凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症病虾与健康虾肠道优势菌群比较分析

为研究急性肝胰腺坏死综合征(Acute hepatopancreatic necrosis syndrome,AHPNS)病原对凡纳滨对虾肠道菌群的影响,获取更多的AHPNS防治基础资料,采用PCR-RFLP方法比较了江苏地区患AHPNS病虾和健康对虾肠道微生物群落。结果发现,不同生长阶段病虾肠道中均只有弧菌属细菌;对照的健康对虾中,幼虾肠道优势菌为假单胞菌属、食酸菌属和固氮螺菌属细菌;养殖中期对虾肠道优势菌为发光杆菌属、弧菌属和希瓦氏菌属细菌;养殖后期对虾肠道优势菌为弧菌属、红杆菌属、莱茵海默氏菌属细菌。研究结果表明,凡纳滨对虾患AHPNS后肠道微生物群落明显不同于健康对虾,肠道菌群多样性遭到破坏,弧菌为肠道内绝对优势细菌,不同生长阶段健康对虾的肠道优势菌存在差异。本研究探究了AHPNS病原对于凡纳滨对虾肠道菌群的影响,并为认识和防控AHPNS提供试验基础。     

人工养殖对虾肠道内可培养细菌数量及组成分析

为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表明这些优势菌分别属于乳球菌属(Lactococcus sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、发光杆菌属(Photobacterium sp.)、希瓦氏菌属(Shewanella sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微小杆菌属(Microbacterium sp.)。凡纳滨对虾和中国明对虾均有样品检测为WSSV阳性,6批次WSSV阳性对虾样品中均检测到弧菌属细菌,占可培养细菌比例为33%~93.58%。2批次WSSV阳性对虾样品中检测到希瓦氏菌属细菌,占可培养细菌比例为21.67%~34.21%。4批次WSSV阳性对虾样品中检测到发光杆菌属细菌,占可培养细菌比例为21.03%~66.83%。     

养殖密度对墨吉明对虾肠道和生物絮团菌群的影响

运用Miseq高通量测序技术，分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中，高密度组的丰富度和多样性均最高，丰富度随放养密度的增大而增加，而在生物絮团菌群中，高密度组的丰富度最低；在门水平上，肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主，但丰度差异较大；在属水平上，优势菌属的组成和所占比例明显不同，梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在，Coccinimonas仅在絮团样本中存在；肠道样本中，中密度组弧菌属的相对丰度最小，为5.23%，高密度组弧菌属的相对丰度最大，为23.39%，絮团样本中，低密度组弧菌属的相对丰度最大，为16.15%，中、高密度弧菌属的相对丰度均较小，分别为5.51%和4.20%；随养殖密度增大，肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小，分别为1.36%、0.41%、0.02%，而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见，生物絮团养殖模式下，养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。     

白斑综合征病毒与凡纳滨对虾肠道菌群区系之间关系的初步研究

比较了同一养殖池中的感染白斑综合征病毒(WSSV)和未感染WSSV的凡纳滨对虾的肠道菌群,旨在探讨对虾肠道菌群与机体健康状态之间的关系。感染WSSV对虾肠道的细菌总数为1.06×106CFU/尾,显著高于未感染WSSV的对虾(1.78×105CFU/尾;P<0.05),且其肠道中的细菌分别属于弧菌属、气单胞菌属、海水球菌属、盐水球菌属和乳酸杆菌属;染WSSV的对虾(P<0.05),气单胞菌的比例显著的低于感染WSSV的对虾(P<0.05);盐球菌所占的比例两者之间差异不显著。结果显示,两种对虾在肠道菌群组成和细菌组成和细菌数量上存在显著的差异,初步表明对虾肠道菌群区系和机体的健康状态密切相关。     

大弹涂鱼肠道细菌学分析

对大弹涂鱼肠道菌群数量和种类组成进行了分析.从其肠道中分离出102株细菌,它们分别属于哈夫尼亚菌属(Hafnia)、发光杆菌属(Photobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、致病杆菌属(Xenorbabdus)、柠檬酸菌属(Citrobater)、假单胞杆菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、弧菌属(Vibrio)、葡萄球菌属(Staphyolcoccus)和链球菌属(Strooptococus);其中哈夫尼亚菌属、发光杆菌属、气单胞菌属和芽孢杆菌属为优势菌群.     

