基于网络药理学探讨苦参治疗结直肠癌活性成分、作用靶点及潜在作用机制

目的 使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论 中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。     

当归芍药散活性成分治疗阿尔兹海默病作用机制的生物网络分析

目的：利用网络药理学方法从系统网络水平上研究当归芍药散（DSS）治疗阿尔兹海默病（AD）的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库（TCSMP）中筛选DSS治疗AD的活性成分,并构建药物-靶标-疾病网络,运用生物信息学分析方法进行靶器官定位网络、GO分析和Pathway富集分析。结果：通过网络药理学方法筛选出DSS活性成分51种,显示其活性化合物的预测靶点377个,197个靶点与AD相关,DSS活性化合物的药效作用靶点高度富集到与AD相关的信号通路,与减少Aβ的聚集和抑制tau过度磷酸化以及抗炎和抗凋亡等生物学过程密切相关,其靶向基因的mRNA表达主要富集在肝、心脏、和脑。结论：DSS活性化合物以协同的方式与多个靶点多种途径相互作用,主要以抗炎、抗凋亡、增强代谢和增强免疫系统等途径对AD产生重要的治疗作用。     

基于GC-MS技术和网络药理学探讨益智仁挥发油治疗阿尔茨海默病的作用机制

基于GC-MS技术和网络药理学方法研究益智仁挥发油治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的物质基础和作用机制。利用GC-MS技术分析益智仁挥发油成分,通过中药系统药理学分析数据库(TCMSP)获取成分靶点,再通过DrugBank、STITCH、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等数据库查询AD的相关靶点。在Venny图取交集靶点,STRING数据库构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选核心作用靶点。基于DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.1软件构建“成分-靶点-通路”网络,筛选益智仁挥发油治疗AD的潜在活性成分,结合已有的益智仁挥发油治疗AD的药理学研究预测其机制。结果显示,GC-MS分析所得的益智仁挥发油成分经筛选后得到6个活性成分,TCMSP数据库中检索到6个活性成分对应的17个靶点,DrugBank等数据库检索到3 448个AD靶点。“成分-靶点-通路”网络和PPI网络显示益智仁挥发油治疗AD的潜在活性成分有4种,核心靶点有4个;GO富集分析得到34个条目(P0.05),包含生物过程18条、细胞组成9条和分子功能7条;KEGG通路富集到5个条目(P0.05),这些通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通路、胆碱能突触、5-羟色胺能突触等,表明益智仁挥发油可能通过调节钙平衡、胆碱能平衡、调节磷酸化等途径协同治疗AD。该研究为益智仁挥发油治疗AD的深入研究提供了参考和指导。     

基于网络药理学的苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制研究

目的利用网络药理学技术研究苓桂术甘汤治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、Swiss、SuperPred和Stitch数据库寻找与苓桂术甘汤中4味中药相关的化学成分及其作用靶点,并以口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为阈值对化合物进行筛选,再通过文献查找加以补充;通过OMIM、TTD、GAD、Pharm Gkb数据库获取与AD疾病相关的靶标,并进一步筛选得到苓桂术甘汤治疗AD的潜在作用靶点;采用DAVID6.8数据库对相关潜在作用靶点进行GO分析及KEGG代谢通路富集分析;利用Cytoscape软件构建"单味药-活性成分-作用靶点"相互作用网络并进行度值和中介度分析,确认可能的关键靶点和关键通路。结果在苓桂术甘汤中,共筛选出126个与AD相关的潜在活性成分和120个潜在作用靶点;GO生物功能分析共包含565条富集结果,其中生物过程396条,分子功能121条,细胞组成48条,主要涉及蛋白结合、细胞、氧化还原过程等;KEGG富集得到67条代谢通路,主要包括神经活性配体-受体相互作用通路、癌症通路、5-羟色胺能突触通路和钙信号通路等。结论网络药理学研究结果揭示了苓桂术甘汤治疗AD的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了其可能的活性成分、作用通路和关键靶点,为其药效物质基础和作用机制研究提供了理论基础。     

