探讨生物信息标准化研究

针对生物信息在国内的发展现状,提出研制生物信息标准的需求。首先从生物数据资源收集、管理规范入手,在此基础上进行了生物信息资源管理体系的研究,最后讨论了共享交流软件系统的开发和生物信息数据挖掘,并期望通过以上研究能为我国生物信息学相关标准的制定提供参考和依据。     

我国生物信息产业的现状及问题分析

针对我国生物信息产业的现状及存在的问题进行分析,介绍了生物信息学以及生物芯片研究的现状和新技术、生物信息产业的发展,并对生物信息产业的知识产权保护问题进行了分析和讨论。对于今后如何发展我国生物信息产业以及如何采取策略和措施提供参考。     

生物多样性信息学研究进展

生物多样性信息学是一门蓬勃发展的新学科。它将现代的信息技术带入生物多样性及其相关学科的研究领域。它在生物多样性基础数据的数字化、模型工具和各种工具软件的开发、数据整合, 以及全球、地区和国家尺度生物多样性信息网络等多个方面的发展, 向我们展示了未来在全球范围内自由、免费共享生物多样性数据和信息, 以及人们行动起来共同关注、调查与监测野外生物多样性的前景。目前, 已有大量数字化的物种编目、标本馆标本、多媒体影像、研究文献等生物多样性基础信息可以通过互联网检索和利用。其中, 最值得关注的是一些成功的国际性研究项目, 如物种2000、全球生物多样性信息网络、生命条形码以及网络生命大百科全书。这些项目的成功不仅体现在对大量基础信息和数据的发布, 而且它们通过与生物多样性信息标准TDWG(Biodiversity Information Standards: TDWG)的合作, 推动了达尔文核心标准(Darwin Core)等一些重要的生物多样性信息标准的应用, 以及地区和国家性生物多样性信息节点的建立, 这些都为将来全球范围生物多样性信息的共享和数据交换奠定了重要基础。在数字化信息的基础上, 研究人员也开发了一些在特定研究领域应用的数据挖掘和模型工具, 例如基于数字化标本的地理分布预测工具MAXENT, 分类学专家知识管理的LifeDesk。公民科学理念的发展则向我们展示了公众和科学爱好者广泛参与以互联网为基础的生物多样性信息学研究活动。因此, 生物多样性信息学的发展前景广阔, 它将为我们实现全球保护战略目标, 应对生物多样性危机, 解决全球气候变化条件下生物多样性资源管理和利用建立坚实的信息基础。     

曙光公司推出国内首例生物专用计算机

日前 ,曙光信息产业 (北京 )有限公司与华大基因联合推出国内首例生物信息专用计算机 ,凭借极具竞争力的数据计算速度和软硬件整体化的优势领先于业界。生物信息专用计算机系统基于今年三月份推出的曙光 4 0 0 0L高性能计算机硬件平台 ,并集成了生物信息研究所需的数据库和应用软件 ,该产品将应用于我国的生物信息研究领域 ,主要针对生物、医药、农业等领域 ,进行快捷的基因组测序查找、药物研发等。生物信息专用计算机的推出将为基因组学、生物信息学研究提供一套完善的整体解决方案 ,全面帮助用户完成从数据传输、存储、管理到注释、分析…     

生物标志物及其在生态系统研究中的应用

生物标志物是环境和地质体中记载着原始生物母质分子结构信息的有机化合物, 其含量可以指征特定生物来源对天然有机质的相对贡献, 其组成和同位素信息还可以记录有机质的转化及环境信息。与传统元素及组分分析相比, 生物标志物为研究天然有机质的来源、动态变化和转化特征提供了具有高度专一性和灵敏度的工具, 因此, 近年来被广泛地应用于生态学和生物地球化学研究中。特别是, 与生态系统观测以及控制实验相结合, 生物标志物在揭示微生物的活性与碳源变化、土壤有机碳的稳定机制及其对全球变化的响应等方面显示了广阔的应用前景。近些年开发的生物标志物单体同位素分析也在生态系统碳氮周转与食物网研究等方面显示了巨大的研究潜力。基于此, 该文综述了生态系统研究中常用的生物标志物的种类、分析方法和应用方向, 总结了生物标志物研究目前存在的问题, 并对未来的研究方向进行了展望, 旨在为使用生物标志物的生态学和环境科学研究者提供参考。     

