基于多组学数据的早期宫颈鳞状细胞癌分类

从分子层面对泛癌进行研究已经得到了很大的进展，但是对宫颈鳞状细胞癌的分子分类研究仍然需要更多的探索. 为了找到宫颈鳞状细胞癌潜在的子类，本文提出了一个基于多维组学数据的癌症亚型分类分析流程. 通过统计学方法对癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）宫颈鳞状细胞癌的mRNA表达数据、小分子核糖核酸（microRNA，miRNA）表达数据、DNA甲基化数据以及拷贝数变异数据4个维度包含的分子进行筛选，然后对筛选后的分类特征进行整合聚类，进一步筛选能够区分不同子类的关键分类特征，并使用这些关键分类特征建立宫颈鳞状细胞癌分类模型. 本研究为宫颈鳞状细胞癌分子层面子类的识别提供了分析流程，得到了两个临床生存水平具有显著性差异的宫颈鳞状细胞癌子类，并确定了8个宫颈鳞状细胞癌的关键分类特征. 本研究中识别的宫颈鳞状细胞癌子类和关键分类特征为宫颈鳞状细胞癌早期分类及分类标志物的鉴定提供了重要参考.     

肾细胞癌DNA甲基化标记检测的重复性及其与基因表达改变的相关性

DNA甲基化是影响基因表达的重要因素之一。DNA甲基化芯片已广泛应用于寻找癌症的标志物,但是目前还没有研究对这些标志物的重复性进行评价。另外,DNA甲基化对基因表达的影响也存在争议。在本文中,通过分析肾细胞癌的两套甲基化数据,发现它们的差异甲基化基因的方向高度的一致,证明通过甲基化芯片获得的甲基化标记有很高的重复性。进一步分析甲基化基因对应的表达改变,发现肾细胞癌中高甲基化的基因显著影响表达下调,而低甲基化的基因与表达改变无显著关系。最后,通过功能分析,找到了三个同时发生甲基化和表达改变的通路。针对这些通路研究DNA甲基化抑制剂,可能有助于肾细胞癌的靶向治疗。     

利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型

利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA[JP+1]数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价;对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA-mRNA调控网络;对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA-mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3 613个差异表达的mRNA;预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa-miR-21-5p表达量×0.603＋hsa-miR-1251-5p表达量×-0.093;调控网络中共纳入31个miRNA-mRNA调控关系对;对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA-mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。     

宫颈鳞状细胞癌中ADAM17 的表达及其临床意义

目的:探讨去整合素-金属蛋白酶17(ADAM17)在宫颈鳞状细胞癌中的表达及其临床病理意义。方法:运用免疫组织化学法分别检测正常宫颈上皮、宫颈鳞状细胞癌及宫颈上皮内瘤样变组织中ADAM17的表达,并分析其与宫颈癌临床分期及淋巴结转移的相关性。结果:ADAM17在正常宫颈上皮组织切片中无明显表达,在宫颈上皮内瘤样变组织中少部分表达,呈浅黄色,在宫颈鳞状细胞癌中癌细胞大量表达,ADAM17表达呈棕褐色,数量较多且浓染。不同临床分期的宫颈鳞状细胞癌组织中ADAM17的阳性表达率比较存在显著统计学差异(P0.05),且随临床分期的上升,ADAM17的表达逐渐升高;有淋巴结转移的宫颈鳞状细胞癌组织中ADAM17的阳性表达率显著高于无淋巴结转移的宫颈鳞状细胞癌组织,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:ADAM17蛋白在宫颈鳞状细胞癌组织中呈异常高表达,且与宫颈鳞状细胞癌的临床分期和淋巴结转移密切相关,通过检测ADAM17蛋白的表达可能有助于宫颈鳞状细胞癌的诊断、治疗和预后预测。     

肺鳞状细胞癌特异性甲基化候选诊断标志物的识别

甲基化异常是肿瘤早期的频发事件,DNA甲基化随着时间的推移相对稳定,并且可以在血液中非侵入性地检测到,因此DNA甲基化具有成为癌症早期诊断生物标志物的巨大潜力.为了找到肺鳞状细胞癌(LUSC)潜在的诊断标志物,本文提出了一种LUSC特异性候选诊断标志物的识别方法,使用癌症基因组图谱数据库(TCGA)的LUSC的甲基化数据集,通过比较LUSC与正常肺组织和其他癌症类型,得到了6个LUSC特异性甲基化位点,使用支持向量机建立诊断模型,采用六折交叉划分数据集,验证特异性标志物的有效性. 6个标志物的组合在预测LUSC方面达到约93%～99%的灵敏度,在排除正常组织时达到100%的特异性,在排除其他癌症时达到约99%的特异性.我们的研究为LUSC的早期诊断提供了潜在的生物标志物.     

