基因芯片法和测序法检测乙肝病毒基因分型的耐药突变比较

目的比较基因芯片法和测序法检测乙肝病毒基因分型及耐药突变基因的一致性。方法采用基因芯片法和测序法对120例慢性乙型肝炎患者血清标本(HBV-DNA1×103 IU/ml)进行检测,比较两种方法检测乙肝病毒基因分型和耐药突变基因的情况。结果 120例慢性乙型肝炎患者血清中,测序法检出B型52例(43.33%)、C型68例(56.67%);基因芯片法检出B型48例(40.00%)、C型64例(53.33%)、B+C混合型4例(3.33%),有4例未能分型(3.33%);测序有54例发生耐药位点突变,突变率为45.00%;基因芯片有58例发生耐药位点突变,检出率48.33%;以共有的耐药位点来统计,基因芯片法的变异检出数稍高于直接测序法,两种检测方法间差异无统计学意义。结论基因芯片法和测序法在同时进行乙肝病毒基因分型和耐药突交基因的检测中,可认为检测结果一致。     

实时荧光PCR探针法和DNA测序法应用于CYP2C9和VKORC1基因检测的对比研究

目的:比较实时荧光PCR探针法和DNA测序法检测细胞色素氧化酶P450(CYP2C9)和维生素K环氧化物还原酶复合体1(VKORC1)基因多态性的一致性,建立适用于临床推广的华法林基因多态性检测的方法。方法:本研究随机收集清远市人民医院20例就诊患者的全血标本,应用实时荧光PCR探针法和DNA测序法检测其CYP2C9和VKORC1基因的多态性,结果运用Excel软件统计并进行比较分析。结果:两种方法对CYP2C9和VKORC1基因多态性的检测结果一致,且实时荧光PCR探针法比DNA测序法更简易、经济、快捷。结论:与DNA测序法相比,应用实时荧光PCR探针法检测CYP2C9和VKORC1基因的突变具有较高的临床应用价值,比较适用于临床检测。     

广西地区β－地中海贫血突变基因的分析

应用聚合酶链反应结合寡核苷酸探针斑点杂交技术，和聚合酶链反应结合双脱氧核苷酸终止法ＤＮＡ测序技术，测定了广西地区５６例β－地中海贫血患者１０５条染色体的β基因突变类型及其频率。结果共检测出９种突变类型，其中ＩＶＳ－Ⅱ－５（Ｇ→Ｃ）是一种新发现的突变类型。如果将广西常见的ＨｂＥ和另一种少见的ＣＯＤＯＮ１４－１５（＋Ｇ）的突变类型计算在内的话，到目前为止，广西共发现有１１种β－地贫穷变类型。研究结果对在广西和邻近地区开展β－地贫的基因分析和产前诊断有一定的参考价值。     

早发型帕金森病DJ-1基因突变的分析

目的:分析广西地区早发型帕金森病(Parkinsion's disease,PD)患者及常染色体隐性遗传早发型帕金森病(autosomal recessive early-onset Parkinsion's disease,AREP)家系患者DJ-1基因外显子的突变特点,探讨DJ-1基因外显子的突变与广西地区PD关系.方法:应用聚合酶链式反应(PCR)、单链构象多态性(SSCP)及DNA测序等技术查找DJ-1基因缺失突变及点突变.结果:45例早发型散发性PD患者和12例分别来自5个常染色体隐性遗传早发型PD家系的DJ-1基因的2～7号外显子全部被成功扩增,未见大片段缺失.产物经SSCP方法和测序检测,未见点突变与缺失突变.结论:DJ-1基因的突变不是广西地区早发型PD患者的发病的危险因素.     

直接测序联合多重连接依赖探针扩增法检测家族性腺瘤性息肉病APC基因胚系突变

目的 研究中国家族性腺瘤性息肉病(FAP)患者APC基因胚系突变的特点.方法 对来自北京、河北、河南、安徽、内蒙古、山西、福建等地区的14个FAP家系先证者用直接测序法进行APC基因突变检测,对突变检测阴性者应用多重连接依赖探针扩增(MLPA)技术进行APE基因大片段缺失检测.结果 14例先证者中9例(64.3%)检测出APC基因微小突变,其中移码突变6例,剪接区突变2例,无义突变1例;2例(14.3%)检测出APC基因大片段缺失,微小突变与大片段缺失的总检出率为78.6%.c.2336-2337insT、c.3923-3929delAAGAAAA、c.532-2A>T和c.4179-4180GAdelinsT等4个微小突变和外显子11、10A缺失、外显子15 start缺失等2个大片段缺失为首次报道.结论 中国FAP患者APC基因的胚系突变类型多样,以移码突变居多,突变位点以第15外显子居多;直接测序法联合MLPA法检测大片段缺失可提高APC基因突变的检出率.     

