基于附着盘特征量化的眉溪小车轮虫种内研究

研究结合形态学与统计学研究方法,对外寄生于三种不同宿主(鲢、鳙与麦穗鱼)的眉溪小车轮虫Trichodinella myakkae(Mueller, 1937)?rámek-Hu?ek, 1953进行了附着盘特征量化的种内比较研究。研究结果显示:眉溪小车轮虫三种群(鲢种群、鳙种群与麦穗鱼种群)在虫体直径方面的P值为0.136(P>0.05),在附着盘直径、齿环直径和齿体纵长三方面的P值分别为0.009、0.000与0.000(P<0.01);三种群在齿环直径/虫体直径方面的P值为0.000与0.004(P<0.01)。相关性研究结果显示:虫体直径、附着盘直径、齿环直径与齿体纵长两两间均呈显著正相关(P<0.01),缘膜宽与附着盘中其他结构不存在显著相关性(P>0.05)。上述研究结果表明,除虫体直径外,三种群在附着盘直径、齿环直径、齿体纵长,以及齿环直径/虫体直径方面均存在显著差异,其中鲢种群是最大的种群;相关性研究表明,虫体直径主要受附着盘直径的影响,反之亦然;齿环直径主要受齿体纵长的影响,反之亦然;齿体数主要受附着盘大小所影响;缘膜宽则不受附着盘相关结构...     

基于18S rDNA与ITS-5.8S rDNA对 重庆地区网状车轮虫的种内分化研究

本研究基于形态和分子数据对采自重庆地区5个地理株系的网状车轮虫(Trichodina reticulata)进行了比较研究及重描述。研究结果表明,网状车轮虫不同株系表现出不同的表型分化,含形态略有不同的齿体及有或无中央颗粒,因而具有明显的种内形态多样性。不同地理株系网状车轮虫的18S rDNA序列相似度在99.0%~100%之间,遗传距离为0.000~0.008,并在三大变异区(V4、V5与V7)均具一致的二级结构,表明不同株系的18Sr DNA相似度与遗传距离均属种内水平。综合18SrDNA和ITS-5.8S rDNA的变异位点和系统发育对种内分歧的研究分析显示,来自不同地理分布和宿主的网状车轮虫株系皆因相同的变异位点而聚为一枝,以此推断网状车轮虫的种内分化主要受其基因的影响,地理分布与宿主差异等环境影响在目前的种群分化阶段暂未突显。此外,本研究进一步验证了中央颗粒不能作为网状车轮虫的主要鉴别性特征的观点。     

寄生于重庆地区鲢、鳙及草鱼五种外寄生车轮虫的描述

对采自重庆地区寄生于鲢、鳙及草鱼鳃上的5种外寄生车轮虫进行了形态学及分类学研究,其分别隶属于：车轮虫属、小车轮虫属及三分虫属,其中包含1新种和中国2新纪录。即钝圆车轮虫Trichodina obtusiformis sp．nov．,急尖车轮虫T．acuta Lom,1961,显著车轮虫T．nobilis Chen,1963,周丛小车轮虫Trichodinella epizootica（Rabbe,1950）Sramek-Husek,1953和大型三分虫Tripartiella macrosoma Basson ＆ Van As,1987。文中对新种进行了详细的描述并提供了新种及已知种的附着盘银染标本之显微照片及齿体线条图。     

云南地区水生经济动物外寄生车轮虫的研究

在对云南地区淡水车轮虫的调查研究过程中,在几大重要水生经济动物,即泥鳅、鲫、鲤、鳙、斑点叉尾鮰及牛蛙蝌蚪上获得8种外寄生车轮虫。其中车轮虫属4种,即虱性车轮虫Trichodina pediculus、杜氏车轮虫T.domerguei、拟黑色车轮虫T.paranigra和适度车轮虫T.modesta;拟车轮虫属1种,即圆形拟车轮虫Paratrichodina rotundiformis;小车轮虫属3种,即周丛小车轮虫Trichodinella epizootica、卡普小车轮虫T.carpi和纤细小车轮虫T.subtilis。采用活体观察、甲基绿-派洛宁染色及干银法,并运用国际统一的特定方法及齿体定位描述法对该8种车轮虫进行了详细的形态学研究。     

