16S rDNA序列技术分析鉴定颗粒污泥中的微生物

采用16S rDNA序列分析技术对降解五氯酚的微氧颗粒污泥形成过程中真细菌和古细菌的种群多样性和动态变化进行了研究.通过对DGGE主要条带进行序列比对,发现颗粒污泥中真细菌和古细菌都与不可培养的微生物具有很高的相似性,微氧颗粒污泥中同时存在好氧菌、微氧菌和厌氧菌.通过比较不同菌的相对数量变化发现五氯酚驯化后的颗粒污泥中产生了一系列对五氯酚降解有利的优势细菌和古菌,如Proteobacteria、Sphingomonas、Methanogenic bacterium等.     

鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及常见可培养菌分析

为了研究江苏地区鲫鱼养殖池塘底泥细菌菌群结构与多样性,通过高通量测序技术对2017年8-10月间采集的江苏省不同区域养殖池塘底泥中所有细菌的16S rRNA V3-V4基因进行扩增测定,分析了底泥菌群结构特征;并通过平板计数法和选择培养基法检测池塘底泥中细菌总数和主要常见菌。结果表明,49个样品高通量测序共获得有效序列2152956条,可归为17735个分类操作单元(OTUs);物种注释结果显示,鲫鱼养殖池塘底泥中具有较高的菌群多样性,检测到的细菌归属于29个门类,所有池塘底泥都具有主要门类为变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、水生古细菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、螺旋菌门、芽单胞菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、疣微菌门等。在属的水平上主要以硫杆菌属,乳酸球菌属,硫氧化菌,甲烷菌,地杆菌属,假单胞菌属,厌氧粘杆菌属,甲烷绳菌属,芽孢杆菌属等为主;所有池塘底泥共有菌主要有乳酸球菌属,甲烷菌,盐单胞菌,芽孢杆菌,红杆菌属,链球菌属,肉杆菌属,微小杆菌属,土芽孢杆菌属等。通过细菌培养发现,池塘底泥中常见益生菌如乳酸菌、芽孢菌具有较高的比例。可见鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及组成具有多样性,不同养殖池塘中共有的细菌可作为益生菌开发的参考菌株。     

菌藻复合生物膜污水反应器中真菌群落结构分析

为探究菌藻复合生物膜反应器中真菌群落结构和组成特征,本文通过提取菌藻复合生物膜总DNA,使用Illumina平台对样本的ITS序列进行扩增子测序。结果表明：共获得真菌有效序列44323条,序列长度主要集中在150-330之间。OUT物种分类注释显示,真菌隶属于4个门,分别为球囊菌门、担子菌门、子囊菌门和壶菌门,其中真菌的优势门为球囊菌门40.00%,次优势门类子囊菌门和担子菌门相对丰度比例分别约24.90%和24.80%;在属水平上,真菌隶属于12个属,分别为盘菌属、黑酵母菌属、曲霉菌属、苏吉雅玛酸乳杆菌属、嗜热真菌属、热子囊菌属、布勒弹孢酵母属、亡革菌属、雷德克拉属和无梗囊霉属等,其中优势属为丰度最高的雷德克拉属39.80%,次优势属为泡质盘菌23.50%。     

鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构分析

为探究鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构,该文以鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤为研究对象,采取0～15 cm、15～30 cm及30～45 cm深度的土壤,采用Illumina HiSeq高通量测序技术,研究不同深度土壤群落结构及其影响因素.研究结果表明：不同深度土壤样品理化性质和酶活性存在显著差异,随土壤深度的增加呈降低趋势.Pearson相关分析表明鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤理化性质与土壤酶活性之间存在不同程度的相关性.高通量测序结果表明不同深度土壤细菌和真菌群落微生物丰富度及多样性未达到在统计学意义上的差异显著水平(P>0.05),土壤古菌群落微生物多样性随土壤深度的增加而增加.在苔草植被根际土壤中共检测到41个细菌门类,其中变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门和硝化螺旋菌门为优势菌门;检测到8个真菌门类,其中子囊菌门、担子菌门和罗兹菌门为优势菌门;检测到10个古菌门类,其中广古菌门、泉古菌门、奇古菌门为优势菌门.冗余分析表明：土壤有机质、全氮、全磷和碱解氮含量是影响细菌群落的主要环境因子;土壤有机质、全氮、有效磷和碱解氮含量是影响真菌群落的主要环境因子;土壤有机质、...     

