二重荧光定量PCR检测鼠疫菌应用评价

目的建立一种基于Taqman探针的二重荧光定量PCR检测鼠疫菌方法,并进行应用评价。方法对收集的标本进行二重荧光定量PCR和鼠疫细菌学检测,然后进行统计分析。结果在209份样品中,二重荧光定量PCR检出鼠疫菌核酸阳性40份(19.14%),鼠疫菌分离培养检出阳性32份(15.31%),两种方法关联性有统计学意义(χ2=153.53,P0.01),优势差异也有统计学意义(χ2=6.13,P0.05)。结论本实验室所建立的二重荧光定量PCR检测鼠疫菌明显优于鼠疫菌分离培养,且操作简单、实验时间短,可作为鼠疫早期快速诊断方法。     

云南省金沙江中下游流域致病性耶尔森菌调查研究

目的 了解云南省金沙江中下游流域鼠疫耶尔森菌、假结核耶尔森菌及小肠结肠炎耶尔森菌3种致病性耶尔森菌的分布及流行现状。方法 选择云南省金沙江中下游流域5个县，采集鼠盲肠及犬肛门拭子标本，通过冷增菌后提取增菌液DNA并对foxA、ail、inv、caf1等特异基因进行PCR检测，基因阳性可疑标本进行菌株分离纯化后进行菌落PCR鉴定，对实验结果进行统计分析。结果 采集标本1 631份，其中鼠盲肠段标本985份、犬肛门拭子标本646份。自鼠肠道中共分离到小肠结肠炎耶尔森菌24株，分离率为2.44%(24/985),自犬肛门拭子中共分离到14株，分离率为2.17%(14/646),小肠结肠炎耶尔森菌总分离率为2.33%(38/1 631),且38株小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因检测均为阴性；自昭通永善县犬肛门拭子中分离到唯一1株假结核耶尔森菌，分离率为0.15%(1/646);未分离到鼠疫耶尔森菌。结论 云南省金沙江中下游流域鼠和家犬中携带非致病性小肠结肠炎耶尔森菌，云南省首次自鼠疫指示动物犬中分离到假结核耶尔森菌，未发现鼠疫耶尔森菌的相关线索。     

1341例疑似肺孢子菌肺炎非HIV阳性患者病原学诊断分析

目的探讨六亚甲基四胺银(gomori’s methenamine silver,GMS)染色镜检法和聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法检测肺孢子菌肺炎(pneumocystis pneumonia,PCP)患者标本的阳性率,为临床提供更有利的实验室支持依据。方法采集1341例疑似PCP患者的深部诱导痰或支气管肺泡灌洗液(broncho-alveolar lavage fluid,BALF)标本,GMS镜检法和PCR法相结合检测肺孢子菌,任何一种方法检测阳性,即判断为PCP。结果共285例诊断为PCP,其中114例为GMS染色镜检法阳性,282例为PCR法检测阳性,111例为2种检测方法双阳性,3例为GMS染色镜检法单独阳性(均为肾移植术后BALF样品),171例为PCR方法单独阳性。深部诱导痰标本中,GMS染色镜检法和PCR法阳性检出率分别为5.1%和16.2%(P<0.05);而BALF标本二者的阳性检出率分别为23.3%和42.2%(P<0.05)。未知原因发热合并肺炎患者和器官移植后接受免疫抑制剂治疗者有更高的阳性检出率。结论 PCR法检测PCP阳性率高于GMS染色镜检法,PCR法检测与GMS染色镜检法结合诊断PCP对临床具有较高指导价值。     

西藏尼木县一起动物间鼠疫的实验室判定

目的对西藏自治区拉萨市尼木县一起动物间鼠疫进行实验室判定。方法取病死喜马拉雅旱獭脏器标本进行细菌学检测和抗原检测,采用实时荧光定量PCR检测鼠疫杆菌核酸(chro392基因)。结果病死喜马拉雅旱獭脏器标本鼠疫杆菌检测阳性、鼠疫F1抗原检测阳性、实时荧光定量PCR检测鼠疫杆菌核酸阳性。结论该病死喜马拉雅旱獭实验室检测为鼠疫杆菌感染所致,据此判定尼木县此次事件为动物间鼠疫疫情。     

