非模式植物蛋白质组学研究进展

蛋白质组学研究是对基因组学研究的重要补充,它是在蛋白质水平定量、动态、整体性研究生物体。该文简要介绍了蛋白质组学的含义,蛋白质组学及植物蛋白质组学产生的科学背景,蛋白质组学的研究内容。概述了非模式植物蛋白质组学的研究进展,主要包括非模式植物个体及群体蛋白质组学,组织和器官蛋白质组学,亚细胞蛋白质组学,响应环境变化的蛋白质组学以及非模式植物生物环境因子的蛋白质组学的研究情况,同时对植物蛋白质组学的发展前景进行了展望。     

植物膜蛋白质组学研究技术现状

植物膜蛋白质组学是当前植物科学研究的热点领域。本文概论了蛋白质组学在植物膜蛋白研究中的应用,包括双向电泳前膜蛋白样品的制备以及植物质膜、液泡膜和其他膜蛋白组分的蛋白质组学研究进展,并介绍了植物膜蛋白质组学相关的数据库,最后对其发展作了展望。     

蛋白质组学在植物逆境胁迫研究中的进展

蛋白质组学是后基因组时代研究的热点领域之一,自从蛋白质组这个概念被提出以来,其研究一直受到广泛关注,其研究技术也有了极大地进步。植物时刻都面临各种非生物胁迫,包括干旱、冷、盐、金属等,在长期进化过程中,植物形成独特的机制来响应逆境,然而目前对于植物如何适应逆境的分子机制尚未完全阐明。因此蛋白质组学作为一种强有力的研究技术手段,将为研究植物响应胁迫的分子机制提供理论支撑。介绍了蛋白质组学的产生背景、研究技术手段及植物在各种胁迫条件下的蛋白质组学研究、植物亚细胞器的蛋白质组学研究状况,同时对植物蛋白质组学的发展前景进行了展望。     

植物蛋白质组学的研究进展

植物蛋白质组学的研究取得了重要进展。全面介绍了植物器官蛋白质组、植物组织蛋白质组及植物亚细胞蛋白质组的研究进展。     

植物蛋白质组学研究进展Ⅰ. 蛋白质组关键技术

随着模式植物拟南芥和水稻基因组测序相继完成, 使植物基因组学研究成功迈入到功能基因组学研究的时代。这为蛋白质组学产生及其发展奠定了坚实的基础。文章重点介绍了蛋白质组学的概念、产生背景和蛋白质组学的关键技术。蛋白质组学的关键技术包括双向电泳、高效液相色谱、蛋白芯片、质谱技术、蛋白质组学的相关数据库、定量蛋白组技术、蛋白复合体标签亲和纯化技术和酵母双杂交系统。同时对当前蛋白质组技术面临的挑战和发展前景进行了讨论。     

高通量植物蛋白质组学研究方法

模式植物拟南芥和水稻的基因组测序,使得大规模、高通量的研究方法在基因组和蛋白质组研究中日趋重要。本文综述双向电泳、质谱、蛋白质微阵列、抗体、酵母双杂交系统以及一些新型高通量方法研究进展及其在植物蛋白质组研究中的应用。     

水稻蛋白质组学研究进展

蛋白质组是一个基因组所表达蛋白质的总称,研究内容包括蛋白质基本氨基酸序列的鉴定到相关性状、修饰、功能及不同类型蛋白分子相互作用等等。本文简要介绍了蛋白质组学的产生背景,以及主要研究技术包括双向电泳(2D-PAGE)质谱、蛋白质芯片、酵母双杂交,并重点介绍了近期水稻蛋白质组学应用研究进展。     

放线菌蛋白质组学研究进展

蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,蛋白质组学旨在阐明生物体全部或部分蛋白质在生命活动中的作用和功能。随着组学理论基础和技术方法的逐渐成熟,蛋白质组学的研究被提高到了前所未有的高度。放线菌与人类的生产和生活关系极为紧密,是产生抗生素和酶制剂的主要来源。近130多年的放线菌系统学研究和2001年模式菌株的全基因组测序,为功能基因组研究奠定了基础。与先前的基因组学和转录组学相比,放线菌蛋白质组学能更直接、更准确地解释生命现象,得到了快速发展,并受到研究者的高度关注。近年来放线菌蛋白质组学的研究主要包括复杂形态分化和发育过程、非凡的环境适应能力、与植物共生固氮、代谢机理及特殊功能、病原放线菌致病性和筛查天然产物等几个方向,为进一步促进放线菌蛋白质组学发展奠定了基础。     

