异型雄性罗氏沼虾遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星DNA标记研究3种近亲交配形态型雄性罗氏沼虾遗传多样性,所用虾样均采自国家级(南宁)罗氏沼虾良种场,共150尾成年近亲交配的雄虾,其中蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各50尾。研究结果表明,3组样品的生长发育差异显著,蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各组中微卫星位点的总等位基因分别为24、28和22,3组样品所有位点的平均观察杂合度为0.474～0.556。其平均群体内近交系数为-0.0189,说明杂合子过剩,对比分析和群体间分化系数表明,3组雄虾遗传差异明显,最大遗传间距位于蓝色长臂型和小个体型,最小的遗传间距位于蓝色长臂型和橙色长臂型。研究结果将为罗氏沼虾优质父本选育和调控雄性遗传发育提供基础性遗传信息。     

罗氏沼虾种群SSR分析中样本量及标记量对遗传多样性指标的影响

利用60对微卫星分子标记分别对罗氏沼虾3个养殖群体进行遗传多样性分析,通过比较样本量及标记量对遗传多样性指标的影响,探讨最适宜的样本量及标记量。结果显示,样本量和标记量的大小均对遗传多样性指数有较大的影响,其中样本量与平均等位基因数和平均有效等位基因数呈高度正相关,与杂合度和Nei氏遗传多样性指数分别呈中度、高度相关,样本量为10~30时,遗传参数变化差异显著,样本量大于30,变化差异不显著;标记量与遗传参数也存在不同程度的相关性,标记量为5~25时,各遗传多样性指数变化有明显差异,标记量大于25时,各遗传参数变化较小,多态信息含量不同的标记直接影响到群体遗传参数。性别对群体遗传多样性指标无显著性影响。研究表明,应尽可能选择多态信息含量高的微卫星分子标记开展罗氏沼虾群体遗传多样性分析,可不考虑样本性别,样本量不宜小于30,标记量不宜少于25。     

罗氏沼虾缅甸野生群体和浙江养殖群体的遗传多样性比较

采用形态学方法、同工酶电泳技术和DNA分析方法对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii DeMan)缅甸野生群体(BNP种群)和浙江省养殖群体(ZCP种群)的遗传多样性进行比较分析。结果表明,两种群在外形、体色、生长等方面存在一定的差异;对罗氏沼虾11种酶的25个基因位点进行分析,得出BNP种群和ZCP种群的同工酶分析所得出的多态位点比例及平均杂合度分别为12％和:16％,0.0431和0.0501。根据同工酶的基因频率计算得两种群的遗传相似系数为0.9963,遗传距离为0.0037;22个经筛选的10bp随机引物共检测到139个RAPD位点,BNP种群的多态位点比例和遗传多态度(Ho)分别为33.81％和0.0940,高于ZCP种群的30.22％和0.0780,两个群体的平均遗传多态度(Hpop)为0.0860,90％以上的遗传变异是在群体内检测到的。根据RAPD扩增的基因频率得出两群体间的遗传距离为0.1206。无论是同工酶电泳结果还是RAPD分析结果,都表明罗氏沼虾缅甸野生群体的遗传多样性高于浙江养殖群体,说明人工养殖会导致罗氏沼虾遗传多样性的下降。结果还表明,罗氏沼虾群体遗传多样性水平欠丰富,因此需要对罗氏沼虾群体实行科学的管理。     

日本蟳4个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用10对微卫星引物对我国大连黑石礁(DL)、莱州湾(LZ)、青岛鳌山湾(QD)、海州湾(HZ)4个日本蟳野生群体的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同引物获得的等位基因数从11～17不等,10个位点其平均等位基因数为13.600 0,平均有效等位基因数为8.592 0;各位点的平均观测杂合度(H_o)为0.318 2～0.858 4,平均期望杂合度(H_e)为0.846 6～0.923 9;平均多态信息含量(PIC)为0.828 0～0.914 0,说明各位点在4个日本蟳野生群体内均表现出很高的遗传多样性水平。各群体间遗传分化较大,基因分化指数(F_ST)为0.032 74～0.088 03。群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA 聚类分析表明,鳌山湾与海州湾群体亲缘关系最近,而海州湾和莱州湾群体亲缘关系最远。     

