山东省某中学一起腺病毒引起的呼吸道感染暴发的调查

目的调查山东省嘉祥县某中学发生的一起由腺病毒(Ad V)引发的呼吸道传染病疫情。方法结合现场流行病学和实验室检测等方法对该起呼吸道暴发疫情进行调查。采集发病者的咽拭子标本,利用15种常见呼吸道病毒的核酸检测套装对标本进行检测。确定病毒种类之后进行基因扩增并测序。在Gen Bank上与已知序列进行比对以确定其型别,并制作系统进化树。结果自2013年4月3日-7日,学校1 067名学生中共有12人发病。经PCR方法检测,4份Ad V基因为阳性。测序并比对后确定其全部为Ad V-7型。结论这次疫情由Ad V-7型引发,传播途径以呼吸道传播和密切接触为主,呼吸道症状相对较轻微。     

合肥市某小学急性呼吸道感染疫情的病原学分析

目的分析合肥市某小学一起急性呼吸道感染疫情病原学,为疫情发生的生物学病因提供依据。方法采用实时荧光PCR方法(Real-time PCR)对采集的10份患者咽拭子标本进行流感病毒和腺病毒核酸筛查,检出的腺病毒核酸阳性标本经普通PCR扩增腺病毒六邻体基因片段以进行序列测定,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统进化树分析,以确定其病毒型别。结果 10份咽拭子标本流感病毒核酸检测结果均为阴性,7份标本检出腺病毒核酸,进一步通过基因测序、序列比对、基因进化树分析确定为腺病毒3型。结论依据实验室检测结果并结合流行病学调查和临床症状,确认该起急性呼吸道感染疫情的病原体为人腺病毒3型。     

玉溪市一起人腺病毒感染导致的儿童呼吸道感染暴发疫情调查

目的了解云南省玉溪市一起儿童呼吸道感染暴发疫情的流行病学及病原学特征。方法对此次暴发进行现场调查, 对病例发病过程及流行病学特征进行描述性研究。采集与此次暴发有流行病学相关的住院病例咽拭子样本, 采用实时荧光PCR方法对样本进行腺病毒核酸检测, 并对腺病毒核酸阳性样本进行病毒分离培养, 对分离株进行六邻体基因扩增、测序。结果此次疫情历时11 d, 共出现58例住院患儿, 临床症状以发热、畏寒和扁桃体发炎为主, 在发病前7 d内有某游泳馆暴露史。所采集的20份咽拭子样本腺病毒核酸检测均为阳性, 分离培养得到13株腺病毒毒株。六邻体基因测序得出所测13株腺病毒序列相同, 基因进化树显示这批分离株均为腺病毒B群, 与人腺病毒7型参考株处于同一分支, 同源性为100.00%。结论此次疫情有明显的聚集性和儿童易感性, 引起疫情的病原为腺病毒7型。     

荧光PCR法检测手足口病病原体及其临床意义

目的 探讨荧光定量PCR法对手足口病病原学诊断价值,以便为临床提供简便易行的实验室方法.方法 采集75份具有典型临床表现手足口病患者的便标本,提取病毒RNA,采用荧光定量PCR法进行肠道病毒筛选,及肠道病毒71型(EV71)与柯萨奇病毒A组16型(CA16)的检测,并结合临床诊断进行比较分析.结果 手足口病患者的75份便标本中,共检测出肠道病毒核酸阳性73份,检出率为97.3％,CA16核酸阳性11份,EV71核酸阳性49份,肠道病毒核酸阳性且CA16和EV71核酸均阴性18份;EV71与CA16感染病例的临床表现相似,主要为发热、口腔溃疡和皮疹.结论 发病早期采集粪便用荧光PCR法进行手足口病病原体检测有助于及时作出手足口病的病原学诊断,且是一种简单易行的方法.     

1起腺病毒7型暴发的调查

目的 报告并分析1起腺病毒7型感染引起的暴发疫情的流行病学特征及原因,为预防控制类似医院感染疫情提供参考。方法 对某医院1起腺病毒7型暴发进行流行病学调查,描述疫情流行特征;鼻咽拭子标本中提取核酸,PCR法检测甲型、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等特异性基因片段。结果 本次疫情是1起腺病毒7型引起的暴发疫情,共报告14例病例,首发病例死亡,其余13例续发病例预后良好,且均与首发病例有密切接触史,除首发病例及其1名家庭成员是在院前感染外,剩余12例均在医院内感染发病,院内罹患率为14.00%。鼻咽拭子标本经PCR检测,腺病毒核酸检测阳性14份。结论 该医院未按规定启用发热门诊、发热患者未按要求进行预检分诊以及医护人员防护不规范是造成本次疫情暴发的主要原因,应加强院内感染的管控。     