生脉饮“异病同治”糖尿病和心力衰竭的网络药理学作用机制研究

目的采用网络药理学方法探讨生脉饮"异病同治"糖尿病和心力衰竭的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库收集生脉饮组方药物的所有化学成分,通过UniProt数据库获取药物作用靶点,通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选与糖尿病和心力衰竭相关的靶点,将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后,分别构建生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的化合物-靶点相互作用网络图;利用String平台绘制蛋白相互作用(PPI)网络,找出关键基因靶点;分别使用DAVID数据库和Cytoscape3.6.1对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并分析PPI网络数据。结果共筛选出生脉饮50个活性成分和3754个潜在作用靶点,糖尿病、心力衰竭相关靶点分别为218、317个,生脉饮治疗糖尿病、心力衰竭作用核心靶点分别为109、196个;经KEGG通路富集分析,分别筛选出生脉饮对糖尿病和心力衰竭具有作用的通路,根据度值对PPI网络数据分析选取生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭的主要药效靶点各10个。结论生脉饮治疗糖尿病和心力衰竭具有多成分、多靶点、整体调节的作用特点,可为其活性成分研究和实验研究提供依据。     

实脾散治疗肾源性水肿作用机制的网络药理学分析

目的基于网络药理学方法探讨实脾散治疗肾源性水肿（Renal edema）的作用机制。方法通过TCMSP 数据库检索实脾散的中药活性化合物,通过Swiss Target Prediction 数据库查询其活性化合物对应的作用靶点, 并以TCMSP 数据库中相应化合物的靶点作为补充。通过GeneCards 数据库获取肾源性水肿的相关疾病基因, 并与实脾散活性化合物靶点取交集作为潜在作用靶点。将潜在作用靶点提交至STRING 平台,获取蛋白互 作（PPI）关系并分析筛选得到关键靶点。利用Cytoscape 软件构建关键靶点PPI 网络及中药-活性成分-关键靶点 网络。通过DAVID 平台对关键靶点进行GO 功能富集分析及KEGG 通路富集分析。结果筛选得到实脾散活 性化合物164 个,对应靶点共1 157 个,筛选出关键靶点73 个,主要涉及PIK3CA、STAT3、MAPK1、SRC、 MAPK3 等。GO 功能富集分析结果共得到679 个GO 条目,显示实脾散对细胞表面信号转导、分子功能、刺激 蛋白酶的活性和转录等生物学过程具有调节作用。KEGG 通路富集分析结果共得到116 条相关通路,主要涉及 PI3K-Akt 信号通路、Ras 信号通路、Rap1 信号通路、MAPK 信号通路等。结论实脾散可能主要通过发挥抗 炎、改善血液循环、抗氧化、保护足细胞损伤、抗肾脏纤维化及利尿等药理作用,从而起到治疗肾源性水肿的 作用。     

基于网络药理学探究健心胶囊治疗心律失常的作用

目的基于网络药理学方法探讨健心胶囊治疗心律失常的物质基础及作用机制。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取健心胶囊的主要活性化学成分、对应靶点及靶标基因,应用OMIM、PharmGkb、Drugbank、TTD、DisGeNET及NCBI Gene数据库筛选心律失常的疾病靶点,进一步筛选健心胶囊治疗心律失常的靶点。进而应用DisGeNET数据库分析靶点属性。利用Cytoscape3.7.2软件构建"中药-化合物-靶点-疾病"网络,并采用String数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络(PPI),利用DAVID 6.8在线工具进行潜在作用靶基因GO注释分析及KEGG通路富集分析。结果筛选出健心胶囊41个化合物和22个作用于心律失常蛋白靶点;作用靶点类型包括多种酶、转运体、转录因子、酸受体等;通过网络拓扑特征评价筛选出健心胶囊抗心律失常作用重要靶点,包括NOS3、IL6、SLC6A4、GJA1、PRKCA、PTGS2、ADRA1B、MMP3;GO分析生物过程富集到血管收缩的积极调节、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、血小板活化等。KEGG通路富集筛选cGMP-PKG信号通路、VEGF信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导等17条主要通路在抗心律失常方面具有作用。结论通过网络药理学证实了健心胶囊治疗心律失常是多成分、多靶点、多途径的复杂过程,预测了健心胶囊治疗心律失常的可能作用机制。     

