基于高通量测序的染色体组拷贝数分析技术在自然流产组织遗传学诊断中的应用价值

目的探讨基于高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术在自然流产物遗传学诊断中的应用价值。方法采用CNV-seq检测技术对我院407例自然胚胎停育样本进行染色体拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测。采用SPSS 21.0 软件进行统计学分析。计数资料采用例数和百分数描述,组间比较采用χ~2检验。P0.05为差异有统计学意义。结果 407例胚胎停育样本检出染色体异常结果175例(43%),其中染色体数目异常133例(76%),染色体结构异常29例(16.57%),嵌合体13例(7.43%)。年龄35岁流产绒毛组织染色体异常发生率显著高于≤35岁患者(P0.05)。133例染色体数目异常,其中染色体非整倍体异常122例(91.73%,122/133),染色体三倍体异常11例(8.27%,11/133),异常核型比例前3位依次为16-三体(19.55%,26/133),45,X(15.04%,20/133),22-三体(10.53%,14/133)。染色体基因组CNVs共检出29例,携带40个拷贝数变异,其中致病性CNVs 24个(60%),临床意义不明的CNVs 8个(20%),良性CNVs8个(20%)。CNVseq技术检出嵌合体13例(7.43%),其中性染色体嵌合6例(46.15%),常染色体嵌合7例(53.85%)。结论染色体异常是胚胎停育的最重要原因,基于高通量测序(NGS)技术的基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术在自然流产组织遗传学诊断中有较高的应用值,有助于判断流产的遗传学病因,为再次妊娠提供遗传学咨询提供服务。     

染色体微阵列分析在高龄孕妇产前诊断胎儿染色体异常中的应用

目的 探讨染色体微阵列分析（CMA）技术在单纯性高龄孕妇胎儿染色体异常的应用价值。方法 收集单纯因高龄因素选择CMA检测的孕妇羊水标本2526例，回顾性分析不同年龄孕妇中胎儿染色体异常的发生率及类型。结果 2526例孕妇羊水标本中，共检出染色体异常73例，检出率为2.89%，其中非整倍体32例，检出率为1.27%；致病性拷贝数变异（CNVs）30例，检出率为1.19%；可能致病CNVs11例，检出率为0.44%。有临床意义的CNVs检出率高于非整倍体的检出率。此外，检出临床意义不明CNVs(VUS)122例，占总数的4.83%(122/2526)。当预产年龄大于37岁时，每增长一岁染色体非整倍体检出率明显增高（P<0.05），但致病性CNVs检出率在各年龄段差异无统计学意义（P>0.05）。结论 CMA不仅可以检测非整倍体异常，还可以检出微缺失/微重复等染色体拷贝数变异。当预产年龄大于37岁时，胎儿染色体非整倍体的发生率与年龄密切相关，但染色体拷贝数变异发生率与年龄无显著相关性。     

用高通量测序技术检测流产物染色体数目和拷贝数变异的研究CSCD

目的探讨半导体测序平台（semiconductor sequencing platform,SSP）对于检测自然流产物染色体数目改变和拷贝数变异（copy number variations,CNVs）的价值。方法选择140例于孕7～16周停止发育的胚胎的流产物,提取DNA,制备文库,并对其进行高通量测序。结果共发现染色体异常82例（58．57％）,其中非整倍体67例,以16、21、22和X／Y号染色体最为常见。共检出CNVs共15例,其中数据库注释为微缺失或微重复综合征者9例。年龄≥35岁的孕妇与年龄〈35岁的孕妇相比差异有统计学意义（P〈0．01）。结论SSP技术能够检出流产物中的染色体数目异常和CNVs。染色体数目异常是早期自然流产的主要原因,而女方高龄则是胚胎染色体异常的高危因素。     

