罗非鱼无乳链球菌的DIG-cfb原位杂交检测方法的建立

为建立一种批量检测罗非鱼无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的快速敏感的原位杂交方法,本研究依据罗非鱼无乳链球菌cfb基因序列,选取其132-599 bp之间的序列为靶序列,采用PCR法制备了特异性地高辛标记的DNA探针DIG-cfb(Digoxigenin-labelled cfb probe,430 bp),同时对所制备的探针进行了测序鉴定及特异性和敏感性检测。结果表明,探针测序序列与实际Gen Bank序列相符,所制备的DIG-cfb探针与无乳链球菌基因组杂交呈阳性,与患病罗非鱼的其他细菌病原(嗜水气单胞菌、金黄色葡萄球菌、类志贺邻单胞菌以及海豚链球菌)基因组,以及与无乳链球菌亲缘关系较近的链球菌其他种(牛源链球菌、变异链球菌),斑点反应则均为阴性,d NTP对照组也为阴性,表明该方法特异性强;该方法可实现对批量样品的快速检测,具有较高的灵敏度,可检测无乳链球菌基因组的下限为1.5 ng/μL DNA。对采集于广东、海南及广西等不同地点的无乳链球菌样品,均可获得较明显的斑点反应圈,对患链球菌病的罗非鱼肝、脑组织基因组也可特异的检测出无乳链球菌。表明本研究建立的DIG-cfb原位杂交法对无乳链球菌基因组的检测具有快速、特异、敏感等特点,适合罗非鱼无乳链球菌的批量检测。     

环介导等温扩增技术检测含有CaMV35S的转基因玉米

DNA环介导等温扩增技术是一种特异、灵敏、快速的新型基因检测技术.针对玉米表达载体的花椰菜花叶病毒35 S启动子(CaMV35S)的6个区域设计4种特异引物,对LAMP反应的MgSO4、dNTPs、Betaine、内引物、外引物各个成分进行了优化,此外还对LAMP和PCR两种不同方法的特异性进行了比较.建立转基因玉米花...     

水貂绿脓杆菌环介导等温扩增快速检测方法的建立

为了利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立水貂绿脓杆菌核酸快速检测方法。根据绿脓杆菌外毒素A基因240 bp片段保守序列设计一套LAMP特异性引物,对水貂绿脓杆菌基因组DNA进行LAMP扩增,通过浑浊度、SYBR Green荧光染料显色及电泳观察结果,并进行特异性和敏感性检验。结果表明：完成反应仅需要60 min(65℃),特异性强,最低检测限为1 ng/μL。该方法简单快捷、特异性强、灵敏度高,适合于基层使用,具有广泛的临床应用前景。     

转基因玉米LAMP检测体系的建立及应用

以转基因抗虫和耐除草剂玉米Bt11为研究材料,建立Bt11环状等温扩增快速检测技术方法.利用一种具有链置换活性的Bst DNA聚合酶,针对Bt11中玉米基因组与外源基因结合处序列,设计4条特异引物,并对反应温度、时间、灵敏度、结果判断方法等参数进行初步探索.结果显示,LAMP检测方法最适反应温度及反应时间分别为65℃和60 min,其灵敏度为常规定性PCR的20倍.LAMP技术检测转基因玉米品系Bt11具有特异性高、快速、简便等优点,具有广阔的应用前景.     

玉米样品中转基因玉米Bt176含量检测

根据其检测特异性,转基因产品检测技术可分为筛选、基因、构建和转化体特异性检测四类.由于转化体特异性检测方法的具有高度特异性,目前,一些发达国家对于转基因产品检测方法正逐步过渡到转化体特异性序列的检测方法.本研究针对转基因玉米Bt176的外源基因3'端与玉米基因组DNA相接区序列设计具有转化体特异性的引物和荧光探针.利用实时荧光定量PCR,以已知Bt176含量样品为标准样品建立内外源基因标准曲线,利用该标准曲线对多个玉米样品Bt176玉米成分含量进行检测,结果显示该方法检测结果准确,检测特异性强,Bt176玉米检测极限浓度达到0.001 ng/μL.同时该方法操作简单,适合转基因样品大批量检测.     

