海绵共附生放线菌HNS054菌株的鉴定及发酵液抑菌活性研究

海绵共生微生物是海洋活性化合物的重要来源之一,从广泛分布于福建沿海的山海绵(Mycale sp.)中分离可培养共附生微生物,并对其进行抑菌活性筛选,发现能产生抑菌活性物质的微生物,寻找具有潜在应用价值的化合物.从分离的64株细菌和21株放线菌海绵共附生微生物中,筛选到一株具有强烈拮抗革兰氏阳性菌的放线菌菌株HNS054,结合其培养特性、生理生化指标测定、孢子形态学观察及16SrRNA基因序列,看家基因atpD、recA、rpoB和trpB多基因联合分析,初步鉴定该菌为Streptomyces labedae.对该菌活性产物抑菌效价进行分析,结果表明:发酵液粗提物(1mg/mL)的抑菌能力略低于四环素(1mg/mL)和氨苄青霉素(1mg/mL),同万古霉素(1mg/mL)和环丙沙星(1mg/mL)相当,高于链霉素(1mg/mL).该活性物质对温度敏感,最高耐受温度为60℃;活性物质在碱性条件下稳定,酸性条件(pH≤3)下失活,分子排阻层析所得物质经全波段扫描,发现它在230nm有较高的吸收值.研究结果将为后续活性物质的进一步分离纯化奠定基础.     

放线菌生物活性物质的高通量筛选

 放线菌是产生生物活性物质最多的一类微生物.最近3年,我室从云南省采集土样,分离到3000多株放线菌、真菌,选择其中2600株,进行发酵,制备成提取物,利用自建的抗氧化、抑制乙酰胆碱酶、抑制一氧化氮合成酶、AGE等模型和高通量筛选系统进行了筛选,筛选到一些值得进一步研究的菌株.对高通量筛选的有关问题及初步筛选结果进行了讨论.     

贵州省放线菌资源及多样性研究现状

放线菌作为一类极其重要的微生物资源,与人类的生产、生活关系极为密切。贵州省由于特殊的喀斯特地貌和生态环境孕育着丰富的放线菌多样性。不同于动植物及大型真菌,对包括放线菌在内的其他微生物资源的资源调查和多样性研究较为缺乏,相关资料也很零碎。在有关贵州省放线菌菌株资源相关文献的查找、分析基础上,汇总了贵州省土壤放线菌多样性(4属共48种)、喀斯特洞穴放线菌多样性(43属共157个种)、空气放线菌(仅4种)及贵州省放线菌资源的开发研究概况,以期促进贵州省放线菌多样性的保护及其资源开发利用。     

微生物次生代谢物的提取及其性能

海洋微生物是海洋药物的重要资源,资源微生物次生代谢物的提取及性能研究是开发海洋药物的第一步.从渤海近海域16种动植物体内提取微生物,分离得到261株微生物,其中,霉菌28株、细菌196株、放线菌12株、真菌25株.对单菌落进行发酵,获得次生代谢产物,并对海洋微生物次生代谢产物的抗肿瘤理化性能进行了研究.结果表明,63#菌株发酵液对Hela细胞有较强的抑制作用,黄泥NRG、海苔CHA、海带G1、陈海水NRG、陈海泥NRG、黑泥CHA发酵液对Hela细胞有轻微的抑制作用.     

从海洋沉积物分离的产抗菌素和环肽的放线菌

从海洋沉积物分离的产抗菌素和环肽的放线菌周世宁姜广策吴雄宇林永成（中山大学生物化学系／应用化学系，广州５１０２７５）关键词抗菌素，环肽，放线菌，海洋微生物分类号Ｑ９３从陆地微生物寻找抗菌素药物的成功率已大大下降，而海洋微生物作为药物的新来源，正受到世...     