白斑综合征病毒与凡纳滨对虾肠道菌群区系之间关系的初步研究

比较了同一养殖池中的感染白斑综合征病毒(WSSV)和未感染WSSV的凡纳滨对虾的肠道菌群,旨在探讨对虾肠道菌群与机体健康状态之间的关系。感染WSSV对虾肠道的细菌总数为1.06×106CFU/尾,显著高于未感染WSSV的对虾(1.78×105CFU/尾;P<0.05),且其肠道中的细菌分别属于弧菌属、气单胞菌属、海水球菌属、盐水球菌属和乳酸杆菌属;染WSSV的对虾(P<0.05),气单胞菌的比例显著的低于感染WSSV的对虾(P<0.05);盐球菌所占的比例两者之间差异不显著。结果显示,两种对虾在肠道菌群组成和细菌组成和细菌数量上存在显著的差异,初步表明对虾肠道菌群区系和机体的健康状态密切相关。     

海藻希瓦氏菌感染对半滑舌鳎肠道菌群结构及相关功能基因表达的影响

[目的]明确海藻希瓦氏菌(Shewanella algae)感染对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构及相关功能基因表达的影响,揭示肠道菌群和肠道组织相关功能基因在疾病发生及免疫应答过程中的作用机制.[方法]以致病性海藻希瓦氏菌人工感染半滑舌鳎后,采用16S rDNA高通量测序技术探究其肠道菌群组成结构的变化情况,并利用实时荧光定量PCR检测分析半滑舌鳎肠道组织中参与疾病发生和免疫应答相关功能基因的表达规律.[结果]共测序获得118657条有效序列,按97%的序列相似度聚类后得到6732个OTUs.Alpha多样性分析结果显示,Shannon指数和Chao1指数以感染前(CG)的健康半滑舌鳎最高,在感染后12 h(12hpi)最低;感染海藻希瓦氏菌前后半滑舌鳎肠道优势菌门无明显变化,但不同类群的相对丰度发生变化.在属水平上,Elizabethkingia、曼噬甲壳菌属(Chitin-ophaga)、Brevinema、苯基杆菌属(Phenylobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Marivita和雷尔氏菌属(Ralstonia)的相对丰度在CG半滑舌鳎肠道菌群组成中占比最高,希瓦氏菌属(Shewanella)、Petrimo-nas、Proteiniphilum和Aminobacterium的相对丰度在12hpi的占比最高,食酸菌属(Acidovorax)、芽孢杆菌属(Bacillus)和弧菌属(Vibrio)的相对丰度在感染后24 h(24hpi)的占比最高.半滑舌鳎肠道组织相关功能基因的表达变化表现为:果糖二磷酸醛缩酶A基因(ALDOA)的相对表达量在24hpi时显著高于CG(P<0.05,下同);磷脂酶B1基因(PLB1)、热休克蛋白70 kD蛋白1A基因(HSPA1A)、组氨酸三聚体核苷结合蛋白1基因(HINT1)和γ谷氨酰转移酶1基因(GGT1)的相对表达量显著高于CG和24hpi;海藻糖酶基因(TREH)的相对表达量在12hpi时显著低于CG和24hpi.[结论]半滑舌鳎感染海藻希瓦氏菌后其肠道菌群多样性降低、菌群结构发生变化,肠道组织中免疫功能相关基因(HSPA1A和HINT1)及代谢功能相关酶类基因(ALDOA、PLB1、GGT1和TREH)呈差异表达,说明海藻希瓦氏菌感染引起半滑舌鳎肠道微生态紊乱,且肠道组织中免疫功能相关基因和代谢功能相关酶类基因分别参与机体的免疫应答及疾病发生过程.     