丽江市古城区首次证实一起鼠间鼠疫疫情北大核心CSCD

目的对丽江市古城区的一起鼠间鼠疫进行判定。方法对1份干燥自毙大绒鼠标本进行鼠疫反相间接血凝抑制试验(RIHA)、聚合酶链式反应(PCR)及实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测。结果该标本经免疫学检测、PCR及RT-PCR检测均为阳性。结论确认丽江市古城区鼠间鼠疫疫情。     

应用内部对照PCR技术检测鼠疫菌DNA

目的调查吉林省长岭县鼠疫疫源地鼠疫活动信息。方法应用内部对照PCR方法直接检测鼠类脏器中鼠疫菌特有的基因片段并进行分析。结果共检查100份黄鼠标本,结果均为阴性,与细菌培养结果一致,未发现鼠疫信息。结论内部对照PCR检测技术可作为鼠疫菌DNA检测方法之一     

胶体金免疫层析法检测鼠疫F1抗原的研究

目的 研究胶体金免疫层析试纸条检测鼠疫F1抗原的敏感性和特异性.方法通过鼠疫F1抗原单克隆抗体(F1MAb)捕捉F1抗原的胶体金免疫层析(GICA)试纸条,检测308只强毒鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)感染鼠脏器标本和225份对照鼠(达乌尔黄鼠217只,小白鼠5只,豚鼠3只)标本,同时用鼠疫反向间接血球凝集试验(RIHA)微量法和细菌培养做平行检测.结果 225只对照鼠鼠疫细菌学检验及GICA和RIHA的F1抗原检测均为阴性,GICA和RIHA在1×108 cfu/ml水平上未发现与近缘假结核耶尔森菌有交叉反应.GICA、RIHA对鼠疫菌检测灵敏性为2.5×105、2.0×105cfu/ml;检测F1抗原灵敏性为1、10 μg/L.GICA与细菌学检验符合率为97.94%(522/533),Kappa值=0.959,阳性检出率组间比较,差异无统计学意义(x2=0.36,P＞0.05);与RIHA符合率为97.94%(522/533),Kappa值=0.959,阳性检出率组间比较差异有统计学意义(x2=9.09,P＜0.05).308只实验鼠样本细菌培养阳性284只,284份细菌培养阳性标本中,GICA有280份检测阳性,阳性率为98.59%,高于RIHA[阳性率为96.13%(522/533)],两组比较差异有统计学意义(x2=5.14;P＜0.05).GICA的敏感度为98.59%(280/284),特异度为97.19%(242/249),阳性预测值为97.56%(280/287),阴性预测值为98.37%(242/246),Youden指数为0.9578.结论 GICA检测鼠疫F1抗原敏感特异,快速简便,是鼠疫早期快速诊断中有应用价值的检测技术.     

鼠疫菌pYC质粒标识基因在动物及蚤检测中的应用

目的评价云南鼠疫菌pYC质粒标识基因的特异性及在鼠疫监测中的应用。方法应用pYC质粒标识基因引物yd1，yd2并以鼠疫菌特异性基因pla，fra作为对照进行PCR实验，观察实验室感染标本和现场样品的检出情况。结果共检测实验感染动物脏器8份，均为阳性。检测现场收集的黄胸鼠脏器22份，阳性6份，阳性率27.27%。检测感染的蚤类67份，阳性13份，阳性率19.40%，试验引物yd1，yd2与对照引物pla，fraPCR检测结果其特异性和敏感性均一致。结论将yd1，yd2引物，联合pla，fra引物，建立鼠疫PCR快速诊断方法，应用于云南、广西、贵州判断鼠疫菌、监测鼠疫信息，具有重要的实际意义。     

优化单管巢式PCR反应条件在临床结核菌检测中的必要性

目的为进一步了解反应条件对PCR结果的影响?方法通过调整单管巢式PCR反应的模板量?外引物浓度和外循环数,并随机选取临床细菌学检测确定的菌阳及菌阴患者的标本进行PCR扩增检测?结果1.单管巢式PCR反应条件中的模板量及外引物循环数对检测结果的影响较大?提示在各个实验室进行PCR反应临床标本检测时,优化反应条件的重要性?2.经优化的反应条件检测临床痰标本,PCR结果与临床细菌学阳性结果的符合性较高(大于90%),对细菌学阴性患者的标本的阳性检出率为53%,并具有很高的重复性?结论证明了优化PCR反应条件的必要性?     

