西安地区2008年肠道病毒71型基因特征分析

目的 研究西安地区2008年引起手足口病病原构成及EV71的基因特征.方法 采集124例临床诊断手足口病病例标本,RT-PCR检测肠道病毒血清型别;挑选EV71阳性标本进行病毒分离,扩增7株EV71病毒,扩增其VP1区,测序并与EV71各血清型代表株序列比对,进行进化分析.结果 2008年西安地区手足口病（HFMD）的病原中CA16占49.45%,EV71占30.76%,其他肠道病毒占19.78%.7株EV71 VP1区与标准株序列比对,亲缘进化分析显示本地区EV71与中国大陆其他地区毒株相似.结论 2008年西安地区引起手足口病的病原以CA16为主,而EV71属于C4亚型.     

吉林省2009-2010年引起手足口病流行的肠道病毒71型基因特性的研究

目的分析引起吉林省2009--2010年手足口病（hand foot and mouth disease，HFMD）流行的肠道病毒71型的基因进化特征。方法选择31株2009-2010年分离于吉林省8个地市（州）HFMD病例的EV71代表株，对VP1编码区基因进行逆转录．聚合酶链反应扩增、扩增产物的序列测定，使用Bioedit软件和MEGA4．0软件对VP1基因进行同源性、基因亲缘关系分析。结果吉林省2009-2010年的31株EV71分离株均属于C4a基因亚型，3l株EV7t株在VP1区的核苷酸的同源性在94．5％～100％之间，分属于5个分支，其中25株病毒（分离于8个地市）形成一个大的分支，属于绝对优势传播链，其余6株形成4个小分支。结论2009-2010年在吉林省内有多个EV71C4a基因型的传播链同时存在，其中分支1为绝对优势传播链，在8个地市持续传播，引起HFMD的暴发流行。     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VPl区基因特征．为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病（HFMD）患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒7l型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VPl区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较。并用Mega5．0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果154份,阳性率为51．33％;CoxAl6阳性结果38份,阳性率为12．67％。测序结果表明,8株EV71之间的VPl基因核苷酸同源性为96．9％～99．2％。氨基酸同源性为99．3％～100％。VPI区基因遗传进化分析表明。8株EV71分离株与c4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

2009年深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2％ ～98.1％,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9％ ～98.1％,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2％～100％;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100％),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2％ ～97.1％.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100％.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.     

2009年夏季174例手足口病患儿病原分析

目的分析本院2009年夏季手足口病患儿病原及其血清型特征,为临床早期诊断和疾病防控提供实验依据。方法2009年4—9月,首都儿科研究所附属儿童医院门诊就诊的174例手足口病患儿咽拭子和疱疹液,实时荧光RT—PCR方法检测肠道病毒通用型（EV）、柯萨奇A16型（CA16）、肠道病毒71型（EV71）。131例患儿双份血清,同时检测CA16、EV71IgM抗体。CA16和EV71阳性标本扩增VP1区基因片段后测序,进行同源性和系统进化分析。结果（1）EV、CA16、EV71阳性例数分别为167、112、46;阳性率为96．O％、64．4％、26．4％,CA16：EV71为2．43：1。（2）首诊血清CA16和EV71IgM阳性例数为51、25,阳性率为38．9％、19．1％,复诊阳性例数为98、32,阳性率为74．8％、24．4％。（3）CA16VP1区核苷酸同源性为88．7％-98．5％,EV71VP1区核苷酸同源性为94．9％-99．7％,与c4亚型参比序列核苷酸同源性92．1％～95．3％。结论2009年夏季本院手足口病患儿病原以CA16、EV71为主,EV71阳性率较之前报道有较大幅度升高。EV71病毒株以c4亚型为主。实时RT-PCR法较血清学检测特异性IgM抗体更适于疾病早期诊断。     