染色体微阵列技术在自然流产遗传学病因诊断中的应用CSCD

目的应用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术探讨自然流产的遗传学病因。方法收集106例自然流产样本,取胎儿组织行CMA检测,分析基因组拷贝数变异。结果检测成功94例,成功率为88.68%。共检出染色体异常54例(57.45%),其中染色体数目异常44例,以非整倍体为主,其次为三倍体和嵌合体。检出致病性拷贝数变异4例,其中两例累及猫叫综合征区域。另检出染色体嵌合体6例。结论染色体数目异常及拷贝数变异是早期自然流产的重要原因。CMA能够快速明确其遗传学病因。本研究显示孕10~11+6周自然流产胎儿染色体异常检出率最高,可为临床咨询提供依据。     

染色体微阵列分析技术在高龄孕妇产前诊断中的应用价值

目的探讨染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)对于高龄孕妇异常妊娠的检测价值。方法回顾分析562例高龄孕妇的CMA检测结果、妊娠结局及新生儿的随访结果。结果在562份羊水样本中,共检出胎儿染色体异常73例(12.99%),包括21例(3.73%)染色体非整倍体和52例(9.25%)染色体拷贝数变异(copy number variations,CNVs),其中包括病理性变异27例(4.80%)、可能致病变异4例(0.71%)、临床意义未知变异42例(7.47%)。与非高龄孕妇相比,在自愿检测、超声结构异常、超声软指标异常、无创产前检测异常指征下,高龄孕妇胎儿染色体非整倍体的检出率均高于非高龄孕妇。在染色体CNVs的检出率方面,高龄与非高龄孕妇、以及单纯高龄与非单纯高龄孕妇的差异均无统计学意义(P>0.05)。成功随访552例(98.22%)孕妇。在CMA检测提示病理性和可能致病变异的31例孕妇中,25例终止妊娠,6例(19.35%)正常分娩且新生儿未见明显异常。CMA检测提示为临床意义未知变异的41例孕妇中,3例选择终止妊娠,1例胎儿出生后发现畸形。在CMA检测未见明显异常、且成功随访的480例孕妇中,5例(1.04%)出现妊娠异常或胎儿出生后发现畸形。结论通过CMA检测预测的妊娠结局与实际存在一定的差异。CMA检测提示为临床意义未知变异的孕妇不良妊娠结局的比例较高,应重点关注。高龄孕妇无论是否合并其他症状,均建议其接受CMA检测。CMA联合其他检测手段是为这类孕妇进行产前诊断的趋势。     

染色体微阵列分析技术在流产或死胎原因分析中的应用

目的探讨染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在流产或死胎原因分析中的应用价值及流产或死胎与染色体异常的关系。方法采用CMA技术对流产绒毛或死胎组织进行全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)检测。结果824例流产或死胎样本检测成功率100%,染色体异常381例(46.2%),其中数目异常312例(81.9%),结构异常66例(17.3%),单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)3例(0.8%)。数目异常中占比最大的为非整倍体,共287例(92.0%),以16-三体和Turner综合征最为多见,分别为41例(13.1%)和63例(20.2%)。66例染色体结构异常中,26例(39.4%)发生拷贝数重复,20例(30.3%)发生拷贝数缺失,20例(30.3%)发生拷贝数重复伴缺失,其中33例检出临床致病的可能性大。结论CMA是诊断流产或死胎病因的一种可靠、稳定、高分辨的技术。胚胎染色体数目异常是引起临床流产的主要遗传因素,其中以非整倍体变异最为常见。     

高通量测序染色体拷贝数变异检测在359例羊膜腔穿刺产前诊断中的临床研究

目的探讨高通量测序染色体拷贝数变异检测在产前诊断中的临床价值。方法对359例有相关产前诊断指征行经羊膜腔穿刺的孕妇行细胞培养染色体核型分析和染色体拷贝数变异检测,比较两种方法的检测结果,分析其临床应用价值。结果核型分析共发现11例染色体异常,阳性率为3.1%(11/359);染色体拷贝数变异检测共发现26例染色体异常,阳性率7.2%(26/359)。细胞培养染色体核型分析正常的15例标本中,经染色体畸变技术检测3例存在微缺失/微重复。结论染色体拷贝数变异检测技术对染色体非整倍体和微缺失/微重复具有高准确性、可靠性和可重复性,对产前诊断胎儿异常具有重要临床意义。     

