远洋梭子蟹ITS-1基因片段的序列分析

采用PCR扩增和序列测定等技术,对远洋梭子蟹Portunus pelagicus核rDNA的第一内转录间隔区(internal transcribed spacer 1,ITS-1)的基因片段进行了初步研究。经PCR扩增和序列测定,得到ITS-1基因片段的碱基序列。该物种ITS-1基因片段的大小为552 bp,碱基A、T、G和C的含量分别为23.00%、25.54%、23.91%和27.54%。同时还对近年来ITS-1在十足目动物分子系统学研究中的应用作一概述并列举了已测出ITS-1序列的十足目动物种类。     

日本(虫寻)和底栖短桨蟹线粒体DNA 12SrRNA基因序列的初步研究

以相应引物对日本和底栖短桨蟹的线粒体 DNA1 2 S r RNA基因片段进行了 PCR扩增和序列测定 ,分析比较了 2种间序列差异。结果表明 :日本 1 2 S r RNA基因片段长度为 41 4 bp,底栖短桨蟹为 41 5bp,2种的 A,T,G,C含量分别为 1 51 bp(36.47% ) ,1 53bp(36.96% ) ,43bp(1 0 .39% ) ,67bp(1 6.1 8% )和 1 50 bp(36.1 4 % ) ,1 55bp(37.35% ) ,44bp(1 0 .60 % ) ,66bp(1 5.90 % )。 2种间共出现了 3个碱基的缺失 /插入和 38bp的序列差异 ,其碱基转换与碱基颠换比约为 2 .1 7。     

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。     

6种鳗鲡（Anguilla）线粒体DNA COⅡ基因序列分析及其系统发育

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅡ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅡ基因片段的长度都为412bp,4种碱基组成非常相似,并且A＋T的含量都大于G＋C的含量。6种鳗鲡COⅡ基因片段核苷酸序列之间有46bp的差异,其中有6处发生碱基颠换,40处发生碱基转换。非洲鳗鲡（Anguilla mossam...     

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

6种鳗鲡(Anguilla)线粒体DNA COⅠ序列的比较研究

采用基因测序的方法,对6种鳗鲡的COⅠ基因片段进行了PCR扩增和测序。结果表明,6种鳗鲡COⅠ基因片段的长度都为652bp,4种碱基组成非常相似,并且A+T的含量都大于G+C的含量。6种鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列之间有105bp的差异,其中有18处发生碱基颠换,87处发生碱基转换。非洲鳗鲡和欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最大为54bp,同源性为91.72%,而美洲鳗鲡与欧洲鳗鲡COⅠ基因片段核苷酸序列差异最小为24bp,同源性为96.32%。     

日本蟳线粒体16SrRNA和COI基因序列比较分析

对采自莱州湾和胶州湾的日本蟳野生群体的线粒体16S rRNA和COI基因片段进行了PCR扩增和测序,分别得到长度为519和658 bp的碱基序列.研究结果显示这2个基因片段在种内的变异都较低,对2个基因同源序列分析表明,在线粒体16SrRNA基因片段中共检测到7个变异位点(包括6个单一变异位点,1个简约信息位点)和7种单倍型;在COI基因中共检测到8个变异位点(包括6个单一变异位点,2个简约信息位点)和7种单倍型.通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了两群体间的序列差异和遗传多样性水平.结果显示2个日本蟳野生群体的遗传多样性比较丰富.用MEGA4.0软件构建了NJ和UPMGA系统树,基于16SrRNA基因片段的系统树显示梭子蟹科的4个属聚为两大支:日本蝇不同的单倍型先聚在一起,然后与青蟹属的3种蟹聚为一支;梭子蟹属的三疣梭子蟹、远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚在一起;再与美青蟹属的美洲蓝蟹、巴西蓝蟹等聚为一支.基于COI基因显示日本蟳不同的单倍型先聚在一起,再与其他3种蟳聚为一支;梭子蟹属的远海梭子蟹和三疣梭子蟹相聚,然后与美青蟹属的2种蟹相聚为一支.该结果与传统分类一致.这些数据为我国日本蟳的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据.     

