基于基因组学探讨糖尿病肾病的发病原因及其与心血管疾病的关系

目的分析糖尿病肾病的发病原因及其与心血管疾病发生的关系,为二者的早期诊断和临床治疗提供依据。方法从Pubmed基因芯片公共数据库(GEO Database)中下载糖尿病肾病基因芯片数据,将数据导入R语言、QOE、STRING、GCBI及GenClip等分析软件或数据库,分析健康对照组与糖尿病肾病组的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络、基因及信号共表达网络等,筛选两组之间的关键节点基因。结果糖尿病肾病患者肾小球组织的基因表达谱有明显改变;与健康人群相比,糖尿病肾病患者肾小球组织有844个差异表达基因;前20个差异表达基因蛋白-蛋白相互作用分析发现1个以TNNT2为核心的明显的蛋白相互作用网络;差异表达基因主要与炎症反应、应激反应等有关,且与MAPK信号通路关系密切。结论糖尿病肾病的发病原因主要与炎症反应、应激反应相关,且与心血管疾病的发生有一定的关系。     

胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析

目的通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。     

Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制

目的分析椎动脉型颈椎病(CSA)模型大鼠垂体组织差异基因表达谱变化,探讨垂体对CSA的调控机制。方法将10只SPF级雄性Wistar大鼠随机分为模型组和正常组,采用复合造模法建立CSA模型,模型成功后取垂体组织,提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,进行基因本体论(GO)、信号通路分析差异基因在信号通路上的富集程度、分子功能和生物学过程。结果与正常组比较,差异基因表达谱分析显示:差异基因总数为321个(|fold change︱>2,P<0.05),其中表达上调的基因有203个,下调的有118个;富集的GO功能共有1 294条,涉及对细胞间信号转导活性的调节、神经细胞功能的调节、对外界刺激的应激反应及凝血功能的调节、血管形成的调节以及调节内膜系统、细胞周期等;参与调节的信号通路共有145条,包括脂肪细胞因子信号通路、TGF-β信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号转导通路等。结论垂体对CSA的调控主要通过对炎性刺激、免疫调节、椎动脉功能及内膜系统等的调节实现。     

应用基因芯片技术筛选克山病差异表达基因

目的应用基因芯片技术筛选克山病(Keshan disease,KD)患者和正常对照者外周血差异表达基因并对其进行分析,探讨KD发病的分子机制。方法收集16例KD患者和16例病区健康对照外周血样品,提取总RNA,纯化后合成cRNA探针;采用Agilent全基因组表达芯片检测基因表达的差异,以SAM4.0软件,结合IPA软件比较KD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异、功能及通路分析。结果与对照组相比,KD患者血样中差异表达基因上调的有59个,下调的有19个,基因功能主要涉及代谢、转录、离子通道与运输蛋白、蛋白质的合成与修饰、信号转导等;生物功能主要涉及细胞凋亡、细胞功能修复、分子转运、细胞增殖和分化、细胞间信号转导等。网络蛋白介导的内吞作用是差异最显著的通路。结论 KD患者外周血单核淋巴细胞多个差异表达基因显著不同于正常人,主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、细胞功能修复等,这些基因可能在克山病发生发展中发挥重要的作用。     

基于GEO和TCGA数据库胰腺癌生存相关基因的生物信息学分析

目的 基于胰腺癌相关的高通量基因表达(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据,采用生存相关算法筛选并验证参与胰腺癌患者生存的关键预后基因。方法 采用GEO数据库2个胰腺癌基因芯片(Microarray)和TCGA数据库胰腺癌转录组测序(RNA-seq)数据,利用Kaplan-Meier(KM)分析和Cox比例风险模型进行生存相关基因的过滤并取目的基因交集;对交集基因进行多因素回归分析与临床相关性分析筛选预后相关基因;对预后相关基因进行通路富集分析和CIBERSORT免疫富集分析寻找其调控胰腺癌的潜在分子机制。结果 本研究借助TCGA和GEO数据库中包含的生存信息与临床特征的3个胰腺癌数据集,筛选得到了5个与胰腺癌生存相关的基因(CDO1、DCBLD2、FAM83A、ITGA3和SLC16A3),且多因素Cox回归分析和临床相关性分析表明,CDO1高表达是胰腺癌预后的保护性因素,其抑癌作用与抑制肿瘤细胞恶性生物学行为和促进胰腺癌抗肿瘤活性免疫细胞浸润相关。结论 本研究首次提出了CDO1是与胰腺癌预后显著相关的保护性基因,并发现CDO1的抑癌机制与抗肿瘤免疫微环境形成密切相关,为后续胰腺...     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