我国广东、福建地区2000～2001年手足口病肠道病毒71型分离株的种系进化分析

目的 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测我国广东、福建地区2000-2001年手足口病(HFMD)散发病例中的肠道病毒71型(EV71)，进而通过扩增VP1节段的核苷酸序列，进行毒株的种系进化分析。方法以肠道病毒特异引物对EV-1、EV-2进行RT-PCR，经琼脂糖凝胶电泳鉴定为阳性的标本，进一步用EV71特异引物对159S、162A进行RT-PCR，扩增的VP1节段经纯化后与测序载体pGEM-T连接，转化大肠埃希菌DH5a，筛选后测序。所得序列与我国深圳、上海、武汉地区的EV71流行株，中国台湾1998年4例HFMD暴发分离的EV71毒株，及来自美国、日本、匈牙利等国家地区的EV71毒株的核苷酸序列，用ClustalX1．8和PHYuP3．5进行比对分析，构建种系进化树。结果 25份标本检测EV71的阳性率为20％，所得序列经种系进化分析，与肠道病毒71型的其他毒株同源，与深圳1998年HFMD散发分离的EV71毒株同源性为94％，与上海2000年HFMD暴发分离株同源性为94％～96％，与武汉1987年HFMD病例中分离的毒株同源性为91％，而与国外EV71毒株同源性仅为82％～84％。结论 EV71是我国南方地区HFMD的主要病原之一；我国大陆地区的EV71毒株在种系进化上有较高的同源性；与我国台湾地区大部分分离株亦有90％～91％的核苷酸同源性，但大陆EV71引起的HFMD发病症状较轻，有别于1998年台湾地区EV71的大暴发。     

济南市手足口病患者肠道病毒71型的分离与鉴定

目的 从13例2008年、2009年济南市HFMD患者的粪便标本中分离获得EV71病毒并对其基因型进行鉴定.方法 按照中国疾病控制预防中心<手足口病标本采集及检测技术方案>的规定对标本中的病毒进行分离和鉴定,对VP1编码基因的部分核苷酸序列进行测序分析.结果 分离到6株EV71病毒,均与EV1 C4亚型处于同一进化树分支上,与C4亚型的核酸同源率均大于96%.结论 济南地区流行的EV71主要为C4亚型,与2008年中国流行的C4亚型EV71相比并未出现明显突变,引起重症的毒株与未引起重症的毒株相比,在VP1蛋白部分片段上没有发现明显的氨基酸差异.     

济南市手足口病患者肠道病毒71型的分离与鉴定

目的 从13例2008年、2009年济南市HFMD患者的粪便标本中分离获得EV71病毒并对其基因型进行鉴定.方法 按照中国疾病控制预防中心<手足口病标本采集及检测技术方案>的规定对标本中的病毒进行分离和鉴定,对VP1编码基因的部分核苷酸序列进行测序分析.结果 分离到6株EV71病毒,均与EV1 C4亚型处于同一进化树分支上,与C4亚型的核酸同源率均大于96%.结论 济南地区流行的EV71主要为C4亚型,与2008年中国流行的C4亚型EV71相比并未出现明显突变,引起重症的毒株与未引起重症的毒株相比,在VP1蛋白部分片段上没有发现明显的氨基酸差异.     

烟台市手足口病合并脑炎病毒分离及基因序列分析

目的 了解烟台地区手足口病合并脑炎病原谱及其基因学特征.方法 采集烟台地区手足口病合并脑炎患者粪便及脑脊液标本,通过细胞培养分离病毒,实时荧光PCR鉴定病毒型别,RT-PCR扩增VP1区基因部分序列并测序,进行序列分析.结果 10份粪便标本分离病毒3株,均为EV71.与C4a型代表株核苷酸同源性为98％～99％,氨基酸同源性98.90％～99.45％.系统发生树中,烟台分离株与C4亚型C4a簇代表株位于同一分支.结论 烟台地区手足口病合并脑炎病原主要为EV71,属于C4亚型C4a簇.     

济南市手足口病患者肠道病毒71型的分离与鉴定

目的 从13例2008年、2009年济南市HFMD患者的粪便标本中分离获得EV71病毒并对其基因型进行鉴定.方法 按照中国疾病控制预防中心<手足口病标本采集及检测技术方案>的规定对标本中的病毒进行分离和鉴定,对VP1编码基因的部分核苷酸序列进行测序分析.结果 分离到6株EV71病毒,均与EV1 C4亚型处于同一进化树分支上,与C4亚型的核酸同源率均大于96%.结论 济南地区流行的EV71主要为C4亚型,与2008年中国流行的C4亚型EV71相比并未出现明显突变,引起重症的毒株与未引起重症的毒株相比,在VP1蛋白部分片段上没有发现明显的氨基酸差异.     

