基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构

为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(1%),海水首要优势门为变形菌门(46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(40%)和芽孢杆菌属(10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。     

海水和淡水养殖凡纳滨对虾肠道和鳃的菌群结构分析

运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。     

凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症病虾与健康虾肠道优势菌群比较分析

为研究急性肝胰腺坏死综合征(Acute hepatopancreatic necrosis syndrome,AHPNS)病原对凡纳滨对虾肠道菌群的影响,获取更多的AHPNS防治基础资料,采用PCR-RFLP方法比较了江苏地区患AHPNS病虾和健康对虾肠道微生物群落。结果发现,不同生长阶段病虾肠道中均只有弧菌属细菌;对照的健康对虾中,幼虾肠道优势菌为假单胞菌属、食酸菌属和固氮螺菌属细菌;养殖中期对虾肠道优势菌为发光杆菌属、弧菌属和希瓦氏菌属细菌;养殖后期对虾肠道优势菌为弧菌属、红杆菌属、莱茵海默氏菌属细菌。研究结果表明,凡纳滨对虾患AHPNS后肠道微生物群落明显不同于健康对虾,肠道菌群多样性遭到破坏,弧菌为肠道内绝对优势细菌,不同生长阶段健康对虾的肠道优势菌存在差异。本研究探究了AHPNS病原对于凡纳滨对虾肠道菌群的影响,并为认识和防控AHPNS提供试验基础。     

拉萨传统乳制品酥油的微生物多样性与开发前景研究

【目的】研究拉萨地区酥油中的主要微生物类群,为酥油的微生物质量安全提供重要数据基础。【方法】本文采用PCRDGGE分子生物学技术从拉萨市15份酥油样品中鉴别出62种细菌和18种真菌。【结果】酥油样品中的优势细菌种群主要为乳球菌属、假单胞菌属、链球菌属及乳杆菌属;优势真菌种群主要为酵母菌,其中44.4%为假丝酵母属、22.2%为亚罗酵母属、11.1%为毕赤酵母属。【结论】酥油中能够产生风味物质的微生物以乳酸菌和酵母菌为主,同时酥油微生物种群中还含有少量粪肠球菌等病原微生物。这些结果对酥油有益微生物资源的开发利用与质量安全防控提供了科学依据。     

青蛤体内细菌菌群组成及致病性弧菌的初步调查

青蛤样品体内需氧平板菌落数为0．16×105～5.7×105个／克。从青蛤体内共分离到168株细菌,大多是革兰氏阴性杆菌。优势菌属是莫拉氏菌属（Moraxella）71株、弧菌属（Vibrio）33株、假单胞菌属（Pseudomonas）19株、气单胞菌属（Aeromonas）16株、其次是微球菌属（Micrococcus）6株、不动细菌属（Acinetobacter）3株和芽抱杆菌属（Bacillus）2株,还有未能鉴定到属的革兰氏阴性杆菌（11株）及传代中死亡的菌株（7株）等。弧菌是海产动物的主要致病菌,可引起蛤类和牡蛎幼体、成体的大批死亡。在青蛤体内共检得弧菌33株,溶藻弧菌（Vibrioalginolyticus）15株、创伤弧菌（Vvulnificus）9株、拟态弧菌（V．mimicus）2株和河弧菌（V．fluvialis）1株、弧菌I（VibrioI）4株、弧菌Ⅱ（VibrioⅡ）2株。上述弧菌在夏季分离到,冬季未检出,这些弧菌也是人的致病菌,在夏季人们如食用了生的或未经煮熟的青蛤,易发生食物中毒,应予以重视。     

