纳米孔测序技术在非经典型21-羟化酶缺乏症基因诊断中的应用

目的探讨纳米孔测序对2例非经典型21-羟化酶缺乏症(NC 21-OHD)患者基因诊断的性能及应用。方法 2例NC 21-OHD患者于2019年5月就诊于郑州大学第一附属医院, 收集其临床资料, 采集患者及其父母外周血并提取基因组DNA, 应用纳米孔测序技术和生物学信息分析患者的基因变异情况, 进一步通过一代测序对患者检测到的致病性CYP21A2基因变异进行验证。结果患者1平均测序读长12 792 bp, 测序深度27.19 ×, 携带CYP21A2基因c.293-13C>G/c.844G>T(p.Val282Leu)复合变异。患者2平均测序读长13 123 bp, 测序深度21.34 ×, 携带CYP21A2基因c.332₃39delGAGACTAC(p.Gly111Valfs)/c.844G>T(p.Val282Leu)复合杂合变异。进一步验证显示, 例1的c.293-13C>G变异遗传自父亲, c.844G>T(p.Val282Leu)遗传自母亲;例2的c.844G>T(p.Val282Leu)遗传自父亲, c.332     

15例疑似假肥大性肌营养不良患儿遗传学分析

目的 分析进行性假肥大性肌营养不良（DMD）患儿的临床特点和基因变异情况,为临床诊断、治疗和遗传咨询提供参考。方法 对2019年7月—2021年7月河南科技大学第一附属医院15例疑似假肥大性肌营养不良患儿的临床特征进行回顾性分析,并采用多重连接探针扩增技术（MLPA）和全外显子组测序（WES）分析患儿的基因变异特点。对变异位点进行生物信息学分析。结果 15例患儿中,有14例存在DMD基因变异,其中12例为外显子区域大片段缺失,2例为点突变[c.2168+1G>T和c.9917＿9923del(p.Thr3306Serfs*22)]。检测到的DMD基因大片段缺失共涉及11个不同的区域,其中8个可引起抗肌萎缩蛋白可读框移码,2个可引起阅读框内整码缺失,1个缺失变异覆盖整个DMD基因。14例DMD基因变异患儿均有酶学异常增高、肌源性损伤等特征,被确诊为DMD。1例未检测到DMD基因变异的患儿存在LAMA2基因复合杂合变异[c.819+1G>A和c.1884G>A(p.Glu628Glu)],被诊断为肢带型肌营养不良（LGMD）。结论 临床需注意DMD、贝克肌营养不良（BMD...     

一例假肥大型肌营养不良症患儿基因新突变报道和临床分析

目的对一例假肥大型肌营养不良（DMD/BMD）患儿发生的DMD基因突变（c.9760₉781dup22/p.Pro3261LeufsX5）进行报道,并对其临床表现进行分析。方法联合应用多重连接探针扩增技术（MLPA）和基因测序技术的方法,对DMD患儿进行DMD基因分析。结果 MLPA技术检测到患儿DMD基因67号外显子发生缺失突变,通过PCR技术、基因测序技术检测,证实患儿发生的是67号外显子的微小突变（c.9760₉781dup22/p.Pro3261LeufsX5）。结论 67号外显子的微小突变（c.9760₉781dup22/p.Pro3261LeufsX5）是一种新突变,此突变可能与DMD疾病发生及智力障碍表现相关。     

