基于网络药理学和生物信息学探究桑叶-桑寄生治疗糖尿病肾病的机制

目的：运用网络药理学和生物信息学探讨桑叶-桑寄生治疗糖尿病肾病(DN)的潜在机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台、GeneCards等数据库获取桑叶-桑寄生的成分及DN的基因,从GEO数据库筛选DN与健康人差异基因,利用Cytoscape、R语言等将共同基因、差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将两者KEGG的结果取交集,利用分子对接方法加以验证。结果：桑叶-桑寄生的有效成分有31种,对应204个基因,DN相关基因3 566个,共同基因139个。GSE142153数据集符合条件,获得113个差异基因。KEGG通路富集分析结果显示,主要涉及的通路为糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。分子对接结果显示,山柰酚、槲皮素与环氧合酶2、蛋白激酶B和半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶等具有良好的结合活性。结论：桑叶-桑寄生可通过多靶点、多通路的复杂机制发挥抗炎、维持足细胞稳态等作用来治疗糖尿病肾病。     

基于GEO公共芯片平台探究右美托咪定在大鼠心脏保护中的作用机制

目的 通过生物信息学分析右美托咪定(dexmedetomidine, DEX)对大鼠心肌miRNA及mRNA表达谱的影响，构建miRNA-mRNA调控网络，探究DEX在大鼠心脏保护中的作用机制。方法 从公共基因芯片数据平台下载经DEX预处理大鼠缺血再灌注损伤心肌的miRNA基因芯片数据集GSE126105和mRNA数据集GSE126104,筛选差异表达miRNA和mRNA。利用miRWalk数据库对差异表达的miRNA靶基因进行预测。用Metascape数据库对预测靶基因进行基因本体论(gene ontology, GO)和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析，应用Cytoscape对模块中基因的共表达关系可视化并应用cytoHubba插件筛选Hub基因。结果 给药组大鼠心肌较对照组有5个miRNA和165个mRNA差异表达。将miRWalk数据库预测的miRNAs的靶基因和差异表达的mRNA应用韦恩图取交集，得到42个共同基因，基于此结果构建了miRNA-mRNA调控网络，对此网络基因进行功能富集...     

基于生物信息学分析关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及意义

目的 应用生物信息学方法探究关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及临床意义。方法 利用GEO2R在线工具分析GSE17681数据集中肺癌样本和对照样本的差异表达miRNA。利用miRTarBase数据库预测排在前3位的上调和下调miRNA的靶基因。利用DAVID数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析。通过STRING数据库构建靶基因间的蛋白互作网络及miRNA-基因互作网络，然后利用Cytoscape软件的cytoHubba插件分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因。利用UALCAN数据库分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因在肺鳞癌中的表达。最后利用Kaplan-Meier Plotter工具分析关键miRNA对肺鳞癌生存状况的影响。结果 共筛选出116个差异表达的miRNA,包括93个上调miRNA,23个下调miRNA。预测了前3位上调和下调miRNA的1282个靶基因，参与了肺鳞癌的相关通路，如癌症途径、MAPK信号通路等。通过miRNA-基因互作网络筛选到上调和下调的关键miRNA为hsa-miR-19a和hsa-miR-126,其调控的Hub靶基因分别为TNF、P...     

胃癌新辅助化疗耐药机制及治疗策略研究

目的 利用生物信息学筛选影响胃癌化疗耐药的特征基因,深入探讨化疗耐药的分子机制,为胃癌的化疗提供新策略。方法 在GEO数据库筛选胃癌DCS方案（多西他赛+顺铂+替吉奥）耐药表达谱芯片,利用GEO2R工具筛选胃癌耐药组织特征基因;构建差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;并分析PPI网络的关键节点和稳定模块,进而对差异基因和关键节点及模块基因进行功能富集及注释;再对差异基因进行化合物靶点模拟,筛选出潜在药物。结果 筛得胃癌化疗耐药差异基因共609个,构建PPI网络的关键节点为ACLY和AKT1。差异基因GO功能富集与KEGG通路富集结果显示,主要集中在免疫及肿瘤生长相关通路。C-MAP分析结果提示7个候选化合物吻合度评分>0.9。结论 本研究利用生物信息学筛选了影响胃癌化疗耐药的特征基因,深入探讨化疗耐药的分子机制,为胃癌的化疗提供了新策略。     

