基于核糖体18S和ITS2序列探讨胰阔盘吸虫的分子进化地位

为了研究胰阔盘吸虫的分子进化地位,应用PCR方法扩增胰阔盘吸虫的核糖体18S和ITS2序列,并以其为标记基因,采取最大简约法(MP)构建系统发生树,分析该虫与相关吸虫的进化关系。结果扩增得到的胰阔盘吸虫部分18S序列长度为1 200 bp,ITS2序列全长为231 bp;两种基因构建的进化树结果相似,每科虫体均形成一个独立分支,在双腔科的分支中,阔盘属吸虫聚集在一起与双腔属吸虫关系密切,与传统形态学分类结果一致。表明核糖体18S和ITS2序列为吸虫分子进化分析的良好标记基因。     

肉牛阔盘吸虫的症状及诊治

<正>阔盘吸虫病是由歧腔科(又称双腔科)、阔盘属的阔盘吸虫寄生于牛、羊、鹿等草食反刍动物的胰脏胰管中,偶可寄生于胆管和十二指肠,引起的疾病。我国已发现6种阔盘吸虫,分别为胰阔盘吸虫、支睾阔盘吸虫、河鹿阔盘吸虫、福建阔盘吸虫及圆睾阔盘吸虫。而造成肉牛阔盘吸虫病的主要是胰阔盘吸虫、支睾阔盘吸虫及腔阔盘吸虫。本病在我国的分布范围极广它在我国东北、西北及南方各省区都有流行。想要判断肉牛是否得了阔盘吸虫病,首先我们需要知道它     

两种后睾科吸虫核糖体18S序列的扩增及比较分析

为了研究华支睾吸虫和东方次睾吸虫核糖体18S序列的遗传变异情况,以及两种后睾科吸虫间的亲缘关系,采用分子生物学方法对这两种吸虫核糖体18S序列进行了扩增及其比较分析,并以18S为标记基因,选取相关吸虫采用最大简约法(MP)构建进化树。结果显示,研究所扩增的5条华支睾吸虫18S序列长度一致,均为1 991 bp,种内差异为0.1%~0.3%;5条东方次睾吸虫18S序列长度一致,均为1 998 bp,种内差异为0~0.1%。进化结果显示,后睾科和异形科各形成一单分支,所有的华支睾吸虫聚集在一起,但东方次睾吸虫却没有形成一个独立分支,推断东方次睾吸虫可能为一复杂虫种。     

根据线粒体nad1基因第2内含子的序列多态性对糯玉米进行系统分类

在植物的系统与进化研究中,相对于叶绿体和核基因片段而言,线粒体基因片段由于其系统发育信息位点少、结构复杂而较少应用到系统学研究中。本研究选用nad1基因的第二内含子序列重建玉蜀黍属主要种的系统发生树,在分子水平上验证了糯玉米在玉蜀黍属中系统学位置,并在此基础上探讨了nad1基因内含子序列的系统学意义及其在系统发育重建中的价值。结果表明,目前对玉蜀黍属内各类型材料的系统分类是合理的,糯玉米和玉米种内各类型材料之间遗传差异小;线粒体nad1基因第2内含子序列在种内和种间的变异较小,在种以上分类研究中具有一定的系统学价值。     

陕西省牛羊阔盘吸虫及一新种的记述

本文记述了陕西省牛羊胰脏胰管中寄生的五种阔盘吸虫:①胰阔盘吸虫 EurytremaPancreaticum;②腔阔盘吸虫 Eurytrema Coelomaticum;③羊阔盘吸虫 Eurytremaovis;④圆睾阔盘吸虫 Eurytrema sphaeriorchis;⑤微小阔盘吸虫 Eurytremaminutum sp.nov.。其中最后一种确定为新种。文内对上述五种阔盘吸虫的形态特征作了详细描述,并论述了微小阔盘吸虫新种的确定依据。对羊阔盘吸虫的独立性进行了讨论。     