SERPINC1基因缺陷导致的AT缺陷症患者易发生静脉血栓事件

目的分析12例抗凝血酶(AT)缺陷症患者的基因突变, 探讨SERPINC1基因突变与静脉血栓事件的关系。方法本文研究类型为观察性研究-描述性研究:病例系列。收集2014年4月至2021年4月温州医科大学附属第一医院12例AT缺陷患者临床资料, 在患者治疗前, 采集血标本。采用发色底物法检测血浆AT活性(AT:A), 免疫比浊法检测AT抗原(AT:Ag)含量。采用PCR直接测序法分析先证者SERPINC1基因7个外显子及其侧翼序列, 对发现的疑似突变用反向测序予以验证。分析SERPINC1基因突变与患者静脉血栓栓塞症(VTE)的相关性, 统计占比。结果 12例患者的AT:A在30%～66%, 均明显下降, 7例患者的AT:Ag 同步降低, 表现为Ⅰ型AT缺陷, 5例患者AT:Ag在参考范围, 表现为Ⅱ型AT缺陷。共发现12种SERPINC1基因突变, 其中6种杂合突变c.456₄58delCTT(p.phe121del)、c.318₃19insT(p.Asn75stop)、c.922G>T(p.Gly276Cys)、c.938T>C...     

2 例婴儿CDKL5 基因新发突变致早发性癫痫脑病的临床特征与遗传学分析

目的　探讨细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶5（cyclin-dependent kinase-like 5,CDKL5）基因新发突变导致患儿早发性癫痫脑病的临床特征及分子遗传学特点。方法　收集西北妇女儿童医院儿童神经内科确诊的2 例早发性癫痫脑病患儿的临床资料,应用二代测序技术对核心家系成员进行全外显子测序分析,并用Sanger 测序法进行突变验证。结果　例1 患儿出生后20 天出现强直阵挛、不典型痉挛形式的癫痫发作,两种抗癫痫药物联合治疗后效果较好;例2 患儿出生后1 个月出现全面性强直阵挛发作,并伴显著的上下肢屈曲抖动,进展为难治性痉挛发作及严重精神发育迟滞和语言运动发育障碍,多种抗癫痫药物及生酮饮食联合治疗效果差。两例患儿全基因组基因拷贝数变异（copy numbervariations, CNVs）检测未见明确致病变异。核心家系全外显子组测序结果发现,例1 患儿CDKL5 基因第12 外显子上存在一杂合新发无义突变:NM_003159.2:c.1307C>G（p. Ser436*）,其父母该位点未见异常;例2 患儿该基因第13 外显子存在c.1974_1975del（p.Val659GlyfsTer23）新发杂合移码突变,其父母该位点未见异常。根据2015 年美国医学遗传学与基因组学学会（the American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG）指南,以上变异均为致病突变。结论　CDKL5 基因c.1307C>G 无义突变和c.1974_1975del 移码突变是先证者早发性癫痫脑病遗传学病因的新发致病变异,扩充了致病基因CDKL5 的基因变异谱。     

MITF基因缺失突变致Waardenburg综合征2A型1例

Waardenburg综合征(Waardenburg syndrome,WS)是一种常染色体显形遗传疾病,以毛发、皮肤、眼睛色素异常以及感音神经性听力障碍为特征。本文报告1例8月龄男患儿,表现为先天性耳聋伴双侧虹膜灰蓝色、毛发颜色偏黄、内眦外移。患儿及其家系成员均进行基因测序分析。基因检测结果表明患儿存在MITF基因的c.970＿972del(p. R324del)杂合变异,为新生变异;患儿父母该位点均无变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南判读该变异为致病变异。MITF基因c.970＿972del(p.R324del)在WS2A型中为一新发突变位点,是导致该患儿患病的致病基因。     

