串珠藻目植物psaA基因的适应性进化及共进化分析

串珠藻目是淡水红藻中最重要的类群。psaA基因是植物叶绿体中进行光调节的重要基因,编码光系统Ⅰ反应中心跨膜复合物的中心蛋白A,又称P700脱辅基蛋白A,承担重要的生物学功能,构成植物光系统Ⅰ的中心架构。为了探究串珠藻目植物适应特殊生存环境的分子水平机制,选取串珠藻目及一些相近类群淡水红藻的psaA基因42条,并采用PAML4.8软件中的位点模型、分支模型和分支-位点模型,对选取类群的psaA基因进行了适应性进化分析。结果表明:(1)所有内类群聚集为9个分支,其中,分支A为假枝藻属,分支B为Nocturama属,分支C为西斯藻属,分支D为连珠藻,分支E为胶串珠藻,分支F为熊野藻属,分支G为串珠藻属,分支H为暗紫红毛菜,分支I为红索藻属;(2)没有在位点模型和分支-位点模型中检测到有统计学意义的正选择位点,提示该基因处于强烈的负选择作用之下并具有保守性;(3)基于详细的解析数据和氨基酸对的相关系数统计出共进化组(对)5组(20对),序列中所有共进化氨基酸对的平均距离27.808 6?,标准差12.325 2,基于氨基酸疏水相关性值统计出的共进化组(对)5组(12对),基于氨基酸分子量相关值统计出的共进化组(对)5组(15对),其中共有11对共进化氨基酸同疏水性、分子量都显著相关。本研究结果显示psaA基因在串珠藻目植物中是非常保守的,比较适用于属及以上分类单元群体的系统发育关系研究,同时,基于ω比值检验基因适应性进化具有准确性和有效性。     

蒿属叶绿体DNA trnL-F的序列分析与系统发育的意义

对蒿属Artemisia Linn.两个亚属5个组38个种进行了trnL-F序列的分析,同时选取了紊蒿Elachanthemum intricatum作为外类群.结果表明,蒿属的trnL-F序列长度为786～799 bp,GC含量为34.79%～35.94%.组间变异小,38个种共有62个变异位点,18个信息位点.根据形态学划分的蒿亚属和龙蒿亚属没有得到很好的分辨,但艾组多数种具有6bp"TACATA"的缺失和三个位点组内多数种的共同变异,使得该组具有较明显的分化.总的来说,trnL-F序列在蒿属植物间有着高度的一致性,讨论系统发育时具有一定的局限性.     

滴水湖浮游植物群落结构特征及对其水质评价

通过2009年1、4、7、10月对滴水湖浮游植物进行4次调查采样,研究滴水湖浮游植物群落结构特征,评价滴水湖水质现状.共鉴定浮游植物96种,隶属于8门48属.其中绿藻门种类居首位,有21属51种;其次为硅藻门11属20种;蓝藻门8属16种;隐藻门2属3种;裸藻门2属2种;金藻门2属2种;甲藻门1属1种;黄藻门1属1种.平均数量生物量是2054.28×104个/L,其中绿藻比例最高,占总量的41%;其次是硅藻,占总量的30.5%;蓝藻第三,占总量的16.5%;其他藻类所占比例较小.根据浮游植物群落结构并结合部分理化指标对湖区进行水质评价,结果显示滴水湖水质属于中-富营养.     

棱果沙棘及其亲本cpDNA trnS-G片段的序列变异分析

对自然杂交种棱果沙棘(Hippophae goniocarpa)及其亲本中国沙棘(H.rhamnoides ssp.sinensis)和肋果沙棘(H.neurocarpa)的共6个个体的叶绿体基因组的trnS-G片段进行了序列测定.所测样品序列长度为646～654 bp,排序后为656 bp.所测序列共有51个变异位点,占整个序列长度的7.77%,其中有14个变异位点属于碱基的插入或缺失类型,37个变异位点属于碱基的替换类型,各占变异位点总数的27%、73%和序列总长度的2.13%、5.64%.分析序列结果表明,所测样品在trnS-G间隔区序列长度变化不大,但提供了较多的变异位点,并且碱基变换类型丰富,碱基变异位点来源于中国沙棘和肋果沙棘的种间序列的差异.棱果沙棘的2个个体分别与中国沙棘和肋果沙棘的其中1个个体的序列完全一致,说明在自然杂交种棱果沙棘的起源中,中国沙棘和肋果沙棘均可作为母本.     