福周艾蕈甲的线粒体基因组及系统发育分析

通过测序分析了福周艾蕈甲的线粒体基因组结构,并基于线粒体基因组数据,分别利用最大似然法和贝叶斯法重建了扁甲总科的系统发育树,内群包含扁甲总科的50种昆虫,外群为2种象甲总科昆虫。结果表明：福周艾蕈甲的线粒体基因组包含37个基因[13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA(rRNA)基因和22个转运RNA(tRNA)基因]和1个非编码控制区;整个线粒体基因组全长为15 716 bp(GenBank序列号：OP354255)。13个蛋白质编码基因中除cox1和nad1的起始密码子为TTG外,其余以ATT、ATA或ATG为起始密码子;4个蛋白质编码基因cox1、cox3、nad5和nad4的终止密码子为T或TA,其余9个蛋白质编码基因的终止密码子为TAA或TAG。除trnS1因缺少二氢尿嘧啶(DHU)臂而无法构成稳定的三叶草结构外,其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构;trnS1的反密码子不是常见的GCU,而是UCU。rrnL基因的全长为1 281 bp, A+T含量为81.73%;rrnS基因的全长为761 bp, A+T含量为79.50%。两种系统发育分析方法构建的系统发育树基本一致：大...     

河西绒山羊DQB1基因核苷酸序列变异和跨种进化

DQB1基因在抗原呈递和免疫系统中发挥重要的作用。为了研究河西绒山羊DQB1基因的核苷酸序列变异和跨种进化,采用PCR-SSCP和测序技术,检测899只河西绒山羊DQB1基因的多态性,并用来自山羊、绵羊和黄牛DQB1基因的33条核苷酸序列构建NJ树。结果表明,河西绒山羊DQB1基因存在6个等位基因和34个核苷酸变异位点,变异位点数目占分析位点数目的15.53%。经与GenBank中山羊DQB1基因的核苷酸序列比对后发现,5个等位基因为首次发现。系统进化研究表明,山羊DQB1基因的所有核苷酸序列均聚在第1支中,部分核苷酸序列与绵羊、牛的序列相似性高于山羊之间的序列相似性。因此,河西绒山羊DQB1基因多态性丰富,在山羊、绵羊和牛中存在跨种多态性。     

山羊C D 4基因的克隆及组织表达分析

CD4基因是质膜上的转运系统之一,为动物辅助性T细胞(TH)和部分胸腺细胞的共受体与信号传导分子,参与TCR介导的TH细胞活化和胸腺细胞分化过程.该研究首次克隆了山羊CD4基因(GenBank登录号:EU913093),并分析了该基因的组织表达情况.结果表明:所克隆的山羊CD4全长cDNA序列为1 555bp,开放阅读框(ORF)为1 368bp,编码455个氨基酸的蛋白,相对分子质量为5.05×104,等电点为9.52.山羊CD4蛋白前体由信号肽、胞外区、跨膜区和胞浆区4个部分构成.胞外区含有4个Ig样结构域,2个二硫键(C41—C109和C143—C180)及3个N糖基化位点(N231,N263和N343).氨基酸序列比对表明山羊CD4与绵羊CD4的氨基酸相似性为98%,与猪、人、兔、狗、猫、蝙蝠以及小鼠的氨基酸相似性分别为81%,74%,73%,72%,70%,70%和66%.系统发育树表明山羊CD4与绵羊和猪的CD4蛋白聚成一支,表明它们有较近的亲缘关系,其中山羊与绵羊的亲缘关系最近,而与狗、蝙蝠、兔、人和小鼠的亲缘关系相对较远.实时荧光定量PCR分析发现,CD4在山羊淋巴中的表达量最高,在睾丸中表达量较低,表明山羊CD4是一种免疫分子.     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

河南省3个山羊品种mtDNA D-loop区的序列变异与系统发育关系研究

对河南省3个山羊品种(槐山羊、伏牛白山羊、牛腿山羊)共计27个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列进行了PCR扩增和测序分析。检测到98个变异位点,19个单倍型,平均核苷酸差异数(K)为18.13,核苷酸多样度(Pi)为1.65%,单倍型多样度(Hd)为0.92;4种碱基A、T、C、G的频率分别为31.1%、28.9%、25.8%和14.2%;多态位点的突变类型以转换为主;构建的NJ进化树分为3枝,槐山羊、伏牛白山羊、角羊骨羊和部分牛腿山羊聚为一枝,部分牛腿山羊单独聚为一枝,作为外群的捻角山羊单独为一枝。河南省3个山羊品种遗传多样性丰富,支持山羊品种的多起源说。     

