烟草尼古丁去甲基酶基因CYP82E4启动子结合蛋白的鉴定与分析

 以尼古丁去甲基酶编码基因（CYP82E4）上游的启动子功能元件作为诱饵,使用酵母单杂交方法从喷施乙烯利叶片的cDNA融合表达文库中钓取与之相互作用的结合蛋白.研究结果表明,诱饵载体pHIS2/pE4和cDNA融合表达载体pGADT7-Rec2共转化到酵母细胞中的效率为1×10⁶.对文库的筛选结果表明,本研究共获得39个阳性克隆,且阳性克隆的插入片段在850～2500bp之间.将获得的39个阳性克隆进行测序,其中发现1个可能参与基因(CYP82E4）表达调控的锌指蛋白转录因子.下一步将对其功能进行分析,为通过分子育种手段培养低含量去甲基尼古丁的烟草提供实验基础.     

应用酵母双杂交系统筛选与NAP1相互作用的蛋白质

用NAP1作为"诱饵"蛋白,通过酵母双杂交系统筛选人淋巴细胞cDNA文库,鉴定阳性克隆;再利用酵母双杂交和免疫共沉淀验证相互作用. 结果表明,通过酵母双杂交系统筛选人淋巴细胞cDNA文库,阳性克隆的鉴定,发现了与NAP1的相互作用蛋白质―蛋白酶体α亚基3(PSMA3). 免疫共沉淀(Co-IP)结果证实外源表达的NAP1蛋白和PSMA3蛋白在293T细胞中有特异性的相互作用. NAP1作为FDC分泌的一种多肽,与PSMA3有特异性的相互作用,这种相互作用如何实现对蛋白酶体降解靶蛋白的活性调节,其作用机理有待深入研究.     

卡波氏肉瘤相关疱疹病毒ORF50结合蛋白的筛选

应用酵母双杂交系统,以包含RTA氮端530个氨基酸的片段插入载体pGBKT7作为诱铒,在人脾脏cDNA文库中,筛选得到4个阳性AD/文库质粒,并用酵母双杂交实验验证了阳性AD/文库质粒与RTA的相互作用.将阳性AD/文库质粒测序并对测序结果做BLAST分析,发现它们分别是:TLE2、RBP-Jk、ZNF-12和WHSC1.     

基于多视角深度信念网络的肺结节识别方法

针对传统肺癌计算机辅助诊断系统中肺结节检出过程烦琐,且存在假阳性高的问题,提出一种基于多视角深度信念网络的肺结节识别方法。该方法首先将肺结节进行三维重建并将重建后不同大小的肺结节归一到不同尺度的立方体中,然后将不同视角的2.5D切片作为深度信念网络的输入数据,最后通过不同的融合策略完成对肺结节的识别。在肺部图像数据库联盟(LIDC)数据集上大量实验表明:相比于传统肺癌识别系统本文方法敏感性为(92.8±0.25)%,平均每组病例假阳性个数为2.4±0.3,该方法能有效降低肺结节自动检测过程中的假阳性率。     

酵母双杂交系统的研究进展

酵母双杂交系统自创建以来,已成为研究蛋白质相互作用的重要手段,揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用。随着该系统的广泛应用,近年来又发展了三杂交系统、单杂交系统、逆向双杂交系统、SOS富集系统等。酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间,蛋白质与DNA、RNA、配体之间相互作用的研究。     

酵母双杂交系统的改进和发展

酵母双杂交系统是研究蛋白质间相互作用的一种非常有效的分子生物学方法，具有快速和高效的特点，但也存在一些局限性．人们针对它的缺点相应地进行了一些完善和改进，并衍生出单杂交系统、三杂交系统等一系列相关的技术，从而拓宽了该系统的应用领域．     

Interaction of Stathmin-Like 2 Protein with the APP Intracellular Domain

Amyloid precursor protein （APP） plays a critical role in the formation of Alzheimer＇s disease （AD）. The intracellular domain APP （AID） was suggested to cause neurotoxicity in the nucleus. To investigate the functions AID, yeast two-hybrid screening was performed to identify the proteins which interact with AID. The human brain cDNA library was screened using pGBKT7-AID as a bait, and several positive clones were identified. One of them encodes a part of the human stathmin-like 2 protein （STMN2）. The interaction between STMN2 and APP implies that STMN2 may have an important function in APP-mediated AD formation.     