基于生物信息学、网络药理学与分子对接研究八桂天龙散治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学、网络药理学与分子对接探讨八桂天龙散治疗阿尔茨海默病(alzheimer’s disease, AD)的作用靶点与分子机制。方法 从TCMSP、HIT、HERB数据库检索八桂天龙散活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在作用靶点。采用GEO2R分析AD的差异基因,应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选AD靶点,交集获得八桂天龙散治疗AD的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,R语言进行GO及KEGG通路富集分析,构建“中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络。分子对接预测潜在活性成分和靶点的结合性能。结果 筛选八桂天龙散有效活性成分115种,相应基因靶点1666个。AD差异基因2725个,靶点2236个。八桂天龙散治疗AD的潜在靶点99个,其中关键靶点为MAPK1、FN1、EGFR。KEGG富集分析显示关键信号通路包括PI3K-Akt、MAPK、Rap1、Ras、HIF-1、LTP等信号通路。分子对接结果显示人参二醇、次甲丹参醌可能是八桂天龙散...     

佛手散治疗阿尔茨海默病分子机制的系统药理学研究

目的利用系统药理学方法和体外实验探究佛手散治疗阿尔茨海默病（Alzheimer disease,AD） 的分子 机制。方法利用TCMSP、TCM-Mesh、ETCM 和TCMID 数据库筛选佛手散的活性成分;利用TCMSP、ETCM 和PharmMapper 数据库对活性成分进行作用靶点预测。利用DisGeNet、GAD、CTD、TTD、HPO 和Orphadata 数据库筛选出AD 疾病相关靶点,并与佛手散活性成分作用靶点映射取交集,交集基因即为佛手散治疗AD 的 潜在作用靶点。通过String 数据库构建佛手散治疗AD 潜在作用靶点的蛋白互作（PPI） 网络;利用Cytoscape 3.6.1 软件构建“活性成分-潜在作用靶点”网络。通过WebSestalt 及David 分析平台对潜在作用靶点进行GO 功能及KEGG 通路富集分析,并进行体外实验验证。结果共筛选出佛手散52 个活性成分,预测得到185 个 共同靶点,最终确定31 个佛手散治疗AD 的潜在作用靶点。GO 功能富集分析结果表明,潜在作用靶点参与生 物调控、刺激反应、细胞间通讯等生物学过程;细胞膜、蛋白复合物、囊泡参与等细胞组分;蛋白结合、离子 结合、分子转导活性、水解酶活性等分子功能。KEGG 富集分析得到13 条信号通路。体外实验结果表明,佛 手散对谷氨酸钠诱导损伤的PC12 细胞有保护作用,可通过降低胞内Ca2+浓度和NO 含量达到降低细胞凋亡率 的效果。结论佛手散在治疗AD 方面具有多成分、多靶点、多途径的整体调控特点,可能与其通过豆甾醇、 Z-藁本内酯、藁本内酯、β-谷甾醇等活性成分调控5-羟色胺能突触通路、神经配体-受体交互作用通路、Ca2+ 信号通路以及cGMP-PKG 信号通路等多通路有关。     

基于网络药理学的补阳还五汤治疗阿尔兹海默症的作用机制研究

目的：运用网络药理学的研究方法,初步探讨补阳还五汤治疗阿尔兹海默症（AD）的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、OMIM、DrugBank、TTD数据库检索和收集AD的相关靶点;利用TCMSP和TCM@TAIWAN数据库检索和筛选补阳还五汤组方药物的活性成分,并通过PharmMapper服务器预测化合物潜在作用靶点;通过与收集的AD靶点比对获得活性成分作用的AD靶点,并利用STRING数据库和Cytoscape软件构建和分析AD靶点的PPI网络图和“组方药物-活性成分-AD靶点”网络图;分别通过DAVID系统、KOBAS 3.0数据库对AD靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：从补阳还五汤中筛选出92个活性成分,其中来自赤芍的芍药内酯苷、4-乙基芍药苷、4-氧-甲基-芍药苷可能是重要的多效活性成分;活性成分经靶点预测和比对后确定33个抗AD靶点,其中CASP3、MAPK14、BCHE、BACE1可能是抗AD的关键靶点。活性成分通过作用上述AD靶点调控MAPK、PI3K/AKT、Rap1、Ras等信号通路,影响蛋白水解、蛋白磷酸化、雌激素应答等生物过程,抑制Aβ的生成,降低神经元炎症反应和神经细胞凋亡,减弱胆碱酯酶活性,进而达到治疗AD的目的。结论：通过网络药理学方法研究补阳还五汤治疗AD的活性成分和作用机制,揭示了补阳还五汤在治疗AD方面具有多成分、多靶点、多途径的优点,为补阳还五汤的后期实验提供新思路。     