DNA甲基化驱动的转录表达特征作为肝癌预后预测标志物的价值

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是最常见的恶性肿瘤之一。DNA甲基化的异常是恶性肿瘤的特征之一,并被发现在肝癌等肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为了能为肝癌患者提供新的临床预后预测标志物,本研究首先采用整合组学分析策略在全基因组范围内鉴定与肝癌患者预后相关的DNA甲基化驱动的差异表达基因;然后,采用LASSO (least absolute shrinkage and selection operator)分析建立了10个最优基因组合的预后预测模型。Cox比例风险回归分析显示,在校正临床特征参数后,此预测模型高风险评分与患者不良预后显著相关,表明该模型具有潜在的独立预后价值。受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析显示该风险评分模型在预测患者短期和长期预后方面优于其他已被报道的肝癌预后预测模型。基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)表明,高风险评分与细胞周期和DNA损伤修复通路相关。以上结果表明,本研究构建了一个基于10个DNA甲基化驱动基因的预后风险评分模型,该模型可作为肝癌患者的潜在预后生物标志物,有助于肝癌患者的生存预后评估和治疗策略的指导。     

DNA甲基化与microRNA

细胞中DNA甲基化和microRNA（miRNA）相互影响,并共同调控着下游靶基因的表达活性,在细胞生长代谢、免疫、肿瘤和心血管疾病等生理和病理过程中发挥重要作用。首先简要介绍DNA甲基化与miRNA的概况,然后分析了miRNA调控下的DNA甲基化改变,探讨了DNA甲基化影响miRNA的表达活性变化,并归纳了miRNA与DNA甲基化之间的反馈调控关系;最后对DNA甲基化和miRNA的应用前景进行了简单探讨。研究DNA甲基化与miRNA间的网络调控关系,可为表观调控机制在理论和实践中的深入研究和应用提供参考。     

CD44和maspin在肺鳞状细胞癌中的表达及其与血管生成的关系

目的检测肺鳞状细胞癌中CD44蛋白和maspin蛋白的表达及相互之间的关系,并研究它们与肺鳞状细胞癌患者临床病理因素之间的关系。方法采用免疫组织化学Elivision法检测116例肺鳞状细胞癌和30例正常肺组织中CD44、maspin和CD34蛋白表达情况。结果在肺鳞状细胞癌和正常肺组织中CD44和maspin蛋白的阳性表达率分别为60.3%、39.7%和10.0%、100%,两组之间相比,差异有统计学意义;CD44和maspin蛋白的阳性表达率和微血管密度(microvessel density MVD)与肺鳞状细胞癌患者肿瘤组织的分化级别、淋巴结转移与否以及临床分期等相关(P0.05);且CD44蛋白阳性表达率与MVD计数呈正相关关系,maspin蛋白阳性表达与CD44蛋白阳性表达和MVD计数均呈负相关关系(P0.05)。Kaplan-Meier生存分析显示,CD44蛋白阳性表达组患者的生存时间明显高低于其阴性表达组患者(P0.001);maspin蛋白阳性表达组患者的生存时间明显高于其阴性表达组患者(P0.001);MVD≥21组患者生存时间明显低于MVD21组的患者(P0.001)。多因素分析表明CD44和maspin蛋白的表达是肺鳞状细胞癌患者的独立预后因素。结论 CD44和maspin的异常表达参与了肺鳞状细胞癌的发生、发展、浸润和转移,联合检测CD44和maspin蛋白的表达对肺鳞状细胞癌的进展和预后判断有重要意义。     