青蛤体内细菌菌群组成及致病性弧菌的初步调查

青蛤样品体内需氧平板菌落数为0．16×105～5.7×105个／克。从青蛤体内共分离到168株细菌,大多是革兰氏阴性杆菌。优势菌属是莫拉氏菌属（Moraxella）71株、弧菌属（Vibrio）33株、假单胞菌属（Pseudomonas）19株、气单胞菌属（Aeromonas）16株、其次是微球菌属（Micrococcus）6株、不动细菌属（Acinetobacter）3株和芽抱杆菌属（Bacillus）2株,还有未能鉴定到属的革兰氏阴性杆菌（11株）及传代中死亡的菌株（7株）等。弧菌是海产动物的主要致病菌,可引起蛤类和牡蛎幼体、成体的大批死亡。在青蛤体内共检得弧菌33株,溶藻弧菌（Vibrioalginolyticus）15株、创伤弧菌（Vvulnificus）9株、拟态弧菌（V．mimicus）2株和河弧菌（V．fluvialis）1株、弧菌I（VibrioI）4株、弧菌Ⅱ（VibrioⅡ）2株。上述弧菌在夏季分离到,冬季未检出,这些弧菌也是人的致病菌,在夏季人们如食用了生的或未经煮熟的青蛤,易发生食物中毒,应予以重视。     

16S rDNA文库法分析草鱼肝胰脏和胆汁细菌群落组成

利用16S rDNA文库随机测序法分析了草鱼肝胰脏和胆汁细菌菌落组成,结果表明,在肝胰脏中共鉴定出19种共生细菌,分别隶属于气单胞菌属、假单胞菌属、摩根菌属、不动杆菌属、弧菌属和变形杆菌属。气单胞菌属和假单胞菌属为优势属,气单胞菌属的丰度为36.17%,假单胞菌属为31.91%。其中,气单胞菌属的GZ16和假单胞菌属的GZ9菌株丰度最高,均为12.77%。在胆汁中共鉴定出10种共生细菌,分别隶属于气单胞菌属、假单胞菌属、摩根菌属和变形杆菌属。气单胞菌属和假单胞菌属为优势属,气单胞菌属的丰度为35%,假单胞菌属为27.5%。其中,变形杆菌属的DN1菌株丰度最高,为25%。肝胰脏中只有10.5%的细菌群落与胆汁的细菌群落相似,胆汁中只有20%的细菌群落与肝胰脏相似,表明草鱼肝胰脏和胆汁有各自特有的共生细菌群落。本研究结果,为进一步探讨肝胰脏和胆汁共生细菌的生理功能,以及细菌与宿主草鱼之间的协同进化提供了基础。     

投饵与不投饵池塘刺参肠道异养菌区系比较

从2007年6月到2008年5月,对威海市荣成不投饵刺参养殖池塘和青岛市胶南投饵刺参养殖池塘内的刺参肠道内的异养细菌总活菌数的周年变化进行了调查,并分析了刺参肠道内异养细菌的区系组成。结果表明,投饵与不投饵池塘中刺参肠道内活菌的数量随季节总体变化趋势相似,均为春夏季较低,秋冬季较高,但不投饵池塘刺参肠道内活菌数量在0．01水平显著高于投饵池塘。通过对分离得到的菌株鉴定,发现308株细菌分别属于20个属。在投饵和不投饵池塘中,刺参肠道内的优势菌均为弧菌、假单胞菌和芽孢杆菌,但在投饵池塘中,刺参肠道内的弧菌和芽孢杆菌的比例明显高于不投饵池塘,假单胞菌和其他细菌的比例则明显低于不投饵池塘。不投饵池塘刺参肠道细菌Shannon-Wiener多样性指数在夏季明显高于投饵池塘,其他季节差异不明显。从异养细菌的种类组成看,色杆菌属、Endozoicimonas、瑰杆菌属、副球菌属、短杆菌属、Jeotgalicoccus、Glaciecola仅出现在不投饵池塘刺参肠道内,而屈扰杆菌属、希瓦氏菌、八叠球菌属则仅出现在投饵池塘刺参肠道内。     

基于宏基因组学的茅台酒酒曲细菌的多样性分析

为了解茅台酒酒曲微生物的菌群组成结构,为其制曲工艺的稳定及质量评估提供理论依据,利用宏基因组学方法分别提取2011—2013年的茅台酒酒曲微生物总基因组 DNA,经 PCR 扩增16S rDNA V4区构建文库并测序,进行茅台酒酒曲细菌群落多样性的研究。结果表明：茅台酒酒曲微生物群落构成较稳定,主要分布于γ-变形菌纲（50％以上）和芽孢杆菌纲（30％以上）,分属于魏斯氏菌属、片球菌属、明串球菌属、糖多孢菌属、欧文氏菌属、真丝菌属、短状杆菌属、鞘氨醇杆菌属、醋酸杆菌属、糖单孢菌属、盐单胞菌属和德库菌属;各年茅台酒酒曲细菌群落结构差异不大。     