基于网络药理学探讨夏枯草对非小细胞肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法,探讨夏枯草治疗非小细胞肺癌的作用机制,阐述其科学内涵。方法:检索中草药系统药理学平台(TCMSP)获取夏枯草有效活性成分与作用靶点;检索疾病-基因组合数据库(Dis Ge NET)获取非小细胞肺癌相关疾病靶点;构建"药物-成分-疾病-靶点"网络,分析其作用机制;构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络,对关键靶点进行基因本体(GO)分类富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从TCMSP中获取有效活性成分11种,靶点178个;从Dis Ge NET数据库获取非小细胞肺癌相关基因2 019个;构建"药物-成分-疾病-靶点"网络,获得夏枯草治疗非小细胞肺癌的关键靶点114个;构建其PPI网络,包含节点114个,边1 952条。分析PPI网络,度值较高即夏枯草治疗非小细胞肺癌的关键靶点包括蛋白激酶B1(Akt1),血管内皮生长因子(VEGFA),半胱天冬酶-3(Caspase-3),白细胞介素(IL)-6,JUN,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK) 8,原癌基因蛋白(MYC),表皮生长因子受体(EGFR)等。对其进行生物学过程富集分析,显示涉及152种生物学过程,其中细胞增殖,细胞分裂,细胞凋亡等多种与癌症相关; KEGG富集涉及147条信号通路,其中磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/Akt通路,核转录因子(NF)-κB通路,低氧诱导因子-1(HIF-1)通路,p53信号通路,EGFR信号通路等对非小细胞肺癌的发生、发展、侵袭、转移有着关键性作用是公认的。结论:本研究初步验证了夏枯草治疗NSCLC的基本药理学作用与机制,为进一步探究其作用机制奠定基础。     

基于网络药理学的“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病作用机制研究＊

目的 采用网络药理学方法分析“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病的药物成分、作用靶点、主要通路及生物过程，探讨其药效物质基础和配伍机制。方法 依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台v2.0（TCMIP）及Drugbank数据库检索葛花、枳椇子相关的化学成分和作用靶点，在UniProt 蛋白数据库检索对应的人类蛋白基因，通过NCBI获取与酒精性肝病相关的疾病基因靶点信息，运用STRING平台构建PPI网络，并在Cytoscape中利用BINGO插件对靶点基因进行GO生物过程富集分析，利用DAVID生物学信息数据库对靶点进行KEGG信号通路分析，并绘制分子机制图。结果 本研究共获得21种化合物成分，这些成分靶点与酒精性肝病共有6个基因靶点、14条主要信号通路。参与的基因有ALDH2、IL6、TNF、HMOX1、HSPA5和MTTP；“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病主要参与Toll样受体信号（TLR）通路和NOD样受体信号（NLR）通路。结论 本研究初步验证了“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病的基本药理作用及相关机制，为进一步研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化潜在作用机制研究＊

目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点，通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点，将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点；再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作（PPI）网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析，找出核心成分及枢纽基因，通过分子对接，进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分，36个关键靶点，GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路，主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路，分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用，异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点，调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路，达到治疗动脉粥样硬化的作用。     

基于网络药理学探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎的机制

目的:运用计算机网络药理学技术筛选昆明山海棠-益母草药对治疗RA的的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立药物成分-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎(RA)的潜在作用机制。方法:通过Dis Ge NET,TTD,Drugbank数据库收集RA疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得昆明山海棠、益母草的潜在活性成分及其对应的靶点;使用Image GP平台筛选药物与疾病共有靶点;使用String数据库构建共有靶点互作(PPI)网络模型;采用Cytoscape软件建立"药物-活性成分-关键作用靶点"网络;采用String数据库构建蛋白质相互作用网络;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到9个药物活性成分,共涉及235个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为7个,得到昆明山海棠-益母草药对-疾病共同靶点24个,共同靶点主要富集于278个生物过程和141条信号通路上发挥治疗RA的作用。结论:昆明山海棠-益母草药对对RA的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗RA的作用机制与临床应用提供了科学依据。     