基于GEO数据库分析源于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤的基因表达特点

目的 筛选出来自于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤（transforming follicular lymphoma,tFL）与滤泡性淋巴瘤（follicular lymphoma,FL）和弥漫大B细胞淋巴瘤（diffuse large B cell lymphoma,DLBCL）的差异表达基因并进行生物信息学分析，从而探究它们间的差异以及tFL发展的生物学过程，为后续实验寻找潜在靶点。方法 利用GEO数据库筛选出t FL、FL、DLBCL的基因集，分析差异基因，进行GEO富集可视化分析、基因本体（Gene ontology,GO）富集分析、京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。结果 tFL与FL的基因集共找到11 388个差异表达基因，GO富集分析发现差异基因的功能主要集中在轴突生成、树突发育等；KEGG通路分析发现关键途径为轴突导向、Hippo信号通路等。而tFL与DLBCL共有17216个差异表达基因，GO富集分析差异基因的功能主要集中在调节细胞发育、组蛋白的修饰等；KEGG通路分析发现关键途径为轴...     

基于mRNA和miRNA芯片探索影响结直肠癌肝转移的靶基因

摘要： 目的 筛选与结直肠癌 （CRC） 肝转移相关的靶基因。方法 从Gene Expressed Omnibus （GEO） 数据库下载mRNA和miRNA的表达谱 （GSE30687和GSE44121）。通过limma函数包分析得出差异表达mRNA和差异表达 miRNA。基于DAVID在线工具进行差异表达mRNA的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用TargetScan筛选由差异表达miRNA调节的靶基因, 并构建miRNA-mRNA调节网络。结果 与原发性CRC样品相比, 在具有肝转移的CRC样品中筛选出180个差异表达mRNAs, 其中116个表达下调, 64个表达上调, 另外筛选出15个差异表达 miRNAs, 表达上调的有6个, 表达下调的有9个。差异表达mRNAs富集于32个GO terms中, 如阴离子运输、 细胞的顶端部分、 脱氧核糖核酸酶活性等。另外, 这些差异表达mRNAs主要富集在包括类固醇生物合成和霍乱弧菌感染在内的2条通路中。miRNA-mRNA调控网络包括50个miRNA-mRNA关系对, 其中具有较高节点度的基因为纤连蛋白 1 （FN1） 和骨髓嗜病毒整合位点1 （MEIS1）。结论 FN1和MEIS1基因可能是大肠癌肝转移的潜在生物标志物。     

骨质疏松hub基因筛选验证及互作miRNA预测

目的 筛选老年性骨质疏松症hub基因及其互作的miRNA。方法 从GEO数据库下载GSE35956基因芯片数据集,利用R语言筛选骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中的差异表达基因（Degs）。利用DAVID数据库对Degs进行GO富集和KEGG通路分析。采用String数据库和Cytoscape软件分析蛋白互作网络,筛选hub基因。通过Targetscan数据库预测与hub基因存在互作关系的miRNA,并通过funrich数据库对预测出的miRNA进行富集分析。提取并培养3~4月龄（青年组）和18~20月龄（老年组）C57BL/6小鼠的骨髓间充质干细胞,采用荧光定量PCR（qPCR）验证2组小鼠的骨髓间充质干细胞中hub基因表达情况。结果 骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中共鉴定出982个上调的Degs和99个下调的Degs。Degs主要富集到质膜黏附分子介导的同型细胞黏附和钙离子结合等生物过程,主要参与了神经活性配体-受体相互作用信号通路。PPI互作网络分析筛选出8个核心基因：瘦素（LEP）、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶（LCK）、WT1转录因子（WT1）、SRY-Box转录因子10（SOX10）、整合素β2（ITGB2）、白蛋白（ALB）、胆囊收缩素（CCK）和骨形态发生蛋白7（BMP7）。Targetscan 预测了105个miRNA和其中6个核心基因存在互作关系。qPCR验证结果表明,老年组小鼠骨髓间充质干细胞中BMP7、CCK、ITGB2、SOX10基因表达水平较青年组上调,与生物信息学分析结果相一致。结论 筛选出的核心基因表达水平与老年小鼠骨髓间充质干细胞分化程度相关,鉴定得到的miRNA可能成为老年性骨质疏松症诊断标志物及治疗靶点。     