血清载脂蛋白AI、鳞状细胞癌抗原与子宫内膜癌病理特征的关系及对淋巴结转移的预测研究

摘要 目的：分析血清载脂蛋白AI、鳞状细胞癌抗原与子宫内膜癌病理特征的关系及对淋巴结转移的预测价值。方法：选择我院自2020年7月至2022年7月收治的156例行手术治疗的子宫内膜癌患者作为研究对象,检测血清载脂蛋白AI、鳞状细胞癌抗原表达水平,分析不同临床分期、病理分级、子宫肌层浸润程度的子宫内膜癌血清载脂蛋白AI、鳞状细胞癌抗原表达水平的差异性,比较淋巴结转移组与非淋巴结转移组血清载脂蛋白AI、鳞状细胞癌抗原表达水平,通过受试者工作特征曲线（ROC）下面积（AUC）评价血清载脂蛋白AI联合鳞状细胞癌抗原对子宫内膜癌患者发生淋巴结转移的预测价值。结果：Ⅲ～Ⅳ期组血清载脂蛋白AI低于Ⅰ～Ⅱ期组,鳞状细胞癌抗原表达水平高于Ⅰ～Ⅱ期组（P＜0.05）;中低分化组血清载脂蛋白AI水平低于高分化组,鳞状细胞癌抗原表达水平高于高分化组（P＜0.05）;子宫肌层浸润≥1/2组血清载脂蛋白AI水平低于子宫肌层浸润＜1/2组,鳞状细胞癌抗原表达水平高于子宫肌层浸润＜1/2组（P＜0.05）;在120例子宫内膜癌患者中,发生淋巴结转移28例;淋巴结转移组血清载脂蛋白AI低于非淋巴结转移组,鳞状细胞癌抗原表达水平高于非淋巴结转移组（P＜0.05）;经ROC曲线分析,血清载脂蛋白AI联合鳞状细胞癌抗原预测子宫内膜癌患者发生淋巴结转移的AUC为0.910。结论：血清载脂蛋白AI、鳞状细胞癌抗原与子宫内膜癌的不同临床分期、病理分级、子宫肌层浸润程度有关,术前检测两者表达水平有助于淋巴结转移的预测,对于指导临床治疗具有积极作用。     

Cdc25C在放疗敏感的食管鳞状细胞癌中高表达

目的研究食管鳞状细胞癌组织中Cdc25C的表达与放疗敏感性的关系。方法回顾性分析62例根治性放疗的局部晚期食管鳞状细胞癌患者,根据放疗近期疗效分为放疗敏感组和放疗不敏感组,采用免疫组织化学检测放疗前食管癌组织中Cdc25C表达,分析Cdc25C的表达与放疗敏感性之间的关系。结果食管鳞状细胞癌组织中Cdc25C表达率显著高于癌旁正常上皮组织,放疗敏感组Cdc25C表达率显著高于放疗不敏感组。结论食管鳞状细胞癌组织中Cdc25C高表达与放疗敏感性密切相关,Cdc25C的高表达可能有助于预测肿瘤细胞对放射治疗的敏感性,对于指导食管鳞状细胞癌临床治疗具有重要的参考意义。     

共刺激分子B7-H4在宫颈癌中的表达及意义

目的:肿瘤微环境中免疫共刺激分子B7-H4与其配体结合后可提供免疫抑制信号,调控肿瘤组织中的免疫应答。本研究探讨B7-H4、Fas及Caspase-3裂解片段在宫颈鳞状细胞癌中的表达及其与临床病理因素的关系,分析其参与肿瘤免疫逃逸的机制。方法:应用免疫组织化学SP法检测23例正常宫颈上皮、38例宫颈上皮内瘤变(CIN)和132例宫颈鳞状细胞癌组织中B7-H4、Fas及Caspase-3裂解片段的表达水平,分析其与宫颈癌各临床病理因素的相关性。结果:B7-H4在正常宫颈上皮组织中不表达,在CIN组织中微弱表达,在宫颈鳞状细胞癌组织中高表达。B7-H4表达与肿瘤的临床分期、淋巴结转移、原发肿瘤大小和肿瘤浸润深度有关,B7-H4与Fas蛋白表达呈现负相关,与Caspase-3裂解片段存在共表达关系。结论:B7-H4在宫颈鳞状细胞癌中过表达可引起Fas蛋白表达下调和Caspase-3裂解片段增多,抑制肿瘤细胞发生凋亡,参与肿瘤逃避宿主的免疫监视,从而促发宫颈癌的发生和发展。阻断B7-H4通路途径,有望成为宫颈鳞状细胞癌治疗的新靶点。     

HPV16E7的表达对宫颈癌变过程中CD163+巨噬细胞的浸润及上皮间质转化的影响

目的 研究人乳头瘤病毒16E7(HPV16E7)、上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)“cadherin switch”标记物E-cadherin、N-cadherin,及肿瘤相关巨噬细胞(tumor-associated macrophages,TAMs)标记CD163在宫颈癌变过程中的表达情况,探讨在不同的HPV16E7表达情况下,上皮间质转化程度及肿瘤相关巨噬细胞浸润的差异及二者之间的关系。方法 通过免疫组化法检测宫颈鳞状细胞癌、高级别上皮内瘤变(CINII-III)、低级别上皮内瘤变(CINI)及慢性宫颈炎患者的HPV16E7、E-cadherin、N-cadherin、CD163的表达情况。结果 E-cadherin的表达随着宫颈癌变的进展逐渐降低,N-cadherin的表达以及CD163+巨噬细胞数量随着宫颈病变的进展逐渐升高。慢性宫颈炎、CINI、CINII-III及宫颈鳞状细胞癌的HPV16E7阳性组和阴性组比较中,E-cadherin的表达在CINII-III及宫颈鳞状细胞癌中HPV16E7阳性组明显低于阴性组;N-cadherin的表达在宫颈鳞状细胞癌中HPV16E7阳性组明显高于阴性组;CD163+巨噬细胞数目在CINI、CINII-III及宫颈鳞状细胞癌中HPV16E7阳性组明显高于阴性组。进一步统计CD163+巨噬细胞与上皮间质转化间关系后发现,宫颈癌变过程中,随着CD163+巨噬细胞数目的增多,E-cadherin的表达逐渐降低,无论HPV16E7的表达如何,二者均呈负相关关系;宫颈鳞状细胞癌中,随着CD163+巨噬细胞数目的增多,N-cadherin的表达逐渐增加,HPV16E7阳性组二者仍呈正相关关系,而HPV16E7阴性组无明显相关关系。结论 HPV16E7可能通过肿瘤相关巨噬细胞来调节上皮间质转化的“cadherin switch”,从而促进宫颈癌的癌变。     