高通量测序在罗氏沼虾抗病力比较中的应用

为了比较4个罗氏沼虾抗病选育群体(A、B、C、D)的抗病性能,对4个罗氏沼虾选育群体和1个非选育群体(E)进行了溶藻弧菌肌肉注射感染试验,运用高通量测序方法比较不同罗氏沼虾群体间感染组和对照组肌肉组织中弧菌的变化情况,根据感染成活率的差异性,分析其中3个罗氏沼虾群体(A、C、E)肠道组织和养殖水体的菌群多样性。结果表明:肌肉组织样品中微生物主要分为6个门,其中厚壁菌门占绝对优势,次优势门为变形菌门,软壁菌门和酸杆菌门的含量相对较低;各感染组芽孢杆菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属的含量都高于对照组,而乳球菌属、乳酸杆菌属的含量明显低于对照组;肠道组织和养殖水体中微生物主要分为3个门,分别是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;基于不同罗氏沼虾群体肌肉组织中不同时间段内溶藻弧菌的含量,5个群体的抗弧菌感染能力分别为ABEDC,与感染成活率结果一致。综上,罗氏沼虾体内的菌群结构和养殖水环境密切相关,但相对独立;芽孢杆菌和类芽孢杆菌的含量差异可能是造成A群体和C群体感染成活率差异显著的原因。     

凡纳滨对虾不同养殖模式下微生物群落结构分析

为了解不同养殖模式对凡纳滨对虾养殖环境微生物多样性和群落结构的影响,利用高通量测序技术,结合生物信息学分析,比较凡纳滨对虾主养模式和鱼-虾混养模式中水体、底泥以及虾肠道微生物的多样性和群落结构。结果显示,无论是物种的多样性水平还是丰富性水平,均是底泥>水>虾肠道,主养池塘底泥和虾肠道样品的物种多样性和丰富性均高于混养池塘。不同样品微生物群落的菌群分布于59个门,其中10个门的丰度>1%,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)属于绝对优势菌群,在混养池塘和主养池塘中均>10%。主养池塘的微生物标志物共有8个类群,分别为双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)等,混养池塘的微生物标志物共有18个类群,分别为蓝色芽殖杆菌属(Gemmobacter)、外硫红螺菌科(Ectothiorhodospiraceae)、外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira)等。通过功能预测及其相对丰度比较,发现主养模式在这些代谢通路中...     

复合免疫制剂对凡纳滨对虾生长及肠道菌群结构影响研究

为探究复合免疫制剂对凡纳滨对虾生长和肠道微生物的影响，在基础饲料中添加0.5%复合免疫制剂为试验组饲喂凡纳滨对虾28 d，以基础饲料为对照组，监测对虾生长情况及肠道菌群变化。结果显示：试验组凡纳滨对虾生长性能与对照组无显著差异（P>0.05），但存活率较对照组显著提高（P<0.05）；在门水平上，两组对虾肠道微生物均以拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主；在属水平上，试验组弧菌属相对丰度在各采样时间点均低于对照组，黄杆菌属相对丰度在第28天低于对照组。综上，复合免疫制剂能增加有益优势菌群丰度，抑制条件致病菌增殖，改善对虾肠道菌群结构的同时，不会对生长产生负面影响。     

投饵与不投饵池塘刺参肠道异养菌区系比较

从2007年6月到2008年5月,对威海市荣成不投饵刺参养殖池塘和青岛市胶南投饵刺参养殖池塘内的刺参肠道内的异养细菌总活菌数的周年变化进行了调查,并分析了刺参肠道内异养细菌的区系组成。结果表明,投饵与不投饵池塘中刺参肠道内活菌的数量随季节总体变化趋势相似,均为春夏季较低,秋冬季较高,但不投饵池塘刺参肠道内活菌数量在0．01水平显著高于投饵池塘。通过对分离得到的菌株鉴定,发现308株细菌分别属于20个属。在投饵和不投饵池塘中,刺参肠道内的优势菌均为弧菌、假单胞菌和芽孢杆菌,但在投饵池塘中,刺参肠道内的弧菌和芽孢杆菌的比例明显高于不投饵池塘,假单胞菌和其他细菌的比例则明显低于不投饵池塘。不投饵池塘刺参肠道细菌Shannon-Wiener多样性指数在夏季明显高于投饵池塘,其他季节差异不明显。从异养细菌的种类组成看,色杆菌属、Endozoicimonas、瑰杆菌属、副球菌属、短杆菌属、Jeotgalicoccus、Glaciecola仅出现在不投饵池塘刺参肠道内,而屈扰杆菌属、希瓦氏菌、八叠球菌属则仅出现在投饵池塘刺参肠道内。     