英那河细菌群落结构及其与环境因子的相关性研究

利用高通量测序技术分析比较了英那河2018年5月、7月和9月的三个国控断面细菌群落结构及其与环境的相关性.序列比对结果显示,除分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,英那河共发现细菌39门95纲173目311科583属,在门水平上,变形菌门(PROTEOBACTERIA),蓝菌门(CYANOBACTERIA),放线菌门(ACTINOBACTERIA),拟杆菌门(BACTEROIDETES)是优势菌门,在属水平上,HGCL-CLADE、鞘脂杆属(SPHINGOBIUM)、METHYLOVERSATILIS是优势菌属.细菌群落多样性指数(SHANNON WIENER指数)平均值为3. 74,细菌群落多样性从月份角度排序为9月 5月 7月.通过共有独有分析发现相邻的两个月份细菌群落结构相似,地理距离较近的两个断面群落结构相似.冗余分析(RDA)结果表明溶解氧(DO)、高锰酸盐指数(COD_(MN))、氨氮(NH_3-N)、化学需氧量(COD)和总磷(TP)对细菌的群落结构有影响.     

基于高通量测序的玉米秸秆自然发酵过程中细菌菌群结构特征

采用DNS、苯酚硫酸法每隔2 d检测自然发酵秸秆发酵液中的还原糖与总糖质量浓度,运用高通量测序方法,对秸秆自然发酵初期、中期、末期样品细菌16SrRNA基因的V4~V5区测序,分析不同时期的玉米秸秆腐烂样品中细菌群落组成和多样性.研究发现:随发酵时间的延长,发酵液中的还原糖与总糖质量浓度均呈现下降-上升-下降的趋势,测序共获得80575条有效序列,3307个操作分类单元序列,共涉及细菌18门,194属.自然发酵过程中,样品中细菌群落多样性和微生物丰度显著提高.微生物群落组成分析发现,在发酵中后期,拟杆菌门的菌群明显增加,变形菌门菌群持续减少,厚壁菌门呈现先下降后上升的趋势,末期菌属的数目相对于发酵初期,增加了69.3%.参与秸秆发酵的细菌多样性极为丰富,且在不同时间段出现不同的优势菌群.     

玻利维亚进口盐中可培养嗜盐古菌组成分析

嗜盐古菌是一类通常生活于高盐环境的极端微生物,独特的细胞结构和生理代谢系统赋予其重要的研究价值.本研究通过获取玻利维亚进口商品盐中嗜盐古菌资源,筛选一批具有较高胞外酶活、产嗜盐菌素的嗜盐古菌,并研究该生境中嗜盐古菌的群落组成.本研究采用不同pH值的嗜盐古菌培养基,以纯培养划线分离的方式,结合16 S rRNA基因的测序和序列相似性分析,获得所分离菌株的分类地位并进行物种多样性分析.此外,采用胞外酶活的检测方法,对部分菌株的胞外酶酶活和产嗜盐菌素能力进行筛查.最终从该样品盐中共分离到505株嗜盐古菌,分别来自于Natronococcus、Natrinema、Natrialba、Halovivax、Haloterrigena、Halorubrum、Halopenitus、Halobellus、Halococcus、Halobacterium、Halalkalicoccus、Haloarcula和Halosimplex等13个属,其中有180株属于Halobacterium属,占比约35.6％,是本研究纯培养分离所揭示的优势类群.物种多样性分析结果显示该样品中可培养嗜盐古菌数量较高、物种数目多,但优势种群明显且均匀度不高,总体而言多样性不高.不同pH培养基纯培养分离结果显示:pH8.0和pH9.0的培养条件下分离得到的菌株物种多样性较高:前者Shannon指数为2.8,simpson指数为0.9;后者Shannon指数为2.4,simpson指数为0.9.胞外酶活检测发现6株产胞外淀粉酶,5株产胞外明胶酶,2株产胞外蛋白酶菌株,胞外氧化酶和触酶活性在嗜盐古菌中较为普遍.拮抗作用检测获得1株产嗜盐菌素的菌株.本研究通过纯培养方法获得了丰富的嗜盐古菌菌株资源,并初步揭示了玻利维亚进口商品盐样品中可培养嗜盐古菌的群落组成和多样性分布.     