基于生物信息学分析乌司奴单抗治疗寻常型银屑病不应答的关键基因和信号通路

目的 应用生物信息学技术寻找乌司奴单抗治疗寻常型银屑病无应答患者中的差异表达基因,分析信号通路,探讨不应答机制。方法 在Gene Expression Omnibus (GEO)下载GSE117239数据库。以P<0.05及|logFC|≥1.5为标准筛选表达差异基因。通过String数据库进行蛋白互作网络(PPI)分析,使用Cytoscape的cytohubba插件提取关键目标和子网络。使用Funrich对表达差异基因进行GO分析,最后使用ConsensusPathDB数据库进行KEGG pathway分析。结果 发现76个差异基因,其中上调基因48个,下调基因28个。GO分析显示上调基因主要富集的生物过程为细胞定位、免疫效应过程、细胞组分生物合成、细胞活化、细胞死亡。下调基因主要富集的生物过程为调节血液循环、血管生成、血管发育以及组织迁移等。KEGG分析显示差异基因主要富集的信号通路为：核糖体、凋亡、多糖降解、溶酶体等信号通路。PPI网络分析出的10个枢纽基因为：CCL20、CXCL9、S100A9、S100A12、ARG1、OAS1、OASL、IL36G、SERPINB4、...     

生物信息学一致性相关系数法预测非小细胞肺癌的NP化疗方案药物敏感性基因

目的用生物信息学一致性相关系数(CCC)法预测非小细胞肺癌一线化疗方案NP方案(长春瑞滨+顺铂)药物敏感性基因。方法使用5种统计学方法:Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch's t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA,从NCI 60数据库筛选药物敏感性基因,通过CCC筛选非小细胞肺癌患者化疗药物敏感性基因。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果筛选出可能应用于预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性基因:顺铂的药物敏感性基因主要富集在蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞通路中;长春瑞滨的药物敏感性基因主要与癌症信号通路、蛋白聚糖有关。结论生物信息学CCC法可应用于筛选出预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性的基因,可能为将来构建NP方案精准化疗模型提供研究基础。     

基于GEO和TCGA数据库筛选恶性胸膜间皮瘤免疫治疗疗效预测关键基因

目的 探索免疫治疗在恶性胸膜间皮瘤（malignant pleural mesothelioma,MPM）中免疫疗效相关关键分子及其可能的机制。方法 2018年7月至2020年7月,纳入GEO数据库中GSE117358的表达谱进行分析;首先,根据是否对免疫治疗是否有效分为两组：免疫治疗反应组和免疫治疗无反应组,同时分析两组之间差异有统计学意义基因;其次,分析两组差异有统计学意义基因在基因本体（gene ontology,GO）生物学行为及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集信号通路等方面的差异;最后,对差异有统计学意义基因构建蛋白-蛋白互作网络,筛选在生物学行为中的重要模块及关键基因,并对关键基因在TCGA数据库中进行整合分析验证。结果 在免疫治疗反应组（12个样本）及免疫治疗无反应组（12个样本）中共筛选出1 025个差异基因,相对于免疫治疗无反应组,在免疫治疗反应组中有782个上调和243个下调基因。GO和KEGG分析显示,这些差异基因的功能主要集中在细胞因子受体通路、细胞黏附通路、T细胞受体通路及...     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎的分子网络调控机制