基于网络药理学的六味地黄丸治疗高血压作用机制探讨

目的:基于网络药理学探索六味地黄丸治疗高血压的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集六味地黄丸的有效化合物,在PharmMapper数据库中预测化合物可能的靶点,与GeneCards数据库中高血压相关靶点相映射,获得六味地黄丸调节高血压的可能作用靶点;对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建、基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,以揭示六味地黄丸治疗高血压可能的作用机制;运用AutoDock进行分子对接验证。结果:共筛选出六味地黄丸中的69个化合物及269个作用靶点,其中作用于高血压的相关靶点有14个;PPI网络显示,血清白蛋白(ALB)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、表皮生长因子受体(EGFR)、肾素(REN)是4个联系最多的靶点,涉及对胆固醇的反应、血小板活化的负调节等生物过程,作用机制与调控黏附分子表达、破骨细胞分化、FoxO信号通路、肾素-血管紧张素系统等生物学通路有关。结论:六味地黄丸治疗高血压的主要成分有茯苓酸、泽泻醇、芍药苷、谷甾醇、豆甾醇等,ALB、NOS3、EGFR、REN是其主要作用靶点。     

基于网络药理学和分子对接法的益智清心方治疗阿尔茨海默病作用机制探索

目的:运用网络药理学及分子对接方法探讨益智清心方(YZQXF)对阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的作用靶点,构建活性成分-靶点-通路网络并分析其作用信号通路,探讨其对AD的防治作用及可能的分子机制。方法:根据YZQXF药味组成,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索各药材的有效化学成分及各成分相应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库搜索AD相关靶点,同时将药物靶点及疾病靶点数据进行比对,获得交集靶点,上传STRING 11.5数据库对其进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并找到核心靶点;通过Cytoscape 3.7.1构建YZQXF治疗AD的活性成分-作用靶点-通路网络;借助BioConductor软件的R语言包对作用靶点进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后将核心基因分别与关键靶标进行分子对接,验证YZQXF关键成分与核心靶点的作用特征。结果:YZQXF中共有43个化学成分作用于2871个AD相关靶点,共存在129个化学成分-靶点相互作用关系。YZQXF治疗AD的关键成分包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、四氢小檗碱、豆甾醇、原阿片碱、杨梅酮、氧代小檗碱、巴马汀、马卡因、小檗碱,核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Myc、Fos、MAPK14、Jun、核转录因子-κB p65(RELA)、蛋白激酶B1(Akt1)、MAPK8、白细胞介素-1β(IL-1B)、肿瘤蛋白p53(TP53)。GO富集得到2359个生物过程条目,主要涉及对脂多糖的反应、对细菌来源的分子反应等生物过程,膜筏、膜微域等细胞组分及G蛋白偶联受体活性、神经递质受体活性等分子功能。KEGG通路富集得到168个通路,主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)等。分子对接结果显示,YZQXF中的关键活性成分与治疗AD的核心靶点有较好的结合性。结论:YZQXF可通过多种活性成分、多个关键靶点及多种作用途径治疗AD。     

五子衍宗丸治疗男性不育症的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学探讨五子衍宗丸治疗男性不育症的物质基础及作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选五子衍宗丸中的活性成分和作用靶点;应用Gene Cards,OMIM,Pharm Gkb数据库筛选男性不育症的疾病靶点;应用R语言软件筛选药物与疾病共同靶点,应用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点互作网络;应用STRING平台构建共同靶点蛋白互作网络(PPI);应用Clue Go插件对共同靶点进行基因本体(GO)分析,并应用R语言软件对共同靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。结果:从五子衍宗丸中共获得72个有效活性成分,得到35个五子衍宗丸治疗男性不育症的可能靶点,这些靶点主要涉及氧化与抗氧化活性等生物学过程,并主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路上。结论:通过网络药理学证实了五子衍宗丸多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了五子衍宗丸治疗男性不育症的可能作用机制,为进一步研究其活性成分和作用机制提供理论依据。     

