中国不同省份粳稻选育品种的遗传相似性

 【目的】探讨中国不同省份间粳稻选育品种的遗传相似性和遗传差异,为粳稻育种提供参考依据。【方法】利用34对SSR引物对12个省139份粳稻选育品种进行遗传相似性和聚类分析。【结果】共检测到198个等位基因,平均每对SSR引物检测到的等位基因数为5.3235个。RM320、RM531、RM1、RM286和RM336的等位基因数较多,分别为15、12、11、9和9个;RM320、RM336、RM286和RM531的遗传多样性指数较高,分别为2.3324、2.0292、1.8996和1.7820。12个省份间粳稻选育品种的遗传相似性系数范围为0.321～0.914,平均0.686。东北三省、宁夏、云南等纬度相近或生态气候环境相似的省份间粳稻选育品种的遗传相似性较高,而贵州、江苏与其它省份间纬度或生态气候差异较大,其粳稻选育品种的遗传相似性较低。【结论】RM320、RM531、RM1、RM286和RM336等标记适合利用于粳稻选育品种的遗传多样性检测。不同省份间粳稻选育品种的遗传相似性与其亲本的遗传基础有密切相关的同时,与品种选育时所处的纬度和生态气候环境也有一定的相关性。     

粳稻种质资源SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】构建新疆粳稻种质资源的DNA指纹图谱,了解新疆粳稻育成品种的遗传相似性。【方法】利用均匀分布于水稻12条染色体的70对SSR引物,以新疆粳稻育成品种及引进资源为材料,进行遗传多样性分析并构建SSR指纹图谱。【结果】有63对引物具有多态性片段,共检测到388个有效等位基因,平对每对引物6.1587个等位基因;引物平均多态性频率为0.2371。89个材料间的遗传相似系数在0.72～0.88,相似性较高,以0.73为标准,可分为5大群。【结论】新疆粳稻育成品种的遗传背景相似性较高、多样性不够丰富,遗传基础相对比较狭窄,加强新的基因资源鉴定利用及育种材料创制。     

中国不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性研究

【目的】通过对中国旱稻地方品种的遗传多样性检测,分析不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性和遗传差异,为旱稻地方品种在水稻遗传育种中的有效利用提供理论依据。【方法】利用39对SSR引物对来自中国17个省份或地区的158份旱稻地方品种以及20份巴西旱稻种质进行SSR标记多态性、遗传相似性和聚类分析。【结果】在中国旱稻地方品种中共检测到等位基因308个,每对引物等位基因数变异在2—21个,平均等位基因数为7.8974个,其中RM72、RM241、RM232和RM412的等位基因数较多,分别为21、17、16和15个。Nei’s基因多样性指数变异在0.0435—0.8989,平均基因多样性指数为0.6153,其中RM232、RM72和RM241的基因多样性指数较高,分别为0.8989、0.8914和0.8883。籼型旱稻地方品种的平均等位基因数和平均基因多样性指数分别为6.4359和0.6227,而粳型旱稻地方品种分别为6.9744和0.5087。籼型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.4007—0.8959,平均为0.7168,而粳型旱稻地方品种各省份或地区间遗传一致性变异在0.5803—0.9581,平均为0.7643。【结论】籼型旱稻地方品种的基因多样性显著高于粳型旱稻地方品种;各省份或地区间粳型旱稻地方品种的遗传一致性高于籼型旱稻地方品种;各省份或地区粳型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置密切相关,而籼型旱稻地方品种间遗传相似性与地理位置未见相关。     

基于SSR标记的太湖稻区常规粳稻DNA指纹图谱构建及遗传相似性分析

[目的]构建太湖稻区粳稻(Oryza sativa L.Subsp.Japonica)DNA指纹图谱,分析粳稻品种间的遗传相似性,为其育种和种子纯度鉴定提供参考.[方法]以19份太湖地区优质常规粳稻品种为材料,利用分布于水稻12条染色体上的24对SSR引物构建其DNA指纹图谱,并分析其遗传相似性.[结果]24对引物在19份粳稻品种中共检测到99个等位基因,每对SSR引物检测到等位基因1～7个,平均为4.1个.筛选获得能完全区分19份粳稻材料的4对核心引物(RM190、RM18、RM297、RM5414),其在19份粳稻中可扩增获得22个多态性片段;以RM190和RM18区分鉴别粳稻材料的能力最强,可以区别鉴定6个粳稻品种,RM297和RM5414仅能鉴别2个粳稻品种,RM297能鉴别常农粳5号和宁9103,RM5414能区分南粳47和常粳10-9.19份粳稻品种间的遗传相似系数变幅为0.408～0.857,平均为0.605,遗传相似系数在0.500～0.700的材料占81.87％.UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.550处,19份粳稻材料可聚为两大类群;在遗传相似系数0.620和0.570处,两大类群均可分为两个亚群.[结论]太湖地区常规粳稻品种遗传背景相似度高,遗传多样性不够丰富,有待进一步加强引进和利用新的基因资源,创新水稻育种材料.     