湖南省鸡蛔虫线粒体nad4基因序列的测定及分析

为阐明鸡蛔虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位4(nad4)基因部分序列(pnad4)遗传变异情况,利用聚合酶链式反应(PCR)扩增鸡蛔虫的pnad4,并对序列进行比对。结果表明:所获得的pnad4序列长度均为408 bp。由于鸡蛔虫pnad4序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为鸡蛔虫的分类鉴定及进一步的分子流行病学调查奠定基础。     

山东省猪瘟流行毒株E2基因主要抗原编码区序列差异分析

用RT-PCR方法对山东省猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的E2基因进行克隆,用DNAstar软件对获得的CSFV及已发表的CSFV毒株E2基因核苷酸和氨基酸序列进行了比较和分析,构建了CSFV遗传发生树.结果表明:扩增的12株猪瘟流行病毒的E2基因长度均为270bp,与预期大小一致;12株病毒株均属于1个组群中的2个亚群,其中,病毒株SDTA-1、SDTA-2属于同一个亚群,E2基因与疫苗株HCLV相比,核苷酸、氨基酸同源性分别为83.5%、88.9%,其余10株病毒株属于同一个亚群,E2基因与疫苗株HCLV相比,核苷酸、氨基酸同源性分别为80.5%～83.5%、82.2%～84.4%.     

人蛔虫和猪蛔虫线粒体nad5基因的序列分析

以采自中国不同地方的人蛔虫与猪蛔虫为研究对象,PCR扩增其线粒体烟酰胺脱氢酶亚基Ⅴ基因(nad5)的部分序列(pnad5)并进行序列测定,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对。结果显示:所获得的pnad5序列长度一致,均为556 bp;人蛔虫和猪蛔虫的pnad5序列差异仅为0.0%~2.6%,本研究结果支持人蛔虫与猪蛔虫是同一个种的结论。     

茶树脂肪氧合酶(LOX)基因家族成员的分子进化及密码子偏好性分析

脂肪氧合酶(lipoxygenase,LOX,EC 1.13.11.12)是一类含有铁离子的血红素双加氧酶,专一催化多元不饱和脂肪酸加氧反应。基于茶树基因组数据,对筛选获得的12个LOX基因家族成员的分子特性、进化规律及密码子偏好性进行分析归纳。理化性质检测结果表明,茶树LOX家族成员中以Cs LOX6的开放阅读框(open reading frame,ORFs)最长(2 778 bp),编码925个氨基酸,蛋白分子量为104.5 k Da。通过氨基酸序列同源比对,构建茶树LOX基因家族成员与26个物种(均系双子叶植物纲)的37个LOX基因的系统发育进化树,结果发现,茶树LOX基因家族成员可被分为9-LOX亚族(5个)、13-LOX TypeⅠ亚类(5个)及13-LOX TypeⅡ亚类(2个),但13-LOX TypeⅡ亚类中的Cs LOX5基因,并不具有转运肽(transit peptide)前导序列。对茶树基因组LOX家族成员基因密码子相对偏好使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)及偏好性参数进行分析,结果表明:茶树LOX基因家族成员存在着4个密码子在编码基因上被高频率选用,9个密码子被低频率选用;茶树LOX基因家族成员的密码子选用偏好性普遍较弱,并偏好以A/T作为结尾。此外,以最近邻元素法(Neighbor-Joining,NJ)对密码子RSCU值进行聚类分析,结果发现,RSCU值的聚类与以编码序列(coding sequences,CDS)构建的系统发育进化树之间,在Cs LOX10基因的聚类上存在差异。     

利用Brn1基因分析嘴突脐孢种（Exserohilum rostratum）内变异研究

对形态变异特征较大的嘴突脐孢种Brn1基因核苷酸序列系统发育进行了分析。从系统发育树中可以看出,供试菌株与突脐孢属的其它菌种聚类在同一个分支上,与弯孢属和离蠕孢属的菌种明显区分开,形成了一个独立演化群。利用DNADIST程序计算遗传距离矩阵分析所有供试嘴突脐孢种菌株间的最小遗传距离值和最大遗传距离值分别为0.0078和0.0197,供试嘴突脐孢种菌株间的遗传距离值变化较大,但该种菌株间距离值小于系统树中种内最大遗传距离值0.0242。这一结果表明嘴突脐孢种内不同菌株间的变异属于种内变异。Brn1基因核苷酸序列分析可以用于嘴突脐孢种鉴定。     