CANT1基因变异导致Desbuquois发育不良Kim变异型临床特征与遗传学分析

目的 通过分析1例手部外观无异常的汉族Desbuquois发育不良（DBQD）患儿的临床与遗传学特征,进一步拓展中国人群DBQD的表型和基因变异谱。方法 收集DBQD患儿的临床资料,采用全外显子组家系测序（Trio-WES）检测患儿及其父母的基因变异情况,采用生物信息学分析和晶体结构分析评估变异位点的生物危害性,并采用Sanger测序进行验证。通过文献回顾总结DBQD的临床特征和基因变异谱。结果 患儿具有特殊容貌（扁平圆脸、眼球突出、鼻梁低平）、发育迟缓、脊柱侧弯和双足疼痛等临床特征,但手部外观无异常。Trio-WES检测结果显示,患儿CANT1基因发生纯合变异c.494T>C(p.Met165Thr),其父母为该变异位点的杂合携带者。SIFT、Polyphen-2和Mutation Taste在线软件预测c.494T>C变异可对蛋白或蛋白产物造成有害影响。Sanger测序证实变异位点存在。晶体结构预测提示c.494T>C(p.Met165Thr)变异可能会导致蛋白局部结构稳定性降低,进而影响蛋白功能。根据患儿手部特征、临床表型和基因检测结果诊断为DBQD-Kim变异...     

一个Rett综合征合并努南综合征家系的基因诊断

目的：对1例发育迟缓患儿及其家系进行基因检测,了解其基因突变的类型和遗传模式,以对其进行临床诊断。方法：提取先证者及其家系成员的外周血DNA,利用高通量测序技术对先证者进行基因筛查,结合临床表型资料,寻找候选基因致病位点,结合Sanger测序技术对先证者及其家系成员进行致病位点验证。按照美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG）变异分类指南判断致病性。结果：高通量测序结果发现, 先证者MECP2基因、PTPN11基因存在杂合错义变异,分别为第4号外显子c.398G>A,p.Arg133 His及第3号外显子c.188A>G,p.Tyr63Cys。Sanger测序结果显示,MECP2基因变异遗传自母亲,导致Rett综合征;PTPN11基因变异遗传自父亲,导致努南综合征（Noonan syndrome, NS）。这2个错义变异均为致病性变异,与先证者及其父母的临床表型相一致。结论：本研究通过高通量测序发现1例发育迟缓患儿存在2个不同基因的致病性变异,导致同患2种不同的遗传性综合征,提示遗传性疾病患者中可能同时存在2种或以上的疾病表型,需加以重视。     

MYH7基因c.1574A>G突变致扩张型心肌病1S型家系分析

目的 采用全外显子组测序分析1例左心系统扩张患儿的基因变异情况,并进行家系分析,确认扩张型心肌病1S型(DCMIS)的病因。方法 收集1例左心系统扩张患儿的临床资料。采用染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)检测患儿染色体结构缺失和重复情况。采用全外显子组测序分析患儿基因变异情况,采用Sanger测序对患儿及其父母、异卵双生姐姐变异位点进行验证。通过生物信息学分析评估变异位点的危害性。结果 患儿心脏彩色多普勒超声示左心功能降低,左心系统明显扩张增大,肺动脉高压,二尖瓣和三尖瓣反流。CNV-seq结果为seq[hg19]46,XN,未发现染色体异常。全外显子组测序分析结果显示,患儿β-心肌肌肉球蛋白重链7(MYH7)基因发生杂合变异[c.1574A>G(p.Glu525Gly)]。检索OMIM、ClinVar数据库,未见相关报道;检索ESP数据库、千人基因组数据库、ExAC数据库和gnomAD数据库,该变异位点未被收录,属于新发变异。Sanger测序证实变异存在,患儿父母、姐姐MYH7基因均正常。MYH7基因c.1574A>G(p.Glu525Gly)变异导致蛋白侧链O端与第...     

