开花期水稻颖花实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择

实时定量RT-PCR (qRT-PCR)技术现已发展成为基因表达分析的首选方法,然而为了得到精确和可靠的qRT-PCR分析结果,需要应用稳定表达的内参基因对样品进行校正.以粳稻‘武运粳7号’和籼稻‘明恢63’的颖花为试验材料,应用geNorm算法对6个常用的内参基因(ACT1、eEF1-oα、β-TUB、UBQ5、GAPDH和UBC)在颖花开放过程中的表达稳定性进行分析.结果发现:eEF1-α和β-TUB在‘武运粳7号’颖花样品中的表达最为稳定,UBC和GAPDH在‘明恢63’颖花样品中的表达最为稳定,而ACT1在2个品种的颖花样品中表达均最不稳定.此外,同时选取2个最稳定表达的内参基因作内参照可获得更精确的校准.分析不同内参基因对JA生物合成关键基因OsAOC表达定量的影响.OsAOC表达的相对定量会随所选内参基因的不同而发生变异,进一步强调选择合适的内参基因进行校准是获得可靠qRT-PCR结果的重要前提.     

芜菁实时荧光定量PCR内参基因筛选

为筛选适宜芜菁(Brassica rapa L.ssp.rapa)基因表达分析的内参基因,在ICG(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page)中以十字花科作物为参照选择10个候选内参基因。实时荧光定量PCR结果显示ACT、TIP41、Tub-a、UBC30、CyP、UBC21 6个内参基因重复性较好,均能特异扩增并有较高的扩增效率,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对内参基因在不同组织中的表达稳定性进行分析,为芜菁基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,ACT、Tub-a和CyP的M值大于geNorm程序的默认值1.5,稳定性相对较差,6个候选内参基因的表达稳定性排序为:UBC21=TIP41UBC30ACTTub-aCyP,所以,UBC21和TIP41是最稳定的组合。NormFinder的分析结果显示稳定性排序为TIP41ACTTub-aUBC30UBC21CyP,TIP41为最优内参基因,与geNorm分析结果一致,BestKeeper分析结果同geNorm和NormFinder的结果一致。通过RefFinder软件综合分析得出TIP41和UBC21为芜菁不同组织基因表达分析比较理想的内参基因,本研究首次评价了芜菁内参基因的稳定性,为该物种基因表达分析提供了参考。     

景宁木兰热胁迫下实时荧光定量PCR内参基因的筛选

高温对景宁木兰Magnolia sinostellata生长产生严重影响。通过筛选景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因,可以为景宁木兰在高温条件下基因表达研究提供准确数据,达到对目的基因进行准确量化的目的。以热胁迫下景宁木兰1年生实生苗的根、茎、叶组织为材料,从转录组数据库中选取13个管家基因ACTIN-7（肌动蛋白基因-7）,CYP（亲环蛋白基因）,EF-1α（延伸因子-1α蛋白基因）,GAPDH（甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因）,GTB（GTP结合蛋白基因）,NAC（NAC域蛋白基因）,NADP（异柠檬酸脱氢酶基因）,TEF（翻译延伸因子基因）,UBC（泛素化酶基因）,UBQ（多聚泛素蛋白基因）,α-TUB（α微管蛋白基因）,β-TUB（β微管蛋白基因）和18S（18S核糖体RNA）,通过Primer 5.0进行引物设计,琼脂糖电泳和溶解曲线分析验证引物特异性;利用实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）技术和geNorm,NormFinder和BestKeeper等3个内参分析软件研究候选内参基因在热胁迫下不同组织中的表达稳定性,并通过CSLD3和KOR 2个目的基因的表达分析验证其可靠性。13个内参基因的电泳结果均显示单一条带,溶解曲线也均显示单一峰,证明引物特异性良好;13对引物的扩增效率均在100%左右;内参软件综合分析得到,UBC,EF-1α和ACTIN-7是景宁木兰在热胁迫下较为稳定的内参基因,以3个单独的内参基因以及内参组合（EF-1α和ACTIN-7）为参照对CSLD3和KOR的表达模式进行校准,也显示了一致的表达水平。通过qRT-PCR技术和内参软件分析,UBC,EF-1α和ACTIN-7等3个内参基因在景宁木兰热胁迫下不同组织中稳定性较高,CSLD3和KOR等2个目的基因的表达也证实了其可靠性。因此,UBC,EF-1α和ACTIN-7可以作为景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因。     

柠檬色百合实时荧光定量PCR内参基因筛选

为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因,以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料,测定比较总类胡萝卜素含量;使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平,利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔC_T程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性;选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证,最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因,UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因,18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间,以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致;以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝...     