中国不同省份籼稻地方品种的指纹图谱分析

【目的】通过对中国不同省份籼稻地方品种的SSR标记多样性分析,为中国籼稻地方品种的指纹图谱构建及其有效保护和利用提供理论依据。【方法】利用78对SSR引物,对中国14个省280份籼稻地方品种进行指纹图谱检测,分析不同省份籼稻地方品种间SSR标记遗传多样性差异、等位基因组成及其出现频率等。【结果】共检测到330个等位基因,每对引物等位基因数为2—12个,平均等位基因数为4.141个。RM336、RM334、RM264、RM297、RM204、RM248、RM444的等位基因数和有效等位基因数较多,分别在6和3以上,且遗传多样性指数较高,在1.4以上。78对SSR引物各等位基因的出现频率变异在0.18%—99.56%,RM338的A等位基因出现频率最高,RM131的E等位基因和RM276的F等位基因出现频率最低。RM338、RM308、RM484、RM29等44对SSR引物的某个等位基因在单个或多个省份籼稻地方品种中出现频率为100%。RM336、RM334、RM264、RM204、RM297、RM248、RM263、RM276、RM444、RM21、RM246和RM258等12对引物在多数省份中均表现为较高的遗传多样性。【结论】上述12对SSR引物适用于中国籼稻地方品种的指纹图谱构建。     

太湖地区24 份杂交粳稻DNA指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用SSR标记对24份太湖地区杂交粳稻品种初步建立了DNA指纹图谱和进行遗传相似性分析.结果表明:24对引物在研究材料中共检测到105个多态性片段,平均每对引物的多态性片段为4.38个.筛选出5对核心引物(RM336、RM72、RM1195、RM19和RM267)建立了24份材料的DNA指纹图谱.24份材料之间的相似系数变化范围为0.69～0.99,相似系数比较大,表明供试材料的遗传基础多样性相对狭窄.在遗传相似系数0.71水平处可以将24份材料分为3个类群.     

宁夏外引水稻种质资源与选育品种遗传多样性分析

【目的】本文探讨了宁夏近几年引进筛选的水稻种质资源及当地选育品种的遗传多样性和遗传相似性,为拓展宁夏水稻遗传基础,丰富水稻遗传多样性提供参考依据。【方法】利用分布于12条染色体上的24对SSR引物对宁夏引进筛选的水稻种质资源和当地自育品种(系)进行了遗传多样性和遗传相似性分析。【结果】参试170份材料中,共检测到112条等位基因,平均每条SSR标记有4.67条等位基因,Nei's基因多样性指数为0.6079,变幅为0.2271~0.7986。将材料按地理来源划分,探讨其亲缘关系,不同地理来源品种间的相似系数介于0.4053~0.8620,平均系数为0.7109。其中东北地区和日本的品种相似系数最大为0.8620,而江苏和南方(以云南为主)的品种间相似系数最小为0.4053。本次所引进的材料与宁夏本区的材料遗传相似系数均较大,尤其东北3省的最大,达到0.8344。【结论】大多数引进资源与宁夏水稻品种的亲缘关系较近,说明宁夏种质资源的遗传多样性虽然有所增加,但遗传基础较为狭窄。在今后水稻种质资源创制利用中,要充分利用引进资源的遗传差异,加大亲本遗传距离,以丰富育成品种的遗传基础。     

粳稻品种(系)SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

利用47对SSR引物所检测出的114个等位基因位点对江苏省大面积种植的48份粳稻品种(系)进行了遗传相似性分析,在47对具有多态的SSR引物中选择其中17对多态性好、带型清晰的SSR引物构建48份粳稻品种(系)的指纹图谱。结果显示,17对SSR引物构建的指纹图谱可以将48份粳稻品种(系)逐一区分开来。48份粳稻品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.65~0.98。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.69处,可将48个粳稻品种(系)分为3类,绝大多数品种(系)都聚为第三类群,说明江苏省大面积种植的粳稻品种(系)的遗传基础相对比较狭窄。     

贵州地方水稻品种“禾”的SSR指纹图谱构建

利用SSR标记对24份"禾"品种进行遗传多样性分析,初步建立了其DNA指纹图谱。从145对SSR引物中筛选出21对多态性引物组合,对所有供试材料进行分析,共检测出73个等位基因,平均为3.4762;平均PIC指数为0.4084,范围在0.1175(RM147)~0.6810(RM336)。应用6对引物(RM20A、RM161、RM253、RM280、RM336和RM495)的组合获得了每个品种的SSR特征带,可以将所有供试材料区分开来,从而建立24份"禾"品种的SSR指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.652处,可将所有材料分为5类,聚类结果表明品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。     