基于18S rDNA遗传距离与GC含量对游走类纤毛虫的分子系统学研究

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18S rDNA遗传距离结合分析了游走类纤毛虫的系统发生。研究结果进一步证实了车轮虫属(Trichodina)的非单系发生与小车轮虫属 (Trichodinella) 的有效性。此外,研究结合18S rDNA 的GC含量与遗传距离分析提出了游走类纤毛虫科属及种间新的鉴定依据: 18S rDNA 的GC含量可用于游走类纤毛虫的科属区分,且与游走类纤毛虫的分化密切相关; 18S rDNA的遗传距离在游走类纤毛虫的不同阶元中具有一定的阈值范围,即通常种内遗传距离阈值范围为0.000-0.005,属种间阈值范围为0.005-0.150,当遗传距离大于0.150时,则达到了科间水平。     

基于18S rDNA遗传距离与GC含量对游走类纤毛虫的分子系统学研究（英文）

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18S rDNA遗传距离结合分析了游走类纤毛虫的系统发生。研究结果进一步证实了车轮虫属(Trichodina)的非单系发生与小车轮虫属(Trichodinella)的有效性。此外,研究结合18S rDNA的GC含量与遗传距离分析提出了游走类纤毛虫科属及种间新的鉴定依据:18S rDNA的GC含量可用于游走类纤毛虫的科属区分,且与游走类纤毛虫的分化密切相关;18S rDNA的遗传距离在游走类纤毛虫的不同阶元中具有一定的阈值范围,即通常种内遗传距离阈值范围为0.000—4).005,属种间阈值范围为0.005—0.150,当遗传距离大于0.150时,则达到了科间水平。     

吴李碘泡虫的重描述及其长江流域不同江段株系的比较研究

研究在对吴李碘泡虫Myxobolus wulii (Wu & Li) Landsberg & Lom, 1991重描述的基础上, 基于形态和分子数据对长江流域不同江段的吴李碘泡虫(重庆株系、湖北株系及江苏株系)进行了比较研究。结果表明: 吴李碘泡虫重庆株系孢子及极囊量度比湖北株系略小, 重庆株系两极囊等大而湖北株系两极囊大小不等。重庆株系、湖北株系及江苏株系18S rDNA序列相似度为99.2%—99.9%, 遗传距离为0.002—0.007。系统发育分析显示: 吴李碘泡虫并未形成地理种群特有的进化枝, 也并未依宿主种类而聚支, 而是依据寄生部位不同分为鳃寄生和肝胰脏寄生2大支系。这表明, 相同寄生部位的吴李碘泡虫具有更近的亲缘关系。吴李碘泡虫的2大支系中, 鳃寄生种群先分化出来, 这可能与体表寄生和体内寄生的演化有关, 而鳃寄生的吴李碘泡虫可能是较早定居的群体。     

泰安枣疯病植原体的分子鉴定

【目的】对3个枣疯病病原物泰安株系进行分子鉴定。【方法】采用植原体通用引物对R16F2n/R16R2,通过直接PCR技术,扩增枣疯病植原体16S rDNA基因,通过16S rDNA基因序列分析和在线模拟16S rDNA-RFLP分析,并将其16S rDNA基因序列提交到GenBank数据库。【结果】3个枣疯病病原物16S rDNA基因片段与16SrⅤ-B亚组中枣疯病植原体(AB052876和AF279272)、樱桃致死黄化植原体(AY197659)及杏卷叶植原体(FJ572660)的同源性高达99.5%99.7%,分别命名为枣疯病植原体泰安圆铃1号株系(Jujube witches’-broom phytoplasma strain Yuanling1,JWB-Yuanling1,TA)、枣疯病植原体泰安鲁北冬枣株系(Jujube witches’-broom phytoplasma strain Lubeidongzao,JWB-Lubeidongzao,TA)和枣疯病植原体泰安大白铃株系(Jujube witches’-broom phyto-plasma strain Dabailing,JWB-Dabailing,TA),基因登录号分别为:HM989946、HM989947和HM989948。【结论】3个枣疯病植原体泰安株系均归属于16SrⅤ-B亚组。     

武汉单极虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于18S rDNA序列系统发育分析

通过光镜、扫描电镜和18S rDNA序列对比,对寄生于异育银鲫Carassius auratus gibelio体表的粘孢子虫进行了形态学和分子生物学研究,鉴定其为武汉单极虫Thelohanellus wuhanensis,并发现了形态学新特征:膜状鞘的起始位置不同,且仅包围孢子后部;壳瓣底部内侧具“V”形褶皱;一片壳瓣前端有突起结构;缝脊直,突出明显;测得极丝全长为158.5 ～179.2 (170.7 ±5.7) μm.经18S rDNA序列对比,与T.wuhanensis[HQ613410]的相似率为99.87％.系统发育分析表明,单极虫与碘泡虫具有非常近的亲缘关系,将单极虫属与碘泡虫属二者归属于碘泡科的分类方法更合理.     

