16S rDNA序列分析法鉴定乳酸菌

利用16SrDNA序列分析法,对从西藏传统发酵的酸牦牛奶中分离得到的4株乳酸菌,分别提取DNA,经PCR扩增后,测定其16SrDNA序列,并与基因库中基因序列进行同源性比较,经鉴定1株为瑞士乳杆菌、1株为发酵乳杆菌、2株为干酪乳杆菌。结果表明,该实验方法可以实现乳酸菌种级水平鉴定,与传统方法相比具有简便、快速等优点,适合实验室及工业化生产中对乳酸菌的鉴定。     

拮抗放线菌111A202的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自新疆棉花地土壤的一株拮抗放线菌菌株111A202进行了形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁组分分析及16S rDNA序列分析。结果表明该菌基内菌丝无横隔、不断裂, 气生菌丝分枝、孢子丝波曲,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型。以16S rDNA序列为基础构建了包括7株相关种属菌在内的系统发育树, 111A202与变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)、微白黄链霉菌(S. albidoflavus)的16S rDNA序列的相似性达到99.5%和99.6%。根据以上多相分类结果,放线菌111A202的形态培养特征及其细胞组分与链霉菌一致,且与微白黄链霉菌近似性很高,因此,可以将放线菌111A202定名为微白黄链霉菌111A202(S. albidoflavus 111A202)。     

含羞草、山蚂蟥等几种豆科植物根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP分析

为揭示云南省豆科植物根瘤菌的资源多样性,采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对云南省8个地区含羞草、山蚂蝗等几种不同豆科植物分离的48株根瘤菌菌株进行了遗传和表型多样性研究。16S rDNA PCR产物经HinfⅠ、MspⅠ、RsaⅠ和HaeⅢ4种内切酶消化后产生22种遗传图谱类型;数据经MVSP3.0软件聚类后,所有供试菌株在70%的相似性水平上分为4个分支,经16S rDNA全序列分析,确定分支Ⅰ为伯克霍尔德属(Burkholderia)类群,含1株菌株;分支Ⅱ为贪铜菌属(Cupriavidus)类群,含5株菌株;分支Ⅳ为根瘤菌属(Rhizobium)类群,包括29株菌株;而分支Ⅲ没有和参比菌株聚在一起,经测序为狭长平胞属(Stenotrophomonas)类群。通过对菌株的抗生素抗性、耐盐性、生长温度范围、BTB产酸产碱反应以及对3-酮基乳糖利用情况共计28个表型性状测定,结果显示所有菌株耐盐性较强,多数菌株可耐受60℃的高温。实验表明,分离自云南省的这些菌株具有丰富的遗传和表型多样性。     

6株副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

对福建省一些猪场临诊疑似副猪嗜血杆菌感染的病例的病例进行细菌分离鉴定,PCR扩增分离菌株的16S rRNA并进行测序分析,对分离菌进行细菌形态和PCR鉴定及序列分析。结果显示,获得6株副猪嗜血杆菌分离株,该6株分离株之间的同源性在99%以上,而与国内外参考菌株序列之间的同源性在84.5%-99.2%。发育进化树分析结果表明,分离菌株与血清4型和5型的关系较近,与其他血清型关系较远。     

16S rDNA扩增子测序揭示长期定位秸秆还田对土壤细菌群落的影响

为探究典型的长期定位秸秆还田耕作模式对土壤微生物多样性的影响以及土地施肥变化与生态环境效应之间的关系,利用连续进行6年的长期定位秸秆还田试验,采用16S r DNA扩增子测序技术,分析土壤细菌群落结构组成的情况。结果表明,土壤长期施入秸秆和有机肥可提升土壤细菌群落多样性及物种丰富度。秸秆还田后土壤中细菌优势种群为变形杆菌和酸杆菌。主成分分析显示,各处理间微生物种类及含量有明显差别。WC与WCN处理N、P、K等速效养分含量有明显差别。WCN处理中的N、P、K等速效养分,有机碳含量与蔗糖酶、脲酶、纤维素酶活性显著高于WC。秸秆还田施用氮肥显著增加土壤养分含量,增强土壤酶活性,有利于土壤细菌群落的多样性和稳定性的提高,改善土壤生态环境,从而促进作物增产。     