水稻蛋白质组学研究

水稻是全球最重要的粮食作物之一,目前水稻基因组精细图谱已得到全面解析,运用以双向电泳和质谱分析为主的蛋白质组技术平台对水稻各种组织器官进行蛋白质组学研究也取得了诸多进展,对水稻蛋白质组研究背景,技术路线及取得的进展进行了介绍,并对水稻蛋白质组的发展作了展望。     

植物蛋白质组学研究进展

植物结构蛋白质组学研究目的在不断变化。早期旨在比较不同基因型和株系,估测系统发育距离。随后是用蛋白N端Edman测序法或氨基酸分析法鉴定蛋白。如今,应用双向凝胶电泳和质谱法,已能联手成功地解决蛋白分离和鉴定问题。这将有助于对不同突变系与野生型作比较和对不同的表达基因鉴定,应用数据库和作图软件有可能获得功能蛋白构象。     

植物蛋白质组学面临的挑战和前景

目前功能基因组研究开展得如火如荼 ,蛋白质组研究是阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物功能 ,而植物蛋白质组研究是 2 1世纪整体细胞生物学最重要的内容 ,将为医药、农业和工业的革新提供崭新的思路。当前主要的研究手段为双向凝胶电泳、双向高效柱层析、质谱分析和生物信息学     

蛋白质组技术在鼠胚胎早期发育研究中的应用

人类基因组大规模测序,揭示基因组精细结构的同时,还显示出基因数量的有限性和结构的相对稳定。随分析仪器和生物技术的飞速发展,创立了与基因组相对应的蛋白质组学,将精力集中于从生命功能的执行体---蛋白质水平研究基因的表达及功能。生殖技术的研究已取得了惊人的进展,但人们对生殖尤其是人类生殖的分子机制了解仍很贫乏。鼠胚胎发育过程蛋白质组的研究,为了解人类生殖健康和疾病发生的机制提供了有意义的资料 。     

小鼠晶体蛋白质组的双向电泳和质谱鉴定研究

目的应用双向电泳和质谱技术研究5周龄小鼠晶体蛋白质组。方法提取小鼠晶体总蛋白,进行固相pH梯度（IPG）等电聚焦双向电泳,胶体考马斯亮蓝R-250染色,使用PDQuest7．30图像分析软件分析电泳图像。选择主要蛋白点胶上酶解,应用基质辅助激光解析电离飞行时间／飞行时间（MALDI—TOF／TOF）仪器进行串联质谱（MS／MS）鉴定。结果上样量为882μg和190μg时,分别检测370±41蛋白点（n=3）和57±5个蛋白点（n=3）。高上样量能够较好地分离晶体低丰度蛋白,如念珠状纤维结构蛋白BFSP;低上样量可很好地分离高丰度蛋白-晶体蛋白（包括αA、αB;βA1～βA4;βB1～βB3;γA～γF和γS等）。质谱鉴定得到1种细胞骨架蛋白和16种高丰度晶体蛋白。结论双向电泳和质谱技术有效考察了晶体总蛋白质,为分析白内障形成过程中蛋白质的表达改变提供了新的方法和途径。     

驱除侵袭大质粒pINV对福氏2a志贺氏杆菌2457T影响的比较蛋白质组学研究

将福氏志贺氏杆菌2a 2457T及其驱除侵袭大质粒pINV的菌株培养至对数生长中期,制备了全细胞蛋白质。用双向电泳分离两种细胞蛋白质混合物并进行比较,找出差异点,这些点经过胶内酶切后进行MALDI_TOF质谱鉴定。每个蛋白质点的肽指纹图谱都在福氏志贺氏杆菌2a 2457T株的蛋白质数据库用Mascot进行检索,共发现了10个差异表达的蛋白质。结果显示驱除大质粒后几个参与核酸代谢途径的酶表达量有所上升。其中胞啶/脱氧胞啶脱氨酶、嘌呤核苷磷酸化酶和尿嘧啶核苷磷酸化酶表达量的上升可能造成尿嘧啶和尿（嘧啶核）苷合成的增加。     

A modified Coomassie Brilliant Blue staining method at nanogram sensitivity compatible with proteomic analysis

A more sensitive and convenient Coomassie Brilliant Blue (CBB) staining method for visualizing proteins was developed. Compared with the modifications include the supplement of 10% (v/v) methanol into the fixing solution, an increase of an additional sensitization step and CBB raised from 0.1 to 0.125%. The improved method can detect proteins at nanogram level. The improved method is more sensitive than Blue Silver and more convenient than the Silver protocol. Mass spectrometry results confirmed that it is suitable for subsequent proteomic research.     