A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae

Two large-scale yeast two-hybrid screens were undertaken to identify protein-protein interactions between full-length open reading frames predicted from the Saccharomyces cerevisiae genome sequence. In one approach, we constructed a protein array of about 6,000 yeast transformants, with each transformant expressing one of the open reading frames as a fusion to an activation domain. This array was screened by a simple and automated procedure for 192 yeast proteins, with positive responses identified by their positions in the array. In a second approach, we pooled cells expressing one of about 6,000 activation domain fusions to generate a library. We used a high-throughput screening procedure to screen nearly all of the 6,000 predicted yeast proteins, expressed as Gal4 DNA-binding domain fusion proteins, against the library, and characterized positives by sequence analysis. These approaches resulted in the detection of 957 putative interactions involving 1,004 S. cerevisiae proteins. These data reveal interactions that place functionally unclassified proteins in a biological context, interactions between proteins involved in the same biological function, and interactions that link biological functions together into larger cellular processes. The results of these screens are shown here.     

视网膜母细胞瘤结合蛋白4基因酵母双杂交诱饵载体的构建

视网膜母细胞瘤结合蛋白4(RBBP4)是WD-40蛋白家族的成员之一,其在组蛋白乙酰化、细胞周期进展及肿瘤干细胞的分化等方面具有重要功能,研究与RBBP4互作的新蛋白质和认识RBBP4在疾病包括肿瘤的发生发展过程中的分子机制有重要意义。通过RT-PCR扩增获得了RBBP4基因的CDS序列,经双酶切后与pGBKT7酵母诱饵载体连接构建了pGBKT7-RBBP4载体,再通过双酶切鉴定和测序验证,结果表明此酵母双杂交诱饵载体被成功构建,为后续利用酵母双杂交技术筛选与RBBP4蛋白相互作用的新蛋白提供了参考。     

人CtBP2与CCNH相互作用的初步研究

CtBP2(E1AC-terminal binding protein 2)作为辅阻遏物与多种转录因子联系而参与到很多生物过程中,如细胞分化、凋亡、发育和肿瘤发生等,然而其中许多作用机制尚不明了.为了对CtBP2进行深入研究,利用高通量酵母双杂交技术,以人CtBP2为诱饵,与含有1000个人肝基因克隆的酵母双杂交文库进行接合筛选获得了一个与它相互作用的猎物蛋白CCNH(Cyclin H).通过GST-pull down、免疫共沉淀和亚细胞共定位等实验进一步证明了这两个蛋白在体外和体内的相互作用.     

酵母双杂交系统筛选与HCMV pUL23蛋白相互作用的蛋白质

将UL23基因的ORF序列克隆到酵母表达载体pGBKT7构建诱饵质粒pGBKT7-UL23,用酵母双杂交技术筛选人胚肾cDNA文库中与人巨细胞病毒pUL23相互作用的宿主蛋白分子,再通过回复酵母双杂交再次确认两者之间的相互作用.结果表明:酵母双杂交,回复酵母双杂交试验证明宿主蛋白分子elF3e(eukaryotic trans-lation initiation factor 3,subunit E interacting protein)能够与人巨细胞病毒UL23蛋白相互作用.宿主蛋白分子elF3e能够与人巨细胞病毒UL23蛋白相互作用,这为进一步研究pUL23蛋白在HCMV生活周期中的作用机制提供依据.     

细胞周期末期促进复合物亚基CDC16Hs与DNA双链断端修复蛋白Ku80相互作用

CDC16Hs是细胞周期末期促进复合物(APC)的亚基．利用基于LexA的酵母双杂交系统,把它作为诱饵蛋白筛选人胎脑文库,发现它与DNA双链断端修复蛋白Ku80的羧基端相互作用．CDC16Hs和全长Ku80的结合通过pull down实验在体外得到验证．     

筛选hALR的相互作用蛋白基因

为筛选与人肝再生增强因子(hALR)相互作用蛋白的基因，探讨肝再生增强因子在肝再生过程中的分子生物学机制，将人肝再生增强因子基因的开放读码框片断，重组入载体pGBKT7构建成“诱饵”质粒pGBKT7—hALR，然后用酵母双杂交系统从预转化酵母菌Y187的成人肝细胞cDNA文库中筛选与人肝再生增强因子相互作用蛋白的基因。筛出的阳性克隆基因序列被测出后，经GenBank查询，结果发现它们分别是血清白蛋白、金属硫蛋白、硒蛋白类似物、Na^ ／K^ ATPase和一个未知功能的蛋白的部分序列。这初步克隆了与hALR相互作用的蛋白基因，为进一步探讨ALR在肝再生过程中的作用机制奠定了基础。     