目的　应用基因芯片技术研究Graves病 (GD)和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达 ,探讨Graves病的发病机制。方法　GD组为我院普外科GD患者手术切除的甲状腺组织 ,正常对照组标本取自本科甲状腺腺瘤患者瘤旁正常组织。诊断均经临床及病理证实。组织离体后立即液氮保存备用。两组各取组织 2 0 0mg ,进行总RNA抽提及mRNA纯化。 5 78点免疫相关基因表达谱芯片、芯片杂交试剂盒购自联合基因公司。用cy 5d UTP标记GD组 ,用cy 3d UTP标记正常对照组 ,将芯片和标记探针杂交 ,用ScanArray 30 0 0扫描芯片 ,观察扫描结果。ImaGence 3.0软件分析cy 3、cy 5两种荧光信号的强度和比值。基因显性差异表达的标准为 :Ratio>2 .0或Ratio<0 .5 (Ratio=cy 5 /cy 3)。 结果　GD患者和正常对照组之间共筛选出 80条差异表达基因 (已全部在GenBank登录 ) ,其中表达增加的基因有 31条 ( 2 .0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 ( 0 .5倍以下 )。从中可发现差异表达的基因不但包括细胞因子及其受体相关基因 ,还与抗氧化、细胞受体、细胞信号转导、蛋白翻译合成、DNA结合转录、细胞器的融合等基因的表达密切相关。结论　基因芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感等特性。GD的发病是多     

食管鳞癌组织中脾酪氨酸激酶及p53基因的表达及临床病理意义

目的 研究食管鳞状上皮细胞癌(简称食管鳞癌)组织中脾酪氨酸激酶(Syk)及p53基因的表达及二者的关系,并探讨其与食管鳞癌发生及发展的相关性.方法 用快捷免疫组化法及RT-PCR法检测食管鳞癌组织及其对应癌旁组织中Syk蛋白及mRNA的表达,同时检测p53蛋白及mRNA的表达,分析食管鳞癌中上述2个基因表达变化的相关性...     

E-钙黏附素及增殖细胞核抗原在胰腺癌组织中的表达及其意义

目的研究E-cadherin、增殖细胞核抗原(PCNA)在胰腺癌组织中的表达及临床意义。方法应用免疫组化方法对59例胰腺癌组织的E-cadherin、PCNA进行检测。结果E-cadherin在胰腺癌组织比相应的癌旁正常胰腺组织中表达明显减低,高表达率仅为13.6%(8/59),且各组间(与癌组织分化程度、淋巴结转移以及临床分期)E-cadherin表达差异有统计学意义(P<0.05);PCNA在胰腺癌组织比相应的癌旁正常胰腺组织表达明显增高,强阳性表达率为67.8%(40/59),且各组间PCNA表达差异有统计学意义(P<0.05);在胰腺癌组织中,E-cadherin与PCNA表达呈负相关(P<0.05)。结论E-cadherin与PCNA异常表达与胰腺癌的分化、增殖、侵袭以及转移有密切的关系。     

急性砷染毒的L-02细胞的基因芯片分析

目的　用基因芯片分析急性砷染毒时人正常肝细胞 (L 0 2细胞 )基因表达谱的变化。方法　亚砷酸钠染毒L 0 2细胞 2、15、2 4h与未染毒的L 0 2细胞作表达谱基因芯片杂交。结果　L 0 2细胞用砷剂染毒后不同时间基因表达谱不同。hCYR6 1基因在细胞染毒 2h后就表达增加 ,而在 15h和 2 4h后均不再升高 ;在细胞染毒后的不同时段 ,细胞金属硫蛋白Ⅳ及金属硫蛋白Ⅲ同源基因的表达均显著增加 ;热休克蛋白 86基因在细胞染毒 2h未增加 ,在 15h和2 4h表达均增加。结论　细胞接触砷毒后进入应激状态 ,合成最必需的与解毒功能相关的蛋白 ,而抑制暂时非必需蛋白的合成