抗旱水稻种子转基因成分检测技术研究

利用组织研磨仪快速处理水稻种子样品,采用高通量的磁珠纯化系统提取样本DNA,提取的核酸通过紫外吸收检测其纯度,应用普通PCR检测方法和实时荧光PCR方法对水稻内源基因SPS、靶基因ATAF1进行检测。结果表明,普通PCR方法和实时荧光PCR方法均表现快速、准确、特异性高的特点。     

3种奶牛乳房炎主要病原菌的PCR检测方法建立

奶牛乳房炎是影响奶业健康发展的一种重要细菌性疾病,迫切需要建立一种敏感、特异的检测方法,以实现奶牛乳房炎的快速、准确诊断。现根据奶牛乳房炎主要致病菌16~23S rRNA之间的序列设计引物,建立检测金黄色葡萄球菌,无乳链球菌,停乳链球菌等3种奶牛乳房炎主要致病菌的PCR检测方法。用建立好的PCR检测方法对临床患病奶牛获取的31份样品进行特异性和敏感性检测。结果显示：PCR检测方法能快速、特异地检测出3种奶牛乳房炎主要致病菌,从而确定致病菌型。对金黄色葡萄球菌,无乳链球菌,停乳链球菌的检测灵敏度分别为1×106 cfu/mL、1×106 cfu/mL、1×103 cfu/mL。因此,该方法可作为一种常规检测的替代方法。     

葡萄苦腐病菌的分子检测方法

葡萄苦腐病菌(Greeneria uvicola)是我国检疫性有害生物.本研究根据G.uvicola的ITS基因序列,设计了PCR引物GUA-1和GUA-2以及实时荧光PCR引物GUA-P1和GUA-P2及荧光探针GUA-Probe-117.利用引物GUA-1和GUA-2进行PCR扩增,G.uvicola和感染G.uvicola的红提葡萄可产生354 bp的特异性片段;实时荧光PCR扩增,G.uvicola和感染G.uvicola的红提葡萄均出现强荧光信号(△Rn)增加.而葡萄上其他常见真菌样品以及健康的红提葡萄既无特异性扩增也无荧光信号增加.灵敏度测试中,普通PCR可检测到含G.uvicola DNA浓度0.05ng/μL以上的样品,实时荧光PCR可检测到含G.uvicola DNA浓度0.0005 ng/μL以上的样品.由此确立了G.uvicola的两种稳定可靠、灵敏的分子检测方法.     

应用纳米磁珠实时荧光PCR检测非洲木薯花叶病毒

建立非洲木薯花叶病毒(African cassava mosaic virus, ACMV)灵敏快速的纳米磁珠实时荧光PCR检测技术,防止其传入中国。采用TaqMan探针结合纳米磁珠(magnetic nanoparticles, MNPs)技术,以外壳蛋白基因为目标基因,通过特异性及灵敏度试验建立MNP荧光PCR检测方法。成功建立了非洲木薯花叶病毒(ACMV)的MNP荧光PCR检测方法;该方法检测阈值约为13 pg DNA,比普通PCR及ELISA方法灵敏度高25倍;该方法具有良好的特异性,能够有效区分双生病毒属的ACMV、棉花曲叶病毒(CLCuV)、番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)及番茄严重曲叶病毒(ToSLCV)。MNP荧光PCR方法能够快速灵敏的检测茎叶样品中的ACMV,无需任何PCR后处理,交叉污染风险小,适于口岸检验检疫。     