实时荧光定量RT-PCR技术在手足口病疫情监测中的应用

[目的]对手足口病患者标本进行病毒核酸检测,探讨实时荧光定量RT-PCR方法在手足口病疫情监测中的意义。[方法]采用实时荧光定量RT-PCR方法对2010年3～8月连云港市采集的307份手足口病患者标本进行肠道病毒核酸检测,并对肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)进行分型。[结果]307份手足口病患者标本中有221份肠道病毒核酸阳性,阳性率71.99%,其中EV71型病毒核酸阳性标本123份,阳性率40.07%,CVA16型病毒核酸阳性标本66份,阳性率21.50%。[结论]实时荧光定量RT-PCR方法耗时短、特异性强、灵敏度高,可作为手足口病疫情监测的诊断方法。     

人腺病毒7型引起的呼吸道感染疫情病原分子生物学分析

目的对安庆市某部队一起人腺病毒7型引起的急性呼吸道感染暴发疫情进行病原学鉴定,并对其六邻体(Hexon)基因进行测序分析。方法采取Real-time PCR对采集的13份咽拭子标本进行腺病毒核酸检测,阳性标本接种Hep-2细胞进行病毒分离培养。收集阳性分离培养物,采用RT-PCR扩增Hexon的核苷酸序列进行测序,获得序列在NCBI GenBank数据库进行同源比对,MAGE6.0软件进行进化分析、构建进化树。结果获得10份阳性毒株培养物,Hexon基因序列与我国武汉7型腺病毒疫情株Z9/WH/CHN/2015(GenBank号为KX897164)100%同源,与2012AQHAdv7疫情株和2015AQHAdv7散发株100%同源性。结论该起疫情由人腺病毒7型感染引起,安庆地区流行的腺病毒疫情株基因型别稳定,此次的疫情可能源于本地的流行株。     

176例儿童手足口病病原体检测结果分析

目的对惠州市部分手足口病病例进行流行病学特征调查和病原学分析,明确导致手足口病肠道病毒的主要型别和分布特征,为制定预防控制措施提供实验室依据。方法选取2009年惠州地区各大医院临床诊断为手足口病的病例为对象,采集患者发病1周内的咽拭子、肛拭子、粪便、脑脊液和疱疹液共计176份标本,采用Real—time PCR对患者标本进行总肠道病毒、柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）和肠道病毒71型（EV71）特异性核酸检测,同时运用CoxA16型和EV71型的特异性引物,采用RT-PCR法进行平行核酸分型检测。结果实时荧光定量PCR法检测176份标本,肠道病毒通用型核酸阳性150份（85．2％）,其中CoxA16、EV71病毒核酸阳性分别为93、34份,分别占肠道病毒感染阳性总份数的62．0％（93／150）、22．7％（34／150）,另外NEV（非肠道病毒）占14．8％（26／176）。应用RT—PCR方法对Real-time PCR检测的150份肠道病毒阳性标本进行分型检测．分别检出EV71、CoxA16阳性33、91份,此结果与实时荧光定量PCR法的符合率达98％。总肠道病毒阳性病例数的男女比例为1．78：1（96／54）,EV71阳性者中以3岁以下幼童为多,占58．8％（20／34）。结论所检测儿童手足口病标本中以CoxA16感染为主。RT-PCR法与实时荧光定量PCR法检测肠道病毒的特异性与准确性相当,而实时荧光定量PCR可用于手足口病暴发疫情和临床病例的早期高通量快速诊断。     

徐州市某小学一起腺病毒引起的急性呼吸道感染暴发疫情调查

目的了解一起小学生急性呼吸道感染暴发疫情的病原和流行病学特征,为学校类似传染病暴发疫情的防控提供参考。方法制定病例定义,开展现场流行病学调查,并采集病例咽拭子标本进行病毒核酸检测。结果共报告病例22例,罹患率为1.05%,均为二年级同班学生,临床症状以发热(体温38.0℃~40.7℃)为主(100.0%),其次为咽痛(54.55%)和咳嗽(36.36%)。采集病例咽拭子标本12份,均为腺病毒核酸阳性。通过现场采取积极有效防控措施,及时控制了疫情的蔓延。结论该疫情是由腺病毒引起的急性呼吸道感染暴发,与患者密切接触可能是暴发的主要原因。     