北京市顺义区零售生猪肉中小肠结肠炎耶尔森菌的检测与病原特征分析

目的 获得北京市顺义区零售市场生猪肉中小肠结肠炎耶尔森菌的分布及病原特征。方法 采集样本,应用细菌增菌培养并同时对增菌液进行荧光PCR预筛查的方法检测小肠结肠炎耶尔森菌。对于鉴定阳性菌株应用传统PCR及多重荧光PCR方法分析5种毒力基因的分布特征。应用肉汤稀释法获得分离菌株的耐药特征并应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行菌株分子分型。结果 70份样本中19份增菌液foxA基因实时荧光PCR筛查阳性,阳性率为27.14%(19/70)。19份foxA筛查阳性标本培养获得小肠结肠炎耶尔森菌。19株菌对头孢唑啉、氨苄西林、头孢西丁、氨苄西林/舒巴坦耐药率分别为97.74%、84.21%、47.39%和42.11%,其携带毒力基因特征均为ail-/ystA-/ystB+/yadA-/virF-。17株菌完成PFGE检测并被分为15种带型。结论 针对增菌液进行荧光PCR预筛查,可提高食品样本中小肠结肠炎耶尔森菌分离培养的检出率。菌株毒力基因的荧光PCR组合检测可快速获得分离菌株的毒力特征。本次研究中分离自本地区零售生猪肉中的小肠结肠炎耶尔森菌未发现显著遗传聚集性特征。     

鼠疫耶尔森菌特异基因扩增引物应用于鼠疫菌的鉴定研究

目的研究一种快速鉴定鼠疫菌的PCR方法。方法选用针对鼠疫菌特异序列的6对引物进行PCR扩增,以其它近缘的肠道致病菌做对照,并测序比较鉴定。结果鼠疫菌均能扩出预期产物,而其他近缘的肠道致病菌菌株均不能扩出预期产物。结论这些引物具有较高的特异性,可迅速、有效地鉴定鼠疫菌,并与其它近缘的肠道致病菌相鉴别。     

多重PCR快速鉴定鼠疫耶尔森氏菌

目的　建立鼠疫耶尔森氏菌多重PCR鉴定系统 ,用于鼠疫耶尔森氏菌的快速鉴定。方法　针对分别存在于pFra、pRst质粒上毒力基因caf1和pla ,以及一段 2 76bp染色体序列 3a分别设计引物。采用多重PCR技术 ,同时检测caf1、pla、3a三个靶序列。结果　应用该多重PCR反应体系 ,对我国鼠疫耶尔森氏菌 17个生态型及新发现的青海田鼠鼠疫疫源地菌株的多重PCR扩增结果表明 ,实验菌株中除 2株分别缺失pFra、pPst质粒而扩增出 2条产物带外 ,其余 5 2株均扩增出预期的 3条产物带 ,相关菌株均阴性 ,其检测灵敏度为 1× 10 -4ngDNA。 结论　该方法用于鼠疫耶尔森氏菌的鉴定简便、快捷 ,具有很高的特异性和敏感性 ,为鼠疫耶尔森氏菌的快速鉴定提供了有力手段     

Quantitative competitive PCR as a technique for exploring flea-Yersina pestis dynamics

We used a quantitative competitive polymerase chain reaction assay to quantify Yersinia pestis loads in fleas and bacteremia levels in mice that were used as sources of infectious blood meals for feeding the fleas. Xenopsylla cheopis, the Oriental rat flea, achieved higher infection rates, developed greater bacterial loads, and became infectious more rapidly than Oropsylla montana, a ground squirrel flea. Both flea species required about 10(6) Y. pestis cells per flea to be able to transmit to mice. Most fleas that achieved these levels, however, were incapable of transmitting. Our results suggest that at the time of flea feeding, host blood must contain > or = 10(6) bacteria/ml to result in detectable Y. pestis infections in these fleas, and > or = 10(7) bacteria/mL to cause infection levels sufficient for both species to eventually become capable of transmitting Y. pestis to uninfected mice. Yersinia pestis colonies primarily developed in the midguts of O. montana, whereas infections in X. cheopis often developed simultaneously in the proventriculus and the midgut. These findings were visually confirmed by infecting fleas with a strain of Y. pestis that had been transformed with the green fluorescent protein gene.     