美洲棘蓟马体内共生菌Wolbachia的wsp基因分子检测及系统发育分析

【目的】对美洲棘蓟马体内共生菌Wolbachia进行分子生物学鉴定,确定该蓟马体内Wolbachia的进化位置,为进一步探讨Wolbachia对其生殖作用的调控机制提供理论依据。【方法】以wsp基因为目的基因,对美洲棘蓟马体内的共生菌Wolbachia进行特异性扩增和测序,使用Clustal X 1.83软件对所得DNA序列进行比对;在MEGA 4.0软件中采用邻接法对Wolbachia的系统发育关系进行分析。【结果】利用wsp基因的特异性引物从美洲棘蓟马体内扩增出了632 bp的Wolbachia的wsp基因片段(GenBank登录号为JN315668),580 bp的Wolbachia A群的wsp基因片段和405 bp的Mel亚群的wsp基因片段。系统发育分析结果表明,美洲棘蓟马体内的Wolbachia与黑腹果蝇亲缘关系较近。【结论】美洲棘蓟马体内感染的Wolbachia属于A群Mel亚群。     

陆地棉胞质雄性不育系与保持系线粒体基因组RFLP分析

【目的】研究棉花细胞质雄性不育（CMS）系与保持系线粒体基因组的差异,为克隆棉花CMS基因奠定基础。【方法】以atpA, atp6, atp9, ccmB, ccmC, ccmFN1, cob, coxI, coxII, coxIII, matR, nad1bc, nad2, nad4, nad5, nad6, nad7c, nad9, rpl5, rrn18等20个线粒体基因保守序列为探针,利用Southern blot方法对棉花细胞质雄性不育系、保持系线粒体基因组进行RFLP分析。【结果】发现atpA、atp9、ccmB、nad1bc、nad6、nad7c、rrn18等基因在棉花不育系和保持系间存在明显RFLP多态性,其中atpA的差异最明显。【结论】atpA是棉花CMS系和保持系线粒体基因组间的一个明显差异位点。CMS系比保持系缺失一个rrn18拷贝。     

香蕉突脐蠕孢叶斑病菌Brn1基因的PCR扩增与序列分析

【目的】为从分子水平进一步鉴定引起香蕉叶斑病的突脐蠕孢霉,对突脐蠕孢的Brn1基因序列进行了分析。【方法】用引物Brn1 01 （5'-GCCAACATCGCAAACATGG-3'） and Brn1 02 （5'-GCAAGCAGCACCGTCAATACCAAT-3'） 对3个分生孢子形态差异较大的香蕉突脐蠕孢叶斑病菌（CLER09、D087和JL05）的Brn1基因进行PCR扩增和系统发育分析。【结果】不同菌株间存在简单的碱基缺失和替换,供试菌株与Exserohilum rostratum在系统发育树上聚类在同一个分支,与Exserohilum属其他种明显分开,形成一个独立的演化群。遗传距离分析表明,供试菌株与E. rostratum亲缘关系相近,菌株间的遗传距离为0.000~0.018,而Exserohilum属种间的遗传距离为0.020~0.093。【结论】E. rostratum菌株间的遗传变异较大,但仍属种内变异;Brn1基因可作为支持具有明显形态变异菌株为E. rostratum成员的分子依据。     

利用ITS序列探讨谷精草属5个种的系统发育

以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草（Eriocaulon nepalense）、白药谷精草（E. cinereum）、高山谷精草（E. alperstre）、华南谷精草（E. sexangulare）、南亚谷精草（E. oryzetorum）等5个种为研究对象，通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列，并对ITS序列进行分析. 结果发现，供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致，其ITS1的长度范围为171～306 bp，G+C含量为38.24%～55.04%；ITS2的长度范围为184～288 bp，G+C含量为 36.46%～57.02%. 在此基础上，采用Clustal W version 1.7对所得的ITS序列进行排序与分析，以灯心草属（Juncus）的一个种J. dregeanus为外类群，并使用PAUP 4.0 10 b软件采用最大简约法分析获得最简约的系统发育树. 结果表明，在检测的ITS序列的738个位点中稳定位点174个、变异位点564个 (包括276个信息位点). 另外，从发育树上平行分出两个大的总分支，其中E. nepalense、E. oryzetorum、E. alpestre和E. cinereum（云南宣威）为一支；E. sexangulare为一支. 上述二个分支与外类群聚在一起，bootstrap值为100％.