猪源2型链球菌福建株CPS2J基因PCR检测及序列分析

设计并合成一对扩增2型猪链球菌CPS基因的特异性引物,以猪2型链球菌福建株DNA为模板,筛选最佳反应条件,建立检测CPS2J基因的PCR方法,并对PCR扩增产物进行序列测定和同源性比较分析。结果如下：应用该方法对猪2型链球菌福建株和标准阳性株进行扩增,均获得与预期大小一致的675bp特异性目的片段,而对8株非2型猪链球菌的扩增结果均呈阴性;敏感性测定最低可检出100cfu细菌量或50pg 细菌DNA;SS2PFJ06CPS2J 基因部分核苷酸及其推导的氨基酸序列与猪链球菌2型不同菌株的同源性分别达98.7%-100%和97.8%~100%。上述结果表明建立并优化的猪2型链球菌CPS2J基因的PCR检测方法敏感性好、特异性高,能用于2型猪链球菌的分子流行病学调查和快速检测; 序列分析表明猪2型链球菌福建株与国内外8株标准株之间同源性高、亲缘关系密切。     

猪多杀性巴氏杆菌可视化LAMP检测方法的建立

该研究旨在建立一种快速检测猪多杀性巴氏杆菌的LAMP方法。根据GenBank中猪多杀性巴氏杆菌外膜蛋白H基因(ompH)序列,在其保守区域设计了多套LAMP引物,通过LAMP反应,评价其特异性和敏感性,并加入SYBR Green Ⅰ,对其进行肉眼判定。结果显示：建立的LAMP方法在56℃水浴中1 h可对猪多杀性巴氏杆菌核酸进行高效扩增,在反应结束后加入SYBR Green Ⅰ可肉眼进行判断;该方法具有很强的特异性,对其它相关猪病病原菌检测结果均为阴性;其DNA核酸的检测量为0.05pg,是PCR的100倍,显示出很高的敏感性;用建立的LAMP方法对5株猪多杀性巴氏杆菌阳性样品进行检测,结果表明LAMP法与PCR检测的结果是一致的。结果表明该研究建立了一种操作简便、快速、敏感、特异的可对猪多杀性巴氏杆菌进行快速检测并可肉眼判定结果的可视化LAMP方法,适合在基层使用。     

甜瓜种子中黄瓜花叶病毒和小西葫芦黄花叶病毒的RT-LAMP可视化检测方法

本研究旨在针对甜瓜种子中携带的黄瓜花叶病毒(CMV)和小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV),建立可视化环介导等温扩增检测方法。根据CMV和ZYMV外壳蛋白(CP)基因的保守序列,分别设计并筛选出2套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,通过对反应体系中主要影响因素的优化,建立适用于快速检测CMV和ZYMV的RT-LAMP检测方法。对优化后的2种LAMP检测方法进行特异性和灵敏度验证。结果表明,建立的2种LAMP检测方法分别能够特异性地检测出CMV和ZYMV,检测灵敏度较常规RT-PCR分别高出10倍和100倍,并且可通过肉眼观察直接对反应结果进行判定。该方法的建立为基层及现场快速检测甜瓜种子的带毒情况提供了新方法。     

鸡传染性支气管炎病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种能快速检测鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的方法,根据GenBank中IBV的基因保守序列,设计一套环介导等温扩增(LAMP)特异性引物,建立了IBV RT-LAMP可视化检测方法;该法对IBV RNA最小检测限为10 fg,而常规RT-PCR为1 pg,灵敏度高于常规PCR法100倍;对其他常见鸡病原体检测结果均为阴性;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;本研究建立的IBV RT-LAMP方法简便、快捷、特异、灵敏,且只需1个可控温的水浴锅在1 h内即可完成全部反应,更适合基层业务部门及养殖场的检测,为IBV感染的快速检测提供新方法。     

基于ipaH基因的志贺菌LAMP检测方法的建立及应用

为建立一种快速、特异、敏感的志贺菌环介导等温扩增(LAMP)检测方法,试验针对志贺菌属侵袭性质粒抗原H基因(invasive plasmid, ipaH)设计一套特异性引物,条件优化及特异性和敏感性验证后建立了该菌的LAMP检测方法,并应用于临床样本的检测。结果显示,62℃恒温扩增1 h能得到明显的扩增产物,除志贺菌标准菌株扩增结果为阳性外,沙门菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和阴性对照均为阴性,检测限值达到120 fg/μL。利用建立的方法检测了20株疑似菌株和38份粪样样品,结果显示20株疑似菌和27份粪样样品为阳性,阳性率分别为100%和71.05%,说明建立的LAMP检测法具有良好的特异性和敏感性,在粪便等临床样本中志贺菌的检测与鉴定方面具有优势和应用前景。     