16S rRNA基因测序技术分析胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群特征

提取胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析其胃黏膜菌群特征.所有样品胃黏膜菌群在门分类水平上,其结构主要由变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门等组成;在属分类水平上,则由螺杆菌属、Gilliamella属、链球菌属和Snodgrassella属等优势菌属组成;其中YHP14、YHP15和YHP16样品的螺杆菌属极显著高于YHP11、YHP12和YHP13(P0.001).此外,YHP14、YHP15和YHP16样品的菌群丰度和多样性均低于YHP11、YHP12和YHP13.幽门螺杆菌感染可改变胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群结构,其诱导的慢性炎症是慢性胃窦糜烂发生、发展的机制之一.     

我国西北某陆地油田采出水微生物群落结构

油藏中普遍栖息着多种微生物,其生长代谢可在多个层面影响油田开发过程,但有关微生物多样性及群落组成的认知仍十分有限.采用基于16S r RNA基因的高通量测序技术解析了我国西北地区某油田10口油井采出水中微生物多样性与群落结构.采出水中变形菌门为优势类群,其下属的γ-变形菌纲、α-变形菌纲、ε-变形菌纲在多数样品中的相对丰度较高,而β-变形菌纲相对丰度较低(≤3.2%).假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)是相对优势的属,各采出井间微生物多样性与群落结构差别明显.共检出10个属的潜在硫化氢产生菌,硫酸盐还原菌的相对丰度低;硫磺单胞菌属(Sulfurospirillum)在所有样品中均存在,其相对丰度在0.02%～0.89%间波动,该类群在油田酸败中的作用有待研究.     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

重庆打造"温泉之都"的可行性分析

重庆著名的天然南温泉、小泉、西泉已经断流,北温泉、东泉流量减小,东泉热洞成了干洞子,而今后5年重庆温泉旅游业发展规划是打造"温泉之都".为此,作者在论述重庆地区地下热水水文地质条件,温泉动态发展变化,各温泉之间的相互关系基础之上,分析了开发"温泉之都"的补给条件和储水量,以及"温泉之都"发展纲要中各温泉点之间的相互关系,由此得到开发"温泉之都"的可行性.研究表明,重庆打造"温泉之都"是可行的,但在打造"温泉之都"时要作整体的开采量规划设计,在整体开采量规划设计的条件下再作同一个背斜地下热水系统各开发点开采量规划,这样才能确保"温泉之都"的建设和可持续发展.     

古菌病毒

古菌病毒的研究起步较晚,但发展很快。近年来,人们已经从热泉等特殊环境分离得到了数十种古菌病毒。来自热泉的古菌病毒表现出了极为独特、多样的形态学和基因组学特征,据此目前已经或正在建议建立7个病毒新科。已知的古菌病毒均属于双链DNA病毒,极端嗜热古菌病毒中绝大多数基因的功能尚不清楚。古菌病毒的研究不仅极大地丰富了人们对自然界病毒多样性的认识,还为探索病毒的起源与进化提供了重要启示。本文对古菌病毒的主要类群及特点作了简单介绍,并进一步探讨了病毒的起源与进化。     

海南蓝洋温泉旅游开发存在的问题及对策研究

海南蓝洋温泉虽然拥有优质的温泉资源与优越的地理环境,但温泉旅游却没能发展成当地的支柱产业。分析了蓝洋温泉目前所存在的问题,并提出了相应的营销策略。     

横沟温泉文化旅游项目开发目标探析

对以榆林文化为主题的温泉文化旅游开发项目可行性进行了问卷调查,通过对问卷进行分析并结合我国温泉开发现状及横沟温泉既有文化旅游开发项目,提出以榆林文化为主题的横沟温泉文化旅游开发目标,结合横沟客观环境及榆林文化特点,拟将以闯王温泉区为景区中心,分设窑洞展览区、情景再现区、游客参与体验区、实景微缩区和榆林特产商品区等5个项目区,对榆林文化进行全面开发,使游客同时实现温泉沐浴和文化沐浴的目的,以此将横沟温泉打造成陕北地区独一无二的温泉山庄,更好地促进横沟地方经济的发展。     