宏基因组的生物信息分析

基于高通量测序的宏基因组学研究是近年来的研究热点之一。宏基因组的生物信息分析正在逐渐完善成熟．各种分析软件和流程的开发与应用,极大地促进了宏基因组研究的发展,特别是在遗传与进化、基因发现、宏基因组和人类疾病的相关研究等方面取得了显著成果。本文旨在结合宏基因组学的研究内容和研究方向,对宏基因组的生物信息分析方法进行综述,探讨宏基因组的生物信息分析面临的机遇和挑战。     

生物波频效应的信息生化理论探讨

本文简要介绍了生物波频效应的研究概况,通过引用有关文献和研究结果,运用有关生化信息原理初步分析探讨了生物波频效应研究的特点,提出了应用生物波频效应进行生化信息研究的观点,核心问题,有关设想及应用前景。     

结构生物学专题序言

<正>结构生物学是一门研究生物大分子的三维空间结构、动态过程和生物学功能的交叉性学科,结构生物学研究可以提供生物大分子在原子分辨率水平的原子坐标、相互作用的细节信息以及生物大分子在行使其功能时的动态变化,这些结构信息与功能研究相结合,不仅能促进人们对生物大分子的生物功能和分子机理的认识,阐述重要的生物学问题,同时也能为探索与生物大分子功能失调相关疾病的发病机     

生物标志物及其在生态系统研究中的应用

生物标志物是环境和地质体中记载着原始生物母质分子结构信息的有机化合物,其含量可以指征特定生物来源对天然有机质的相对贡献,其组成和同位素信息还可以记录有机质的转化及环境信息。与传统元素及组分分析相比,生物标志物为研究天然有机质的来源、动态变化和转化特征提供了具有高度专一性和灵敏度的工具,因此,近年来被广泛地应用于生态学和生物地球化学研究中。特别是,与生态系统观测以及控制实验相结合,生物标志物在揭示微生物的活性与碳源变化、土壤有机碳的稳定机制及其对全球变化的响应等方面显示了广阔的应用前景。近些年开发的生物标志物单体同位素分析也在生态系统碳氮周转与食物网研究等方面显示了巨大的研究潜力。基于此,该文综述了生态系统研究中常用的生物标志物的种类、分析方法和应用方向,总结了生物标志物研究目前存在的问题,并对未来的研究方向进行了展望,旨在为使用生物标志物的生态学和环境科学研究者提供参考。     

遥感在生物多样性研究中的应用进展

随着人口的持续增长, 人类经济活动对自然资源的利用强度不断升级以及全球气候变暖, 全球物种正以前所未有的速度丧失, 生物多样性成为了全球关注的热点问题。传统生物多样性研究以地面调查方法为主, 重点关注物种或样地水平, 但无法满足景观尺度、区域尺度以及全球尺度的生物多样性保护和评估需求。遥感作为获取生物多样性信息的另一种手段, 近年来在生物多样性领域发展迅速, 其覆盖广、序列性以及可重复性等特点使之在大尺度生物多样性监测和制图以及评估方面具有极大优势。本文主要通过文献收集整理, 从观测手段、研究尺度、观测对象和生物多样性关注点等方面综述了遥感在生物多样性研究中的应用现状, 重点分析不同遥感平台的技术优势和局限性, 并探讨了未来遥感在生物多样性研究的应用趋势。遥感平台按观测高度可分为近地面遥感、航空遥感和卫星遥感, 能够获取样地-景观-区域-洲际-全球尺度的生物多样性信息。星载平台在生物多样性研究中应用最多, 航空遥感的应用研究偏少主要受飞行成本限制。近地面遥感作为一个新兴平台, 能够直接观测到物种的个体, 获取生物多样性关注的物种和种群信息, 是未来遥感在生物多样性应用中的发展方向。虽然遥感技术在生物多样性研究中的应用存在一定的局限性, 未来随着传感器发展和多源数据融合技术的完善, 遥感能更好地从多个尺度、全方位地服务于生物多样性保护和评估。     

生物信息数据库知识产权保护初探

生物信息技术是当今生命科学乃至整个自然科学的重大前沿领域之一,生物信息数据库是生物信息技术中非常重要的部分,对生命科学的发展起着重要的推动作用。本文叙述了生物信息数据库的特点及国内外知识产权保护现状,初步讨论了生物信息数据库知识产权保护中存在的问题,提出了保护我国生物信息数据库的建议。     

How to test bioinformatics software?