自然流产患者1 065例的遗传学病因及其相关因素的分析

目的探讨1 065例自然流产患者的遗传学病因及其相关因素。方法选择2018年1月至2021年12月于南京鼓楼医院产前诊断中心就诊的1 065例自然流产患者为研究对象。采集患者的绒毛组织或胎儿皮肤组织, 用染色体微阵列分析(CMA)对其基因组DNA进行检测。选取10对CMA检测未见异常的非体外受精-胚胎移植(IVF-ET)妊娠、既往无活产分娩史且无子宫结构畸形的早期复发性流产夫妇, 采集其外周静脉血样, 进行家系全外显子组测序(trio-WES), 并通过Sanger测序对结果进行验证, 并对候选变异进行生物信息学分析。采用多因素非条件Logistic回归分析法, 对可能影响流产组织中染色体异常的因素进行分析, 包括夫妇双方的年龄、既往自然流产的次数、是否进行IVF-ET以及有无活产分娩史等。不同流产次数的低龄和高龄患者早期流产组织染色体非整倍体发生率的比较采用线性趋势χ2检验。结果在1 065份自然流产组织中, CMA共检出染色体异常570例(53.5%), 其中染色体非整倍体489例(45.9%), 致病/可疑致病拷贝数变异(CNVs)36例(3.4%)。在10对夫妇中, trio-...     

83例单纯单脐动脉胎儿的遗传学因素探讨

目的探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片技术(SingleNucleotidePolymorphismarray,SNP-array)在胎儿单脐动脉的遗传学检查中的应用价值。方法回顾分析83例妊娠中晚期单脐动脉,行介入性产前诊断羊水或脐带血标本的临床资料,同时行染色体核型分析与染色体微阵列芯片检查。染色体微阵列分析采Illumina Human Cyto SNP12微阵列芯片进行全基因组拷贝数变异(CopyNumberVariations,CNVs)检测,结合查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)、正常人基因组变异数据库(Database of Genomic Variants,DGV)以及PubMed文献数据库等对检出的CNVs的致病性进行分析。结果 83例羊水、脐带血胎儿单脐动脉的胎儿样本中,染色体核型异常检出3例,检出率3.61%(3/83),SNP-array检出9例异常,检出率10.84%(9/83)。染色体异常中,3例羊水染色体核型异常主要为:1例染色体缺失,1例染色体易位,1例染色体嵌合。染色体正常,芯片异常的病例5例为临床意义不明。结论对超声检出胎儿单脐动脉的胎儿样本,行SNP-array检测有助于发现染色体核型分析无法检出的染色体亚显微结构异常,且SNP-array有利于提高对胎儿单脐动脉的遗传学病因的诊断。     

SNP-array技术在具有不良孕产史的高龄孕妇中的应用

目的探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片技术(SingleNucleotidePolymorphismarray,SNP-array)在具有不良孕产史的高龄孕妇的遗传学检查应用价值。方法回顾分析366例孕中期(16+6-21+6孕周)具有不良孕产史的高龄孕妇,行介入性产前诊断抽羊水标本,并详细收集孕妇临床资料,同时行染色体核型分析与染色体微阵列芯片检测。染色体微阵列分析采IlluminaHumanCytoSNP12微阵列芯片进行全基因组拷贝数变异(CopyNumber Variations,CNVs)检测,结合查询国际病理性CNVs数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM)、正常人基因组变异数据库(DatabaseofGenomicVariants,DGV)以及PubMed文献数据库等对检出的CNVs的致病性进行分析。结果 366例具有不良孕产史的高龄孕妇的羊水样本中,染色体核型异常检出18例,检出率4.92%(18/366),SNP-array检出39例异常,检出率10.66%(39/366),SNP-array异常率出率高于染色体核型异常检出率,并且差异具有统计学意义(P0.05)。检出的18例染色体异常核型主要是:5例21-三体综合征;2例18-三体综合征;1例超雌综合征,1例超雄综合征,1例克氏综合征,2例嵌合体,2例衍生染色体,1例染色体增加,1例染色体缺失。对于这些染色体非整倍体、大片段异常,芯片结果与之相符;另外有1例染色体平衡易位,1例染色体倒位,而芯片未见异常。另外23例染色体核型未见异常而芯片异常,主要为:3例致病性,1例疑似致病性,以及19例临床意义未明。结论对具有不良孕产史的高龄孕妇的产前样本,且SNP-array检测有助于发现染色体核型分析无法检出的染色体亚显微结构异常,SNP-array有利于发现更多未知的综合征型疾病,为遗传病诊断及咨询提供相关依据。     