基于HPLC-Q-TOF MS/MS和网络药理学的参蓉蛹草片质量标志物研究

目的 应用高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱法（HPLC-Q-TOF-MS/MS）建立参蓉蛹草片化学成分的检测方法,并结合网络药理学和分子对接方法分析其抗疲劳的网络调控机制、预测参蓉蛹草片的质量标志物。方法 运用HPLC-Q-TOF-MS/MS对参蓉蛹草片物质基础进行分析鉴定。通过PubChem获取所选化合物的结构,利用TCMSP数据库及SwissTargetPrediction获取作用靶点;通过GeneCards、TTD、OMIM数据库筛选与疲劳相关的疾病靶点,获得药物和疲劳的交集靶点;运用UniProt数据库校准靶点名称;利用STRING数据库构建交集基因蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并运用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行拓扑分析;最后借助Metascape在线分析核心交集基因,进行基因本体（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并对分析结果进行可视化。结果 通过HPLC-Q-TOF MS/MS共得到参蓉蛹草片124个化学成分,利用网络药理学对筛选出的23个化学成分进行生物信息学分析,发现其可作用于195个靶点干预33条信号通路。分子对接结果显示,活性化合物可进入受体靶点活性空腔,与其形成的对接构象合理。结论 参蓉蛹草片可通过多成分、多靶点、多途径发挥抗疲劳作用,基于HPLC-Q-TOF MS/MS,结合网络药理学和分子对接方法初步将人参皂苷类、苯乙醇苷类预测为参蓉蛹草片的质量标志物。     

丹参饮治疗糖尿病心肌病的网络药理学研究

目的通过整合网络药理学和生物信息学方法,构建活性成分-作用靶点、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、关键靶点相应的生物功能和通路网络,预测丹参饮治疗糖尿病心肌病的分子作用机制。方法采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选及预测丹参饮的生物活性成分及其潜在作用靶点,同时检索PharmGKB等4个数据库挖掘糖尿病心肌病的相关靶点,对2种靶点进行PPI网络构建,交互处理得到丹参饮治疗糖尿病心肌病的关键靶点,并利用SystemsDock WebSite对其进行分子对接验证;运用DAVID(Version 6.8)平台对关键靶点进行Pathway分析,结合Omicshare数据库筛选核心通路并利用Reactome数据库进行注释。结果以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)数值作为筛选标准,从丹参饮中共获得78个活性成分,涉及到506个丹参饮治疗糖尿病心肌病的可能靶点,这些靶点主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路上。结论本研究揭示了丹参饮治疗糖尿病心肌病可能的作用机制,体现了中药复方多成分、多靶点、多途径治疗疾病的特点,为进一步深入研究其作用机制提供了新思路。     

基于网络药理学的茵陈五苓散治疗非酒精性脂肪肝病的机制分析＊

目的 运用网络药理学,对茵陈五苓散（YCWLD）治疗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的机制进行系统预测及分析。方法 通过TCMSP、Batman-tcm数据库筛选出YCWLD中具有成药可能性较大以及口服吸收较佳的候选活性成分。从TCMSP和Swiss Target Prediction数据库中收集和预测候选化合物的作用靶点。利用Genecards、TTD、CooLGeN三个数据库获取NAFLD的疾病靶点，并与潜在活性成分的作用靶点进行交集分析，获得YCWLD治疗NAFLD的靶点。检索DisGenet数据库分析治疗靶点的类型。通过cytoscape 3.7.1软件构建草药-候选化合物-治疗靶点网络以及利用Uniprot、String数据库构建蛋白互作网络(PPI)，阐述各分子之间的关系及关键功能分子。采用DAVID数据库对治疗靶点进行基因本体（gene ontology，GO）富集分析以及基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路分析，进而达到系统探讨YCWLD治疗NAFLD相关机制的目的。结果 本研究通过草药-候选化合物-治疗靶点网络分析发现，YCWLD中包含的24个候选成分可作用于NAFLD的34个靶点，候选成分中quercetin、beta-sitosterol、sitosterol可能是YCWLD发挥抗NAFLD作用的关键成分，而靶点中DPP4、NR1H3、NR1H2、SREBF1、SREBF2作用较为重要。PPI网络显示免疫及炎症相关靶点起枢纽作用。通过GO富集分析显示作用靶点涉及157个条目，KEGG分析发现NAFLD、Cytokine-cytokine receptor interaction、Insulin resistance等17条潜在信号通路可能是YCWLD预防及治疗NAFLD的主要通路。结论 本研究系统预测了YCWLD抗NAFLD的作用机制,并为下一步实验验证关键化合物、靶点及通路提供了方向。