一起腺病毒3型引起暴发疫情的调查

目的对发生在富阳市渔山乡小学的一起上呼吸道感染暴发疫情进行流行病学调查和病原学鉴定。方法对该暴发疫情进行流行病学调查和采集现症病例咽拭子。应用实时RT-PCR和实时PCR技术分别进行流感病毒和人腺病毒检测。对人腺病毒核酸阳性标本,应用PCR技术扩增六邻体基因超变区7的核酸片段并进行核苷酸序列测定,根据序列相似性以鉴定血清型。结果 2013年5月20—28日共有21例上呼吸道感染病例,均集中在二（1）班,全校罹患率为4.77%,班级罹患率高达70.00%。病例均有发热,部分有咳嗽、咽痛、腹痛、腹泻和结膜充血等症状。检测的8份咽拭子中,实时PCR检测腺病毒核酸阳性5份,甲型流感病毒（通用型）、H1N1、H3N2、H7N9及乙型流感病毒核酸的实时RT-PCR检测结果均为阴性。选取其中1份阳性标本,进行人腺病毒六邻体基因超变区7的核酸序列测定,结果与近年国内其他地区分离的多株腺病毒3型毒株的相似性为100.00%,因此鉴定为腺病毒血清型3型。结论结合流行病学调查、病例临床症状及实验室检测结果,判断该起呼吸道感染暴发疫情的病原体为人腺病毒血清型3型。     

2009年广西253例疑似肠道病毒感染病例病原学监测结果分析

目的了解广西肠道病毒的感染情况,为制定预防和控制肠道病毒感染策略提供依据。方法采用实时荧光定量PCR方法,对广西253例疑似肠道病毒感染者咽拭子、疱疹液和粪便标本共505份进行肠道病毒、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)核酸检测。结果共检出290份肠道病毒核酸阳性,阳性率为57.43%,其中EV71核酸阳性105份,阳性率为20.79%,CoxA16核酸阳性143份,阳性率为28.32%。结论 505份标本中CoxA16核酸的阳性率高于EV71;疱疹液标本的阳性检出率高于肛拭子、咽拭子、粪便标本的阳性检出率;CoxA16和EV71是引起儿童手足口病的主要病原体,要加强对CoxA16和EV71的的鉴别诊断。开展手足口病流行病学和病原学研究,将有助于提出更好的预防和控制措施。     

经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征分析

目的 研究经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征.方法 对采用呼吸道病毒多重PCR法检测阳性的16份咽试子样品进行了腺病毒3型、7型及21型的特异性PCR检测,并对其中3份标本进行了腺病毒六联体(hexon)基因和纤毛(fiber)基因的全序列测定,将测定结果与Genbank数据库公开的核酸序列进行同源性比对,绘制进化树.结果 16份腺病毒阳性样品均为腺病毒7型;3份样品间hexon基因和ber基因核酸序列完全一致,同源性为100％;同时,该3份标本的hexon基因和ber基因核酸序列与引起我国陕西省婴儿严重急性下呼吸道感染暴发的腺病毒毒株的核酸序列完全一致,并未发现明显的基因变异情况.结论 本起经游泳池水传播的腺病毒暴发是由腺病毒7型引起,hexon基因和iber基因的核酸序列无变异.     

一起疱疹性咽峡炎疫情病原学分析

目的 了解2020年合肥地区一起幼儿园疱疹性咽峡炎(HA)聚集性疫情病原体型别及基因进化情况。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法对11份咽拭子标本进行肠道病毒(EV)病原检测,柯萨奇病毒A6型(CVA6)核酸阳性的标本经传统RT-PCR扩增VP1基因,进行序列测定,用MEGA 6.0软件构建基因进化树。结果 11份咽拭子标本中6份CVA6核酸阳性,6条基因序列均为CVA6 D3亚型。结论 CVA6 D3型是引起本次幼儿园HA疫情的病原体,应加强对肠道病毒的监测,重视在幼托机构暴发的此类疫情。     

北京市东城区一起GⅠ型诺如病毒感染暴发疫情的调查报告

目的 通过对某小学（以下称F小学）一起GⅠ型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情进行调查和分析,为有效控制学校内发生的急性胃肠炎暴发疫情提供科学依据和经验借鉴。方法 采用现场流行病学调查方法,对F小学的急性胃肠炎暴发疫情中病例进行个案调查,采集病例和餐饮人员样本和环境样本,采用实时荧光PCR方法检测肠道病毒核酸。结果 2018年10月19 - 22日,F小学共报告急性胃肠炎病例145例,罹患率为21.77%。采集呕吐物及粪便标本29份,采集环境涂抹标本10份, 经检测9份粪便标本和2份涂抹标本为GⅠ型诺如病毒病毒核酸阳性。结论 此次疫情为一起由GⅠ型诺如病毒引起的小学生急性胃肠炎暴发疫情,餐饮人员隐性感染可能与本次疫情有关。     