莲草直胸跳甲不同发育阶段内参基因的筛选与验证

[目的]实时定量PCR(qPCR)是基因表达研究的重要技术手段,但其结果的准确性取决于内参基因,本研究筛选莲草直胸跳甲不同发育阶段稳定表达的内参基因,为后续基因表达研究奠定基础。[方法]使用qPCR测定了9个昆虫常见的候选内参基因(β-actin、RPL13a、RPS18、UBC、EF-1α、RPS6、GAPDH、α-Tubulin和β-Tubulin)在莲草直胸跳甲不同发育阶段的表达,利用ΔCt、geNorm、NormFinder和BestKeeper 4种程序综合评估了9个内参基因的表达稳定性,并用小分子热激蛋白基因(shsp20. 8)对内参基因的稳定性进行了验证。[结果]莲草直胸跳甲不同发育阶段的最适内参基因为RPS18和RPL13a,shsp20. 8在使用最稳定和最不稳定的内参基因用于数据标准化时,结果差异显著,表达量最高的虫态分别为卵和蛹期。[结论]本文证实了稳定的内参基因对qPCR试验结果准确性至关重要。     

实时荧光定量PCR筛选鸡基因表达最佳内参基因

为筛选在鸡基因表达时稳定表达的内参基因,本试验以6、14、22及30周龄的地方品种固始鸡与6周龄的商业品种罗斯308肉鸡为试验动物,以B2M、28S、GAPDH、β-actin及HSP70为候选内参基因,利用qRT-PCR对这5个候选内参基因的相对表达量进行测定,通过独立评价软件geNorm、NormFinder、SPSS和Ct值分析法筛选出在不同组织、不同发育时期和不同品种间稳定表达的最佳内参基因。结果表明:在鸡不同组织中,28S为最佳内参基因;在鸡不同发育时期中,GAPDH为最佳内参基因;在不同品种鸡中最佳内参基因组合为GAPDH和28S。综上所述,在以地方品种固始鸡为例的不同组织,不同时期间最佳内参基因分别为28S和GAPDH;以地方品种固始鸡和商业品种罗斯308肉鸡为例的不同品种间最佳内参基因为GAPDH+28S基因组合。综上,本研究筛选出了鸡不同试验条件下的最佳内参基因,为规范鸡基因定量表达分析中内参基因的使用提供参考依据。     

东方泽泻实时荧光定量PCR内参基因的筛选及AoSS基因的组织表达特性分析

[目的]筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础.[方法]从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GAPDH、ACT、UBQ和UBC,应用qRT-PCR检测其在不同组织和激素处理下的表达情况,并借助Delta CT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其表达稳定性进行分析评价.以筛选到的内参基因分析AoSS基因在不同组织中的表达情况.[结果]18S rRNA、GAPDH和EF1α基因在东方泽泻不同组织的表达稳定性较高,但18S rRNA、UBC和EF1α基因在不同激素处理下的表达稳定性均较高.以18S rRNA、GAPDH和EF1α基因为内参分析AoSS基因在东方泽泻不同组织中的表达量情况,结果显示,AoSS基因在东方泽泻不同组织中均有表达,其表达情况基本一致,均在东方泽泻块茎中表达量最高,其次是叶柄和叶,而在根中表达量最低.[结论]18S rRNA、GAPDH和EF1α基因是研究东方泽泻不同组织中基因表达分析的首选内参基因;18S rRNA、EF1α和UBC基因是研究激素处理下基因表达的首选内参基因.AoSS基因的表达具有组织特异性,其可能在东方泽泻的生长发育中发挥重要的调控功能.     

