基于网络药理学研究苦瓜活性成分治疗肺癌的潜在靶点及作用机制

肺癌的发病率和死亡率较高,是严重威胁人类生命健康的恶性肿瘤之一.苦瓜作为药食两用的植物,其活性提取物虽已经被用于肺癌的治疗,但是其对于肺癌的作用机制并不明确.通过文献检索和PubChem构建苦瓜活性成分数据库,并预测活性成分可能的作用靶点,同时检索疾病数据库获取肺癌相关靶点,将苦瓜中活性成分的作用靶点与肺癌疾病靶点相映射得到苦瓜治疗肺癌的潜在靶点;通过网络构建和拓扑异构分析,筛选苦瓜中治疗肺癌的关键化合物和核心靶点,并对潜在靶点基因进行GO功能注释和KEGG通路分析.网络药理学分析结果显示:苦瓜可能主要通过Charantoside V、Caffeic acid、Goyaglycoside a等活性成分作用于AKT1、ALB、EGFR、SRC等靶点,这些活性成分参与了信号转导、凋亡过程的负调控、细胞增殖等生物学过程;关键基因主要富集在PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路、癌症途径等多条信号通路.研究结果表明,苦瓜通过多化合物、多靶点和多通路的共同作用对肺肿瘤细胞增殖进行抑制,为肺癌新药开发提供理论依据.     

基于网络药理学和分子对接技术的百合地黄汤抗肝癌作用机制研究

中医药是我国肝癌患者综合治疗方案的重要组成部分之一,本文基于网络药理学和分子对接技术探讨经典名方百合地黄汤治疗肝癌的作用机制。通过TCMSP数据库和文献挖掘百合地黄汤的化学成分,借助SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,经Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化。从OMIM、GeneCards数据库获取肝癌的有效治疗靶点。取百合地黄汤作用靶点与肝癌靶点制作韦恩图,运用String数据库结合Cytoscape3.7.2软件对百合地黄汤抗肝癌的潜在作用靶点作蛋白相互作用网络,构建“药物−化学成分−作用靶点”和“药物−活性成分−抗肝癌靶点”网络图。利用David平台对百合地黄汤抗肝癌潜在作用靶点进行GO(基因本体)和KEGG(京都基因与基因组)富集分析。运用Autodock Vina软件对百合地黄汤的主要活性成分与核心作用靶点进行分子对接验证。收集得到百合地黄汤131个化学成分,主要活性成分有山奈酚、百合皂苷、百合苷C等,共得到58个百合地黄汤抗肝癌靶点。蛋白−蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction, PPI)网络计算出主要有STAT3、CASP3、VEGFA等关键靶点。富集分析得到91条信号通路,涉及癌症蛋白聚糖、VEGF信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果表明百合地黄汤与肝癌蛋白靶点具有较好的亲和性。百合地黄汤通过多成分、多靶点、多通路抑制肿瘤细胞增殖,促进肿瘤细胞凋亡来治疗肝癌。     

基于网络药理学探讨绞股蓝治疗阿霉素心肌病的药效物质基础和分子机制

采用中药网络药理学方法探讨绞股蓝治疗阿霉素心肌病的药效物质基础和潜在作用机制.通过检索TC‐MSP、SymMap、TCMID数据库平台获取绞股蓝的候选药效成分,并借助Uniprot数据库获取候选药效成分的潜在作用靶点;采用Cytoscape 3.8.1软件构建有效成分-靶点蛋白相互作用网络图;运用Genecards、OMIM数据库筛选阿霉素心肌病的疾病相关靶点,结合String数据库绘制药物-疾病基因的蛋白互作网络;采用Metascape数据库对交集靶标进行基因功能分析(GO)及KEGG通路富集分析,对绞股蓝改善阿霉素心肌病的作用机制作出合理推测.共筛选出绞股蓝有效活性成分26个,包括槲皮素、谷甾醇、绞股蓝皂苷等,活性成分发挥作用的潜在靶标有89个,主要有TNF-α、TP53、AKT1、IL-6等;靶点参与的功能主要有氧化应激、凋亡调控、炎症因子刺激反应、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节等,主要富集通路有p53、TNF-α、PI3K-Akt、AMPK等信号通路,以及线粒体自噬和细胞钙调控通路等.结果表明,绞股蓝中槲皮素、谷甾醇、绞股蓝皂苷等有效活性成分能够通过调节p53、TNF-α、Akt、AMPK等信号分子,参与细胞程序性死亡、氧化应激和线粒体稳态调控,从而达到防治阿霉素心肌病的目的.     

基于网络药理学探讨罗汉果有效成分抗肺癌的作用机制

为分析罗汉果治疗肺癌的潜在作用机制,通过TCMSP数据库及网络药理学分析得出罗汉果中有182个潜在有效成分,运用化合物-靶点及蛋白相互作用网络筛选出4个与抗肺癌相关的有效成分及5个抗肺癌关键靶点.这5个关键靶点主要富集在cAMP、HIF-1和TNF等信号通路,且5个关键靶点在肺癌组织中的转录水平和蛋白水平有差异表达,与...     

