浙江省丽水市男男性行为人群HIV-1基因亚型和传播特征研究

目的了解浙江省丽水市男男性行为人群（MSM）人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）基因亚型和传播特征。方法收集丽水市2015－2018年新确证且未经抗病毒治疗MSM HIV-1感染样本,扩增pol基因并测序,构建系统进化树分析基因亚型及成簇特征,通过CPR 6.0在线软件分析耐药情况。结果105例样本成功获得89例合格序列,优势亚型为CRF01_AE（49.4%,44/89）和CRF07_BC（37.1%,33/89）,其他包括B和CRF55_01B各3例,CRF08_BC、CRF59_01B和独特重组型 （01_AE/BC）各2例。 发现8个传播簇,总成簇比例为21.3%（19/89）,其中7个传播簇与现住址为丽水市莲都区的病例有关（87.5%,7/8）。 发现3例样本存在1个监测性耐药突变,分别为M46I、V106A、K103N,传播性耐药率为3.4%（3/89）。结论丽水市7种MSM HIV-1亚型共存,呈现多元化趋势,莲都区发挥关键传播作用,应加强监测并重点对传播簇病例开展靶向干预。 耐药传播率处于低流行水平。     

浙江省绍兴市50岁及以上人群HIV-1分子网络和传播簇特征分析

  目的   分析浙江省绍兴市2018年7月至2020年6月报告的50岁及以上中老年人HIV-1分子网络特征,掌握HIV-1在该人群中传播网络的危险因素和特点,为制订有效的干预措施提供依据。  方法   2018年7月至2020年6月连续收集新报告感染HIV-1的50岁及以上中老年人血液样品147份,采用反转录聚合酶链式反应和巢式聚合酶链式反应扩增HIV-1的pol基因,构建系统进化树分析亚型和不同基因距离的分子网络,对研究对象进入网络的相关因素及成簇病例特征进行分析。  结果   147份样品序列中检测到4种基因型,其中以CRF07_BC（76例,51.70%）为主,其次为CRF01_AE（36例,24.49%）、CRF08_BC（33例,22.45%）和B（2例,1.36%）。 共74条序列进入网络,入网率为50.34%,形成12个分子簇,簇内个体数分别在2 ~ 30例。 对进入网络的影响因素分析,发现文化程度和艾滋病相关知识知晓率低、确诊前不关注艾滋病相关话题、商业性行为从未使用安全套和暗娼价格低于50元更容易进入网络。 多因素logistic回归结果显示,暗娼价格低是进入网络的影响因素。 入网病例中,CRF07_BC亚型的构成比最高（30例,40.54%）,并形成一个包含30例病例的大簇,其病例大多居住在越城区城南街道及附近,均在附近有商业性行为;此外CRF01_AE亚型形成一个包含暗娼感染者在内的7例病例分子簇,簇内病例居住在齐贤街道及附近;12个分子簇中有12对夫妻双阳性病例,均为男性商业性行为引起的家庭内传播。  结论   绍兴市50岁以上中老年感染者HIV-1亚型多样,进入网络的相关因素主要为对艾滋病防治知识匮乏和与低档暗娼发生不安全性行为;簇内病例呈现地理的相对聚集性以及家庭内传播,应加强疫情聚集街道中老年人群干预和HIV筛查,有效遏制艾滋病的传播。     

2017-2019年广西钦州市部分新报告HIV/AIDS感染者病毒亚型及细胞嗜性研究

  目的   了解2017 — 2019年广西壮族自治区（广西）钦州市新报告人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者/艾滋病患者（AIDS）中病毒基因亚型、耐药及细胞嗜性情况。   方法   选取2017 — 2019年钦州市部分新报告HIV/AIDS,检测CD4+T淋巴细胞数量,并对HIV的pol、env基因区进行扩增、测序,构建系统进化树判定基因亚型。 利用斯坦福耐药数据库判定新报告感染者的耐药情况,利用Geno2pheno判定嗜性,并采用非参数Wilcoxon或Kruskal-Wallis检验分析不同亚型、不同嗜性之间CD4+T淋巴细胞数量的差异。   结果   764例新报告感染者中,CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC分别占比50.1%（383/764）、31.2%（238/764）、10.9%（83/764）。CRF01_AE中第1簇（Cluster1）、第2簇（Cluster2）分别占18.3%（70/383）、72.3%（277/383）。 48例新报告感染者发生治疗前耐药,耐药率为6.3%;CD4+T淋巴细胞数量<200个/μL的占51.4%;CRF01_AE、CRF08_BC与CRF07_BC 3种基因型之间CD4+T淋巴细胞中位数M（P₂₅,P₇₅）分别为205（41,303）、238（105,336）、308（179,394）且计数水平不全相等（P<0.0001）;辅助受体利用预测有108例为CXCR4（X4）,656例为CCR5（R5）;X4嗜性的CD4+T淋巴细胞数量显著低于R5嗜性的CD4+T淋巴细胞数量。   结论   2017 — 2019年钦州市新报告HIV/AIDS中存在多种病毒亚型,耐药水平较高,病毒嗜性预测分析将有助于采取针对性的防治措施。     