拷贝数变异分析对于不明原因智力障碍/发育迟缓患儿的诊断价值

目的评估拷贝数变异(copy number variations,CNVs)分析在智力障碍/发育迟缓(intellectual disability/developmental delay,ID/DD)患者遗传学病因诊断中的价值。方法对2015年1月至2019年12月本院确诊为ID/DD的530例患儿进行核型分析,对不能明确病因的120例核型正常或核型异常患儿应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)技术进行CNVs检测。结果530例ID/DD患儿中检出染色体异常104例,染色体异常检出率19.62%;120例患儿中检出CNVs 44例,检出率36.67%,其中致病性CNVs 20例,检出率16.67%,可能致病性CNVs 6例,临床意义不明CNVs 10例,可能良性CNVs 7例,杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)1例。结论SNP-array可提高不明原因ID/DD患者的病因诊断率,为其预后咨询、早期干预及再发风险提供依据。     

孤立型室间隔缺损胎儿的基因组拷贝数变异分析及文献回顾

目的评估拷贝数变异(CNVs)检测对于孤立型室间隔缺损(VSD)胎儿遗传学病因的诊断价值。方法选取2017年12月至2020年12月郑州大学第一附属医院超声检查发现的69例孤立型VSD胎儿, 同时检索万方、万方医学、中国知网等数据库, 2016年1月1日至2021年1月1日以"室间隔缺损""拷贝数变异"以及"产前"为关键词, 连同文献报道的839例胎儿, 共计908例孤立型VSD胎儿作为研究对象。对69例胎儿进行低深度全基因组测序, 并合并文献数据进行回顾性分析。结果在908例样本中, 共检出33例致病性异常, 总体检出率为3.63%。其中包括11例(1.21%)非整倍体以及22例(2.42%)致病性CNVs。后者涉及12种综合征, 具体包括5例22q11.21缺失、2例4q末端缺失以及1例9q亚端粒缺失, 均与心脏发育相关。22例致病性CNVs胎儿中, 15例具有已知的妊娠结局, 12例为自主终止妊娠, 3例出生后室间隔自然闭合, 但其中1例具有其他异常。结论孤立型VSD的胎儿具有较高的染色体异常检出率, 因此建议对其进行CNV-seq检测。     

NIPT高风险者羊水染色体核型及高通量测序全基因组拷贝变异数检测结果分析

目的分析无创产前检测(Non-invasive prenatal testing NIPT)高风险者的染色体检测结果及高通量测序全基因组拷贝变异数检测(NGS-CNVs)结果,探讨NIPT和染色体核型分析及NGS-CNVs在产前诊断中的联合应用价值。方法对73例NIPT提示阳性的孕妇行羊膜腔穿刺术,细胞培养染色体核型分析以确定胎儿染色体核型,其中45例NIPT高风险者同时行NGS-CNVs。结果 73例NIPT高风险对21三体的阳性预测值最高(85.71%),然后依次为18三体(71.43%),性染色体数目异常(65.63%),13三体(33.33%),其他染色体异常(25%)。6例NGS-CNVs与核型检测不一致,染色体核型2例9号倒位和1例平衡易位NGS-CNVs未检出;NGS-CNVs显示3例微缺失/微重复而染色体核型未检出,其中可能致病性拷贝数变异(CNVs)1例,临床意义不明的CNVs1例,多态性CNVs1例。结论 NIPT是一种有效的且无创的产前筛查手段,联合染色体核型分析及NGS-CNVs既可以检出染色体倒位和平衡易位又可以覆盖染色体微缺失或微重复,对产前诊断意义重大。     