目的：基于网络药理学和生物信息学探讨白头翁汤（BTWT）治疗溃疡性结肠炎（UC）的分子网络调控机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP），筛选BTWT的入血活性成分和作用靶点；通过GEO数据库获取UC患者与健康人群的显著性差异表达基因；采用Cytoscape构建BTWT活性成分-靶点网络；采用Bisogenet构建BTWT作用靶点蛋白质-蛋白质交互作用（PPI）网络及UC特异性基因PPI网络并提取这两个网络的交集，获得BTWT治疗UC的PPI网络及特征性基因；采用DAVID数据库对BTWT治疗UC的特征性基因进行基因本体（GO）和KEGG信号通路分析；运用Cytohubba筛选BTWT治疗UC的关键靶点。结果：在TCMSP中共检索到与BTWT相关的化学成分247个，依据ADEM参数筛选得到活性成分53个，其中入血活性成分37个，通过检索配对分析，这些成分对应的靶点有643个；从GEO数据库获得UC表达谱数据芯片GSE87466，经过筛选分析得到UC患者特异性表达差异基因279个；进一步分析得到1705个特征性基因参与BTWT治疗UC的过程；GO分析和KEGG通路分析结果表明，BTWT治疗UC主要涉及细胞质、细胞核、细胞连接等分子组成，生物学过程主要包括细胞增殖、迁移和凋亡等，分子功能主要涉及蛋白特异性结合、蛋白酪氨酸激酶活性等；主要富集于MAPK信号通路、趋化因子信号通路、TNF信号通路等；从特征性基因网络中筛选出NTRK1、TP53、APP等10个关键靶点。结论：本研究从网络药理学和生物信息学角度揭示了中药治疗疾病多成分、多靶点和多途径的特点，探究得到BTWT治疗UC的关键靶点及可能分子机制，可为BTWT治疗UC的基础实验与临床研究提供理论依据。     

基于网络药理学探讨舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的作用机制

目的：基于网络药理学预测舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的主要活性成分及其作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法：采用超高效液相色谱-四级杆/静电场轨道阱高分辨质谱（UHPLC-Q-Orbitrap MS）技术对舒肝解郁胶囊中的化合物准确定性,借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）和Swiss Tartget Predict数据库对舒肝解郁胶囊中化学成分的作用靶点进行预测,借助OMIM数据库和GeneCard数据库检索抑郁症相关基因,应用UniProt数据库分析药物靶点和疾病基因。采用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）关系网络,在DAVID数据库对关键靶点（GO）富集分析和（KEGG）通路分析。结果：通过对舒肝解郁胶囊中36个主要化学成分定性分析,对13个有对照品成分进行网络药理学探索,发现舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的552个核心靶点及MAPK信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等主要通路。结论：舒肝解郁胶囊发挥治疗抑郁症的作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的协同作用特点,为进一步探索舒肝解郁胶囊治疗抑郁症的机制奠定了理论基础。     

铜绿假单胞菌生物被膜基因表达生物信息学研究

摘要：目的 通过生物信息学探究铜绿假单胞菌生物被膜形成的差异表达基因及可能作用机制。方法 通过GEO数据库 筛选获得铜绿假单胞菌生物被膜数据芯片GSE120760, GEO2R工具筛选出铜绿假单胞菌浮游状态和生物被膜状态的差异表达基 因;差异表达基因通过String数据库和Cytoscape3.7.1软件中构建靶点PPI网络图, 并在DAVID和KOBAS数据库中对差异表达基 因进行GO生物富集和KEGG通路分析。用铜绿假单胞菌体外生物被膜模型测定5种氨基酸(D/L型)的抗生物被膜作用效果。结果 由芯片GSE120760筛选得到556个差异表达基因, 其中上调基因143个, 下调基因413个;从差异表达基因中筛选到62个关键基因, 这些基因主要与30S和50S核糖体蛋白相关;GO功能富集得到40个条目;KEGG 富集到44条通路, 主要涉及代谢途径、次生代谢 产物的生物合成、氨基酸生物合成通路、多种氨基酸代谢、群体感应、氨酰tRNA生物合成通路等;体外验证试验中,D-氨基 酸对铜绿假单胞菌生物被膜有抑制作用, 而L-氨基酸对其形成无影响。结论 通过生物信息学挖掘出铜绿假单胞菌生物被膜形成 的关键基因与靶点, 并与代谢途径、氨基酸合成和代谢、群体感应、氨酰tRNA生物合成通路等相关, 为铜绿假单胞菌生物被膜的 靶向抗感染药物的研发提供思路。     