2016-2017年山西省太原市艾滋病病毒感染者毒株基因特征及耐药分析

目的了解山西省太原市2016-2017年新报告未经治疗艾滋病病毒(HIV)感染者毒株亚型分布以及耐药毒株的传播。方法对太原市2016年8月至2017年12月新报告未经治疗的HIV/艾滋病患者(AIDS)进行调查。采集血样,提取RNA,获得pol区序列,构建系统进化树判定亚型。应用美国斯坦福大学HIVdb Program库进行耐药解读,并运用HyPhy 2.2.4软件和Cytoscape 3.6.1软件进行HIV-1分子网络分析。结果从调查的251名新报告未经治疗HIV/AIDS中获得227条pol区序列。发现太原市HIV-1毒株以CRF01AE亚型为主,占52.0%(118/227),其次为CRF07BC亚型占32.6%(74/227);2016-2017年新报告未经治疗HIV/AIDS中HIV-1耐药率为5.3%(12/227),针对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)耐药率为5.3%(12/227),针对核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)耐药率为1.3%(3/227),未发现有蛋白酶抑制剂(PI)的耐药;按1.5%基因距离阈值构建分子网络入网率为40.1%(91/227),发现12个分子簇;亚型为CRF790107(P=0.01)的感染者入网率较高。结论太原市HIV-1流行毒株CRF01AE和CRF07BC两种亚型合计超过80%,针对NNRTI耐药率已超过5%;感染新型重组亚型CRF790107的感染者已形成簇传播,需加强该人群的调查和干预。     

HIV-1基因亚型变化与贵州省艾滋病流行特征分析

目的:研究贵州省HIV-1亚型变化与艾滋病流行特征的关系.方法:分3个时段检测贵州省多个地区190份HIV样本,用套式PCR扩增其env基因片段并测序分析,将实验结果与贵州省艾滋病流行特征进行相关分析.结果:1998年检出B、C/CRF07_BC/CRF08_BC和CRF01_AE 3种HIV-1毒株,此间艾滋病流行以B和C/CRF07_BC/CRF08_BC毒株为主,主要经血液途径传播(占86.4％);2002年检出毒株均为C/CRF07_BC/CRF08_BC亚型毒株,这一时段艾滋病流行以吸毒传播为主(占100％);2007年检出B、CRF01_AE、C/CRF07_BC/CRF08_BC等3种亚型毒株,以CRF01_AE毒株为主(占52.1％),主要经性传播.结论:贵州HIV流行毒株随时间和传播途径变化而发生变化;目前主要流行毒株为CRF01_AE亚型毒株,主要在性接触人群中传播;对HIV-1基因亚型进行及时监测,能够预测艾滋病的流行特征.     