江垭温泉度假村旅游产品再开发策略分析

近几年来,温泉旅游在国内迅速发展,然而,温泉旅游产品开发效仿现象也日益严重。以张家界市慈利江垭温泉度假村为例,在介绍江垭温泉度假村概况及游客问卷调查的基础上,提出江垭温泉度假村旅游产品重新定位、设计宣传口号、引入土家民俗文化、借名牌发展的四大开发策略。     

鲁山县温泉旅游资源开发研究

在对鲁山县温泉资源特点进行分析的基础上,针对县域温泉旅游开发中存在的问题,指出应围绕打造中国知名的山地温泉旅游地,发展温泉洗浴、SPA、保健按摩、水疗汤治、康复疗养、休闲健身、会议商务等系列化温泉旅游产品,提出未来温泉旅游开发重点,并对温泉资源保护、提升文化内涵、发展多元化温泉旅游产品等问题进行了探讨.     

庐山星子温泉成因探讨

从温泉区域地质构造背景入手,利用环境同位素和SiO2温标测算研究资料提供的地热水与补给区的相对时空位置关系,在系统解析补给区与温泉区地貌、地质构造特征以及水文地质条件基础上,认为温泉地热水的成因与庐山地质构造演化所形成的特殊地貌、地质构造环境及水文地质条件有关,有其特殊的形成条件和自然历程.     

基于扩增子测序的瘤胃内含物中木聚糖酶基因多样性研究

采用高通量扩增子测序技术,对山羊瘤胃微生物宏基因组第10家族(GH10)和第11家族(GH11)木聚糖酶基因多样性进行分析.经序列拼接、过滤和可操作分类单元聚类(<95%),获得348个GH10木聚糖酶基因. GH10木聚糖酶基因片段与GenBank数据库中已知蛋白序列的一致性为46%～97%,其中一半以上的序列与已知木聚糖酶的一致性低于80%.序列注释结果表明,GH10木聚糖酶基因分布于5个门,其中拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为优势门.经序列处理分析,获得143个GH11木聚糖酶基因,与GenBank中已知蛋白序列的一致性为51%～100%. GH11木聚糖酶基因分布于6个门,其中子囊菌门(Ascomycota)和放线菌门(Actinobacteria)为优势门.基于片段序列和染色体步移技术,获得两个新的全长木聚糖酶基因,由其编码的蛋白具有特殊的结构域组成.本研究表明,山羊瘤胃环境中GH10木聚糖酶基因的多样性远高于GH11,且两者的分布存在较大差异.此外,该环境中还存在大量的新木聚糖酶基因,可为后续木聚糖酶基因资源的发掘和应用奠定基...     

铝胁迫对酸性红壤古菌amoA基因多样性的影响分析

通过PCR-RFLP技术构建红壤丘陵区土壤氨氧化古菌amoA基因文库,比较分析典型森林土和农田土中氨氧化古菌种群结构对铝胁迫的响应。通过对628个amoA基因克隆子进行了PCR-RFLP指纹图谱分析,共获得62个独特的基因操作分类单元（operational taxanomical uints,OTUs）,进一步对62个OTUs开展Blast和RDP分类分析（相似性97%-100%）,结果表明：森林和农田土壤样品中100%的氨氧化古菌属于泉古菌门（Crenarchaeotes）,分布于4个基因族（Cluster1-4）,Cluster 1在所有测试样品中占明显优势。农田土壤中氨氧化古菌的丰度和多样性要高于森林土壤,但随着铝胁迫浓度的增加,农田土壤中氨氧化古菌丰度和多样性降低更明显,均匀度却有所上升。可见,铝胁迫导致土壤氨氧化古菌群落结构改变,高铝胁迫能促使氨氧化古菌发生适应性变化,有可能演变出优势种群。