筛选与拟南芥绒毡层发育过程中重要的转录因子DYT1相互作用的调控蛋白因子

DYT1是拟南芥绒毡层发育过程中重要的转录因子.DYT1的缺失会导致绒毡层相关功能的缺陷.然而,DYT1并不是使绒毡层功能化的充分因素,暗示了DYT1蛋白需要和其他转录因子形成复合物才能发挥功能.利用酵母双杂交技术以DYT1蛋白为诱饵在拟南芥cDNA文库中筛选与DYT1相互作用的蛋白.通过筛选从文库中得到20个阳性克隆,通过BLAST序列比对得到8个候选基因序列,从中鉴定出6种候选基因编码可能的转录因子或者其他调控转录的蛋白因子.其中5个编码调控因子的基因都被证实在花药中表达.更进一步,发现另一个对花药发育所必需的转录因子AMS能与DYT1在酵母体内形成转录复合物.表明这2个蛋白可能形成异源复合物在花药中共同调节下游基因的表达.     

筛选hALR的相互作用蛋白基因(英)

为筛选与人肝再生增强因子(hALR)相互作用蛋白的基因,探讨肝再生增强因子在肝再生过程中的分子生物学机制,将人肝再生增强因子基因的开放读码框片断,重组入载体pGBKT7构建成“诱饵”质粒pGBKT7-hALR,然后用酵母双杂交系统从预转化酵母菌Y187的成人肝细胞cDNA文库中筛选与人肝再生增强因子相互作用蛋白的基因.筛出的阳性克隆基因序列被测出后,经GenBank查询,结果发现它们分别是血清白蛋白、金属硫蛋白、硒蛋白类似物、Na+/K+ ATPase和一个未知功能的蛋白的部分序列.这初步克隆了与hALR相互作用的蛋白基因,为进一步探讨ALR在肝再生过程中的作用机制奠定了基础.     

人白细胞介素24蛋白酵母双杂交诱饵载体的构建及其自激活检测

构建人白细胞介素24蛋白酵母双杂交诱饵栽体,并检测其自激活作用.采用PCR技术特异性扩增人白细胞介素24基因IL-24,将其克隆入酵母双杂交诱饵质粒pGBKT7中,通过PCR扩增、限制性酶切鉴定及序列测定,获得质粒pGBKT7-IL-24.采用PEG/LiAc法将其转入酵母AH109中,经表型筛选检测其自激活作用,同时...     

Network security situation evaluation based on modified D-S evidence theory

With the rapid development of global information and the increasing dependence on network for people, network security problems are becoming more and more serious. By analyzing the existing security assessment methods, we propose a network security situation evaluation system based on modified D-S evidence theory is proposed. Firstly, we give a modified D-S evidence theory to improve the reliability and rationality of the fusion result and apply the theory to correlation analysis. Secondly, the attack successful support is accurately calculated by matching internal factors with external threats. Multi-module evaluation is established to comprehensively evaluate the situation of network security. Finally we use an example of actual network datasets to validate the network security situation evaluation system. The simulation result shows that the system can not only reduce the rate of false positives and false alarms, but also effectively help analysts comprehensively to understand the situation of network security.     

基于数据融合的分布式入侵检测系统研究

针对分布式入侵检测在当今网络安全中发挥着越来越重要的角色,将数据融合技术引入到入侵检测系统中,提出了基于数据融合的分布式入侵检测系统设计方案,描述了分布式检测和决策融合的结构设计,讨论了数据融合决策问题的数学模型,运用理论推理论证了融合决策处理的可靠性。分析比对实验表明,该系统降低了入侵检测系统的虚警率,提高了检测率。     

MST1的酵母双杂交及与Salvador体外结合的研究

利用酵母双杂交系统,以鼠M ST 1(M amm alian STE 20-1 ike 1)为诱饵蛋白,在鼠胚胎库中筛选到22个Salvador的片段。通过E.coli表达系统纯化了6个组氨酸(6H is)融合的M ST 1和谷胱甘肽硫转移酶(GST)融合的Salvador,并做体外蛋白质结合实验,进一步证实了两蛋白质相互结合。通过体外激酶活性分析,发现M ST 1并不直接磷酸化Salvador,但是Salvador能够较强地抑制M ST 1对M BP(磷酸丁酯)的磷酸化,提示有可能Salvador通过影响M ST 1的激酶活性来参与了M ST 1介导的细胞凋亡途径。