吉富品系尼罗罗非鱼抗病性状分子标记筛选及遗传多样性分析

文章采用微卫星标记技术,对吉富品系尼罗罗非鱼(GIFT strain Oreochromis niloticus)抗病群体和易感病群体进行了遗传差异分析。结果显示:在30个微卫星位点中20个能扩增出多态性高、重复性好和扩增条带清晰;抗病群体和易感病群体的平均等位基因数分别为2.5和2.4个;观测杂合度和期望杂合度分别为0.476和0.453,0.44和0.457;多态信息含量PIC分别为0.359和0.379;UNH845和UNH189位点在抗病群体中偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),GM180位点在易感病群体偏离Hardy-Weinberg平衡,两个群体间的遗传距离和遗传分化指数0.055和0.054。此外GM251和GM462位点的差异等位基因片段(135bp和198bp)与抗病性状存在一定的连锁关系。以上结果表明,吉富品系尼罗罗非鱼抗病群体与易感病群体之间的遗传多样性差异不明显,筛选出2个与抗病性状相关的微卫星标记,为开展吉富品系尼罗罗非鱼抗病品种分子标记辅助选育奠定了基础。     

牙鲆抗病群体和家系的建立及其生长和抗病性能测定

通过自然选择和人工感染途径筛选出抗鳗弧菌病牙鲆鱼种,将其培育成亲鱼94尾,建立了牙鲆抗病群体;从日本引进了牙鲆日本群体;以上述2个群体以及黄海中捕捞的黄海群体为基础群体,通过不同组合的交配,建立了63个牙鲆家系,其中半同胞家系54个,全同胞家系9个.生长比较实验表明这63个家系的生长速度存在着明显差异,从中筛选出生长快速的家系4个(家系36,42,43和57),生长较快的家系9个(家系27、28、35、39、41、51、60、65和76),生长慢的家系1个(75号家系).通过对59个家系的抗病能力测定表明,不同家系在抗鳗弧菌感染的能力上存在着明显差别,从中鉴定出抗病力强的家系3个(家系50,61和68号),其在鳗弧菌感染后的成活率高达60%以上;抗病力比较强的家系17个,其成活率为39%～60%;抗病力一般的家系33个,其成活率为17%～39%之间;抗病力差的家系6个,其成活率在17%以下.这些牙鲆家系的建立为牙鲆抗病、高产新品种的培育奠定了重要基础.     

罗氏沼虾SNP标记筛选及不同群体的遗传多样性

罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本,采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7%)具有二态性等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快速品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,平均多态性信息含量依次为0.29、0.24、0.21、0.26和0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968和0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型进行统计分析,有9个位点处的BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,14个位点处3个养殖群体中杂合个体频数较MW群体低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。     

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记,对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时,基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因,其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等,平均等位基因4.666 7,平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9,平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9,平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态,遗传多样性较低,且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异,但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大,遗传距离最小;黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8）,遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小;珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0）,遗传距离最大（平均0.185 2）,其遗传分化差异较大,结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。     

3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异

利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。     

半滑舌鳎家系建立及其生长和抗病性能测定

以半滑舌鳎渤海野生群体和人工养殖群体为基础群体,建立了半滑舌鳎家系18个。对不同家系鱼苗进行荧光标记后放在同池进行生长比较,结果表明不同家系鱼苗生长速度差异显著,筛选出生长快速的家系2个(家系15和16号),生长较快的家系4个(家系6号、7号、16号和30号),生长速度一般的家系12个(家系1号、3号、4号、10号、12号、14号、19号、24号、27号、28号、33号和34号)。利用鳗弧菌感染其中12个家系,结果显示,2号家系感染后的成活率为79.25%,被认作抗病力强家系;2个家系(12号和14号)感染后的成活率为50%～60%,被认作抗病力较强家系;6个家系(3号,6号,7号,10号,16号和19号)成活率为35%～50%,被认作抗病力一般的家系;3个家系(15号、27号和30号)的成活率在35%以下,被认作抗病力差的家系。结果表明通过家系选育方法可以筛选出生长速度快、抗病力强的半滑舌鳎优良家系,从而为半滑舌鳎高产、抗病优良品种培育提供新的技术手段。     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%的遗传分化来自群体间,80.93%的遗传分化来自群体内。另外,对FIS值的计算显示,4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失,其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加,相邻世代间的遗传相似性逐步升高。经过连续4代的选育,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

Genetic divergence in Indian populations of M. rosenbergii using microsatellite markers