基于网络药理学探讨水红花子抗肝硬化机制

为进一步研究水红花子的药用物质基础,利用网络药理学和分子对接技术探讨了水红花子治疗肝硬化的作用机制.首先利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、人类基因数据库(GeneCards)、蛋白质-蛋白质相互作用网络功能富集分析平台(STRING)建立了水红花子有效成分 - 肝硬化的靶点基因网络,然后利用基因本体(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析和分子对接手段研究了水红花子的抗肝硬化机制.研究结果显示:水红花子治疗肝硬化的成分可能是具有保肝功能的β- 谷甾醇、山奈酚、儿茶素、圣草酚、槲皮素,作用靶点可能为IL - 6、VEGFA、AKT1、TP53、CXCL8、TNF; 水红花子参与抗肝硬化的生物学过程可能有凋亡负调控、程序性细胞死亡负调控、细胞增殖调控等,相关信号通路可能包括癌症通路、细胞因子 - 细胞因子受体相互作用、Toll样受体信号通路等; 槲皮素、山奈酚与AKT1的结合能和呋塞米与AKT1的结合能相似.该研究结果可为后续研究水红花子抗肝硬化的机制提供理论依据.     

车前草治疗隐匿性肾炎的网络药理学机制

为了明确车前草治疗隐匿性肾炎的作用机制,本研究利用网络药理学的方法通过中医药数据库及分析平台和Swiss Target Prediction数据库获得车前草活性成分及对应基因靶点;利用在线人类孟德尔遗传和Genecards数据库获取隐匿性肾炎的基因靶点;在Venny2.1.0平台对车前草靶点及隐匿性肾炎靶点进行重叠;采用String数据库和Cytoscape3.7.1软件对交集基因进行蛋白互作网络分析;再利用R语言对交集基因进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析;最后对重要活性成分进行分子对接预测。结果表明车前草可能通过蛋白酪氨酸激酶等生物功能过程,参与PI3K-Akt信号通路达到治疗隐匿性肾炎的目的。分子对接结果显示了重要化合物对AKT1、TP53、VEGFA具有很好的亲和能力。明确了车前草通过调控多种抗炎症基因,参与多条信号通路达到治疗隐匿性肾炎的目的,为进一步探究其作用机制提供一定理论基础。     

基于网络药理学技术研究黄芪?枸杞子药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

黄芪?枸杞子药对治疗溃疡性结肠炎的临床疗效确切,然而作用机制不明. 采用网络药理学技术研究黄芪?枸杞子配伍抗溃疡性结肠炎的潜在作用机制. 利用整合药理学平台、String数据库、David 数据库等系统检索中药化学成分和候选靶标,通过分析药物和疾病蛋白靶标互作关系,筛选关键靶标并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,构建“中药?核心成分?关键靶标?主要通路”多维调控网络. 结果表明,黄芪?枸杞子可能通过作用于前列腺素 G/H 合成酶 2 (PTGS2) 等蛋白靶标,参与核转录因子(NF-κВ)、肿瘤坏死因子 (TNF) 等多个炎症和免疫相关信号通路,发挥抗溃疡性结肠炎作用. 研究结果为系统阐明黄芪?枸杞子药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制提供参考.     

基于网络药理学初步探索散偏汤治疗偏头痛的作用机制

目的:采用网络药理学方法初步探索散偏汤治疗偏头痛的作用机制.方法:利用TCMSP数据库收集散偏汤各药物的成分,进行ADME筛选,得到潜在活性成分,并利用SwissTargetPrediction获取活性成分的作用靶点;运用OMIM数据库和GeneCards数据库搜集偏头痛相关靶点,将药物靶点与疾病靶点导入jvenn网站...     

瓜蒌皮抗肿瘤活性成分的初步研究

采用改进的MTS法来探究瓜蒌皮石油醚相不同极性成分对结肠癌HCT-116细胞和乳腺癌MCF-7细胞增殖的抑制作用,探讨其抗肿瘤活性。利用硅胶柱色谱制备极性不同的五种成分,改进的MTS法检测细胞的增殖作用,Propidium Iodide染色法分析HCT-116细胞周期;Annexin V-FITC/Propidium Iodide染色法分析HCT-116细胞凋亡。在低浓度情况下发现,瓜蒌皮醚相极性成分促进MCF-7细胞生长,成分E诱导细胞停滞在S-期而起到抑制癌细胞增殖的作用,并且成分C及E抗癌细胞增殖作用是通过诱导细胞凋亡介导的作用机制,并以剂量依赖方式诱导其细胞凋亡。通过硅胶柱色谱制备的石油醚相不同极性成分具有抗肿瘤活性。     

肺癌呼吸标志物筛选及其生物信息学分析

采用结合转录组、代谢通路、蛋白结构的呼出气体检测生物信息学分析方法来确定肺癌气体标志物,用于肺癌的筛选诊断. 采用标准仪器（GCMS）检测肺癌病人和正常人的呼吸气体样本;经统计分析,筛选出10种特异性挥发性有机物（VOC）. 采用转录组分析得到肺癌和健康人的差异表达基因,其富集的代谢通路与人体内产生VOC的代谢通路一致,证明所筛选的VOC标志物与肺癌病人代谢具有相关性. 基于此VOC建立的肺癌诊断模型的灵敏度、特异性和整体正确率分别为86.2%,91.2% 和89.6%,说明所提方法能简便、有效区分正常人和肺癌病人,为早期肺癌筛查提供方便、可靠的检测方法.