宁夏2009年肠道病毒71型基因特征分析

目的 分析2009年宁夏回族自治区手足口病（Hand-Foot-and-Mouth Disease,HFMD）患者中肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）分离株的基因特征.方法 2009年,从宁夏自治区344例HFMD病例中采集的385份标本,用人横纹肌肉瘤（Human Rhabdomyosarcoma,RD）细胞对标本进行肠道病毒分离培养;采用型特异性RT-PCR对阳性分离物中的EV71病毒进行鉴定;对鉴定的EV71毒株VP1编码区进行核苷酸序列测定分析.结果 共分离到肠道病毒126株,其中58株为EV71（46%）,对其中46株EV71的VP1编码区序列进行测定和分析.宁夏分离株与EV71的A和B基因型代表株核苷酸序列同源性分别为81.7%～82.8%和83.1%～85.2%,氨基酸序列同源性分别为93.9%～95.9%和96.2%～97.9%;与C基因型的C1、C2、C3、C4a、C4b和C5亚型代表株核苷酸序列同源性分别为88.3%～90.6%、88.3%～90.1%、87.8%～89.0%、94.2%～98.9%、91.8%～94.1%和86.7%～89.1%;氨基酸序列同源性分别为97.9%～99.6%、97.9%～99.3%、97.6%～98.9%、97.9%～100%、98.6%～99.6%和97.9%～98.9%.在系统发生树上,这46株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支.结论 2009年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,C4a也是我国2005年以来流行的优势基因亚型.     

吉林省2009-2012年肠道病毒71型VP1编码区氨基酸位点的变异分析

目的分析2009--2012年引起吉林省手足口病（handfootandmouthdisease,HFMD）流行的肠道病毒71型（EV—A71）的VP1区氨基酸位点的特征性变异位点。方法对2009--2012年分离于吉林省HFMD病例的70株EV—A71分离株的VPl编码区进行逆转录．聚合酶链反应,然后对扩增产物进行核苷酸序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4．0软件分析VPl区氨基酸位点的变异特征以及基因亲缘关系。结果2009--2012年在吉林省分离到的70株EV—A71均属于C4a基因亚型,其中69株与2008年安徽阜阳的分离株亲缘关系最近,并且这69株病毒在VPl编码区第22位氨基酸位点均由谷氨酰胺转变为组氨酸（Q—H）,与2008年安徽阜阳株一致。结论引起2009-2012年吉林省HFMD流行的EV-A71可能：来源于安徽阜阳流行株延续传播。     

河北省2010-2015年重症手足口病流行特征及时空聚集性分析

目的 了解河北省2010-2015年重症手足口病(HFMD)流行特点及时空聚集性.方法 收集河北省2010-2015年HFMD监测数据,描述重症HFMD流行病学特征,应用GeoDa l.8.10进行空间自相关分析,SaTScanTM9.4.2进行时空聚集性分析,ArcGIS 10.2软件绘制专题地图进行结果可视化展示.结果 河北省2010-2015年共报告重症HFMD病例3641例,平均重症率0.85/105,其中2010年重症率最高(2.49/105),疫情波动呈“大小年”现象,5-7月发病高峰,季节分布明显,总体呈下降趋势.专题地图及空间自相关分析显示,各县区HFMD重症率差异较大,地区聚集性明显(Moran’sI＞0,P＜0.05).局部自相关分析显示,高值聚集区随时间变化较大,主要分布在河北省的中部和南部的部分地区.时空扫描分析确证,河北省南部邢台地区(隆尧县为中心,方圆60.96公里,20个区县)为最大可能聚集区(RR=38.08,LLR=1267.00,P＜0.001);次级高发聚集区集中在省会石家庄西北部(14个县区,RR=12.35)、沧州(16个,RR=11.35)、廊坊(8个,RR=44.04)和承德(17个,RR=10.32)等地区,其发病风险RR均在10以上,聚集时间主要集中在2010-2012年5-8月.2013-2015年重症数下降明显,唐山、邯郸、张家口和保定的大部分地区为低发聚集区(RR＜1).另对2207例实验室确诊病例病原构成分析显示,河北省重症HFMD病例仍以EV71(79.70％)感染为主.结论 河北省2010-2015年重症HFMD报告发病率存在时空聚集性,聚集地区主要集中在河北省的中南部地区,但总体疫情呈现波动下降趋势.     

2008-2009年广东手足口病非CA16非EV71肠道病毒株的鉴定及其VP1基因分型研究

目的 探讨2008-2009年广东省手足口病非CAI6非EV71肠道病毒株的流行情况以及毒株型别.方法 从2008-2009年广东省手足口病粪便样本中采用RD细胞和HEp-2细胞分离病毒毒株,待出现细胞病变后收集上清采用RT-PCR进行鉴定.非CA16非EV71毒株再进行VP1测序分析,序列通过BLAST程序鉴定型别,用MEGA4.0软件进行基因进化分析.结果 共分离到22株非CA16非EV71毒株,通过BLAST程序鉴定犁别.2008年9株非CA16、非EV71的毒株有CA2型、CA4、CB3型;2009年13株有EV80、E13、E30、CB5、E24、PV1、CA10、CA6和CA2.各毒株间同源性低,各毒株分别归属CoxA、CoxB、埃可肠道病毒、新型肠道病毒和脊灰病毒组.结论 广东省2008-2009年两年来,手足口病除了CA16和EV71占主导地位外,并不存在其他的优势株,其他型肠道病毒分布比较广,既有CoxA组病毒、CoxB组,也有E13、E24、E30、新型病毒EV80和脊髓灰质炎病毒PV1,儿组病毒伴随流行.     