高通量测序技术在孕妇流产组织中的应用价值

目的运用高通量基因测序(nextgenerationsequencing,NGS)技术探讨孕妇自然流产组织的遗传学病因。方法选取我院2016年1月至2018年12月的90例稽留流产的孕妇,对其行流产组织取样,采用NGS技术对流产组织行全基因组拷贝数变异(copy numbervariants,CNVs)检测,对其染色体异常的类型和比例进行数据分析。结果 90例流产组织均成功得到检测结果,检测成功率为100%,90例稽留流产的病例(包括绒毛组织66例和胎儿脐带根部组织24例),流产绒毛组织66例中,检测出染色体异常44例(66.67%),其中染色体非整倍体异常34例(占染色体异常的77.27%),染色体嵌合体异常6例(占染色体异常的13.64%),CNV异常9例(占染色体异常的20.45%);中晚孕期胎死宫内引产后取脐带根部组织24例中,检测出染色体异常9例(41.67%),其中染色体非整倍体异常7例(占染色体异常的77.78%),CNV异常2例(占染色体异常的22.22%);11例CNV异常的病例中,均检测到10Mb以下的染色体微缺失和微重复,这些微缺失和微重复的片段均包含与胎儿结构畸形、发育异常、智障、心脏缺陷、骨骼肾脏畸形、特殊面容、肌张力下降、认知障碍、自闭症等相关的致病性CNVs。结论自然流产与染色体异常密切相关,应用NGS检测技术,不但检测成功率高,还能检测出传统核型技术无法检测到的亚显微结构的染色体异常,可提高疾病诊断率,为患者再次妊娠提供很好的遗传指导。     

QF-PCR联合array-CGH在流产组织遗传学分析中的应用

目的应用定量荧光PCR技术(QF-PCR)与微阵列比较基因组杂交技术(array-CGH)联合检测流产组织的全基因组拷贝数变异,探讨其联合检测在流产及胎停胚胎遗传学病因诊断中的应用价值。方法对2016年1月至2019年6月到我院就诊的流产和胎停患者,收集其胚胎流产组织样本594例。首先对流产组织进行QF-PCR检测,然后对QF-PCR检测未发现异常的样本进行array-CGH检测。对检测结果进行回顾性分析。结果 594例流产组织进行QF-PCR检测共检出染色体非整倍体297例,异常率为50.0%。QF-PCR检测结果未见异常样本进行array-CGH检测后,又检出异常132例。两种方法联合检测的异常检出率为72.2%。结论染色体数目异常是导致胚胎流产及胎停的重要原因。QF-PCR与array-CGH联合检测流产组织的全基因组拷贝数变异可互相补充,全面分析流产及胎停胚胎的遗传学信息,对患者的病因诊断和再生育风险评估具有较高的临床价值和指导意义。     

CNV-seq在高危孕妇产前诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在高危孕妇产前诊断中的应用价值。方法选取2018年7月至2019年11月于本院就诊的271例高危孕妇为研究对象。根据无创产前检测(NIPT)的结果, 将271例高危孕妇分为NIPT阳性组(n=83)和其他异常组(高龄、唐筛高风险、NIPT两次检测失败、不良孕产史、超声提示异常、自身表型异常)(n=188), 应用CNV-seq技术对两组孕妇进行羊水细胞DNA的拷贝数变异(CNVs)检测, 同时进行羊水细胞染色体核型分析, 将二者的结果进行比对。结果在271例孕妇中, CNV-seq共检出致病性CNVs 56例(20.66%), 核型分析共发现染色体畸变52例(19.19%), 二者差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测发现两组的CNVs的分型和分布差异具有统计学意义(P<0.05)。与NIPT阳性组相比, 其他异常组的可能致病和意义未明CNVs的占比[2.41%(2/83)vs. 5.32%(10/188)]显著偏高(P<0.05)。结论可将CNV-seq作为高危孕妇的一线产前诊断方法, 并作为羊水细...     