罗非鱼不同养殖阶段喹诺酮类耐药菌群数量与组成分析

[目的]评估不同养殖阶段罗非鱼肠道及养殖环境中喹诺酮类耐药菌产生的风险,筛选出水产养殖耐药性监测指示菌,为建立科学的水产品耐药防控技术提供参考依据.[方法]选取萘啶酸(第一代)和恩诺沙星(第三代)2种喹诺酮类药物,通过平板计数法统计不同养殖阶段(苗种阶段、中间阶段及上市阶段)罗非鱼肠道及养殖环境(池塘水和底泥)中喹诺酮类耐药菌的数量及耐药率,然后采用高通量测序分析不同养殖阶段喹诺酮类耐药菌群的结构特征及组成变化.[结果]在不同养殖阶段罗非鱼肠道及其养殖环境中的细菌总数相对稳定,罗非鱼肠道的细菌总数维持在4.6×105~1.6×106 CFU/g,池塘水的细菌总数维持在5.2×103~2.1×104 CFU/g,池塘底泥的细菌总数维持在4.8×103~3.2×104 CFU/g.苗种阶段罗非鱼肠道菌群对萘啶酸和恩诺沙星的耐药率均高于中间阶段和上市阶段,分别为34.7%和19.0%.各养殖阶段的罗非鱼肠道及养殖环境优势菌群均以气单胞菌属、埃希菌—志贺氏菌属、鲸杆菌属、邻单胞菌属、芽孢杆菌属和肠杆菌属细菌为主.随着养殖阶段的推移,罗非鱼肠道中的气单胞菌属相对丰度呈下降趋势,而鲸杆菌属呈上升趋势;而养殖环境中的菌群结构无明显规律性变化.在罗非鱼肠道及养殖环境喹诺酮类耐药菌群中,埃希菌—志贺氏菌属和气单胞菌属的相对丰度较高,且随着养殖阶段的推移呈不同程度上升趋势.[结论]罗非鱼养殖的耐药风险主要集中在养殖前期阶段,埃希菌属和气单胞菌属是喹诺酮类耐药的主要菌群,应加强不同养殖阶段的饲养管理,减少病害发生以减轻抗菌药物使用带来的风险.此外,可选用埃希菌属和气单胞菌属作为水产养殖细菌耐药性监测的指示菌,实时监控喹诺酮类药物耐药性的产生与传播.     

丁酸梭菌拌料投喂对凡纳滨对虾肠道上皮细胞及菌群结构的影响

【目的】探究在高位池养殖凡纳滨对虾中添加丁酸梭菌对肠道上皮细胞及菌群结构的影响,为对虾健康养殖提供技术支持。【方法】设加菌组和对照组,饲料投喂频次为每天3餐,试验周期设为60 d。加菌组每天早上添加1%的丁酸梭菌拌料投喂,饲喂3 d后停3 d菌剂拌料投喂,以此为1个周期;对照组不添加丁酸梭菌。分别于0和60 d取样测定对虾体重和体长,并取对虾肠道进行组织切片和细菌群落结构分析。【结果】加菌组对虾的终体质量和终体长分别达9.54±0.38 g和9.12±0.12 cm,均显著高于对照组的7.35±0.36 g和8.25±0.10 cm （P<0.05,下同）。加菌组对虾的食物肠道饱满,肠道上色素呈稳定规则的星状结构,而对照组出现空肠现象,肠道上色素呈淡红色,且分散无固定的形态。加菌组对虾的肠道上皮细胞高度可达40 μm,显著高于对照组（10 μm）。在对虾肠道细菌群落结构方面,60 d时,加菌组厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度分别为50.44%和18.62%,显著高于对照组的0.05%和3.05%,而加菌组软壁菌门（Tenericutes）和变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度分别为10.03%和15.69%,显著低于对照组的56.25%和38.23%。在属水平上,60 d时,加菌组梭菌属（Clostridium）和乳杆菌属（Lactobacillus）的相对丰度分别可达22.49%和26.45%,显著高于对照组的5.02%和0.03%,而弧菌属（Vibrio）和Candidatus Bacilloplasma的相对丰度分别为8.16%和9.18%,显著低于对照组的14.39%和55.81%。【结论】通过在饲料中添加1%丁酸梭菌可显著提升对虾生长性能,增加肠道上皮细胞高度,改善肠道菌群结构,促进肠道有益菌生长,抑制有害菌的繁殖。     

