机废水制氢系统产氢能力的重要因素.首先对连续流发酵法生物制氢系统进行工程调控和生态位调整,达到产氢最佳的乙醇型发酵阶段后,设计HPB-LR培养基,用改良Hungater等3种厌氧培养技术分离培养产氢菌;采用16S rRNA/rDNA序列分析和16S-23S rDNA间隔区测序技术对分离出产氢细菌进行鉴定.     

厌氧活性污泥PCR-DGGE图谱的优化

针对特种污泥PCR-DGGE图谱的优化一直是微生物分子生态学研究的重点.在反硝化抑制硫酸盐还原菌的研究中,研究厌氧硫酸盐还原污泥和反硝化污泥DNA的提取方法,应用通用引物958F/1401R扩增16S rDNA序列,探讨不同的退火温度对DGGE指纹图谱多样性影响,同时采用时间进程法对DGGE图谱进行优化.结果表明,采用PBS洗涤污泥和超声震荡有利于硫酸盐还原污泥DNA提取;采用958F/1401R为引物时,扩增片段大约500 bp,不同的退火温度对DGGE指纹图谱的多样性影响不显著;采用时间进程法可以很好地再现不同电泳阶段对样品的分离效果,最佳变性剂梯度为40%～60%,在130 V电压下,最佳电泳时间为5 h.     

海绵中生物表面活性剂生产菌的筛选及菌种鉴定

海绵（Marine sponge） 是一大类低等多细胞动物, 其体内及体表富集了大量的、不同种类的微生物.本文分别从繁茂膜海绵和南海海绵中,经富集培养、血平板分离、油扩散技术和表面张力测定等方法分离到高效产生物表面活性剂的菌株H10和菌株S6X.采用16S rDNA基因分析方法和传统生理生化实验方法对这两株菌进行了菌种鉴定,最后鉴定H10为短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）,S6X为帕氏假单胞菌（Pseudomonas palleronii）.     

海绵中生物表面活性剂生产菌的筛选及菌种鉴定

海绵(Marine sponge)是一大类低等多细胞动物,其体内及体表富集了大量的、不同种类的微生物。本文分别从繁茂膜海绵和南海海绵中,经富集培养、血平板分离、油扩散技术和表面张力测定等方法分离到高效产生物表面活性剂的菌株H10和菌株S6X。采用16S rDNA基因分析方法和传统生理生化实验方法对这两株菌进行了菌种鉴定,最后鉴定H10为短小芽孢杆菌(Bacilluspumilus),S6X为帕氏假单胞菌(Pseudomonas palleronii)。