HUWE1基因变异致X连锁智力障碍临床表型和遗传学分析

目的 探讨HUWE1基因变异导致的X连锁智力障碍（XLID）的临床表型和遗传学特点。方法收集1例XLID患儿的临床资料和实验室检测结果,采用全外显子组测序检测XLID患儿及其父母的基因变异情况。采用Sanger测序验证变异位点。对变异位点进行生物信息学分析,以明确其致病性。检索XLID相关文献,对XLID的临床表型和遗传学特点进行总结和分析。结果 XLID患儿具有智力障碍、运动和语言发育迟缓、身材矮小、伴特殊面容等临床特点。全外显子组测序结果显示,患儿HUWE1基因存在错义变异[c.12227C>G(p.Pro4076Arg)]。Sanger测序结果显示患儿存在该变异位点,其父母该位点无变异。检索ESP数据库、千人基因组数据库、ExAC数据库和gnomAD数据库,该变异位点未被收录。HUWE1蛋白三维结构分析结果显示,HUWE1基因c.12227C>G(p.Pro4076Arg)变异会导致蛋白HECT结构域灵活性下降。文献复习结果显示,51例由HUWE1基因变异导致的XLID患者的临床表现主要为中重度智力障碍（92%）、运动发育迟缓（92%）、语言发育延迟（83%）、身材矮...     

家族性噬血细胞综合征临床特征及基因突变分析

目的 对4例家族性噬血细胞综合征患儿进行临床表型分析和基因变异检测,明确其分子病因。方法 选取2018至2021年到昆明市儿童医院检验科采血的患儿进行病史采集,体格检查,血常规,血生化,腹部彩超,骨髓细胞学形态等检查确诊为家族性噬血细胞综合征的4例患儿,获取外周血DNA对患儿进行高通量测序,并针对变异位点对家系成员进行Sanger测序验证。结果 4例患儿均因高热就诊,完善临床检查,患儿血相异常,血细胞减少（2系以上细胞受累）,肝/脾大,纤维蛋白原下降,血清铁蛋白、血清甘油三酯升高,骨髓发现噬血细胞现象,未见恶性肿瘤细胞。对4例患儿进行基因检测,其中,3例患儿PRF1(NM＿001083116.2)基因c.1349C>T(p.T450M)纯合突变,1例患儿UNC13D(NM＿199242.2)基因c.3134C>T/c.754-8C>T(p.T1045M/p)复合杂合突变。两个基因的错义突变位点在多个同源物种间高度保守,本次检测出一个新的内含子变异。综合临床表现及基因检测结果,3例患儿诊断为家族性噬血性淋巴组织细胞增生症2型（OMIM:603553）,1例患儿诊断为家族...     

新疆地区230例苯丙氨酸羟化酶缺乏症患儿基因突变分析

目的 探讨新疆地区苯丙氨酸羟化酶(PAH)缺乏症患儿基因变异频率和分布特征。方法 将2015年1月1日至2023年2月28日在乌鲁木齐市妇幼保健院确诊的230例PAH缺乏症患儿纳入研究,分析PAH基因变异情况以及比较不同表型患儿的PAH基因变异位点。结果 新疆地区230例PAH缺乏症患儿共检出441个PAH基因变异位点,总检出率为95.87%。其中,227例患儿检测到2个变异位点,2例患儿仅检测到1个变异位点,1例患儿检测到3个变异位点;复合杂合变异217例,纯合变异10例。高频变异位点为c.158G>A[23.39%(102/441)]、c.728G>A[11.70%(51/441)]、c.688G>A[5.05%(22/441)]、c.721C>T[3.90%(17/441)]、c.611A>G[3.67%(16/441)]、c.1238G>C[3.21%(14/441)]。经典型PKU的高频变异位点为c.728G>A、c.331C>T和c.782G>A;轻度PKU的高频变异位点为c.721C>T、c.1068C>A...     

MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用

目的探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。方法回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例, 采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测, 通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。结果共1 408份样本送检MassARRAY, 307例确诊为遗传代谢病患儿, 其中高苯丙氨酸血症检出率最高, 其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者, 49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者, 以SLC22A5、MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异, 以PAH、PTS和ACADS基因为主。814例未发现变异, 对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序, 38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者, MassARRA...     