江西省一起腺病毒感染的出血性结膜炎疫情的分子流行病学溯源

目的 对江西省某地一起暴发出血性结膜炎人腺病毒进行Hexon基因特征分析,在基因层面对该疫情进行病原溯源,为防控策略提供技术支撑。方法 采集出血性结膜炎患者结膜拭子和咽拭子标本,采集排水口和浮板涂抹拭子标本。采用Real - time RT - PCR方法对所有标本进行人腺病毒（HAdV）和人肠道病毒（HEV）核酸检测,对核酸阳性的标本进行Hexon基因部分片段序列测定,运用Bioedit 7.0和MAGE 6.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 共采集出血性结膜炎5名患者结膜拭子标本4份,咽拭子标本1份,共检出人腺病毒核酸阳性标本4份,阳性率为80%,标本采集时间最长为发病后10 d。采集排水口和浮板涂抹拭子各1份,均为HAdV的核酸阳性。所有标本HEV核酸检测阴性。共获得4条病例标本Hexon基因部分片段序列,经Hexon基因测序鉴定均为HAdV - E4基因亚型。结论 该起出血性结膜炎疫情可能由HAdV - E4基因亚型污染游泳池水引起。     

上海市松江区急性呼吸道感染儿童肠道病毒感染状况

目的了解上海市松江区急性呼吸道感染(ARTI)儿童中肠道病毒(EV)感染情况。方法收集2015年1—12月因ARTI在松江区中心医院就诊患儿的鼻咽拭子标本1 048份,应用荧光Real Time-PCR法检测标本中EV感染状况,应用RD细胞对EV检测阳性的标本进行病毒分离。结果 1 048份标本中检出228例EV阳性,阳性检出率为21.76%,对EV阳性标本进行病毒分离,共分离到145例EV病毒毒株,分离率为63.60%(145/228)。5—6月共检出EV病毒83份,占全年EV检出总数的7.92%(83/1 048),选择病毒分离株中荧光Real Time-PCR检测Ct值较高的40株进行测序比对,其中27株为Cox B3型,7株为CoxA_4,3株为CoxA_6,3株为CoxA_(10)。6月龄~6岁年龄段的儿童EV检出率最高。结论 2015年上海市松江区ARTI儿童中EV感染占21.76%,主要以EV-B型为主。应用分子分型技术对儿童ARTI中的EV病原体进行监测研究,可为相关疾病的流行或暴发提供实验室依据,也可为本地区儿童ARTI的诊治提供实验依据。     

人肠道病毒D68型在儿童急性呼吸道感染中的临床特征与分子生物学特征分析

目的了解人肠病毒D68(EV-D68)在儿童急性呼吸道感染(acute respiratory tract infection,ARTI)中的临床特征及分子流行病学特征。方法采集2014年3月至2016年3月年深圳市妇幼保健院住院及门诊年龄1月至14岁符合急性呼吸道感染(ARTI)患儿共13 472份咽拭子分泌物,使用EV通用核酸试剂盒进行肠道病毒检测,EV病毒通用核酸阳性标本通过RT-PCR扩增并测序分型。结果在13 472份鼻咽部拭子标本中,EV阳性病例1 222例,阳性率为9.10%,EV-D68感染患儿7例,阳性率0.05%,其VP1扩增序列分离的5株D68均与进化簇1病毒序列具有高同源性,2例与进化簇2有高同源性。结论 EV-D68可能是急性呼吸道感染的一种新的主要病原体,感染高峰季节可能在秋冬季节,以急性下呼吸道感染(acute lower respiratory tract infections,ALRTI)为主要表现。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

杭州市呼吸道合胞病毒引起幼儿园急性呼吸道感染暴发疫情调查

  目的  分析呼吸道合胞病毒感染引起的儿童急性呼吸道感染暴发疫情的特点,并对防控工作予以总结和评价,为集体单位呼吸道感染暴发疫情防控提供依据。  方法  采用现场流行病学调查的方法对杭州市两起疫情进行调查,采用描述流行病学的方法对资料进行分析; 采用PCR方法对标本进行检测,并对呼吸道合胞病毒核酸阳性的标本进行测序。  结果  两起疫情均发生在幼儿园,A幼儿园发病21例,持续11 d,B幼儿园发病43例,持续33 d,流行曲线呈现增殖模式。病例集中在托班和小班,年龄2~4岁为主。症状以发热、咳嗽为主,主要为上呼吸道感染,未发现重症病例。采集病例上呼吸道标本检测,为呼吸道合胞病毒阳性,对4份标本进行测序,为B亚群。  结论  幼儿园急性呼吸道感染暴发时要考虑呼吸道合胞病毒,注意与其他呼吸道感染引起的暴发疫情的鉴别,控制措施要严格,避免疫情长久持续。