3种鲍16S rRNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍 (H aliotisdiscusdiscus)、皱纹盘鲍 (H.discushannai)和大鲍 (H.gi-gantiea) 3个自然群体的线粒体 DNA 1 6S r RNA基因片段进行了扩增和测序 ,分析了 52 8bp的碱基序列 ,结果显示 :3种鲍的基因序列中 A+T含量为 56.74%～ 57.1 2 %。 3个自然群体间碱基片段序列差异不显著 ,盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有 1处核苷酸检测到变异 ,皆为碱基转换 ,同源性为99.81 % ;皱纹盘鲍与大鲍有 2处碱基转换 ,同源性为 99.61 %。 1 6Sr RNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究

以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列和日本绒螯蟹 COI序列的差异 ,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列完全相同 ,而与日本绒螯蟹差异非常明显 ,70 9或 6 5 8(不计引物 )位点中核苷酸差异数为 32 ,核苷酸差异率为 4 .5 1%或 4 .86 % (不计引物 ) ,其中 2 5个位点为转换 ,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹 ,或它们为同一种的两个地理亚种的观点     

日本绒螫蟹放流群体12S rRNA序列研究

参考果蝇与蚤状溞序列进行了日本绒螯蟹放流群体的线粒体DNA 12S rRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定,得到457bp的碱基序列,其A、T、G、C含量分别为158bp(34.57%)、178bp(38.95%)、51bp(11.16%),70bp(15.32%),与果蝇与蚤状相同基因片段序列含量相似.     

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

魁蚶（Ｓｃａｐｈａｒｃａｂｒｏｕｇｈｔｏｎｉｉ）是蚶科贝类的一种大型经济种类，主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国，主要分布于辽宁、河北和山东沿海，生活在３～５０ｍ（多为２０～３０ｍ）水深的软泥或泥沙质海底，是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时，，作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现，，中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和…     

中国沿海长蛸(Octopus variabilis)自然群体线粒体COI基因遗传多样性研究

对我国沿海5个自然群体长蛸的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得658bp核苷酸片段,其中碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.02%、18.46%、30.15%和14.35%,AT的含量明显高于GC的含量。5个自然群体的长蛸中共发现18个变异位点,得到15个单倍型,包括4个共享单倍型,其中青岛群体的核苷酸差异数K以及平均核苷酸多样性指数Pi最高,烟台群体最低;群体间,青岛群体在群体间核苷酸差异数K、群体间平均每位点核苷酸替代数Dxy和群体间每位点净核苷酸替代数Da三个指标上都表现出比其它群体之间较高的水平,说明青岛群体具有最为丰富的遗传多样性。MEGA3.1软件计算5个群体间的Kimura2-paramter遗传距离,大连群体和青岛群体之间的遗传距离最远为0.0077,而大连群体与烟台群体之间的遗传距离最低,为0.0029。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.17410(P0.05),群体间遗传分化远小于群体内。NJ法和UPGMA法构建的分子进化树,5个地理群体的长蛸聚为两个族群,大连、烟台群体聚为一族群,青岛、连云港和舟山群体聚为另一族群。     

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。     

仿刺参(Apostichopus japonicus) mtDNA三个基因片段的序列分析

采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。     

10个菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性研究

对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。     

基于线粒体COI和16S rRNA基因研究3个地理群体黑龙江河蓝蛤的遗传多样性

采用通用引物对辽宁盘锦、辽宁大连、山东日照的3个地理群体黑龙江河蓝蛤(Potamocorbula amurensis)COI和16S r RNA序列进行扩增、测序分析,得到30条658bp的COI基因部分序列和27条450 bp的16S r RNA基因部分序列。其中COI和16S r RNA基因部分序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为45.4%和32.0%、13.5%和13.3%、20.7%和29.3%、20.4%和25.3%、66.1%和61.3%,AT含量高于GC含量,这与其他软体动物门动物的COI和16S r RNA的观测结果相近。COI和16S r RNA分别检测到了24个单倍型、43个核苷酸多态位点和9个单倍型、19个核苷酸多态性位点。AMOVA分析表明,3个群体间COI和16S r RNA部分基因总遗传分化系数分别为Fst=0.0090(P0.001)和Fst=0.0674(P0.001),群体内遗传分化远大于群体间、群体内存在较高的遗传分化。用NJ法构建分子进化树,3个地理群体的黑龙江河蓝蛤聚为一个族群,有少数个体和其他群体的个体聚在一起。     

笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析

对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。