广州市孕产妇人群HIV-1亚型分布和耐药特征分析

目的 了解广州市孕产妇人群艾滋病病毒1型（HIV-1）亚型和耐药情况。 方法 收集广州市2009 — 2014年孕产妇人群HIV-1抗体阳性样本,扩增蛋白酶（PR）和反转录酶（RT）基因序列,测序后构建系统进化树确定亚型,并与斯坦福大学HIV耐药数据库比对进行耐药分析。 结果 成功获得178份基因片段,其中10份为外籍病例;中国籍病例以CRF01_AE ［42.86%（72/168）］ 和CRF07_BC ［31.55%（53/168）］为主,外籍病例以C和CRF01_AE为主,各占30.00%（3/10）。 中、外籍病例的亚型分布差异有统计学意义（P＜0.001）。 样本总体耐药突变率为12.36%（22/178）,低度以上耐药率为5.62%（10/178）,蛋白酶抑制剂（PIs）、核苷酸反转录酶抑制剂（NRTIs）和非核苷酸反转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药率分别为2.81%（5/178）、1.12%（2/178）和2.25%（4/178）。 耐药突变率最高的亚型为C亚型［50.00%（3/6）］。 5例外籍病例携带耐药突变,其中3例为耐药病例。 3.37%（6/178）样本被预测对单类药物呈高度耐药,未发现对多类药物呈高度耐药的样本。 结论 广州市HIV感染的孕产妇人群中有12种病毒亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC为主,耐药突变率及耐药率低,但存在PIs或NRTIs或NNRTIs的高度耐药毒株且外籍病例具有较高耐药突变率和耐药率。      

近全长序列分析HIV-1独特型CRF01_AE/B''重组病毒基因

目的：对上海市发现的1例独特类型的CRF01_AE／B’重组病毒株进行近全长序列分析，以了解其DNA序列的特征．方法：应用巢式逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法，分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段，进行克隆、测序．并分析其遗传进化树和序列断点位置。结果：近全长序列分析提示，该患者所感染的病毒由CRF01_AE和HIV-1B’亚型嵌合组成，两者各占约50％：其多聚酶蛋白基因（Pol）和外膜糖蛋白基因（Env）区均有HIV-1B’亚型片段和CRF01_AE片段嵌合组成：2种亚型病毒DNA片段嵌合点的位置与过去报道的重组病毒株（CRF15_AE／B、CRF33_AE／B和CRF34_AE／B）均不同：结论：在我国常见流行的HIV-1CRF01_AE重组病毒与B’亚型已在HIV-1感染人群中发生重组，其可能是在我国散发流行的独特型重组病毒株。     

2011年浙江省台州地区新发现HIV-1感染者分子流行病学调查

目的 了解2011年浙江省台州地区新发现艾滋病病毒（HIV）感染者的基本情况以及不同HIV-1基因亚型的分布情况。方法 选取台州市2011年新发现未经抗病毒治疗的HIV感染者抗凝全血标本140份,提取血浆中的病毒RNA,通过RT-PCR扩增HIV-1 pol 区的蛋白酶基因全序列与反转录酶基因部分序列,使用HIV-Blast软件判定亚型。结果 2011年台州地区新发现的未经抗病毒治疗的HIV感染者男女性别比为3.24:1,感染者中92.86%为性传播感染,3.57%为注射毒品感染;共检测出5种HIV-1基因亚型,分别为CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B和C亚型。性传播感染人群中57.14%为CRF01_AE亚型,注射毒品人群中以CRF07_BC亚型为主。结论 台州地区艾滋病患者以性传播途径感染为主,HIV-1基因亚型呈多样性特点,CRF01_AE亚型流行于性传播感染人群,而CRF07_BC亚型流行于毒品注射感染人群。     

沈阳市新诊断HIV感染者整合酶抑制剂原发耐药研究

目的 明确沈阳市新诊断的HIV-1感染者整合酶抑制剂（Integrase inhibitors, InIs）耐药株的传播情况。方法 回顾性收集2018年6月至2019年3月沈阳市新诊断的HIV感染者80例，扩增血浆病毒RNA的整合酶编码基因，系统进化分析病毒基因型，以Stanford HIV耐药数据库解读耐药基因突变，计算原发耐药率并分析不同亚型毒株耐药相关自然多态性。结果 80例HIV-1感染者中共检出CRF01_AE感染者51例，占63.8%；CRF07_BC感染者14例，占17.5%，B亚型感染者6例，占7.5%；其他不典型重组9例，占11.3%。2例CRF01_AE感染者检出R263K突变，1例B亚型感染者检出E138A突变，耐药率3.8%。CRF01_AE感染者在整合酶耐药相关位点 50、74、119、153位氨基酸具有多态性，频率分别为5.9%、2.0%、13.7%和4.0%；而CRF07_BC感染者在在整合酶耐药相关位点50、74、157位上氨基酸具有多态性，频率均为7.1%。结论 沈阳市新诊断HIV感染者InIs原发耐药率较低，但少数感染者在整合酶耐药相关位点具有氨基酸多态性。需要加强整合酶耐药监测，并加强对我国常见HIV流行株的耐药基因型及表型研究，更好地解读耐药突变的意义。     