Biophysical Reviews - Bioinformatics is the application of computational, mathematical and statistical techniques to solve problems in biology and medicine. Bioinformatics programs developed for...     

Bioinformatics and systems biology research update from the 15<Superscript>th</Superscript> International Conference on Bioinformatics (InCoB2016)

The International Conference on Bioinformatics (InCoB) has been publishing peer-reviewed conference papers in BMC Bioinformatics since 2006. Of the 44 articles accepted for publication in supplement issues of BMC Bioinformatics, BMC Genomics, BMC Medical Genomics and BMC Systems Biology, 24 articles with a bioinformatics or systems biology focus are reviewed in this editorial. InCoB2017 is scheduled to be held in Shenzen, China, September 20–22, 2017.     

自然语言处理技术在生物信息学中的应用

从信息处理的角度来看,生物信息学与自然语言处理中的许多问题是非常相似的,因此,可以将一些自然语言处理中的经典方法应用到生物信息学文字中。本文介绍了自然语言处理和生物信息学中共有的问题,如比对、分类、预测等,以及这些问题的解决方法。通过对两个领域形似问题的分析可知,优秀的自然语言处理技术也可用来解决生物信息学方面的问题,并且一些还未在生物信息学领域得到应用的自然语言理解技术也有其潜在的应用价值。最后给出了一个分类问题的解决方案,演示了如何在生物数据上应用算法进行实验。     

A review of bioinformatics degrees in Australia

Bioinformatics has been a hot topic in Australia's biotechnology circles for the past five years. As with biotechnology in the 1990s, there has been a sudden increase in the number of Bioinformatics undergraduate degrees. For students in the 2005 intake there are six undergraduate Bioinformatics degrees to choose from and another five Bioinformatics streams within a Bachelor of Science degree. The courses vary from three to four years of full-time study. This report aims at dissecting each of these degrees to determine where the differences lie, to give the prospective students an idea as to which degree suits their career goals and to give an overview of the pedagogy of Australian bioinformatics education.     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)

MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。     

生物信息学在发现新基因方面的应用

自生物信息学作为一门交叉学科诞生以来,其在计算机、农业和生命科学等各方面发挥了重要的作用,在后基因组时代,更是成为发现新基因的重要手段。对生物信息学的概况做了回顾与展望,并简述了生物信息学近年在发现新基因方面所取得的成果。     

The salmon genome (and other issues in bioinformatics)

A report on the fourth annual conference of the Society for Bioinformatics in the Nordic Countries (SOCBIN), Bioinformatics 2002, Bergen, Norway, 4-7 April 2002.     

Advancing standards for bioinformatics activities: persistence, reproducibility, disambiguation and Minimum Information About a Bioinformatics investigation (MIABi)

The 2010 International Conference on Bioinformatics, InCoB2010, which is the annual conference of the Asia-Pacific Bioinformatics Network (APBioNet) has agreed to publish conference papers in compliance with the proposed Minimum Information about a Bioinformatics investigation (MIABi), proposed in June 2009. Authors of the conference supplements in BMC Bioinformatics, BMC Genomics and Immunome Research have consented to cooperate in this process, which will include the procedures described herein, where appropriate, to ensure data and software persistence and perpetuity, database and resource re-instantiability and reproducibility of results, author and contributor identity disambiguation and MIABi-compliance. Wherever possible, datasets and databases will be submitted to depositories with standardized terminologies. As standards are evolving, this process is intended as a prelude to the 100 BioDatabases (BioDB100) initiative whereby APBioNet collaborators will contribute exemplar databases to demonstrate the feasibility of standards-compliance and participate in refining the process for peer-review of such publications and validation of scientific claims and standards compliance. This testbed represents another step in advancing standards-based processes in the bioinformatics community which is essential to the growing interoperability of biological data, information, knowledge and computational resources.     

生物信息学在基因芯片中的应用

生物信息学和基因芯片是生命科学研究领域中的两种新方法和新技术,生物信息学与基因芯片密切相关,生物信息学促进了基因芯片的研究与应用,而基因芯片则丰富了生物信息学的研究内容。本论文探讨生物信息学在基因芯片中的应用,将生物信息学方法运用到高密度基因芯片设计和芯片实验数据管理及分析。从信息学的角度提出基因芯片设计准则,提出寡核苷酸探针的优化设计方法,将该方法运用于再测序型芯片和基因表达型芯片的设计,在此基础上研制出高密度基因芯片设计软件系统和实验结果分析系统。