Proteome comparative analysis of gynogenetic haploid and diploid embryos of goldfish (Carassius auratus)

Recently, it was found that in the gynogenetic haploid and diploid embryos of goldfish, which have exactly the same genome, the haploid condition results in obstruction of gene expression and abnormal development while the diploid embryos have normal gene expression and development. A diploid-dependent regulatory apparatus was proposed to regulate gene expression. To study the difference at the protein expression level of the embryos of haploid and diploid in development, we extracted the total proteins of both the gynogenetic haploid and diploid embryos of goldfish in the same eye formation stage. Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis was used to separate proteins. The stained gel images were analyzed with the PDQUEST software. A part of protein spots that were differentially expressed in haploid and diploid embryos were identified by matrix assisted laser desorption/ionisation-time of flight-mass spectrometry and database analysis. Sixteen protein spots that were absolutely different (only expressed in diploid embryos but not in haploid embryos or vice versa) and 16 protein spots that were up- and downregulated were identified unambiguously, which include some proteins that are correlative with eyes development, nerve development, developing regulation, cell differentiation, and signal transduction. The different significantly gene expression during embryos developing between diploid and haploid is demonstrated.     

蛋白质组分析技术进展

蛋白质组是指某一物种、个体、器官、组织、细胞乃至体液在精确控制其环境条件之下,特定时刻的全部蛋白质表达图谱。继基因组之后,综的研究即将成为分子生物学的研究热点,蛋白质组研究中常用分离分析技术包括样品制备,双向凝胶电泳,毛细管电泳,色谱技术和质谱技术。双向凝胶电泳是在较短时间内分离大量蛋白质组分,提供足够分离空间的比较成熟的方法。各种分离技术的连用和分析过程的自动化将是蛋白质组研究技术的发展方向。     

Proteome analysis of hepatocellular carcinoma cell strains, MHCC97-H and MHCC97-L, with different metastasis potentials

To better understand the mechanism underlying hepatocellular carcinoma (HCC) metastasis and to search for potential markers for HCC prognosis, differential proteome analysis on two HCC cell strains with high and low metastatic potentials, MHCC97-H and MHCC97-L, was conducted using two-dimensional (2-D) gel electrophoresis followed by matrix-assisted laser desorption/time of flight mass spectrometry and liquid chromatography ion trap mass spectrometry. Image analysis of silver-stained 2-D gels revealed that 56 protein spots showed significant differential expression in MHCC97-H and MHCC97-L cells (Student's t-test, P < 0.05) and 4 protein spots were only detected in MHCC97-H cells. Fourteen protein spots were further identified using in-gel tryptic digestion, peptide mass fingerprinting and tandem mass spectrometry. The expressions of pyruvate kinase M2, ubiquitin carboxy-terminal hydrolase L1, laminin receptor 67 kDa, S100 calcium-binding protein A4, thioredoxin and cytokeratin 19 were elevated in MHCC97-H cells. However, manganese superoxide dismutase, calreticulin precursor, cathepsin D, lactate dehydrogenase B, non-metastatic cell protein 1, cofilin 1 and calumenin precursor were down-regulated in MHCC97-H cells. Intriguingly, most of these identified proteins have been reported to be associated with tumor metastasis. The functional implications of alterations in the levels of these proteins are discussed.     

N+注入引起向日葵蛋白质组变异研究初报

低能离子注入可以引起生物DNA分子结构的变异,但用蛋白质组学方法对低能离子注入后所引起的蛋白质诱变效应的研究尚缺乏文献报道。以向日葵种子为实验材料,对N 注入后种子的蛋白质组进行了初步分析,共获得369个蛋白质点,其中包括对照种子中的8个特异点和处理种子中的4个特异点。这些特异点的分子量在15～34ku之间。通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定发现对照种子蛋白质中的No.29特异蛋白与MADS盒转录因子HAM59有23．48％的匹配率。处理种子中的No．279特异蛋白与亮氨酸拉链蛋白的同源蛋白HAHB-4有23.20％的匹配率。