神经母细胞瘤血浆外泌体差异表达miRNA靶基因预测及生物信息学分析

目的通过生物信息学分析筛选出神经母细胞瘤外周血血浆外泌体中差异表达miRNA,并对其靶基因功能进行分析预测。方法从高通量基因表达数据库下载数据集GSE128004,分析神经母细胞瘤血浆外泌体中miRNA的差异表达;通过miRTarBase数据库筛选差异表达miRNA的靶基因;进一步通过运用clusterProfiler进行靶基因的基因本体(GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集。结果经筛选发现,数据集GSE128004包含41个表达差异在2倍以上的血浆外泌体miRNA。靶基因预测显示,hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-196b-5p, hsa-miR-127-3p, hsa-miR-410-3p和hsa-miR-487b-3p为靶基因最多的前5个差异表达miRNA。GO功能分析发现,这些靶基因大都在细胞运动正调节、细胞迁移正调节、血管生成等生物过程富集;在膜侧、细胞-基底连接、细胞-基底黏附连接、焦点黏连等细胞组成富集;在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白异二聚体化活性、转录因子活性和RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等分子功能富集。KEGG分析显示:这些差异表达miRNA的靶基因主要参与磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、癌症相关miRNA、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等通路富集。结论 hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-127-3p和hsa-miR-410-3p可能作为神经母细胞瘤的潜在生物标志物或治疗靶标,进一步为该病的发病机制提供研究思路。     

基于网络药理学桃核承气汤防治脓毒症心肌功能障碍的作用机制探讨

目的运用计算机网络药理学技术预测桃核承气汤治疗脓毒症心肌功能障碍的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治脓毒症心肌功能障碍的基础和作用机制。方法运用中药系统药理学成分分析平台Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP)数据库获取桃核承气汤的有效成分及作用靶标基因,从GeneCards数据库收集脓毒症心肌功能障碍的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并通过Cytoscape软件将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出作用的关键基因。借助Webgestalt在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取关键基因于脓毒症心肌功能障碍的疾病治疗作用。结果桃核承气汤的135个化合物中有64成分通过20个靶点与脓毒症心肌功能障碍相互关联。其中AKT1、HMOX1、JUN、TNF、IL1B、MAPK14、NOS3、PPARG、ICAM1、NOS2、VCAM1、STAT1等关键基因主要通过调控炎症反应、促进细胞存活、抗细胞凋亡、参与能量代谢、病原识别、毒物代谢等路径,在质膜、细胞膜、吞噬细胞、线粒体自噬等分子反应中发挥作用。结论网络药理学方法科学预测桃核承气汤防治脓毒症心肌功能障碍的关键靶标及其参与的相关通路,提示该方剂对脓毒症心肌功能障碍的防治作用为多靶点、多通路、多选择的复杂机制,并且多与抗炎、抗细胞凋亡、促进细胞存活等机制相关。     

补骨脂素逆转GST-π介导的多药耐药的研究

目的　探讨补骨脂素在逆转谷胱甘肽s-转移酶π（GST-π）介导的多药耐药中的作用,以及在MCF-7/ADR细胞中的可能机制。方法　研究时间：2015年至2020年。采用CCK-8法检测细胞活力,评价补骨脂素的细胞毒性和多药耐药逆转活性。采用实时聚合酶链反应（RT-PCR）检测GST-π的表达,检测靶基因的变化。采用免疫印迹法检测GST-π蛋白水平。采用免疫荧光法观察核因子κB（NF-κB）的活化情况。组间比较采用独立样本t检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果　应用补骨脂素处理后,细胞内阿霉素药物浓度明显升高。与对照组相比,补骨脂素降低了治疗组GST-π在基因和蛋白水平上的表达。NF-κB抑制剂（SN50）可显著抑制乳腺癌MCF-7/ADR细胞中GST-π的表达。结论　NF-κB信号通路可能是GST-π介导的多药耐药发病机制之一。补骨脂素参与了逆转GST-π介导的多药耐药。GST-π介导的耐药机制可能与NF-κB信号通路有关,是NF-κB信号通路下游的关键因子。     