2008年深圳地区手足口病病原学调查

目的 研究2008年深圳地区手足口病病原体EV71和CoxA16感染情况,为手足口病的防治提供依据.方法 应用RT-PCR技术检测307例手足口病患儿标本病原体EV71、CoxA16基因,将PCR产物测序,并应用ChstaIW2在线分析软件进行序列分析、进化树分析.结果 不同标本中EV71的阳性率分别为:大便标本24.4%(75/307)、咽拭子为7.8%(24/307)、外周血12.5%(1/8);CoxA16的阳性率分别为,大便13.8%(28/203),咽拭子11.0%(20/181),其中EV71和CoxA16同时为阳性的有3份(0.98%);脑脊液标本未检测到EV71和CoxA16.与标准株BrCr序列比对分析,测序的14例标本中,8例的EV71新出现多个位点变异,其中2例标本的A2528G变异导致氨基酸改变,即N595D,1例标本的A2714G变异引起氨基酸改变,即1658V.进化树分析显示,有2例标本的病毒株与anhui毒株亲缘关系较近,与标准株BrCr及深圳株SHH02-6、SHZH02-40、SHZH03-58等亲缘关系较远;而其余12株与上述毒株亲缘关系较远.根据文献报道的EV71基因分型方法分析,测序的14株EV71基因型为C型.结论 在引起2008年深圳手足口病病原体中相当的比例是EV71,且可能部分是anhui病毒株的入侵.     

Molecular epidemiology analysis of enterovirus 71 strains isolated in Dak Lak,Vietnam, 2011-2016

Human enterovirus 71 (EV71) is the major etiologic agent of hand, foot, and mouth disease (HFMD). EV71 outbreaks have been reported in Dak Lak in recent years, however, the genotypes/subgenotypes information and phylogeny of circulating EV71 strains are limited. The objectives of this study were to determine the genotypes/subgenotypes and investigate the phylogeny of EV71 isolates in Dak Lak over a 6-year period. Viruses were isolated from clinical samples from patients with HFMD. In total, 43 EV71 isolates circulated in Dak Lak during 2011-2016 were used for the phylogenetic analysis using complete VP1 gene. The phylogenetic analysis of the VP1 gene revealed that two major genotypes, B and C, were found. Among the 43 EV71 strains, 29 belonged to subgenotype C4, 2 belonged to subgenotype C5, and 12 belonged to subgenotype B5. Of these, the subgenotype C4 was predominant in 2011-2013 and this was later replaced by the subgenotype B5 in 2014. The subgenotype B5 was dominant between 2014 and 2015, and then C4 recirculated in 2016. Our study also indicated that the subgenotypes C4 and B5 emerged into Dak Lak were closely related to variants causing epidemics of HFMD in the southern and central region of Vietnam and Thailand. Sequence analysis showed that nine amino acid mutations were detected in the VP1 region. Our results identified two significant amino acid substitutions (D31N and E145G/Q) associated with enhancing EV71 virulence.     

青海省分离到肠道病毒71型及其VP1区基因特征分析

目的 研究2008年青海省手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）的致病病原体中肠道病毒71型（Human Enterovirus 71,HEV71）的VP1区基因特征.方法 采集青海省HFMD患者的粪便、疱疹液和咽拭子标本共335份,并进行病毒分离,然后对阳性分离株病毒进行肠道病毒血清型别的分子定型.对分离到的HEV71阳性分离株进行VP1编码区基因扩增,核苷酸序列测定和同源进化分析.结果 在335份临床标本中,共分离到45株阳性病毒分离物,其中30株鉴定为HEV71（占66.7%）,是主要病原体.对30株HEV71进行VP1区核苷酸序列测定后,分析发现它们在VP1区核苷酸水平和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别在95.2%～100.0%和96.6%～100%之间.它们与1998年以来在我国分离的HEV71在核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高.与其他35株各基因型和基因亚型的HEV71代表株构建的亲缘进化树中显示,青海省HEY71分离株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型C4a进化分支.结论 青海省从HFMD病例中分离到HEV71,也确认了青海省HFMD的病原体HEV71流行株的基因型为C4基因型中的C4a进化分支,并且存在多个传播链.