鹭宁两地植物根际土壤中放线菌的生物多样性分析及生物活性检测

为探究不同地区植物根际土壤中可培养放线菌的多样性,筛选具有抗菌及抗肿瘤活性的药源菌株,采用改良聚乳酸-明胶和海藻糖-脯氨酸2种培养基,选择分离采自厦门市翔安区香山风景区、南京市中山植物园及玄武湖公园的17份植物根际土壤样品中的放线菌,并进行16SrRNA基因鉴定、系统进化分析及抗菌和抗肿瘤生物活性测定.共分离到178株放线菌,其中链霉菌151株,其余27株为稀有放线菌,占总数的15.2%.稀有放线菌分布在9个属中:微杆菌属(Microbacterium)、拟无枝酸菌属(Amycolatopsis)、韩国生工菌属(Kribbella)、野野村氏菌属(Nonomuraea)、小单孢菌属(Micromonospora)、链孢囊菌属(Streptosporangium)、拟孢囊菌属(Kibdelosporangium)、纤维微菌属(Cellulosimicrobium)和栖白蚁菌属(Isoptericola),包含2株新种.对分离得到的所有放线菌进行液体小量发酵,并测定其发酵粗提物的抗菌和抗肿瘤活性.结果显示:所测定的178株放线菌中,有82株对一种或多种指示菌表现出抗菌活性,占供测菌株的46.1%;有60株对一种或多种肿瘤细胞具有抑制作用,占供测菌株的33.7%.研究结果表明植物根际土壤中放线菌资源丰富,其中抗菌和抗肿瘤活性较强的菌株可为后续微生物药物研发提供有利资源.     

泥河湾藉箕滩遗址土壤微生物的分离与系统发育分析

采用平板稀释涂布法从泥河湾藉箕滩遗址土壤中分离微生物,结合菌株形态特征、生理生化特征及分子鉴定方法对分离到的微生物进行鉴定,以确定泥河湾藉箕滩遗址不同深度土层中微生物物种分布,为详细了解遗址土壤微生物物种多样性提供依据.结果表明:共分离鉴定到96株细菌、34株放线菌、15株真菌.根据同源性比对及构建系统发育进化树,确定细菌归属于芽孢杆菌属和短波单胞菌属;放线菌归属链霉菌属;真菌归属青霉属、曲霉属、被孢霉属和盐单胞菌藻.NHWB 1047,NHWA 1017,NHWF 1002等菌株与已知菌种相似度低于97%,可能为潜在新种.本研究首次从泥河湾藉箕滩遗址不同深度土层中分离鉴定微生物,是泥河湾考古研究的重要组成部分,为进一步了解史前时代生态环境提供了科学依据.     

高通量测序分析小清河济南段微生物群落结构

利用高通量测序技术,对小清河济南段上、中、下游的水体和沉积物中微生物群落进行监测,分析不同河段微生物群落的特征以及环境因子相关性,筛选与氨氮降解相关的微生物群.结果表明:变形菌门、放线菌门、蓝藻门是丰度相对较高的三大类微生物群,睦里庄、辛丰庄断面的微生物群落与水体酸碱度及溶解氧呈正相关,与氨氮、总氮、生化需氧量及化学需...     

海绵Pseudoceratina sp.共栖细菌多样性及其抑制甘蔗鞭黑粉菌活性研究

【目的】探讨广西斜阳岛附近海域海绵共附生细菌的多样性,并筛选对甘蔗鞭黑粉菌有抑制作用的活性物质,为发现潜在的细菌新物种及开发农用生防菌肥奠定基础。【方法】采用稀释涂布法,通过6种复合营养分离培养基,从海绵Pseudoceratina sp.中分离可培养的共附生细菌。采取细菌形态学观察去除冗余,通过PCR扩增菌株的16SrRNA基因序列,并通过构建系统发育树分析物种多样性。采用牛津杯法进行抑制甘蔗鞭黑粉菌活性筛选实验。【结果】从海绵Pseudoceratina sp.中共分离到可培养细菌54株,经16SrRNA基因序列对比后,获得24株细菌,隶属于13科14属。其中,菌株BGMRC 2118与已发表有效菌株的16SrRNA基因序列的最高相似率为96.46%,可能为潜在新种。抑菌筛选实验结果显示,有8株细菌的发酵粗提物对甘蔗鞭黑粉菌具有很强的抑菌活性。【结论】广西斜阳岛附近海域中海绵共附生细菌具有较高的物种多样性,蕴藏着丰富的新物种资源,富含生物活性菌株。     