中国串珠藻目植物区系研究

中国串珠藻目植物已报道2科,5属,40种,区系分析的结果包括9 种分布区类型,其中以中国特有分布占绝对优势,有15种,占38.5%,温带性质明显,种类达到84.6%.种类数的分布以华东、华中和西南地区较为丰富,西北、华北和东北地区的分布相对较贫乏,特有种的分布也以华东和西南地区为多.     

基于trnL-F基因序列的铁兰属植物亲缘关系分析

以莺哥凤梨(Vriesea carinata)为外类群,利用Clustal X1.81和MEGA3.1软件对31种铁兰属植物的基因序列进行比对和分析,并构建分子系统树。结果表明:31种铁兰属植物供试材料的trnL-F序列长度在806～835 bp之间,变异位点22个,信息位点14个,平均遗传距离0.007,且在301～322 bp和826～830 bp处分别出现了插入和polyT序列。利用ML法建立的系统树显示,31个铁兰属植物分为3组。序列分析结果与形态学结果基本一致,表明trnL-F序列可用于铁兰属植物的亲缘关系分析,并可作为某些特定种的鉴定依据。     

乌鲁木齐地区双壳缝目(Biraphidinales)硅藻的初步研究

2010年4月至6月对于乌鲁木齐周围部分地区的双壳缝目硅藻植物进行了调查研究,共采集到54号藻类标本,对其中硅藻植物的形态特征进行了鉴定、描述和绘图,发现双壳缝目(Biraphidinales)硅藻植物22种3变种,共25个分类单位,隶属于3科11属。其中舟形藻科(Naviculaceae)有7属,有茧形藻属1种,美壁藻属1种,双壁藻属1种,布纹藻属1种,舟形藻属4种,羽纹藻属4种,辐节藻属3种;桥穹藻科(Cymbellaceae)有2属,有桥穹藻属4种,有双眉藻属1种;异极藻科(Gomphonemaceae)有2属,有双楔藻属1种,有异极藻属3种1变种,属于新疆新记录的有11种1变种。     

串珠藻目(红藻门)基于形态学证据的系统发育分析

以串珠藻目的16个分类单位加上外类群作为研究对象,选取18个性状作为研究基础,得到18×17的数值矩阵,以分支分类学的方法对串珠藻目的系统发育过程进行分析.采用4种方法进行分支分析,其中以最大同步法的运算结果最为合理,分支图最大步长为269,最小步长为35,实际步长为47,简约系数为0.0513.在串珠藻目中,以红索藻科最为原始,它向两个方向演化,其中一大支随着受精丝的明显膨大,演化出串珠藻科;另一大支则有更多的形态特征发生变化,配子体中出现假薄壁组织,中轴节处产生有定数的分枝,出现发达的外皮层,精子囊以精子囊群的方式成块状或带状出现,果孢子体生于外皮层内部,演化出鱼子菜科和裸管藻科.在串珠藻科中,以串珠藻属的串珠藻组较为原始,而假枝藻属和托氏藻属则较为进化.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