田中碘泡虫的重描述及系统发育分析

基于形态学和分子数据(18S rDNA)重新描述了寄生于重庆江津地区金鱼 (Carassius auratus auratus)鳃丝的田中碘泡虫 (Myxobolus tanakai Kato, et al., 2017), 并结合系统发育分析对其近缘种进行了比较研究。形态学特征: 该虫种孢子为后端钝圆的长梨形, 大小为(14.58±0.54) μm×(6.09±0.37) μm; 两个极囊等大; 极丝与极囊长轴垂直缠绕8—10圈; 囊间突起位于极囊前端呈三角形; 具有嗜碘泡。分子特征: 共获得3个分离样本的18S rDNA序列, 其一级结构序列与日本黑川地区鲤 (Cyprinus carpio) 鳃丝寄生的田中碘泡虫的一致性达99.3%—99.6%, 且在系统发生树中聚为一支。结果表明: 本研究种与日本的田中碘泡虫为同种, 此为中国新记录; 金鱼为田中碘泡虫的宿主新记录。18S rDNA的V2、V4和V7区二级结构的比较结果表明: 田中碘泡虫已发生了明显的种内变异, 推测可能因宿主差异和地理隔离同时所致。此外, GenBank中报道的数个野鲤碘泡虫的序列是否为同种有待进一步厘清。     

大亚湾养殖鱼类寄生车轮虫的种类组成与季节动态

2017年8月至2018年7月对大亚湾8种养殖鱼类的车轮虫感染情况进行了调查, 采用Lom倡导的“统一特定方法”及Van As & Basson提出的“齿体定位描述法”对采获的车轮虫标本进行了形态鉴定与描述。结果在卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)、星点笛鲷(Lutjanus stellatus)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)和虎龙杂交斑[E. fuscoguttatus (♀) × E. lanceolatus (♂)]等5种鱼上共检获5种车轮虫: 亚卓车轮虫(Trichodina jadranica)、莱普斯车轮虫(T. lepsii)、长须鳠车轮虫(T. guliae)、劳牧小车轮虫(Trichodinella lomi)和斜拟车轮虫(Paratrichodina oblique); 其中卵形鲳鲹5种虫均有寄生, 虎龙杂交斑感染了4种虫, 星点笛鲷、眼斑拟石首鱼和鞍带石斑鱼分别感染了3种、2种和1种虫。周年感染数据表明: 5种虫的感染率均以卵形鲳鲹最高, 眼斑拟石首鱼上2种虫的感染率最低; 莱普斯车轮虫平均感染强度最高的宿主是虎龙杂交斑, 其他4种虫的均是卵形鲳鲹。寄生车轮虫的季节动态表明: 冬季的感染率和平均感染强度较低; 不同虫种感染高峰出现的季节不一, 其中斜拟车轮虫的感染高峰出现在秋季, 其春夏秋季的平均感染强度均大于其他4种虫。研究填补了大亚湾海区鱼类寄生车轮虫研究的空缺, 为该海区车轮虫病的诊断与防控提供了参考。     

四膜虫T.S1株rDNA分子的形态以及限制性内切酶图谱分析

用电镜以及Southern杂交技术测得从我国分离的四模膜虫T.S1株的rDNA(rRNA基因)分子为20kb(相当于12.5×10~6道尔顿)的回文二聚体结构。制定了该rDNA分子的四种限制性内切酶图谱,并与已知的四膜虫10个物种的相应的限制酶图谱作了比较分析,发现T.S1株与其中9个物种的图谱显著地不同,但是与T.australis的rDNA的7种限制酶图谱相比较,竟有6种是一致的。两者的BglI图虽有差别,但也只是一个酶切位点之差。     