周口地区大豆根瘤菌的分离与分子鉴定

为了进一步研究发掘新的根瘤菌资源库,采用平板划线分离的方法从大豆根瘤中分离纯化根瘤菌,并且将获得的菌株进行盆栽回接试验,结果表明,分离获得的大豆根瘤菌菌株均可在大豆和苜蓿上结瘤,具有结瘤能力。根据已公布大豆根瘤菌共同结瘤基因nod A、nif H、16S r DNA保守区域设计引物,并且对nod A、nif H、16S r DNA序列进行扩增分析和系统发育分析,由此鉴定分离的根瘤菌为费式中华根瘤菌,从而在分子水平上实现了对大豆根瘤菌的快速鉴定。     

奶粉加工环节阪崎克罗诺杆菌的分离鉴定及同源性分析

分析奶粉厂可能被阪崎克罗诺杆菌污染的环节,及被检出阪崎克罗诺杆菌的同源性,旨在有效降低奶粉厂阪崎克罗诺杆菌污染风险。利用生理生化法、PCR法和16SrDNA序列分析法分析在配料、生产线、设备及环境收集的微生物样品。共采样25处,其中8处有菌检出,3株鉴定为阪崎克罗诺杆菌。利用16srDNA法对阪崎克罗诺杆菌(ATCC 29544)C.sakazakii E、问题奶粉中的C.sakazakii A、回收细粉中的C.sakazakii H、准备间地漏中的C.sakazakii D四株进行同源性分析,结果表明C.sakazakii A与C.sakazakii H的同源性最高,说明成品中阪崎肠杆菌污染可能源于回收细粉。将8处有菌检出的环节设为关键控制点,其中回收细粉处为最为关键环节,与准备间地漏一同作为阪崎克罗诺杆菌危害关键控制点,本研究对奶粉厂阪崎克罗诺杆菌的控制提供了数据依据。     

两株芽孢杆菌的鉴定及淀粉酶基因的克隆

对分离得到的两个菌株(B.H和B.M)进行鉴定,并对它们在芽孢杆菌培养基和淀粉富集培养基上的形态进行观察,通过对其16S rDNA序列的分析,构建系统进化树,确定B.H为枯草芽孢杆菌,B.M为解淀粉芽孢杆菌.根据已报道的枯草芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌淀粉酶基因保守区域设计引物,分别以两个菌株的基因组DNA为模板,采用PC...     

鼓槌石斛内生细菌分离、 鉴定及功能分析

为微生物农药和肥料生产提供菌种资源,用组织分离法从鼓槌石斛健康组织分离内生细菌,用对峙法和抑菌圈法筛选拮抗菌株;以平板法筛选解磷、解钾和固氮菌株;以田间试验检验固氮菌株的增产效果;用PCR扩增功能菌株的16S rDNA,结合菌株的菌体、菌落形态特征和部分生理生化特征,确定功能菌株分类地位。结果表明,从鼓槌石斛组织共分离到33株内生细菌,数量和种类为根〉茎〉叶;其中GB7属解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）,GB16属链霉菌（Streptomyces sp.）,GB8、GB9、GB21属芽孢杆菌（Bacillus spp.）,均有病害生防功能;GB2属不动杆菌（Acinetobacter calcoaceticus）,GB20属肠杆菌（Enterobacter sp.）,具解磷功能;菌株GB1属产酸克雷伯氏菌（Klebsiellaoxytoca）,具固氮功能。     

乳酸粪肠球菌的分离鉴定与系统进化分析

目的 分离鉴定一株疑似乳酸粪肠球菌;方法 通过对表型特性包括培养特性、形态学观察、生化试验等鉴定,同时结合16S rDNA系统进化分析;结果：该株革兰氏阳性菌能在10℃和45℃生长,接触酶阴性,发酵葡萄糖产酸不产气,可生长于6.5%NaCl和PH9.6的环境等,16S rDNA系统进化分析与粪肠球菌有最高同源性;结论 分离株为乳酸粪肠球菌。     