三株蓝藻附着细菌多样性及其对铜绿微囊藻增殖的影响

藻际环境生活着大量微生物,这些微生物对藻类增殖具有重要影响.研究以6种培养基分离源自滇池的1株铜绿微囊藻和2株集胞藻的藻际附着细菌66株,选取其中46株进行16S rRNA基因系统发育分析.它们分属3个门(Actinobacteria、Proteobacteria、Firmicutes),3个纲,4个目,5个科,7个属,9个种. Actinobacteria是优势纲(73.91%),Aeromicrobium是优势属(41.30%),优势种为Aeromicrobium ponti(21.74%). 3株蓝藻藻际附着细菌的优势属均为Aeromicrobium,但Microbacterium和Sphingopyxis只出现在铜绿微囊藻藻际环境中.对46株藻际附着细菌的研究发现,9株对铜绿微囊藻的增殖有显著影响,其中1株促进,8株抑制增殖. L-9-3(Sphingopyxis solisilvae)使铜绿微囊藻的藻细胞数量增加87.62%. NIU-9-2(Sphingopyxis solisilvae)和NIU-M-3(Aeromicrobium halocynthiae)使铜绿微囊藻细胞数量减少81.24%.研究丰富了藻际细菌的资源库,为研究藻-菌相互关系和"以菌控藻"奠定了基础.     

串珠藻目的现代地理分布和起源

对串珠藻目的现代地理分布和可能的起源进行了初步分析。初步确定串珠藻目植物的现代地理分布中心在东亚和东南亚地区 ,北美和大洋州是两个次分布中心。推测串珠藻目植物可能的起源地在古北大陆和古南大陆相连接的地区 ,可能的起源时间在三叠纪之前。文中对串珠藻目植物可能的起源和散布途径也作了推测 ,对其现代分布格局及成因也进行了初步分析     

LEA蛋白质11-氨基酸基序与植物抗旱性

分析了8种重要农作物第三组LEA蛋白质序列中的94个11-氨基酸基序.得出一致性序列为TAEAAKQKAGE.LEA 3蛋白质中11-氨基酸基序呈多拷贝串联排列,其长度占蛋白质序列总长度的40%～60%.带电荷/ 极性氨基酸和疏水氨基酸数目分别占重复序列氨基酸总数的70.89%和29.11%.11-氨基酸基序的二级结构多呈α-螺旋结构.其中第1,2,4,5,9位疏水氨基酸形成螺旋蛋白质分子的疏水界面,其余位置的氨基酸形成螺旋分子的亲水界面.LEA 3蛋白质全序列平均亲水指数为-0.95～-1.22.无信号肽序列.8种LEA 3蛋白分子的上述特性与植物的抗旱性有关.     

基于全基因组测序的粘绿木霉Gv29-8中分泌蛋白预测

粘绿木霉Gv29-8作为木霉属中重要的生防菌之一,对该菌分泌蛋白进行预测及其特征进行明确具有重要的理论意义。利用SignalP、ProtComp等预测程序对该菌中12427条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻,并对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小及切割位点等性质进行分析。粘绿木霉含有分泌蛋白为377个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。     

四川百里峡省级自然保护区植物资源调查研究

为进一步掌握四川百里峡省级自然保护区植物资源的现状,对保护区植物资源进行调查,结果表明:自然保护区共有野生维管植物150科,682属,1 429种.其中蕨类植物22科,44属,74种;裸子植物8科,17属,24种;被子植物120科,625属,1 319种.维管植物科数占四川省的64.66%,全国的41.21%;属数占四川省的42.32%,全国的20.20%;种数占四川省的15.32%,全国的4.88%.保护区有国家Ⅰ级保护植物7种,国家Ⅱ级保护植物13种,此外还有现被列为世界级极危植物—崖柏.种子植物区系共有15个类型和18个变型.植物区系温带性质明显,热带成分也占一定的比例,具有温带向热带过渡的特征.植物区系具有一定的古老性.保护区植被划分为3个植被型组,8个植被型,24个群系.     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

ITS序列在天门冬属物种DNA条形码构建中的应用研究

在对天门冬属4个种ITS(internal transcribed spacer)序列克隆测序的基础上,并对4个种进行序列比较分析.结果表明:(1)4个物种的亲缘关系很近,它们间的ITS序列的变异小,GC含量高,在60％左右.(2)4个物种在系统树上聚为一类,文竹与其他3种天门冬的亲缘关系相对较远,处于系统树的一支,其...     