54例自然流产和胚胎停育的绒毛微阵列芯片结果分析

目的应用微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomic hybridization,array-CGH)检测54例自然流产和胚胎停育的绒毛的全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),探讨该技术的临床应用价值。方法采用Affymetrix Cytoscan optima芯片对54例自然流产和胚胎停育的绒毛组织进行基因组CNVs检测,用相应软件对检测结果进行分析,分析其是否具有致病性。结果全部54例标本均成功获得芯片检测结果,成功率100%。共检测出异常30例(55.6%),其中非整倍体27例(50.9%),单纯性CNVs 2例,非整倍体合并CNVs 1例,单亲二倍体1例。结论自然流产和胚胎停育的绒毛染色体微阵列比较基因组杂交检测成功率高,为临床咨询流产和胚胎停育原因提供了一种更有效地遗传学检测方法,array-CGH芯片检测是目前临床检测流产绒毛是否存在基因异常最有效的方法。     

不同检测技术对颈项透明层增厚胎儿的产前诊断结果的比较

目的探讨染色体微阵列分析(CMA)和家系全外显子组测序(trio-WES)对于颈项透明层(NT)增厚胎儿的诊断价值。方法选择2018年6月至2020年6月因妊娠11～13+6周超声筛查提示胎儿NT≥3.0 mm在乌鲁木齐市妇幼保健院就诊的62例孕妇作为研究对象, 将其分为NT 3.0 ～ <3.5 mm组(n=33)和≥3.5 mm组(n=29)。抽取孕妇的羊水样本, 进行染色体核型分析及CMA检测, 并对15例CMA检测未见异常的样本进行trio-WES分析。用χ2检验比较2组染色体异常的分布与NT厚度的相关性。结果 62例产妇的中位年龄为29岁(22～41岁), 胎儿NT的中位厚度为3.4 mm(3.0～9.1 mm), 发现NT异常时的中位胎龄为13+4周(11+5～13+6周)。染色体核型分析共检出12例非整倍体, 1例衍生染色体, 检出率为20.97%(13/62)。CMA共检出12例非整倍体、1例致病性拷贝数变异(CNV)和5例临床意义不明CNV, 检出率为29.03%(18/62)。≥3.5 mm组胎儿的非整倍体检出率高于3.0～<3.5 mm组[3.03%(...     

探讨传统染色体核型分析与染色体微阵列分析技术在产前诊断中的应用

目的与传统染色体核型分析比较,评估染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术在产前诊断运用中的准确性和有效性,探讨分析CMA检测数据在产前诊断解读和咨询中存在的问题。方法 2016年11月至2017年5月,共有350例产前诊断的样本在厦门市妇幼保健院进行传统染色体核型分析,同时外送相同的样本到北京贝康医学检验所进行CMA检测,结合临床资料,对两种方法得出的检测结果进行分析比较。结果本研究传统核型分析诊断的33例胎儿非整倍体染色体异常,7例染色体不平衡变异,5例染色体嵌合体,CMA技术同样可以检出,而且可以精确有效地鉴定核型中未知额外标记染色体的内容和来源,对染色体的不平衡变异以给出更加精确的异常位点,对嵌合体检出的结果更真实。同时CMA技术在8例染色体核型正常的胎儿中检出致病性的基因拷贝数变异(CNVs),将疾病的诊断率提高了2.29%。在28例核型正常的胎儿中发现临床意义不明确的CNVs,检出率8%。结论与传统染色体核型分析相比,CMA技术对非整倍体和不平衡染色体变异的检出效率与核型分析相同,并且具有更高的分辨率和敏感性,而且还能发现额外的有临床意义的基因拷贝数,CMA技术在产前诊断上将发挥重要的作用。     

染色体微阵列分析技术在411例自然流产原因分析中的应用

目的探索染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)在自然流产原因分析中的应用价值。方法采用CMA技术对411例自然流产标本进行全基因组拷贝数变异(copy number variants,CNVs)进行检测。结果 411例流产标本,检测成功389例,成功率94.6%。染色体异常标本202例(49.1%),其中染色体数目异常180例,结构异常22例。结论 CMA技术能检测出染色体拷贝数变异,可以为流产物检测提供较为全面的评估,为患者解释临床表现并评估预后。