基于qPCR和LAMP技术的马铃薯晚疫病菌快速检测方法

马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans）能侵染多种茄科植物,它引起的马铃薯晚疫病,是马铃薯生产中的第一大病害。为了开发能在田间快速检测马铃薯晚疫病病原的方法,利用P. infestans T30-4基因组测序数据的contig 1.18131,设计qPCR和LAMP引物,优化扩增条件后得到引物的特异性和灵敏度,最后通过检测田间收获薯块,比较形态学传统方法、qPCR及LAMP的差异。特异性检测结果发现,qPCR和LAMP仅在含有P. infestans DNA模板的体系有阳性扩增,在寄主和其他微生物DNA中均无扩增;在优化的条件下,qPCR和LAMP的检测下限可达1×10 ^-6ng/μL,在有寄主和其他微生物DNA存在的条件下,引物的灵敏度没有显著差异。利用两种快速方法对在大理、丽江及昆明3个地区田间收获薯块上检测发现,qPCR和LAMP方法得到的检出率差异极为不显著（P=0.420）,两种快速检测方法和形态学鉴定方法检出率差异极显著（P=0.009）。在大理、丽江及昆明3个地区的薯块中,两种分子检测方法检出率均比形态学方法高。其中,qPCR检测方法比形态学方法分别提高了12.00%、2.00%、8.70%;LAMP检测方法比形态学方法分别提高了11.30%、2.00%、8.70%。     

猪流行性腹泻病毒Real-time PCR检测方法的建立

为定量检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）载量,建立PEDV的Real—timePCR方法。用RT-PCR方法扩增PEDV的M基因片段,构建含有M基因片段的重组质粒,用该重组质粒进行SYBRGreen I Real—timePCR,来建立检测PEDV的荧光定量PCR方法。结果显示：在（5．56×10^2-5．56×10^7）拷贝／皿范围内,所建立方法具有优良的线性关系,其决定系数为0．9996,扩增效率为99．5％,扩增产物的熔解曲线只有一个特异性峰,无引物二聚体峰,熔解温度为（81．18±0．21）℃。该方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪圆环病毒II型等猪源病毒均检测不到扩增产物,重复性试验的变异系数小于3％,对临床样品的检出率高于常规PCR方法。研究结果表明：建立的Real-timePCR检测方法特异性强、重复性好、灵敏性高,可用于PEDV的定量检测及其早期感染的快速诊断。     

羊环形泰勒虫单管套式PCR检测方法的建立及初步应用

为了建立羊环形泰勒虫单管套式PCR检测方法并初步应用于临床检测。根据GenBank上发表的环形泰勒虫Tams1基因序列,设计内、外2对特异性引物,进行单管套式PCR检测方法研究,并进行了特异性、敏感性试验及临床应用试验。结果表明：该检测方法能够扩增的基因片段大小为476 bp,与GenBank收录的相关序列同源性高达93%~98%,而与附红细胞体、新孢子虫、艾美耳球、弓形虫RH株相关病原基因组均无交叉反应,能够检测出DNA的最小量为12 fg。并对57份临床样品进行了检测,检测阳性率为40.4%,高于常规PCR和血涂片镜检测,表明该检测方法具有较高的敏感性,可用于羊环形泰勒虫感染的早期诊断,有较好的临床应用价值。     

鸭疫里默氏菌环介导等温扩增检测方法的建立

根据鸭疫里默氏菌(Riemerella anatipestifer,RA) ompA基因设计一套引物,同时优化其反应条件,建立鸭疫里默氏菌感染的环介导等温扩增 (LAMP）快速检测方法。结果表明,LAMP法的最佳反应条件为反应温度65℃,反应时间80 min。