内参基因在昆虫qRT-PCR中的研究进展

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)具有灵敏度高、特异性强等优点,是昆虫目标基因表达和转录分析最常用的技术手段之一。然而,为了消除样本在RNA产量、质量及逆转录效率上存在的差异,在进行qRT-PCR分析目标基因表达量时必须选择合适的"管家基因"作为内参基因。近年来,大量研究表明不同昆虫和不同试验条件选择的内参基因也不尽相同。因此,选择合适的内参基因是正确判断qRT-PCR结果分析的关键。从内参基因的选择、昆虫内参基因的研究和内参基因稳定性评价等几个方面进行综述,以期为研究者在将来的昆虫试验中选择合适的内参基因提供理论参考依据。     

金银花花器官实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为了筛选金银花花器官基因表达分析的适宜内参基因,试验以金银花花器官6个时期为材料,选取金银花的9个候选内参基因Lonja.ACT11,Lonja.ACT2/7,Lonja.G6PD,Lonja.GAPDH,Lonja.MTP,Lonja.TUA,Lonja.UBQ10,Lonja.EF1A,Lonja.UBC,利用q RT-PCR技术及Ge Norm,Norm Finder软件对它们的表达稳定性进行分析评价。结果表明,Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD在金银花花器官生长的不同时期表达水平较稳定,运用q RT-PCR研究金银花花器官基因表达时可选用Lonja.ACT2/7和Lonja.G6PD组合作为内参基因。     

铝毒胁迫下大豆ALMT和MATE基因的特异性表达

[目的]从转录水平揭示ALMT和MATE基因在大豆耐铝中的作用,为遗传改良获得抗性种质提供依据。[方法]对2个大豆品种进行Al处理,取胁迫后6 h(短期)、2 d(中期)和12 d(长期)的根尖提取RNA,采用qRT-PCR检测耐铝相关基因的时空表达。[结果]以MTP和UBC2为内参时,ALMT基因在铝处理2 d后的BX10中表达量与对照相比变化最大,在BD2中处理12 d后的表达量最大;当使用不同的内参校准时,MATE在同一个品种中的表达量存在差异,且在同一品种处理的3个时间点的变化趋势也不一致。[结论]不同的内参基因进行校准时,基因的表达量不同,使用2个或2个以上的内参基因进行校正能够提高结果的准确性,基因的表达变化为研究植物耐铝机制提供理论基础。     

Validation of Reference Genes for Quantitative Real-Time PCR in Laodelphax striatellus

The normalization of quantitative real-time PCR （qPCR） is important to obtain accurate gene expression data, and the most common method for qPCR normalization is to use reference genes. However, reference genes can be regulated under different conditions, qPCR has recently been used for gene expression study in Laodelphax striatellus, but there is no study on validation of the reference genes. In this study, five new housekeeping genes （LstrTUB1, LstrTUB2, LstrTUB3, LstrARF and LstrRPL9） in L. striatellus were cloned and deposited in the GenBank with accession numbers of JF728809, JF728810, JF728811, JF728807 and JF728806, respectively. Furthermore, mRNA expressions of the five genes and β-actin were measured by qPCR with insect samples of different instar at nymph stage, and the expression stabilities were determined by the software geNorm and NormFinder. As a result, ARF and RPL9 were consistently more stable than β-actin, while three TUB genes were less stable than β-actin. To determine the optimal number of reference genes used in qPCR, a pairwise variations analysis by geNorm indicated that two references ARF and RPL9 were required to obtain the accurate quantification. These results were fiarther confirmed by the validation qPCR experiment with chitinase gene as the target gene, in which the standard error of the mRNA quantification by using binary reference ARF-RPL9 was much lower than those by ARF, RPL9 or β-actin alone. Taken together, our study suggested that the combination of ARF-RPL9 could replace β-actin as the reference genes for qPCR in L. striatellus.     

幼龄小鼠小肠组织内参基因的选择

选择B2 M、ACTB、GAPDH、SDHA、HPRT1和ARBP共6个内参基因,研究其在幼龄小鼠小肠组织内的表达情况.结果表明:6个内参基因均可获得特异性扩增产物;经geNorm程序和NormFinder分析,6个内参基因稳定度由高到低为SDHA=HRPT1>ARBP>ACTB>GAPDH>B2 M;基因表达的稳定值分别为0.006(SDHA)、0.006(HRPT1)、0.007(ARBP)、0.018(ACTB)、0.029(GAPDH)、0.111(B2 M),最终筛选出SDHA和HRPT1 2个内参基因适合用于校正目的基因的表达.     