基于网络药理学探究筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的作用机制

目的　通过网络药理学对筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的主要活性成分及其潜在的作用机制进行研究。方法　筋痛灵膏的主要活性成分和靶标于中药系统药理学分析平台（TCMSP）获取,肩关节周围炎的靶标通过五大疾病数据库查找获得。药物-疾病交互靶点在Venny平台上获取,并建立蛋白质相互作用网络来筛选出核心靶点。交集靶点在Metascape平台上进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组大百科全书数据库（KEGG）的富集分析。最后对药物主要成分和核心靶点进行分子对接。结果　共筛选出53个活性成分,121个重要靶点;其中,核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、谷甾醇、黄芩素,关键靶点为JUN、ESR1、TP53。GO功能富集分析得出筋痛灵膏作用的生物途径包括对异生素刺激的反应、细菌来源分子的反应、伤口愈合以及氧气水平的反应等。KEGG通路富集分析表明筋痛灵膏治疗肩关节周围炎主要富集在白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论　筋痛灵膏通过核心成分调控JUN、ESR1、TP53关键靶点,作用于多种生物途径来参与调节免疫反应、减少炎性反应,以达到治疗肩关节周围炎的作用。     

基于生物信息学方法探究白癜风铁死亡相关发病机制和潜在治疗药物筛选

目的 通过生物信息学方法 分析白癜风疾病中铁死亡基因及相关发病机制,并筛选通过铁死亡相关途径治疗白癜风的潜在药物。方法 从FerrDB数据库获取铁死亡基因,通过R分析数据集GSE53146中差异表达基因,随后二者取交集。通过SVM-REF算法和LASSO回归构建机器学习模型预测白癜风铁死亡关键基因并通过数据集GSE75819进行基因表达验证。GSE203262单细胞数据进行细胞聚类分析,发现与关键基因高度相关且参与白癜风发病的关键细胞群,随后通过HPA数据库对基因表达细胞进行验证。利用cAMP数据库筛选关键基因相关小分子药物,利用分子对接技术验证小分子化合物与基因结合的能力。最后进行单基因免疫细胞相关性分析及GSEA-KEGG分析探讨小分子药物治疗白癜风的相关免疫机制。结果 获得458个铁死亡基因和706个差异表达基因,二者交集基因23个。机器学习预测模型筛选出RRM2、LCN2、OTUB1、SNCA、CTSB、WWTR1作为关键基因。外部数据集验证、单细胞聚类和HPA数据均提示关键基因中OTUB1、CTSB和LCN2主要在角质形成细胞、黑素细胞和朗格汉斯细胞等重要皮肤细胞中表达。通过...     

基于中药网络药理学分析川芎茶调散治疗偏头痛的作用机制

目的：分析川芎茶调散的活性成分,预测其治疗偏头痛的作用靶点及信号通路,解析其效应机制。方法：通过TCMSP数据库收集川芎茶调散活性成分并进行ADME筛选,收集活性成分潜在靶点;通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集偏头痛相关的疾病靶点,并与药物活性成分靶点取交集得到共同靶点,进行PPI分析;使用Cytoscape构建可视化"药物-靶点-疾病"网络并进行分析,通过R语言对共同靶点进行GO富集与KEGG富集分析。结果：通过筛选获得141个药物与疾病的共同靶点,发现川芎茶调散治疗偏头痛的关键靶点为APP、CHRM2、CXCL8、CXCL2、CXCL10等;主要改变的信号通路为PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路,内分泌抵抗信号通路等;氧化应激反应、类固醇激素反应、血管收缩调节、低氧反应、雌二醇反应和神经递质代谢可能是川芎茶调散治疗偏头痛的主要生物学调控环节。结论：槲皮素、木犀草素、山柰酚等是川芎茶调散中重要活性成分,APP,CHRM2、CXCL8等基因受到了药物调控,川芎茶调散可能通过PI3K-AKT信号通路,HIF-1信号通路,内分泌抵抗信号通路调控了偏头痛时的炎症反应、血管收缩、内分泌-神经递质代谢等生物过程。