柑橘黄龙病菌亚洲种16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区的PCR-RFLP及序列分析

为明确柑橘黄龙病菌的遗传多样性,PCR扩增了6个不同地区黄龙病菌的16SrDNA和16S-23S rDNA间隔区(intergenic spacer regions,ISR),分别通过4种内切酶对其进行了限制性片段长度多态性分析,发现不同分离物的16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区各酶切产物的电泳谱带完全一致,未表现多态性。对16S-23SrDNA ISR进行了克隆和测序,经DNAman和NCBI Blast比对分析发现,6个分离物16S-23SrDNAISR序列之间不存在碱基差异,与数据库中柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)同源性高达99.0%～100%。系统发育分析显示所有的Ca.L.asiaticus归为一个类群,而后与Ca.L.africanus、Ca.L.americanus和Ca.L.psyllaurous组成韧皮部杆菌属(Candidatus Liberibacter)一个大的类群。结果表明,同一种柑橘黄龙病菌不同分离物16S rDNA和16S-23S rDNAISR无分子变异或变异较小,不存在遗传多样性。     

广西黄皮、不同柑桔品种黄龙病检测及16S rDNA序列分析

运用nested-PCR技术对广西黄皮及11个柑桔品种进行柑桔黄龙病（citrus huanglongbing, HLB）检测,结果表明：从黄皮及11个柑桔品种中均可扩增出一条特异性的400 bp条带,说明广西种植的黄皮及11个柑桔品种均可感染HLB。同时对广西HLB病原菌16S rDNA进行扩增测序,同源性分析和聚类分析表明,广西HLB病原菌属于亚洲种,且在亚洲种不同株系中,与中国厦门株系及日本株系遗传距离较近。     

兔源抗动物腹泻益生菌Tu-1的分离、鉴定及耐受性研究

本研究旨在从健康兔肠道内分离出一株对大肠杆菌有拮抗活性的菌株,并对其鉴定到属。选用平板抑菌圈法,从兔子盲肠中分离得到64株对大肠杆菌有拮抗作用的细菌,对其中14株拮抗作用较强的菌株进行了复筛,其中抑菌圈直径大于20mm的4株,抑菌圈直径在15mm~20mm的8株,另外2株拮抗作用较小,其中Tu-1对大肠杆菌的拮抗作用最强,抑菌圈直径达到21.4mm。在耐受性实验中,Tu-1对酸性环境、胆酸盐和高渗透压均表现出耐受性。对其形态及生理生化特征进行了研究分析,发现与芽孢杆菌相似,将所测得的16S rDNA序列用BLAST软件在GenBank数据库中进行比对,选取序列相似性高的菌株,用Clustal X(1.8)软件进行16S rDNA相似性分析,Neighbor-Joining法构建系统发育树。Tu-1与Bacillus velezensis的相似性水平均达到99.77%,鉴定该菌为Bacillus velezensis。     

广西北海红树林土壤放线菌BH0954的分离和鉴定

摘要：【目的】对具有抗菌活性红树林土壤放线菌的进行分离和鉴定。【方法】用海水配制高氏一号培养基,采用稀释分离法将所采集的土壤样本进行分离纯化,通过抗菌试验筛选,从广西北海红树林高盐泥样中分离到一株放线菌BH0954,该菌株的发酵产物具有很强的抗菌活性。该菌株在高氏一号培养基上生长良好,最适生长温度28 ℃,最适生长pH为7.0,观察其形态特征和生理生化特征;提取其基因组总DNA,用通用引物对其16s rDNA进行PCR扩增,扩增产物进行DNA序列测定。【结果】根据其形态学特征、生理生化特征和基于16S rDNA基因序列的系统发育分析结果,BH0954初步被鉴定为链霉菌属的有效发表种仙台链霉菌（Streptomyces sindenensis）的变种。【结论】红树林土壤放线菌BH0954具有抗菌活性,本文的研究结果为进一步开发利用广西红树林土壤放线菌资源奠定基础。