镰刀菌酸胁迫下节瓜实时荧光定量 PCR分析内参基因的选择

针对不同试验材料及条件选择合适的内参基因是正确利用实时荧光定量PCR 分析目的基因表达模式 的前提条件。以4 个常用看家基因（GAPDH尧Actin尧UBQ尧CYP）和2个新内参基因（CACS尧F-box）作为候选内参基因、 运用实时荧光定量PCR 技术、分析它们在节瓜不同组织（根尧茎尧叶）及镰刀菌酸（fusaric acid, FA）胁迫下的表达稳定 性。经RefFinder 在线软件综合分析、结果表明、节瓜经枯萎病毒素FA 胁迫后Actin 和F-box 表达稳定;而在节瓜不 同组织中F-box 基因表达稳定性最高;另外、传统常用看家基因GAPDH 和CYP因在不同试验条件下总体表达水平 都比较差而不适合作为相应条件下的内参基因。研究结果为节瓜抗枯萎病相关基因的表达分析奠定了基础。     

甘菊内参基因CITUA的克隆与表达分析

根据前期工作已获得的甘菊α-tubulin基因EST序列，使用RACE技术获得了该基因的全长序列，命名为ClTUA。生物信息学分析表明，ClTUA基因全长cDNA序列为1 580 bp，编码432个氨基酸残基。利用MEGA40软件对推测的氨基酸序列进行系统关系分析发现，其为植物中Ⅰ类α-tubulin基因。RT PCR分析发现:ClTUA基因不仅在盐、干旱、冷、热、脱落酸和水杨酸各种非生物胁迫下稳定表达，而且在不同生长发育阶段的样本中稳定表达；而作为对照的两个内参基因，ClActin和26S rRNA基因在不同非生物胁迫下表达稳定，但在不同生长发育阶段的样本中表达强度不同。这一结果表明，ClTUA基因的表达稳定性优于ClActin和甘菊26S rRNA基因，可以作为内参基因用于甘菊抗逆性和生长发育过程中基因表达规律研究。      

中国小麦花叶病毒(CWMV)侵染条件下小麦内参基因的选择

实时定量PCR(qRT-PCR)是分析功能基因表达水平的常用方法之一,qRT-PCR数据统计分析离不开合适内参基因的选择。为了选择中国小麦花叶病毒(Chinese wheat mosaic virus, CWMV)侵染条件下的小麦内参基因,本实验通过PCR扩增效率和扩增特异性分析,从10个持家基因中选择8个候选基因,然后以接种CWMV的小麦样品为材料,利用qRT-PCR技术进一步检测上述8个基因在CWMV侵染条件下小麦样品中的时空表达特性。基于这些数据,通过geNorm、NormFinder程序分析,结果表明,2个小麦基因(即26S和CDC)在CWMV侵染前后以及不同组织中表达最为稳定,26S和CDC组合可选作CWMV与小麦互作过程中功能基因表达分析的内参基因。     

浙东白鹅GAPDH基因的扩增及其在荧光定量PCR中的应用

三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是一种糖酵解酶,在脊椎动物的所有组织均有稳定的表达,经常作为看家基因来研究基因的表达,本研究分析了鸭GAPDH基因序列,设计了一对引物,利用PCR,RT-PCR技术扩增得到了浙东白鹅的GAPDH基因的DNA序列为235 bp,mRNA序列为209 bp,作为参比基因应用于荧光定量PCR来研究目标基因的表达,目标基因在mRNA水平上的表达量可通过参比基因校正cDNA加入量的不同来研究,荧光定量PCR显示了以cDNA为模板,此引物扩增时Ct具有单一的溶解曲线,说明其表达稳定,可以作为参比基因用于浙东白鹅基因的定量表达研究。     

仿刺参cytb和β-actin基因表达稳定性比较

基因表达分析需要采用内参基因来校正目的基因的表达量。采用半定量RT-PCR的方法分析了cytb和β-actin基因在仿刺参(Apostichopus japonicus)未受精卵、受精卵、多细胞期、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、五触手幼体、稚参11个发育阶段和幼参的体壁、体腔细胞、肠道和呼吸树中的表达情况。结果表明:cytb在不同发育阶段和不同组织中稳定表达;β-actin基因在稚参之前不同发育阶段中表达水平有显著差异,在幼参的体壁、肠道和呼吸树中稳定表达。此外,cytb在lipopolysaccgarides (LPS)刺激前后的原肠胚、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、稚参和幼参四种组织中表达量无显著差异;β-actin基因在LPS刺激前后的幼参体腔细胞、肠道和呼吸树中表达量无显著差异。本研究为仿刺参功能基因表达分析中,cytb与β-actin基因作为内参基因的可行性提供了依据。