利用SSR标记揭示中国粳稻地方品种遗传多样性

【目的】通过中国粳稻地方品种的遗传多样性分析,阐明各省份粳稻地方品种的遗传结构及其亲缘关系,为中国粳稻杂交育种的亲本选配提供科学依据。【方法】利用43对SSR多态性标记,对原产于中国17个省（市、自治区）的187份粳稻地方品种进行等位基因多样性、遗传结构和聚类分析。【结果】共检测到等位基因351个,每个位点等位基因变幅为2-21,平均每个位点等位基因数为8.2;基因多样性指数变异范围为0.117-0.908,平均为0.550;多态信息含量（PIC）变异范围为0.114-0.902,平均为0.523。在RM72、RM241、RM219、RM412和RM232等位点所检测到的遗传多样性参数值较大。西南、华南、华中粳稻地方品种的遗传多样性明显高于华北和东北地区;云南省粳稻地方品种遗传多样性最丰富,天津和吉林的粳稻地方品种的遗传多样性相对较低。基于Nei’s遗传距离的系统聚类把供试材料分为8个小类群,南方粳稻地方品种主要聚类于第ⅰ、ⅱ、ⅲ、ⅳ和ⅴ等5个小类群,北方粳稻地方品种主要聚类于第ⅵ、ⅶ和ⅷ等3个小类群。基于模型的群体结构分析,供试材料被分为11个亚群,有144份材料被分到相应的11个亚群,其余43份材料被分到混合亚群。【结论】南方稻区粳稻地方品种的遗传多样性明显高于北方稻区,其中西南稻区的粳稻地方品种遗传多样性最为丰富,而云南是粳稻地方品种遗传多样性最丰富的省份。北方与南方粳稻地方品种间存在较大的遗传差异,粳稻地方品种间亲缘关系与地域性存在一定的相关性,这种相关性在北方粳稻地方品种中更为突出。RM72、RM241、RM219、RM412和RM232适合应用于粳稻地方品种的遗传多样性检测。     

Analysis on Genetic Similarity of Japonica Rice Variety from Different Origins of Geography in the World

The genetic similarity and genetic difference among improved japonica rice varieties from different countries （or regions and organizations） were detected. The aim is to provide genetic basis to the breeding of japonica rice varieties. The genetic similarity and cluster of 313 improved japonica varieties from 20 countries （or regions and organizations） were analyzed using the SSR marker. With 34 SSR primers which were polymorphic and uniformly distributed in rice genome, totally 198 alleles were detected among these improved varieties with the average number of alleles per pair of primers of 5.8235. RM320, RM531, RM1, RM21, and RM336 located more alleles, which were 16, 13, 12, 10, and 10 respectively. RM320, RM336, RM286, RM531, and RM21 showed higher genetic diversity indexes, which were 2.3668, 2.0041, 1.9684, 1.9508, and 1.7203, respectively. The genetic similarity for improved japonica varieties among different countries （or regions and organizations） were ranged from 0.279 to 0.918, and the mean value was 0.653. The rice varieties from countries whose latitude and geography position were all nearer were clustered together with higher genetic similarity indexes. The rice varieties from countries who had more different latitude and far geography position were clustered separately with lower genetic similarity indexes. The results indicated the genetic similarity indexes among improved japonica varieties had a close relationship with the geographical position, especially with the latitude.     

Analysis of Genetic Similarity for Improved Japonica Rice Varieties from Different Provinces and Cities in China

To provide a genetic basis for japonica rice breeding, the genetic similarity and cluster of 139 accessions of improved japonica rice varieties from 12 provinces and cities of China were analyzed using 34 SSR markers. Totally 198 alleles were detected among these improved japonica rice varieties with the average number of alleles per pair of primers was 5.3235. RM320, RM531, RM1, RM286, and RM336 showed more alleles, which were 15, 12, 11, 9, and 9, respectively. RM320, RM336, RM286 and RM531 showed higher genetic diversity indexes; which were 2.3324, 2.0292, 1.8996, and 1.7820, respectively. The range of genetic similar index among improved japonica rice varieties from different provinces was from 0.321 to 0.914, with the average of 0.686. There was a high genetic similarity among improved japonica rice varieties from Heilongjiang, Jilin, Liaoning, Ningxia, and Yunnan, which were located in similar latitude or similar ecological environment, while there was a low genetic similarity between improved japonica rice varieties from Guizhou and Jiangsu, and other provinces which were located in more different latitudes and ecological environments. The markers of RM320, RM531, RM1, RM286, and RM336 fit to be used in analysis of genetic diversity for improved japonica rice variety. The genetic similarity among improved japonica rice varieties from different provinces was closely associated with genetic basis of parents, and was also correlated with latitude and ecological environment where the varieties were bred.     

陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建

对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。     

35个粳稻品种SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种(系)的基因组DNA,结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性.有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别,其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别.用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来.35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0.27～0.98.采用类平均法进行聚类分析,在相似系数0.82处,可将35个粳稻品种分为4类.聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种间亲缘关系.