东山湾海带养殖区海洋浮游细菌的群落结构变化

对福建省东山湾一处海带养殖区海水中浮游细菌群落进行考察，以了解在海带生长不同阶段海洋浮游细菌的群落结构变化特征。结果表明，在未挂养海带前，海水中的优势浮游细菌为亚硫酸杆菌属细菌，在海带生长的凹凸期、薄嫩期、厚成期、成熟期，海水中优势浮游细菌分别为假单胞菌属、普里斯特氏菌属、假交替单胞菌属、假交替单胞菌属细菌。该研究深化了对海洋细菌与海带相互作用的认识，为海带生长过程中的科学管理提供了理论依据。     

几株石油烃降解菌的研究

对从胜利油田的石油污染土壤中分离出的5株细菌进行降油能力的初步评价发现,石油烃降解率分别为48.7%、43.2%、38.2%、51.4%和39.4%;对这5株菌通过形态特征和生理生化特征进行分类学鉴定发现,5种菌分别属于假单胞菌属、红球菌属、芽孢杆菌、放线菌属和微球菌属。最后研究了这5株菌在不同盐度和pH条件下的生长状况,为石油烃降解菌的应用提供了依据。     

冷却肉中常见腐败细菌的分离与鉴定

细菌的繁殖是造成冷却肉腐败变质的最主要原因,为了对冷却肉进行安全性评价和细菌预测预报技术研究,该文采用平板划线分离方法对普通冷却猪肉中的主要微生物菌群进行了分离筛选和初步鉴定.根据菌落形态、个体形态和生理生化实验等,最终鉴定到科和属.结果发现引起冷却猪肉腐败变质的主要菌群有肠杆菌科、乳酸菌(主要是乳酸球菌)、假单孢菌属、热杀索丝菌属和李斯特氏菌属.     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

西宁地区平菇病原微生物的调查研究

对西宁地区平菇病原微生物的调查研究结果，平菇菌种培养和菌丝发育阶段易污染病原微生物，主要有３属细菌（假单胞菌，芽孢杆菌，黄单胞菌）和１４属真菌（根霉、毛霉、酵母菌、木霉、青霉、曲霉、链孢霉、疣孢霉、轮枝霉、镰刀菌、菌褶头孢霉、白色石膏霉、疣孢褐盘菌、鬼伞）。在子实体形成和成熟采收阶段病原菌蔓延尤甚，给平菇生产造成极大危害。     

海水常见革兰氏阴性病原菌Ⅲ型分泌系统的研究进展

许多革兰氏阴性病原细菌借助细菌的Ⅲ型分泌系统(Type Ⅲ secretion system,T3SS)传递与致病有关的毒性因子和效应子来发挥病原细菌的毒性.副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、迟缓爱德华民菌(Edwardsiella tarda)和嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是海水中3种常见革兰氏阴性病原细菌.这3种细菌不仅广泛引起海水养殖生物的病害,还经常导致人类肠胃炎等其他危害,而Ⅲ型分泌系统也与它们的致病性密切相关.对海水中这3种常见革兰氏阴性病原菌Ⅲ型分泌系统的组成、功能及相关转录调控机制进行了综述.     