云南省2006年HIV-1流行毒株的基因测定

目的 为了研究在中国云南流行的艾滋病毒I型(HIV=1)流行毒株的亚型类型与变异特征,进行分子流行病学研究,为艾滋病预防控制工作提供参考.方法 血浆来源于云南省监测系统中的19例HIV-1感染者.采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法,从19例患者血清中扩增HIV-1pol-gag共同拥有区片段并直接进行序列测定,所得序列用BioEdit和Mega软件进行亚型及系统发生树分析.结果 19例标本结果显示,12例为CRF08-BC、3例为CRF07-BC、1例为B型、3例为CRF01-AE型.19例毒株间的基因离散率都比较小,CRF08-BC亚型毒株间的基因离散率为2.45%,CRF07-BE亚型毒株间的基因离散率为2.16%;B亚型毒株为5.00%;CRF01-AE亚型毒株与来自泰国的流行CRF01-AE毒株AB032741、U51189的基因离散率分别为3.12%、3.22%.结论 上述结果表明,云南地区CRF-BC重组亚型已成为HIV-1流行病学优势亚型,结果基本上反映了我国HIV-1分子流行病学现状.     

湛江地区献血人群HIV的基因分型及ELISA单试剂阳性者追踪检测的研究

目的了解湛江市无偿献血人群中人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)基因分型,推测湛江市HIV病毒来源,为湛江市防控艾滋病和临床用血安全提供依据。方法从23例经湛江市CDC WB法确认的HIV无偿献血者血液中提取RNA,用RT-PCR进行gag基因扩增,并对扩增产物进行测序和序列分析。对68例ELISA单试剂阳性者献血后每2周采血1次再次检测,检测呈双试剂阳性者通过WB法确认。结果 23例阳性感染者均为HIV-1,其中12例(52.2%)为CRF01_AE重组亚型;10例(43.5%)为CRF07_BC重组亚型;1例(4.3%)为01B型。68例ELISA单试剂检测阳性者中有1例8周后确认为HIV-1 CRF01_AE重组亚型,1例10周后确认为HIV-1 CRF07_BC重组亚型,35例连续追踪6个月后依然为单试剂检测阳性,31例由于多方面的原因无法追踪,最后放弃。结论湛江地区献血人群中HIV-1亚型以CRF01_AE和CRF07_BC为主。35例单试剂阳性者可能与感染了弱病毒株或其体内病毒受体或其他病毒感染相关的基因存在变异有关,需要进一步追踪研究。     

2007-2013年上海市HIV-1感染者毒株耐药监测

目的 了解上海市2007-2013年HIV-1感染者的原发耐药基因突变情况,掌握耐药毒株变化趋势。 方法 随机选取2007-2013年随访的常住上海未经抗病毒治疗的HIV-1感染者血浆标本1296例,进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、DNA测序、亚型鉴定,并与国际HIV耐药数据库比对分析。 结果 获得1085例pol区基因片段,其中亚型分布显示,CRF01_AE 651例(60.0%),其次为CRF07_BC 253例(23.3%)、B亚型97例(8.9%)、CRF08_BC 52例(4.8%)、C亚型12例(1.1%)、CRF01_B 10例(0.9%)、F2亚型2例(0.2%)、G亚型2例(0.2%)、CRF02_AG 5例(0.5%)和CRF03_AB 1例(0.2%)。原发耐药率平均为1.4%,其中核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)耐药相关突变率为0.3%(3/1085),非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)耐药相关突变率为0.9%(9/1085),整合酶抑制剂(IN)耐药相关突变率为0.2%(2/1085)。同时发生对蛋白酶抑制剂(PIs)和NNRTIs的耐药相关突变1例。 结论 2007-2013年上海市HIV-1感染者中存在原发耐药基因变异,耐药率呈下降趋势,从2007年的4.5%下降到2013年的1.1%。耐药基因型以CRF01_AE为主,男男同性传播为主,极少数HIV感染者同时存在对2种主要治疗药物耐药,应加强CRF01_AE耐药毒株的动态监测和研究,尤其是在男男性接触人群中的变化趋势。     