马衔山两种不同生境沙棘根际微生物研究

在沙棘(Hippophae rhamnoides)萌动早期,选取甘肃马衔山地区两种典型的生境,进行了沙棘根际微生物的分离、测数,并根据菌株形态、培养特征和生理生化特性等,对根际细菌、放线菌和真菌进行了初步鉴定.从两样地共得到细菌菌株47株,分属于12个属;放线菌菌株31株,分属于3个属;真菌菌株20株,分属于4个属.同一地区不同生境沙棘根际土壤中,林缘河滩沙棘灌丛沙棘根际土壤中微生物的总数以及细菌、放线菌和真菌数量均高于阳坡干旱草地;不同生境沙棘根际土壤中微生物种类组成也存在一定差异.     

Dynamic thiolation-thioesterase structure of a non-ribosomal peptide synthetase

Non-ribosomal peptide synthetases (NRPS) and polyketide synthases (PKS) produce numerous secondary metabolites with various therapeutic/antibiotic properties. Like fatty acid synthases (FAS), these enzymes are organized in modular assembly lines in which each module, made of conserved domains, incorporates a given monomer unit into the growing chain. Knowledge about domain or module interactions may enable reengineering of this assembly line enzymatic organization and open avenues for the design of new bioactive compounds with improved therapeutic properties. So far, little structural information has been available on how the domains interact and communicate. This may be because of inherent interdomain mobility hindering crystallization, or because crystallized molecules may not represent the active domain orientations. In solution, the large size and internal dynamics of multidomain fragments (>35 kilodaltons) make structure determination by nuclear magnetic resonance a challenge and require advanced technologies. Here we present the solution structure of the apo-thiolation-thioesterase (T-TE) di-domain fragment of the Escherichia coli enterobactin synthetase EntF NRPS subunit. In the holoenzyme, the T domain carries the growing chain tethered to a 4'-phosphopantetheine whereas the TE domain catalyses hydrolysis and cyclization of the iron chelator enterobactin. The T-TE di-domain forms a compact but dynamic structure with a well-defined domain interface; the two active sites are at a suitable distance for substrate transfer from T to TE. We observe extensive interdomain and intradomain motions for well-defined regions and show that these are modulated by interactions with proteins that participate in the biosynthesis. The T-TE interaction described here provides a model for NRPS, PKS and FAS function in general as T-TE-like di-domains typically catalyse the last step in numerous assembly-line chain-termination machineries.     

新疆青海极端环境发现大量未知放线菌

 从新疆、青海的重盐碱地区、盐湖采集样品,分离其中的嗜盐、嗜碱及低温放线菌.研究了它们在几种盐的不同浓度,不同 pH条件下的生长情况.利用多相分类程序进行鉴定,发现嗜盐放线菌、放线细菌的新科 1个(Yaniaceae),新属 2个(Yania and Streptomonospora),新种8个,嗜碱放线菌新种4个,低温放线菌新种1个.对其中部分新种、新属做了描述.认为新疆、青海的重盐碱地区蕴藏着大量的未知放线菌资源 ;新菌种必然有新基因,新产物,新活性和新用途,是药物开发的重要来源.     