家鸽粪便细菌多样性的高通量测序分析及其环境意义

[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系。[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细菌16S rDNA(V3V4)多样性及其环境意义。[结果]3个鸽粪样品共获得大约12万条有效序列,在Cutoff值为0.03水平上进行可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)归类,HP、WB、HH分别有4 215、3 672和2 446个OTU类型,Shannon指数为5.00~6.17;VEN图比较分析表明,3个鸽粪样品中微生物种群组成较为一致,细菌共有13个门、31个纲、55个目、101个科和164个属,以拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)为主,覆盖了92%以上的物种数。优势菌属为Myroides、Pseudomonas、Sphingobacterium、Sporosarcina、Erysipelothrix、Oceanisphaer,约占总类群的48.5%~54.6%,且鸽粪中存在18.1%细菌16S rDNA序列未能归类。鸽粪中存在大量的好氧微生物,约占总类群的52%,然而,仅有11%的厌氧微生物。此外,发现鸽粪中含有Myroides、Sphingobacterium、Pseudomonas、Erysipelothrix、Acinetobacter 5种致病性微生物菌属。[结论]鸽粪中存在高度丰富的微生物多样性,有一定的传播禽类病原微生物的环境风险。     

克氏原螯虾肝胰腺病原菌的分离鉴定和药敏试验

分离并鉴定克氏原螯虾(Procambarus clarkii)致病的疑似病原,并筛选有效内服药物。共鉴定出8种细菌,分别为乙酰外杆菌、费氏柠檬酸杆菌、维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、肺炎克雷伯氏菌、蜂房哈夫尼亚菌、拟态弧菌、鲁氏耶尔森菌。从患病克氏原螯虾肝胰腺中分离的主要病原菌是柠檬酸菌属和气单胞菌属的成员,而不是弧菌。恩诺沙星和氟苯尼考对上述菌有较好的治疗效果。     

台州市入海排污口粪大肠菌群调查

入海排污口水质状况直接影响临近海域的海水质量状况,大肠菌群指数是综合评价城市污水,尤其是生活污水污染的一个重要指标。文章阐述了2011年3月、5月、8月、10月台州市2个入海排污口的粪大肠菌群的监测情况,结果表明：台州市2个入海排污口一定程度上受到了生活污水的污染,对临近海域海水质量状况构成一定的威胁。     

复合生物保鲜剂对冰鲜菊黄东方鲀微生物多样性变化的影响

为探究4种复合生物保鲜剂对冰鲜菊黄东方鲀的作用效果,测定了菌落总数并采用Illumina Miseq高通量测序方法对复合生物保鲜剂处理的菊黄东方鲀肌肉细菌的16S rRNA基因的2个高变区（V3～V4）进行测序分析。结果显示,复合生物保鲜剂A(0.5%茶多酚+0.2%乳酸链球菌素+0.3%溶菌酶)可使菊黄东方鲀贮藏期间的菌落总数显著降低（P <0.05）。冰鲜18 d时的细菌群落多样性最高,表明复合生物保鲜剂A可将菊黄东方鲀冰鲜保存时间延长到18 d或以上。复合生物保鲜剂B(0.5%茶多酚+0.2%乳酸链球菌素)、C(0.2%乳酸链球菌素+0.3%溶菌酶)和D(0.5%茶多酚+0.3%溶菌酶)可将菊黄东方鲀冰鲜保存时间货架期延长至15 d左右。冰鲜条件下菊黄东方鲀肌肉5组15个样品细菌分布于21门187属,优势菌门分别为变形菌门、放线菌门和厚壁菌门,主要优势菌属包括假单胞菌属、无色杆菌属与红球菌属。复合生物保鲜剂改变了菊黄东方鲀肌肉的群落结构,菊黄东方鲀特定腐败菌可能为假单胞菌属。试验结果为后期开展菊黄东方鲀保鲜技术研究提供了理论参考。     

基于PCR-DGGE技术的冷藏牡蛎鳃部菌群分析

应用PCR-DGGE技术研究4℃冷藏期间牡蛎鳃部菌群的动态变化及腐败菌群.直接从牡蛎鳃部中提取细菌总DNA,对细菌的16S rDNA的V3区进行PCR扩增,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分析DGGE微生物指纹图谱.DGGE指纹图谱结果表明,新鲜牡蛎鳃部菌群复杂,随冷藏期的变化菌条带变化明显;整个冷藏期间Lactococcus raffinolactis和Enterobacter sp.为牡蛎鳃部的优势菌,牡蛎冷藏后期腐败的主要菌群为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、气单胞菌属(Aeromonas spp.)、乳球菌属(Lactococcus spp.)、肠杆菌属(Enterobacter spp.)、Weissella confusa和Lactobacillus sakei.