2013年上海市男男性行为人群新发现艾滋病病毒感染者流行病学特征对比分析

目的 对上海市2013年新发现的男男性行为（MSM）人群未经抗病毒治疗的艾滋病病毒1型（HIV-1）感染现况进行调查,为上海市老年人群医疗保障措施及艾滋病防治对策提供参考。方法 知情同意前提下,对新发现HIV感染者进行个案流行病学调查并采集血样,进行反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序与亚型鉴定。将52例50岁年龄组与591例50岁年龄组人群做相应对比,揭示该人群人口学、行为学及基因亚型的分布特征。结果 50岁MSM人群亚型分析结果以CRF01_AE为主,占48.1%（25/52）,其次为CRF07_BC占26.9%（14/52）,B亚型占11.5%（6/52）,CRF08_BC占3.8%（2/52）,01B亚型为9.6%（5/52）。CRF01_AE在50岁年龄组中的比例（48.1%）明显低于50岁年龄组的63.8%（2=11.18,P0.05）,并且在病程进展及死亡等方面差异有统计学意义,提示在50岁年龄组可能更容易进展到艾滋病期。结论 上海市50岁MSM人群感染者以上海本地户籍为主,虽然基因亚型也以CRF01_AE亚型为主,但基因亚型呈多样性。应重视该人群亚型的发展和演变,有针对性地加强本地户籍50岁男性艾滋病宣传、高危行为干预,制定科学并有针对性的艾滋病防治策略。     

沈阳市新诊断HIV感染者整合酶抑制剂原发耐药分析

目的明确沈阳市新诊断的HIV-1感染者整合酶抑制剂(integrase inhibitors, InIs)耐药株的传播情况。方法回顾性收集2018年6月至2019年3月沈阳市新诊断的HIV感染者80例,扩增血浆病毒RNA的整合酶编码基因,系统进化分析病毒基因型,以Stanford HIV耐药数据库解读耐药基因突变,计算原发耐药率并分析不同亚型毒株耐药相关自然多态性。结果 80例HIV-1感染者中共检出CRF01_AE感染者51例,占63.8%;CRF07_BC感染者14例,占17.5%,B亚型感染者6例,占7.5%;其他不典型重组9例,占11.3%。2例CRF01_AE感染者检出R263K突变,1例B亚型感染者检出E138A突变,总体耐药率为3.8%。CRF01_AE感染者在整合酶耐药相关位点50、74、119、153位氨基酸具有多态性,频率分别为5.9%、2.0%、13.7%和4.0%;而CRF07_BC感染者在整合酶耐药相关位点50、74、157位上氨基酸具有多态性,频率均为7.1%。结论沈阳市新诊断HIV感染者InIs原发耐药率较低,但部分感染者在HIV整合酶耐药相关位点具有氨基酸多态性。需要加强HIV整合酶耐药监测及对我国常见HIV流行株的耐药基因型和表型研究,更好地解读HIV整合酶耐药突变的意义。     

云南省德宏和昆明地区高效抗逆转录病毒治疗后HIV-1流行毒株pol区基因变异分析

目的 调查云南省德宏和昆明两个地区HIV-1流行毒株pol区基因在接受HAART后的变异情况.方法 选择接受HAART 1年以上血浆HIV-1病毒载量＞1 000拷贝/ml的139例HIV/AIDS患者,提取血浆中HIV-1 RNA,采用RT-nested-PCR扩增HIV-1的pol区基因蛋白酶(PR)和逆转录酶(RT)基因片段,测定DNA序列.经拼接整理后与美国斯坦福大学网站提供的HIV耐药数据库(Stanford HIV Drug Resistance Database)进行比对,分析耐药突变位点,采用MEGA 4.1构建系统进化树以确定HIV的亚型,结合HIV/AIDS患者流行病学资料进行综合分析.结果 昆明地区患者HIV以T215F/NY/I、M41L/M和T69G/N/I/S/A/D突变较多,突变率分别为39%(24/62)、27%(17/62)和27%(17/62),高于德宏地区患者HIV的相应突变率[分别为16%(11/69)、13%(9/69)和9%(6/69)],差异有统计学意义(x2值分别为8.646、4.242和7.909,P均＜0.05).德宏地区HIV-1流行毒株pol区基因亚型主要为CRF01_AE亚型为32%(22/69)、C亚型为25%(17/69)、B亚型19%(13/69).而昆明地区主要是08_BC亚型60%(37/62)、CRF01_AE亚型21%(13/62)和07_BC亚型15%(9/62).结论 云南省德宏、昆明两地区HIV-1流行毒株pol区基因PR、RT基因突变频率存在部分差异,昆明地区T215F/N/Y/I、M41L/M和T69G/N/I/S/A/D突变率高于德宏地区.两地共检出HIV-1流行毒株pol区基因CRF01_AE、B、C、BC、08_BC和07_BC共6种基因亚型.