从动物和土壤中直接检测鼠疫耶尔森氏菌

目的　探讨用防污染的 PCR- EL ISA(U DPE)技术检测人为污染的土壤和感染的动物标本的可行性。方法　根据鼠疫耶尔森氏菌 Cafl和 Pla基因分别设计了 3条引物 ,组合成 3对引物 ,建立 U DPE检测技术。结果　利用该实验体系可以检出每克土壤中 10 0 0个鼠疫耶尔森氏菌的污染。比检测纯细菌的敏感性低 2 0 0倍 ,说明土壤中有抑制 PCR反应的因子。对 2 0只实验组动物 40份标本 (肝脏和脾脏 )的培养、U DPE和 PCR-电泳检测表明 ,3种方法的检出吻合率为 10 0 % ,均能从 40份标本中检出靶细菌 ,而用 3种方法检测对照组动物的 2 0份肝脏和脾脏均为阴性。结论　利用 UDPE技术可以被用于动物脏器中鼠疫耶尔森氏菌的检测     

Detection of plague microbe in the fleas by polymerase chain reaction by using magnetic immunosorbents

The polymerase chain reaction (PCR) with and without pre-treatment of the samples of the fleas Citellophilus tesquorum with magnoimmunosorbents was used to detect the plague microbe in the samples containing 142, 168, 193 or more bacterial cells. PCR analysis reduced the time of tests of ectoparasites for plague to 6 hours. The use of a combination of PCR and magnoimmunosorbent simplified the most time-consuming and longest stage of isolation of plague microbial DNA from the suspensions of the fleas, which allows the time of a test to be reduced to 3 hours. The administration of an affine sorbent having magnetic properties during treatment of samples with plague-infected exoparasites for PCR analysis makes it possible to have a specific concentration of Yersinia pestis and to prevent the inhibitory effect of flea tissues on the polymerase chain reaction, to use the boiling method for isolating microbial DNA and for disinfecting the material to be tested.     

用UDPE技术检测和鉴定鼠疫耶尔森氏菌

我们建立了用ＵＤＧ（尿嘧啶糖基化酶）防ＰＣＲ产物污染,以两个不同基因为靶序列扩增检测同一病原菌和用微孔板杂交－酶联显色检测ＰＣＲ产物的ＵＤＰＥ（ＵＤＥ－ＤｕｐｌｅｘＰＣＲ－ＥＩＡ）技术并用于鼠疫耶尔森氏菌的检测与鉴定。结果表明,该系统可以特异地检测和鉴定鼠疫耶尔森菌,检测灵敏度可以达到１ＣＦＵ／ｍｌ。     

鼠疫菌fra基因探针的研究

利用ＰＣＲ的方法，由鼠疫菌的ＤＮＡ中扩增获得了单一的，长２４９ｂｐ的基因片段。这一反应的特异性良好，可以作为鼠疫菌的一种鉴定标志。将这一片段地高辛标记制成探针，与国外已经试用过的，来自９．５ｋｂ质粒的９００ｂｐ探针相比较，表明该探针的特异性优良，可用于鼠疫的监测与对鼠疫菌分子生物学的进一步研究。     