Structural basis for the selectivity of the external thioesterase of the surfactin synthetase

Non-ribosomal peptide synthetases (NRPS) and polyketide synthases (PKS) found in bacteria, fungi and plants use two different types of thioesterases for the production of highly active biological compounds. Type I thioesterases (TEI) catalyse the release step from the assembly line of the final product where it is transported from one reaction centre to the next as a thioester linked to a 4'-phosphopantetheine (4'-PP) cofactor that is covalently attached to thiolation (T) domains. The second enzyme involved in the synthesis of these secondary metabolites, the type II thioesterase (TEII), is a crucial repair enzyme for the regeneration of functional 4'-PP cofactors of holo-T domains of NRPS and PKS systems. Mispriming of 4'-PP cofactors by acetyl- and short-chain acyl-residues interrupts the biosynthetic system. This repair reaction is very important, because roughly 80% of CoA, the precursor of the 4'-PP cofactor, is acetylated in bacteria. Here we report the three-dimensional structure of a type II thioesterase from Bacillus subtilis free and in complex with a T domain. Comparison with structures of TEI enzymes shows the basis for substrate selectivity and the different modes of interaction of TEII and TEI enzymes with T domains. Furthermore, we show that the TEII enzyme exists in several conformations of which only one is selected on interaction with its native substrate, a modified holo-T domain.     

广西北部湾海域表层海水细菌多样性及其潜在生物合成基因研究

本研究选取广西北部湾3处近海海域,以其表层海水作为研究对象进行细菌多样性分析,旨在挖掘潜在抗生素生物合成的菌株.选用传统稀释涂布法和基于16S rRNA基因序列的系统发育树分析海水中可培养细菌多样性,并对其基因组DNA进行抗生素生物合成基因聚酮合酶(PKS)基因、非核糖体肽合成酶(NRPS)基因及卤化酶(Halo)基因...     

乌头内生真菌YLAC-3抗菌活性及其鉴定

为了筛选产乌头碱的内生真菌,采用组织分离法从白喉乌头根中分离内生真菌,用纸片扩散法检测内生真菌对4种指示菌的抑菌作用,通过薄层层析法（TLC）和高效液相色谱法（HPLC）检测真菌次生代谢产物中乌头碱,最后基于真菌形态特征和rRNA基因内转录间隔区（ITS）序列分析对菌株进行鉴定.结果显示：从白喉乌头根部共分离得到20株具有抑菌活性的内生真菌,其中菌株YLAC-3发酵液对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌均有较强的抑菌活性,且其发酵液中发现类似于乌头碱的化合物.说明菌株YLAC-3发酵液有较为广泛的抑菌活性,它可能产生乌头碱.菌株YLAC-3菌落、菌丝体和分生孢子的形态特征类似于曲霉菌属,与已报道的塔宾曲霉菌ITS序列（KP196359）的相似度为99%.初步鉴定该菌株为曲霉菌属有效发表种Aspergillus tubingensis的一个菌株.     

小链霉菌HCCB10043敲除硫酯酶基因的工程菌株构建及其代谢产物的研究

小链霉菌(Streptomyces parvus)HCCB10043的主要代谢产物为脂肽类化合物A21978C,其基因组序列中包括了非核糖体肽合成酶(NRPS non ribosomal peptide synthetase)、聚酮合酶(PKS polyketide synthases)以及NRPS-PKS混合的多酶体系基因簇,它们的共同特点是在代谢产物生物合成簇中连接有一个硫酯酶域,即TE(thioesterase)domain.硫酯酶可以使已经合成的化合物链的合成过程终止,并且具有水解释放成熟脂肽以及环化线性脂肽链的功能.通过对联二吡啶类代谢产物合成簇中TE基因的敲除构得工程菌株,工程菌发酵结果表明联二吡啶类代谢产物产量减少.     

耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌的分离鉴定及生物学特性分析

以临床尿路感染患者尿液为研究对象,通过分离培养及16s rDNA进行肺炎克雷伯菌的分离鉴定;采用Kirby-Bauer纸片法进行药敏实验,并对分离株进行碳青霉烯酶表型筛选;通过PCR检测常见的碳青霉烯酶耐药基因、荚膜血清型和毒力基因分布情况;对分离的肺炎克雷伯菌株进行了生物被膜形成能力及其对小鼠致病力的分析。本研究从采取的86例尿液标本中分离检出11株耐碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌,分离率为12.79%。耐碳青霉烯酶基因PCR检测结果显示,blaNDM、blaVIM、blaIMP和blaKPC基因在分离株中均呈现不同程度的分布。耐药性分析发现11株肺炎克雷伯菌对氨苄西林耐药率为90.91%,对头孢噻肟耐药率为63.64%,对链霉素、庆大霉素、氯霉素和诺氟沙星的耐药率较低。耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌荚膜分型结果显示,分离的11株细菌中10株均为强毒力型菌株（90.9%）,其中K57血清型4株（36.4%）,K1血清型1株（9.1%）,K2血清型1株（9.1%）,K5血清型1株（9.1%）,K20血清型3株（27.3%）,提示该批分离株具有较强的致病力。此外,毒力因子分布结果显示,其毒力因子rmpA（54.5%）、Aerobactin F（54.5%）在菌株中分布较为广泛。生物被膜形成能力检测及小鼠致病性试验结果显示,9株分离株均有较强的生物被膜形成能力,菌株致病力可能与荚膜血清型及生物被膜形成能力相关。综上所述,临床分离的致尿路感染病原肺炎克雷伯菌呈现多重耐药特征,强毒力菌株以K57荚膜型为主,K1、K2均有分布,提示对尿路感染病原应加强耐药监测,合理使用抗菌药物,有效防控多重耐药和强毒力菌株的感染与流行。     

2008年大理学院附属医院肠杆菌科细菌耐药性监测

目的:研究大理学院附属医院2008年临床分离肠杆菌科细菌的耐药状况,为更好地指导临床应用抗生素.方法:收集本院所分离的190株肠杆菌,分析其菌种来源、临床分布和耐药性.细菌分离、培养按常规方法,菌种鉴定采用Vitek-32全自动微生物分析仪,药敏试验采用K-B法.结果:190株肠杆菌科细菌中,菌种来源于口痰76株(40%)、尿液42株(22.1%)、消化道分泌物26株(13.7%)、其它46株(24.2%).分离菌种前3位分别是大肠埃希菌103株(54.2%)、克雷伯菌属37株(19.5%)、肠杆菌属15株(7.9%)、其它35株(18.4%).耐药性分析提示大肠埃希菌对头孢他啶/棒酸、阿米卡星、亚胺培南、氨苄西林,棒酸、哌拉西林/舒巴坦等耐药率较低,分别为5.2%、11.1%、11.3%、13.4%、14.3%;而对氨苄西林高度耐药,为78.9%.结论:临床分离的肠杆菌科细菌耐药性较严重,而头孢他啶,棒酸有一定的效果.     

水貂源大肠杆菌对9种抗菌药物敏感性试验

为了解水貂源大肠杆菌对抗菌药物的敏感性,指导兽医临床有效防治大肠杆菌病.采集山东省某水貂养殖场水貂粪便;采用常规的分离、鉴定方法获得8株大肠杆菌菌株;采用K-B纸片扩散法检测菌株对9种抗菌药物的药物敏感性.结果表明,菌株对9种药物呈不同水平的耐药性(耐药率范围25.0~100.0%),对妥布霉素、阿米卡星100%耐药;对粘杆菌素、氟喹诺酮类呈较低耐药率;62.5%的菌株对所检测的8种药物耐药.以上结果说明了本次检测的水貂源大肠杆菌耐药性非常严重,临床上应根据药敏试验结果,合理和谨慎地使用抗菌药物以控制水貂大肠杆菌病.     

鸡大肠杆菌病和鸡霍乱的病原学检验

对发生于同一鸡场不同日龄鸡群的大肠杆菌病和鸡霍乱病例,进行了发病情况及病理变化方面的检验.同时取新鲜病死鸡的脏器组织为材料进行细菌分离,经对36株分离菌的形态特征、理化特性等的鉴定,结果表明：分别为大肠杆菌（E.coli）和多杀巴斯德氏菌败血亚种（P.multocida subsp.septica）,并通过人工感染试验证明分离菌为相应感染症的致病菌.