Poirier-Bienvenu神经发育综合征遗传学分析

目的 采用全外显子组家系测序（Trio-WES）分析1例早发性癫痫患儿的基因变异情况,探讨Poirier-Bienvenu神经发育综合征（POBINDS）的致病因素。方法 收集1例早发性癫痫患儿的临床资料,对该患儿及其父母行Trio-WES,变异位点采用Sanger测序进行验证。通过生物信息学分析评估变异位点的危害性。结果 患儿于3月龄时即表现出反复肌阵挛性癫痫发作,行丙戊酸钠治疗后,虽发作频次有所降低,但仍无法控制。Trio-WES结果提示患儿CSNK2B基因发生错义变异[c.560T>G(p.Leu187Arg)],其父母该位点均为野生型,属新发变异。根据基因检测结果和临床症状,患儿被明确诊断为POBINDS。检索公共SNP数据库（ESP数据库、千人基因组数据库和ExAC数据库）未发现该变异位点信息。Sanger测序证实该变异位点存在。蛋白结构模拟分析结果显示,c.560T>G(p.Leu187Arg)变异可能会导致酪蛋白激酶2(CK2)四聚体结构稳定性降低,从而影响其生物学功能。结论 CSNK2B基因变异导致的POBINDS可能是患儿癫痫反复发作的致病因素,提示临床对...     

Sin3A基因变异致Witteveen-Kolk综合征遗传学分析

目的 探讨开关不敏感3转录调节因子家族成员A(Sin3A)基因变异导致的Witteveen-Kolk综合征临床表型和遗传学特点。方法 收集1例发育迟缓患儿的临床资料,对患儿及其父母进行全外显子基因测序,采用Sanger测序验证可疑变异,并进行家系分析。结合文献分析Witteveen-Kolk综合征的临床特征和基因变异特点。结果 Witteveen-Kolk综合征患儿临床表现主要为轻中度智力障碍或发育迟缓、特殊面容(长脸、前额突出、鼻梁凹陷、长人中等)、身材矮小。颅脑磁共振成像(MRI)显示不同程度的脑畸形。全外显子基因测序结果显示,患儿Sin3A基因存在移码变异c.803dupC(p.Leu269Thrfs*37)(杂合)。Sanger测序证实存在变异位点,患儿父母该位点均为正常基因型。gnomAD等对照人群数据库未收录该变异位点,根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)/美国分子病理学学会(AMP)指南归类为“致病性”变异。结论 Sin3A基因变异可导致Witteveen-Kolk综合征。基因检测可明确生长发育迟缓伴特殊面容患儿的病因。     

高通量全外显子测序诊断2A型肢带型肌营养不良1例

目的对1例患有肌营养不良的中国籍汉族男孩进行临床分子诊断。方法运用高通量测序技术对1例已排除杜氏/贝氏进行性肌营养不良(DMD/BMD)的患儿进行外周血有核细胞基因全外显子组测序(WES),并使用Sanger测序对WES发现的基因相关突变进行验证。结果 WES发现钙蛋白酶3基因(CAPN3)存在复合杂合突变,其中3号外显子区域发现1个杂合的无义突变c.439CT,p.Arg147*,而13号外显子存在1个杂合的错义突变c.1621CT,p.Arg541Trp。结论借助高通量DNA测序技术,该患者最终被诊断为2A型肢带型肌营养不良(LGMD)。     

1个新的ABO等位基因及其家系研究

目的 对1种新的ABO等位基因变异组合进行分子机制的研究,并对先证者进行家系调查,了解该变异组合在家系中的传递情况。方法 采用血清学方法对1例先证者及其家系成员进行ABO血型鉴定,采用PCR-SBT法对先证者及其父亲进行基因测序,确定突变点及突变类型。结果 该家系中先证者及其父亲的血清学结果为A亚型,ABO基因检测结果与ABO^*A1.01序列比对显示两个样本均存在c.1A>G、c.467C>T、c.903C>T变异,ISBT数据库中暂未检索到此种突变型组合的基因型。结论 发现1种新的ABO等位基因变异组合c.1A>G、c.467C>T、c.903C>T,并且能在家系中稳定遗传。     