Abstract：

Objective To investigate the variations in the pol region of HIV-1 strain in treatment failed patients in Yunnan province's Dehong prefecture and Kunming. Methods Blood samples were collected from 139 patients who experienced treatment failure ( HAART treatment ＞ 1 years and HIV-1 RNA Viral load ＞ 1 000 copies/ml). HIV-1 RNA was extracted from plasma, and nested-PCR was performed for amplification of PR and RT genes on the HIV-1 pol region. The PCR products were then sequenced and submitted to Stanford HIV Drug Resistance Database for comparison. The evolution tree was built up with MEGA 4. 1 system, combined with patients' demographics. Results The most prevalent mutation in Kunming patients were T215F/N/Y/I, M41L/M, and T69G/N/I/S/A/D, the mutation rates were 39%(24/62), 27% (17/62) and 27% (17/62) , respectively, which were higher than the corresponding mutations in the Dehong prefecture [16% ( 11/69), 13% (9/69) and 9% (6/69)]. The rate differences were statistically significant ( x2 = 8.646, 4.242 and 7. 909, all P ＜ 0.05 ). The most common HIV-1 pol region subtype in the Dehong patients were CRF01_AE subtype (32%, 22/69), followed by C subtype (25% ,17/69), and B subtype ( 19%, 13/69). Major subtypes in Kunming patients were 08_BC (60%,37/62 ), CRF01_AE subtype(21% , 13/62 ) and 07_BC ( 15% ,9/62). Conclusions Partial differences of the point mutations of the HIV-1 strain pol region and frequency of their occurrences exist among Dehong and Kunming patients, HIV-1 strains in Dehong prefecture for the NNRTIs mutations at the T215 Y/N/T, M41L and T69G/N/I/S/A/D are significantly higher than those in Kunming. Six isoforms are found respectively:CRF01_AE, B, C, BC, 08_BC and 07_BC from the epidemic strains of HIV-1 pol region subtype in Dehong and Kunming areas.     

云南省2006年HIV-1流行毒株的基因测定

目的为了研究在中国云南流行的艾滋病毒Ⅰ型（HIV-1）流行毒株的亚型类型与变异特征，进行分子流行病学研究，为艾滋病预防控制工作提供参考。方法血浆来源于云南省监测系统中的19例HIV-1感染者。采用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）法，从19例患者血清中扩增HIV-1pol—gag共同拥有区片段并直接进行序列测定，所得序列用BioEdit和Mega软件进行亚型及系统发生树分析。结果19例标本结果显示，12例为CRF08-BC、3例为CRF07-BC、1例为B型、3例为CRF01-AE型。19例毒株间的基因离散率都比较小，CRF08-BC亚型毒株间的基因离散率为2．45％，CRF07-BC亚型毒株间的基因离散率为2．16％；B亚型毒株为5．00%；CRF0-1AE亚型毒株与来自泰国的流行CRF01-AE毒株AB032741、U51189的基因离散率分别为3．12％、3．22％。结论上述结果表明，云南地区CRF—BC重组亚型已成为HIV-1流行病学优势亚型，结果基本上反映了我国HIV-1分子流行病学现状。     