Macrobrachium rosenbergii, known as the giant freshwater prawn or Malaysian prawn, is the sixth largest aquaculture species in Asia. Knowledge of genetic diversity of M. rosenbergii is important to support management and conservation programmes, which will subsequently help in sustainable production of this economically important species. This study aimed to analyse the genetic diversity and population structure of five M. rosenbergii populations using 11 microsatellite loci. In analysing 240 samples, the number of alleles, observed heterozygosity (H_O) and expected heterozygosity (H_E) ranged from 3 to 20, from 0.250 to 0.978 and from 0.556 to 0.944 respectively. The five stocks of M. rosenbergii displayed high level of genetic diversity. Both the F_ST and amova analyses showed that there was significant genetic differentiation among all populations. The UPGMA dendrogram based on Nei's genetic distance matrix revealed that the Narmada and Mahi populations were in one cluster and Mahanadi and Subarnarekha populations in another single major branch, whereas the Kerala population clearly showed a separate cluster. This information on genetic variation will be useful for genetic improvement and conservation of Indian populations of giant freshwater prawn M. rosenbergii.     

罗氏沼虾开放和闭锁核心育种群生长和存活性能分析

开放核心育种体系可增加核心群体的选择强度,进而增加育种目标性状的遗传进展。本研究以罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)为研究对象,向闭锁核心群(closed nucleus population,NP)内引入扩繁群(multiplier population, MP)个体,构建两个杂交群体(正交群体NP/MP,反交群体MP/NP),并以闭锁核心群(NP/NP)为对照,应用线性混合效应模型(linear mixed effects model, LME)和广义线性混合模型(generalized linear mixed model, GLMM)对不同群体收获体重和存活率的估计边际均值进行比较,评估在虾类选择育种中构建开放核心育种体系的可行性。结果显示:(1) NP/NP、MP/NP和NP/MP群体的收获体重估计边际均值分别为45.83 g、49.57 g和46.62 g;与NP/NP群体相比, MP/NP和NP/MP群体分别提高了8.16%和1.72%。(2) NP/NP、MP/NP和NP/MP群体的存活率估计边际均值分别为72.92%、68.04%和66.55%;与NP/NP群体相比,MP/NP和NP/MP群体分别降低了6.69%和8.74%。综上所述,在罗氏沼虾核心群中引入扩繁群个体,构建开放核心育种群体,可以有效地增加收获体重的遗传进展;同时在制定选择指数时,应加大存活性状的权重,选择生长和存活性能均优良的家系生产扩繁群体,导入闭锁核心育种群,构建生长和存活性能均优良的开放核心育种群。     

草鱼野生与选育群体遗传变异微卫星分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。     

大泷六线鱼放流群体与野生群体遗传多样性比较

基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记,对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示,413尾个体共检测到单倍型117种,其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型,占总单倍型数目的2.5%;放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种,分别占总单倍型数的17.09%和56.41%,放流群体特有单倍型数明显低于野生群体;放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5,单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9,遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示,放流、野生群体平均等位基因数(N_a)分别为13~44和13~27,平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0,均具较高的遗传多态性;群体遗传结构分析结果表明,放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明,山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性,且遗传结构未存在显著的群体分化。     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性

利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。     

Effects of feeding (ω-3) HUFA-enriched Artemia during a progressively increasing period on the larviculture of freshwater prawns

Larvae of the freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii) were reared to post-larvae in a closed recirculation system. Six treatments were designed where freshly-hatched Artemia nauplii were first given to the larvae for 3, 7, 11, 15, 17 and 25 days according to the treatment. After that (-3) HUFA-enriched Artemia were given until the 28th day at which time the test was terminated and evaluated. The requirement for (-3) Highly Unsaturated Fatty Acids (HUFA) for the larval stages of M. rosenbergii was confirmed by this experiment. Moreover, the longer the period of feeding on (-3) HUFA-enriched Artemia nauplii, the better the results in terms of growth, metamorphosis rate, survival and stress resistance.     

三疣梭子蟹选育家系微卫星分析

采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.6753 下降到0.4061,平均等位基因数从3.5下降到2.1333,平均观测杂合度从0.6435 下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.5669到0.4024。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,各家系存在不同程度的遗传分化,结果表明,19.07％ 的遗传分化来自群体间,80.93％的遗传分化来自群体内。另外,对Fis值的计算显示,4个家系在整体上均表现为一定程度的杂合子缺失,其中F4有12个位点、F3有6个位点、F2有3个位点、F1有8个位点处于杂合子缺失状态。遗传距离逐渐增加,相邻世代间的遗传相似性逐步升高。随着选育的进行,结果表明,经过连续4代的选育,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。