3例ACAN基因突变致矮小症病例家系分析及文献复习

目的：分析3例ACAN基因突异致矮小症患儿的临床特征及遗传改变。方法：收集上海交通大学医学院附属瑞金医院2018年至2020年期间收治的3例ACAN基因突变的矮小患儿的临床资料、实验室检查及基因检测结果,并进行文献复习。结果：3例患儿均有矮小家族史,临床表现均有身材矮小,1例伴有胸腰椎前屈位活动度轻度受限,未见其他系统异常,3例患儿中,年龄最大者5岁1月,骨龄与其实际年龄大致相符或稍提前,2例生长激素（growth hormone, GH）激发峰值小于10μg/L。基因检测显示3例患儿分别存在ACAN基因变异c.G1877A、c.7360＿7361del及c.7038＿7039insCGGTGT,其中前两者为新发现的突变,在各大数据库尚无报道。应用重组人生长激素后,3例患儿身高均有改善。回顾国内外文献发现,目前共报道120例患儿及216例亲属,其中已在人类基因数据库（The Human Gene Mutation Database, HGMD）中注册与矮小症相关的ACAN基因变异有80种,其中矮小是最主要临床表现,其次是骨骼发育异常,也可表现为仅矮小。结论：ACAN基因突变主要导致患儿...     

基于WES识别中国人群甲状腺乳头状癌新易感基因变异EPB41L4A rs1455421289

目的 采用全外显子组测序(WES)结合靶向分析识别中国人群甲状腺乳头状癌(PTC)新的易感基因变异。方法 选取2018—2020年北京医院行手术治疗的PTC患者286例,用于识别PTC候选基因的变异位点。选取2021—2022年北京医院行手术治疗的PTC患者214例,用于验证变异位点的突变频率。采用WES检测所有研究对象外周血白细胞基因组DNA,并采用靶向分析识别全基因组关联研究(GWAS)定位的28个PTC候选基因的蛋白编码区,及其侧翼选择性剪接序列的罕见变异。检测变异携带者癌组织和癌旁组织中变异位点等位基因的表达情况。通过病例-对照关联分析评估变异位点对PTC发生风险的影响。对照人群的基因分型数据分别来自gnomAD数据库、TOPMed数据库、ChinaMAP数据库和HUABIAO数据库。结果 WES结合靶向分析识别出红细胞膜蛋白4.1样4A(EPB41L4A)基因上的2个极罕见错义突变(rs1455421289位点c.163G>C:p.D55H和rs761977647位点c.855G>C:p.W285C),可能潜在影响编码蛋白的功能。在用于识别PTC候选基因变异位点的...     

Stankiewicz-Isidor综合征一例基因型及临床表型分析并文献复习

目的：分析1例Stankiewicz-Isidor综合征（Stankiewicz-Isidor syndrome,STISS）男童的临床特征及检查结果,并结合文献复习,为特殊类型矮小症的诊治提供参考。方法：1例因“生长发育落后4年伴面部畸形和视力异常”就诊的4岁男童,对其进行详细的病史采集及体格检查,行生长激素激发试验、胰岛素样生长因子1、甲状腺功能等检测以及相关影像学检查。采用第二代目标区域捕获高通量测序技术对患儿及其父母进行全外显子检测,并对可疑基因变异位点进行Sanger测序验证。结合文献分析STISS患儿临床表型与基因型的特点。结果：该例患儿存在生长发育迟缓、视力障碍,伴低耳位、下颌后缩和小颌畸形特殊面容;全外显子测序发现PSMD12基因1个杂合移码变异c.1118delinsCC:p.Ile373ThrfsTer15,而受检者父母均未携带该变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG）指南,评判该变异为致病性变异,且为新发变异,结合患儿基因型和临床表型诊断为STISS。检索...