菌藻复合生物膜污水反应器中真菌群落结构分析

为探究菌藻复合生物膜反应器中真菌群落结构和组成特征,本文通过提取菌藻复合生物膜总DNA,使用Illumina平台对样本的ITS序列进行扩增子测序。结果表明：共获得真菌有效序列44323条,序列长度主要集中在150-330之间。OUT物种分类注释显示,真菌隶属于4个门,分别为球囊菌门、担子菌门、子囊菌门和壶菌门,其中真菌的优势门为球囊菌门40.00%,次优势门类子囊菌门和担子菌门相对丰度比例分别约24.90%和24.80%;在属水平上,真菌隶属于12个属,分别为盘菌属、黑酵母菌属、曲霉菌属、苏吉雅玛酸乳杆菌属、嗜热真菌属、热子囊菌属、布勒弹孢酵母属、亡革菌属、雷德克拉属和无梗囊霉属等,其中优势属为丰度最高的雷德克拉属39.80%,次优势属为泡质盘菌23.50%。     

红花尔基樟子松林国家级自然保护区种子植物区系分析（Ⅰ）：科属区系分析

在对红花尔基樟子松林国家级自然保护区植物资源进行深入调查和分析有关资料的基础上,对本区内种子植物的科属组成、分布区类型、区系特征等进行了统计与分析研究.研究区域的植物区系特征表现为:1)植物种类繁多,有野生种子植物74科、284属、664种;区系成分丰富,种子植物属具有13个分布区类型和13个分布变型.2)区系具有北温带性质,北温带属占非世界分布属数目的_87.18%;植物区系成分中混有亚热带、热带成分及寒温带成分,体现出"南北混合型"的特征.3)单属科和单种属较多,单属科39个,单种属25个,分别占总科数和总属数的33.78%和8.8%.4)山地森林草原特征显著.     

措那木江浮游植物群落结构

2009年对措那木江浮游植物进行了取样调查,4个采样站共发现藻类36属,隶属4门20科.其中硅藻门和绿藻门分别占浮游植物总属数的41.7%,36.1%,优势属为桥弯藻属(Cymbella)、菱形藻属(Nitzschia)、鼓藻属(Cosmarium)和水绵属(Spirogyra).藻类的密度为40 975 ind/L,总生物量为0.137 mg/L,其中硅藻门藻密度占总藻密度的94.9%,生物量占总生物量的85.4%.4个采样站中Ⅰ站的藻密度和生物量均明显高于其他3站.4个站藻类Margalef多样性指数、Shannon-Winner多样性指数和Pielou指数的平均值分别为0.70、1.43、0.15.根据藻类各项多样性指数值得出,措那木江水体已遭受污染,但并未形成富营养化,仍处于贫营养状态.     

中华按蚊的分子鉴定标准

中华按蚊(Anopheles sinensis)是重要的传疟媒介之一,广泛分布于中国和东南亚,它的形态特征和赫坎按蚊种团(Ano pheles hyrcanus Group)其他蚊种十分近似,建立中华按蚊的分子鉴定标准十分重要。本研究从实验室中华按蚊品系的一个个体测序了线粒体DNA COI和COII 基因,以及核糖体DNA D2、D3和ITS2位点,测序片段长度分别为658、663、551、365、556bp。这些序列和近缘蚊种对应序列分别用最大似然法构建系统发育树,结果表明中华按蚊的序列均聚合为同一支。将测序的中华按蚊COII序列和已知蚊种的对应序列比对发现其中的保守位点分别是第133位点C,321位点C,382位点C,435位点T,516位点A和651位点C,线粒体DNA COI和COII 基因序列的碱基组成具有AT偏向性,分别占69.15%和74.96%。提交了5条序列到NCBI数据库,其中核糖体DNA D2位点序列是首次在中华按蚊中公开报道。