基于核糖体DNA联合序列的天牛总科高阶元分子系统学研究

【目的】利用核糖体DNA联合序列探讨天牛总科高阶元分子系统发育。【方法】本研究采用分子标记技术,分析测定了63种天牛核糖体28S rDNA D2和D3区以及18S rDNA V4和V7区的DNA序列,并采用邻接法、最大似然法和贝叶斯推论法分别构建了天牛总科2科6亚科63种的分子进化系统。【结果】序列联合比对分析,最终得到1 404 bp的联合数据组,其中可变位点446个（32.0%）,保守位点958（68.0%）,转换/颠换的平均值（R值）为1.73。28S rDNA和18S rDNA以及联合序列的饱和度分析显示碱基突变未达到饱和,说明这些序列适合于分子进化树的构建。利用不同系统发育重建方法得到进化树具有相似拓扑结构,结果支持沟胫天牛亚科、花天牛亚科和天牛亚科为单系群,这与形态学分类结果相似;狭胸天牛独立成为亚科得到了支持。【结论】利用28S rDNA D2和D3区以及18S rDNA V4和V7区联合序列成功构建出了天牛总科高阶元的系统发育树。研究表明联合序列分析是探讨天牛高阶元分类的有效的方法。     

蜘蛛分子系统学研究进展

蜘蛛是地球上最古老和物种最丰富的生物类群之一,有化石记录最早可追溯至泥盆纪(距今约三亿八百万年).对蜘蛛的系统学研究长期以传统的形态分类为主,随着分子生物学技术的发展,蜘蛛分子系统学研究也取得了长足进展:部分类群依据分子数据或分子结合形态的系统发育关系得以解决,并建立了相应的系统发育树; 所选择的分子标记除来自于线粒体DNA外(如:COI、12S rDNA和16S rDNA等)还有核DNA(如:18S rDNA、28S rDNA和Hitone 3等); 最新的分析方法和分析软件也得到运用.这些工作为蜘蛛的生命之树研究奠定了重要基础.本文对蜘蛛分子系统学研究所涉及到的问题进行了分析讨论,以期为蜘蛛分子系统学的深入开展提供基础资料.     

尖形碘泡虫(黏体门: 碘泡虫科)的重描述及其分子系统学研究

研究基于形态和分子信息重描述了寄生于嘉陵江重庆段鲫(Carassius auratus Linnaeus)鳃部和胆囊的尖形碘泡虫(Myxobolus acutus Wu and Chen, 1987), 并获得了该虫体的18S rDNA和ITS1 rDNA序列。尖形碘泡虫成熟孢子壳面观呈梨形, 前端稍尖, 后端钝圆, 缝面观呈宽纺锤形。孢子长(13.6±0.9) μm [(11.4—15.3) μm], 宽(10.2±0.9) μm [(7.5—12.8) μm], 厚(7.6±0.6) μm [(6.9—8.3) μm]。两梨形极囊开口处紧靠并位于孢子前端, 极囊大小不等, 大极囊长(6.2±0.4) μm [(5.1—7.5) μm], 宽(3.8±0.4) μm [(2.8—4.7) μm], 极丝盘绕5—8圈, 小极囊长(2.7±0.4) μm [(1.7—3.7) μm], 宽(1.4±0.2) μm [(0.9—1.9) μm], 极丝盘绕2—3圈。基于18S rDNA为分子标记的系统发育分析显示: 尖形碘泡虫与中华单极虫(Thelohanellus sinensis)有最近的亲缘关系, 两物种形成的进化支与贝壳碘泡虫(M. musseliusae)、苍梧碘泡虫(M. tsangwuensis)和鳃基碘泡虫(M. basilamellaris)形成的进化支呈姐妹群关系。通过系统发育与寄生部位关系的分析结果推测, 尖形碘泡虫的初始寄生部位可能为鳃, 而胆囊则是该物种后来适应的新的寄生部位。     

中国9种嗜子宫线虫系统发育的初步研究

为了探讨鱼类寄生嗜子宫线虫的系统发育关系,测定了8种嗜子宫线虫的ITS rDNA(核糖体转录内间隔区核 糖核酸)序列和9种嗜子宫线虫的18S rDNA(小亚基核糖体核糖核酸)部分序列,并构建了18S rDNA序列的系统发 育树。在比较和分析ITS rDNA和18S rDNA两种分子标记对嗜子宫科线虫系统发育适用性的基础上,分析了嗜子 宫线虫的系统发育关系。结果表明:中国嗜子宫线虫是单系起源;黄颡鱼似嗜子宫线虫、赣州似嗜子宫线虫和棍头 嗜子宫线虫亲缘关系非常接近,可能是较晚形成的种;似嗜子宫线虫属可能应该被细分为更多的属。       