HRM-非标记探针法检测IL-15基因SNPs方法的建立

目的建立用于检测白细胞介素-15(IL-15)基因单核苷酸多态性(SNP)位点的高分辨率熔解曲线(HRM)-非标记探针的方法。方法采用HRM-非标记探针法及小片段扩增法对80名健康儿童IL-15基因4个SNPs位点进行基因分型,采用基因测序法进行验证并同时与小片段扩增法分型结果进行比较。结果 HRM-非标记探针法与基因测序分型结果一致,准确率为100%;未加入温度内标的小片段扩增法不能区分野生纯合子和突变纯和子。结论 HRM-非标记探针法是对已知SNP位点突变研究的一种廉价、简便、准确的基因分型技术,适合于对已知的SNP位点或基因突变进行分型和检测。     

30例晚期非小细胞肺癌胸腔积液KRAS基因突变的检测

目的通过对合并胸腔积液的非小细胞肺癌(NSCLC)患者胸腔积液KRAS基因的检测,建立非组织来源KRAS检测的替代方法,探讨KRAS突变情况及主要临床病理特征。方法收集30例NSCLC胸腔积液标本,用焦磷酸测序法和锁核酸探针-桑格测序法(LNA-PCR sanger)检测各标本中KRAS突变情况,统计分析KRAS突变与临床病理特征之间的关系。结果焦磷酸测序法检出3例突变,而LNA-PCR sanger测序法则检出6例突变。6例突变中有4例位于第2外显子第12号密码子,2例位于第2外显子第14号密码子。统计学分析KRAS突变与性别、吸烟史、年龄、病理类型及体力状况(PS)评分无关。结论 LNA-PCR sanger测序和焦磷酸测序法均可用于胸腔积液标本KRAS突变检测,可为NSCLC基因检测提供良好的非组织标本替代方法。     

3163例新生儿十五项耳聋基因筛查结果分析

目的 评估杭州地区新生儿的耳聋基因突变情况,为遗传咨询提供参考。方法 回顾性分析2018 年6 月～2019 年6 月在杭州市妇产科医院进行新生儿十五项耳聋基因筛查的标本,共3163 例。使用微阵列芯片杂交法对遗传性耳聋相关的15 个突变位点进行检测,并用Sanger 测序法对有突变位点的样本进行相应确证。结果 在3163 例新生儿中,检测到168 例耳聋基因突变携带者（检测到171 个突变位点）,突变基因携带率为5.31%（168/3163）,其中单杂合突变型158 例,235del C/299del AT 复合突变1 例,235delC 纯合突变1 例、176del 16/538C＞T 双突变1 例,1494C＞T 突变1 例,1555A ＞G 突变7 例。结论 检测的4 个基因15 个突变位点中,以GJB2 基因235delC位点突变最高。本研究丰富了十五项耳聋基因筛查及突变位点携带率流行病学的资料,为杭州地区耳聋的遗传咨询及预防提供依据。     

变性高效液相色谱法检测晚期肺腺癌人类表皮生长因子受体2突变的探索性研究

目的：探索性研究变性高效液相色谱法在检测晚期肺腺癌人类表皮生长因子受体2突变中的应用价值。方法：应用变性高效液相色谱法（denaturing high—performance liquid chromatography,DHPLC）检测了52例晚期肺腺癌患者的血液样本提取的DNA中HER2基因20号外显子的体细胞非移码插入突变,并结合直接测序进行了验证。结果：在对52例晚期肺腺癌患者血清标本提取的DNA检测中,通过野生型样本和未知样本的1：5混合检测,共检出3例HER2基因20号外显子突变,经过DNA测序验证证实均为YVMA非移码插入突变。结论：DHPLC方法可以有效检测出晚期肺腺癌患者血液样本中HER2基因突变基因片段,具有显著应用价值。     

高通量测序技术在先天性上睑下垂家系致病基因检测中的应用价值

目的:探讨应用高通量测序技术检测先天性上睑下垂家系中致病基因的价值。方法:采用高通量测序技术对先证者进行致病基因检测,获取致病基因突变位点,通过Sanger测序对高度可疑的位点进行测序验证。通过Sanger法对家系成员及100例正常对照者进行基因检测。结果:采用高通量测序技术测得先证者上睑下垂相关转录基因FOXL2基因发生c.578A>G错义突变,导致密码子由AAG突变为AGG,第193位的赖氨酸突变为精氨酸。采用Sanger测序法检测发现该家系所有患者均携带FOXL2基因c.578A>G错义突变,但家系中表型正常者及100例正常对照者的FOXL2基因c.578均为野生型,未发现突变。结论:该家系致病基因为FOXL2基因发生c.578A>G错义突变,高通量测序技术可用于先天性上睑下垂基因突变的快速检测,对先天性上睑下垂的产前诊断和遗传咨询有一定意义。