饲料中添加壳寡糖对刺参肠壁菌群的影响

为研究饲料中添加壳寡糖对刺参Apostichopus japonicus肠壁菌群的影响,在刺参基础饲料中分别添加0.25%(G1)、0.50%(G2)、0.75%(G3)和1.00%(G4)的壳寡糖,另设对照组(G0),养殖50 d后采集各组刺参幼参(5.03 g±0.03 g)肠壁样品,并采用高通量测序技术分析刺参肠壁菌群结构特征。结果表明:壳寡糖添加组刺参肠壁的细菌多样性和丰度均高于对照组;各组样品肠壁优势菌门均为变形菌门和厚壁菌门;壳寡糖对刺参肠壁菌群组成产生了明显影响,对照组优势菌属为希瓦氏菌属Shewanella,而壳寡糖添加组希瓦氏菌属的相对比例均下降,对照组芽孢杆菌属Bacillus的相对比例较低,而壳寡糖添加组芽孢杆菌属的相对比例均较高或成为优势菌属;1.00%壳寡糖组各类菌属相对比例均较低,高浓度壳寡糖出现抑制现象。研究表明,饲料中添加壳寡糖可提高刺参肠壁细菌多样性和丰度,明显改善刺参肠壁菌群结构。     

池塘鱼菜立体种养系统的微生物群落结构分析

为了解池塘鱼菜立体种养系统中微生物的群落结构特征, 探究池塘鱼菜立体种养系统不同组成之间的相互关系, 采用Illumina MiSeq高通量测序方法对系统不同组成的微生物16S rRNA V3～V4区进行测序,比较分析了水体、底泥、蕹菜Ipomoea aquatica Forsk根际与根表、暗纹东方鲀Takifugu obscures肠道及凡纳滨对虾Litopenaeus vanname肠道微生物群落多样性及差异.结果表明: 池塘鱼菜立体种养系统的6组样品细菌分布于 62 门 1 503 属, 优势菌门包括变形菌门 Proteobacteria (27. 71%)、放线菌门 Actinobacteria (16. 37%)、蓝细菌门Cyanobacteria (16. 05%) 和拟杆菌门Bacteroidetes (10. 07%), 主要优势菌属包括红球菌属Rhodococcus、葡萄球菌属 Staphylococcus、弓形杆菌属 Arcobacter、红杆菌属 Rhodobacter、硫杆菌属Thiobacillus和支原体属Mycoplasma; 水体的优势菌门为放线菌门、变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门, 底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门, 蕹菜根际及根表的优势菌门为变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门, 暗纹东方鲀肠道的优势菌门为厚壁菌门Firmicutes、 Epsilonbacteraeota、蓝细菌门和拟杆菌门, 凡纳滨对虾肠道的优势菌门为放线菌门和变形菌门; 池塘鱼菜立体种养系统中的功能性细菌分布略有不同, 蕹菜根表硝化细菌的相对丰度显著高于水体、鲀肠道和虾肠道 ( P<0. 05), 蕹菜根际反硝化细菌的相对丰度显著高于其他各组 (P<0. 05), 水体和蕹菜根际固氮菌的相对丰度显著高于虾肠道、底泥和鲀肠道 ( P<0. 05).研究表明, 池塘鱼菜立体种养系统的不同组成 (底泥、水体、蕹菜根际与根表、养殖对象肠道) 由于功能不同微生物群落结构存在较大差异, 在蕹菜根际及根表包含有相对丰度较高的硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌, 有助于促进氮循环, 提高系统中氮的利用率, 而养殖对象肠道中既有有益菌也有致病菌属.     