倒刺鲃两极虫的宿主新记录及其分子系统学研究

为弄清倒刺鲃两极虫(Myxidium spinibarba)的宿主多样性和胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)寄生黏孢子虫的种类组成, 研究基于形态和分子数据, 比较分析了寄生于不同宿主的倒刺鲃两极虫的形态学和形态计量学特征及分子系统发育关系。结果显示: 寄生于胭脂鱼和中华倒刺鲃的倒刺鲃两极虫株系在形态学和形态计量学上未出现显著性差异, 18S rDNA序列相似度为99.9%—100.0%, 遗传距离为0.000—0.001, 符合种内变异; 寄生于不同宿主倒刺鲃两极虫的株系在系统发育树中嵌合聚支, 且寄生于胭脂鱼的倒刺鲃两极虫株系先分化。以上结果表明: 研究中两株系与倒刺鲃两极虫为同一物种, 但在分子水平已经出现分化; 这是首次在胭脂鱼中检获到黏孢子虫, 胭脂鱼是倒刺鲃两极虫的新宿主。     

葡萄碘泡虫、似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫的鉴别及系统发育

葡萄碘泡虫Myxobolus acinosus Nie & Li, 1973、似葡萄碘泡虫Myxobolus pseudoacinosus Guo, et al., 2018和茄形碘泡虫Myxobolus toyamai Kudo, 1917形态非常相似, 有着共同的宿主和相同的寄生部位, 是病原鉴定中容易混淆的种。文章基于形态学和18S rRNA基因信息对三者进行了鉴别和分子系统学研究。成熟孢子形态特征的比较分析显示, 三者形态存在显著差异。葡萄碘泡虫与似葡萄碘泡虫18S rDNA序列相似度为98.4—98.8%, 遗传距离为0.013—0.020; 葡萄碘泡虫与茄形碘泡虫18S rDNA序列相似度为96.1—97.2%, 遗传距离为0.038—0.042; 似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫18S rDNA序列相似度为96.4—97.6%, 遗传距离为0.033—0.040。18S rDNA序列比对显示, 葡萄碘泡虫含有15个关键变异位点, 可将该虫与似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分; 似葡萄碘泡虫含有5个关键变异位点, 可将该虫与葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分; 茄形碘泡虫含有33个关键变异位点可将该虫与葡萄碘泡虫和似葡萄碘泡虫区分。18S rRNA二级结构V4区的E23-2构型可将葡萄碘泡虫与似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫区分, 而V7区的H43构型可将茄形碘泡虫与葡萄碘泡虫和似葡萄碘泡虫区分。以上表明, 三者无论在形态上还是在遗传上均具有独立物种的特征。系统发育分析显示, 葡萄碘泡虫、似葡萄碘泡虫和茄形碘泡虫为系统树中分化较晚的一支。     

海洋喇叭虫rRNA基因18S-ITS1序列及其系统发育分析

海洋喇叭虫Maristentor dinoferus 1996年在关岛(Guam)的珊瑚暗礁上被发现,至今尚未阐明其确切的系统发育地位.克隆到的海洋喇叭虫的18S-ITS1-5.8S rDNA序列包括222 bp的18S序列,77 bp的ITS1序列和22 bp的5.8S序列.比较分析了纤毛虫主要类群的ITS1序列后得出:短的ITS1序列可能是异毛类纤毛虫的特征.根据18S序列,利用邻接法构建,最大简约法和最大似然法构建系统发育树.其拓扑结构显示海洋喇叭虫属于异毛纲纤毛虫,但并不隶属喇叭虫科,应予以新的分类地位.     

碘泡虫属粘孢子虫分子进化及其与宿主协同关系的研究

以18S rDNA为分子标记,对碘泡虫属Myxobolus粘孢子虫的分子进化规律进行了系统研究。结果显示:碘泡虫属各物种18S rDNA的AT含量(53.2%)高于GC含量(46.8%),表现出一定的AT组成偏向性;各物种18S rDNA遗传距离在0.00~0.35;脑碘泡虫M.cerebralis保守区序列变异介于淡水物种和广盐性物种之间;碘泡虫属18S rDNA分子系统发育树呈现生境相同先聚枝,形态相似后聚枝的规律,并表现出一定的宿主特异性和组织向性。此外,以线粒体COⅠ基因为分子标记,对碘泡虫属相应宿主进行了系统进化分析,结果表明:淡水物种与广盐性物种分别聚在不同的分类枝系中,与寄生于宿主体内的碘泡虫所呈现的支序树有相同的进化趋势,并表现出一定的协同进化关系;海水起源的虹鳟Oncorhynchus mykiss在适应淡水过程中被脑碘泡虫寄生,两者经过长期的演化,最终适应淡水环境。