长尾黄鼠带鼠疫菌越冬实验观察

目的 通过长尾黄鼠(简称黄鼠)带鼠疫菌越冬实验,分析黄鼠是否存在带菌越冬的可能性,为探讨鼠疫菌在黄鼠体内越冬保存提供依据.方法 在2006年9月至2007年4月和2007年9月至2008年4月,于新疆乌苏古尔图鼠疫自然疫源地内,在自然条件下模拟黄鼠带菌越冬过程,按1000万个菌/鼠,将鼠疫菌注射到178只黄鼠鼠鼷部皮下,进行黄鼠人工感染.将感染鼠疫菌的黄鼠置于鼠疫疫源地内人工修建的全黑(温度:1～5℃)地下室(距离地面下2 m)内,使其与外环境的黄鼠同步自然冬眠,待次年4月自然醒眠后,观察存活黄鼠体内的带菌情况.结果 接种鼠疫菌的178只黄鼠,经过6个多月的冬眠期(当年的10月至下年的4月),醒眠后存活鼠68只,其余110只未度过冬眠期全部死亡,存活率为38.2%(68/178).未完成整个冬眠期死亡的110只黄鼠进行解剖和脏器鼠疫菌培养,67只阴性(-),43只阳性(+),阳性牢为39.1%(43/110).在这些鼠疫菌阳性鼠中,可见明显的肺充血水肿,心、肝、脾、肾及注射部位可见明显出血性炎症等病理改变;阴性鼠未见任何病理改变.完成整个冬眠期醒眠后存活的黄鼠,正常饲养20 d后处死,经解剖观察,脏器中未见任何病理改变;取心、肝、脾、肺等脏器及注射部位进行鼠疫菌培养,全部呈阴性(-);抗体检查阳性率为69.1%(47/68),抗体滴度范围主要在1:32～1:64.结论 黄鼠可以带菌冬眠,但带菌过程未能覆盖整个冬眠期,呈不完全迁延性带菌过程;完成整个冬眠期存活的黄鼠未能检出鼠疫菌,表明黄鼠不能带菌越冬.     

鼠疫耶尔森杆菌蛋白YPO1996的融合表达与鉴定

目的在比较蛋白质组结果的基础上选择并构建pET32a-ypo1996,表达鼠疫耶尔森杆菌（Yersinia pestis）特异的假想蛋白YPO1996重组蛋白（rYPO1996）,为新鼠疫耶尔森杆菌诊断试剂的研究提供备选抗原。方法根据鼠疫菌CO92株全基因组序列设计引物,用PCR方法扩增目的基因YPO1996,将其定向插入表达载体pET32a（＋）上,转化至大肠埃希菌BL21（DE3）,用IPTG诱导,使重组质粒在工程菌中稳定高效地表达带组氨酸标签的融合蛋白,并亲和纯化该目的蛋白。通过SDS-PAGE方法对表达的蛋白产物进行初步分析,并用Western blot分析其抗原性。结果单、双酶切鉴定及DNA测序显示,目的基因YPO1996成功连接到表达载体pET32a（＋）上,SDS-PAGE显示表达产物分子质量单位约为53.11 ku,与预期值相符。重组蛋白经Western blot鉴定,能被兔抗免疫鼠疫菌EV株血清识别。结论成功构建了pET32a-ypo1996重组基因原核表达系统,表达的重组蛋白rYPO1996具有较好的可溶性及抗原性,可作为研发新型鼠疫耶尔森杆菌诊断试剂的备选抗原。     

基于核酸预混室温储运技术的荧光定量PCR快速检测鼠疫耶尔森氏菌

目的 实现荧光定量PCR技术在鼠疫现场和基层的应用。方法 本试验将已建立的基于核酸预混室温储运技术的荧光定量PCR方法应用于我国各鼠疫疫源地野生菌株的检测,进行特异性评价。选取分布于我国境内不同鼠疫疫源地野生鼠疫耶尔森氏菌株、鼠疫减毒菌株、耶尔森菌属近缘菌株假结核菌及小肠结肠炎菌进行荧光定量PCR检测。结果 55株鼠疫耶尔森氏菌及鼠疫减毒菌株扩增阳性,假结核耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌无阳性扩增,冻干试剂在室温25 ℃和37 ℃条件下可保存6个月,敏感性与冷冻保存无差异,核酸扩增诊断可在1 h内完成。结论 应用基于核酸预混室温储运技术的荧光定量PCR方法对我国各鼠疫疫源地55株鼠疫耶尔森氏菌检测呈现高度特异性,本试验冻干试剂具有可室温保存、便于运输、检测结果精准、快速等特点,具有较好的鼠疫现场应用前景。