冷鲜鸡冷藏保存过程中菌群结构变化分析

为了探索冷鲜鸡冷藏保存过程中微生物菌群结构的变化,于华东地区一家禽定点屠宰场随机采集25只冷鲜鸡样品,置于4 ℃冷藏保存,在第0、1、3、5、7 天,分别取5只冷鲜鸡,检测挥发性盐基氮、菌落总数、大肠埃希菌数量的变化,并进一步通过高通量测序技术分析菌群结构的变化。结果显示,随着冷藏时间的延长,挥发性盐基氮由5.51 mg·(100 g)^-1 增至29.84 mg·(100 g)^-1(P<0.05),菌落总数、大肠埃希菌总数分别由4.46×10⁶、1.48×10⁶ CFU·g^-1增至1.87×10⁸、5.18×10⁶ CFU·g^-1(P<0.05)。高通量测序分析表明,在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌门,其相对丰度在各个试验组均超过99%,变形菌门的相对丰度随着冷蔵天数的增加而增加,厚壁菌门的相对丰度随着冷藏天数的增加而减少。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏菌属(Escherichia)为主要的优势菌属。随着冷藏天数的增加,在相对丰度大于0.1%的属中,有9个属的相对丰度显著增加,包括肉食杆菌属(Carnobacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、巨球菌属(Macrococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、希瓦氏菌属(Shewanella)等典型的腐败菌;10个菌属的相对丰度显著降低,包括拟杆菌属(Bacteroides)、布劳特氏菌属(Blautia)、肠球菌属(Enterococcus)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和SMB53等典型肉鸡肠道菌属。综上,冷鲜鸡肉的污染微生物起始阶段主要是肉鸡自身携带微生物,而后逐渐演替成腐败菌为优势菌群,导致鸡肉的腐败变质。     

基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构

为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(1%),海水首要优势门为变形菌门(46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(40%)和芽孢杆菌属(10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。     

恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

日本龟蜡蚧肠道微生物多样性分析

采用高通量测序分析日本龟蜡蚧肠道微生物多样性和抗生素处理后肠道菌群的变化。结果表明,日本龟蜡蚧肠道优势菌门分别为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门,共占到总菌门数的85%以上;优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、乳杆菌属(Lactobacillus);用抗生素处理后,寄主为柿树的日本龟蜡蚧肠道微生物优势菌占总菌比例显著下降,其中,拟杆菌属由15.07%下降至10.08%,韦荣氏球菌属由10.32%下降至5.61%。     

不同养殖阶段罗非鱼肠道微生物多样性的动态分析

[目的]动态分析不同养殖阶段罗非鱼肠道微生物的多样性,为科学利用益生菌对罗非鱼肠道和养殖环境中微生态结构进行定向改良提供理论依据.[方法]分别于罗非鱼养殖周期的前期(C1,4月)、中期(C2,6月)和后期(C3,8月)采集罗非鱼肠道样品,以试剂盒提取肠道总细菌DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序,并对肠道微生物进行物种组成差异分析.[结果]各样品测序中Tag数量平均为60694条,测序长度平均为440 bp,OTU Shannon稀释曲线趋于平缓并达到平台期;平均OTU数量排序为C2期(9376.125)>C3期(8591.375)>C1期(6567.667),chao1、ACE、Shannon和npShannon指数也表现出相同规律,但Simpson指数的排序为C2期(0.0405716)C3期>C1期.在各养殖阶段微生物种群数量占2.00%以上有11个门和14个属,优势菌群有所差异,随养殖周期的推移,乳球菌属所占比例逐渐下降,芽孢杆菌属、假单胞菌属和分支杆菌属呈先增后减的变化趋势,梭菌属和邻单胞菌属在养殖前期所占比例最高.此外,不同地区相同养殖阶段的罗非鱼肠道微生物丰度差异标记类群存在一定差异,但也存在相似之处,如养殖前期以栖水菌属最具代表性,中期主要以芽孢杆菌科丰度最高.[结论]不同养殖阶段的罗非鱼肠道微生物组成差异明显,且不同地区相同养殖阶段的罗非鱼肠道微生物丰度差异标记类群也存在一定差异,可能与鱼种来源、养殖环境及饲料有关.因此,生产中应结合实际情况,科学利用益生菌对罗非鱼肠道和养殖环境中微生态结构进行定向改良,切忌盲目使用益生菌.