上海市常住人口HIV-1感染者基因亚型和耐药性突变横断面研究

目的:采用分层整群随机抽样原则,对本市95例已确诊的人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)感染者进行基因亚型和耐药性突变研究,以了解上海市HIV-1基因亚型及耐药性HIV-1的流行情况。方法:应用巢式RT-PCR扩增HIV-1聚合酶基因,经DNA测序后进行进化系统树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与国际耐药数据库比对,辨别耐药性突变位点,结合流行病学资料进行分析。结果:①在95例本市HIV感染者中经RT-PCR扩增并获得基因亚型序列70例,基因分型以CRF01_AE重组体30例(42.9%)为主,其余分别为B亚型6例(8.6%)、B’亚型10(4.3%)、G亚型2例(2.9%)、K亚型1例(1.4%)、CRF02_AG3例(4.3%)、CRF07_BC8例(11.4%)和CRF08_BC7例(10.0%),亚型间或重组体间二重重组体(CRF02_AG/CRF01_AE、B/CRF01_AE、K/G)3例(4.3%);②耐药分析结果表明,本组人群的蛋白酶抑制剂(PIs)原发耐药突变率为4.3%。在抗病毒治疗的HIV感染者15例中,11例(73.3%)发生反转录酶抑制剂(RTIs)耐药基因突变,其中核苷和非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变率分别为10例和11例(66.7%和73.3%),远高于未治疗者。结论:本研究分析了上海市HIV-1基因亚型和耐药突变的流行与变迁情况,对HIV-1遗传变异多样性和耐药监测体系的建立及上海市的艾滋病预防和控制工作有重要指导意义。     

我国237例未接受抗病毒治疗的HIV/AIDS患者中原发性基因型耐药监测和病毒亚型分析

目的 分析237例HIV/AIDS患者中原发性耐药的发生率和病毒亚型分布情况.方法 从河南、云南、上海等20个地区采集237例未经抗病毒治疗的HIV/AIDS患者血浆HIV-1进行基因测序,通过病毒亚型分析软件REGA HIV-1 Subtyping Tool确定测序样本的HIV-1亚型,并与斯坦福大学HIV耐药数据库比对确定测序样本HIV-1耐药相关突变位点.采用b-DNA方法检测患者血浆病毒载量,采用流式细胞仪检测CD4+ T淋巴细胞计数.结果 237例未接受抗病毒治疗的HIV/AIDS患者感染的HIV-1毒株分布为A1、B、C、CRF01-AE、CRF02-AG、CRY7-BC、CRF08-BC、CRF12-BF、G等9个不同亚型,可能的感染时间分布在1990-2006年.237例患者中仅有3例分别对核苷类逆转录酶抑制剂高度耐药、蛋白酶类抑制剂低度耐药和非核苷类逆转录酶抑制剂高度耐药,原发性耐药的发生率为1.3%(3/237).结论我国部分地区未经抗病毒治疗的HIV/AIDS患者中HIV-1原发性基因型耐药的发生比例处于较低水平,病毒亚型分布在9个亚型.     

中国5个地区HIV感染的献血者HIV基因型进化与感染阶段及耐药性分析

目的了解国内不同地区献血人群中HIV基因型、亚型分布与系统发育情况以及不同地区HIV流行病毒株的感染阶段和耐药性。方法收集重庆、新疆乌鲁木齐、河南洛阳、四川绵阳和广西柳州5地区无偿献血者抗-HIV阳性血浆标本176(人)份,采用逆转录巢式PCR对其HIV POL基因片段扩增并测序,同时用HIV Lag试剂盒做感染阶段的测试;应用MEGA 7.0软件构建HIV分子进化树并对其做基因分型,在Stanford University HIV Drug Resistance Database上对HIV不同基因型做耐药性分析。结果本组献血者抗-HIV阳性血浆标本获得HIV POL基因片段成功扩增的比例为44.3%(78/176),其中重庆为37.8%(31/82)、乌鲁木齐为48.5%(16/33)、绵阳为71.43%(10/14)、洛阳为40%(4/10)、柳州为45.9%(18/37)。所有阳性PCR产物(HIV POL基因片段成功扩增的标本)经双向测序后均获得核苷酸序列,共检测出5个HIV基因亚型:B 1.3%(1/78)、CRF07_BC 74.4%(58/78)、CRF01_AE 16.7%(13/78)、CRF08_BC 5.1%(4/78)、CRF55_01B 2.47%(2/78)。所有阳性PCR产物所得序列经分析共检测出7个(9.0%)耐药性突变,包括4个PI accessory(Q58E、I84M)突变,2个NRTI(D67N)突变和1个NNRTI(V179E)突变。既往感染的154例(87.5%)与新近感染22例(12.5%)HIV,在基因型分布上没有展现出明显的差异性(P0.05)。结论我国献血人群HIV基因亚型多样性较强,以CRF07_BC为主;同时在本调查区域内的献血者中发现CRF55_01B,提示献血人群中或存在HIV感染的男-男性接触者。