VEGF在口腔鳞状细胞癌中的表达及其临床意义

目的:研究血管内皮生长因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)在口腔鳞状细胞癌中的表达及其临床意义.方法:免疫组化EnVisionTM法检测VEGF在57例手术治疗的原发性OSCC(口腔鳞状细胞癌)中的表迭.结果:①VEGF在OSCC中的阳性表达率为40.35%.②VEGF在不同发病部位组的表达:牙龈癌>舌癌>颊癌>唇癌,组间无统计学差异(P>0.05).③VEOF在不同病理分级组、不同预后组、不同年龄组、不同性别组的表达无显著性差异(P>0.05);淋巴结转移组的表达显著高于无转移组(P<0.05).结论:虽然VEGF的高表达可能在淋巴结转移中起一定的作用,但还不能作为预测口腔鳞状细胞癌临床生物学行为及预后的可靠指标.     

肺腺癌预后相关miRNA生物信息学筛选及其临床意义

目的：探讨肺腺癌预后相关miRNA组学特征及其临床意义。方法：应用癌症基因组图谱（TCGA）数据库,检索人肺腺癌miRNA表达谱数据,进行差异分析,再利用Cox风险回归模型筛选预后相关miRNA;利用mirwalk分析平台,对筛选出的miRNA进行靶向调控基因预测、KEGG功能富集分析,最后,预测出预后相关miRNA的功能。结果：共筛选肺腺癌差异miRNA46个,其中,上调19个、下调27个;通过Cox生存分析筛选到预后相关miRNA有6个,即hsa-mir-21、hsa-mir-142、hsa-mir-200a高表达,hsa-mir-101、hsa-let-7c、hsa-mir-378e低表达,其中hsa-mir-21、hsa-mir-378e与肺腺癌患者不良预后有关,生存期显著缩短（P<0.05,AUC=0.618）。KEGG分析上述预后相关miRNA靶向调控基因与免疫反应通路、miRNA与癌症通路、代谢通路等有关。结论：hsa-mir-21、hsa-mir-378e与肺腺癌预后不良有关,未来经进一步临床验证有可能作为肺腺癌预后相关的分子标记物。     

肿瘤坏死因子α和甲基化转移酶抑制siRNA 对Raji 细胞中癌- 睾丸抗 原表达的影响

目的:研究细胞因子TNF-α和针对DNA甲基化转移酶的siRNA对Burkitt淋巴瘤细胞株Raji细胞的癌-睾丸抗原表达情况的影响。方法:1.加入不同终浓度的细胞因子TNF-α,与Raji细胞株共培养,在不同的时间点检测癌-睾丸抗原表达情况的改变。2.转入针对DNA甲基化转移酶的siRNA,检测癌-睾丸抗原表达情况的改变。结果:在TNF-α作用后,一些细胞组会出现SSX-1表达上调,而siRNA干扰作用后,转染针对DNMT1和DNMT3b的细胞组或受5-aza-dC作用的细胞组的PRAME发生再表达。结论:TNF-α和siRNA都能诱导某些癌睾丸抗原的表达或使其表达增强。     

CD9在口腔鳞状细胞癌中的表达水平及其临床意义

目的:口腔鳞状细胞癌是一类极易发生局部侵袭和淋巴结转移的恶性肿瘤,CD9蛋白在多种肿瘤的发生发展及侵袭转移过程中起到重要作用,本研究旨在分析CD9蛋白在口腔鳞状细胞癌中的表达水平及其临床意义。方法:收集我院诊断明确的口腔鳞癌肿瘤患者石蜡标本合计80例,通过免疫组化手段对CD9蛋白表达水平进行评价,并根据CD9蛋白的表达水平分组,分析患者的临床病理学特征与CD9蛋白的关系。结果:CD9在正常组织和癌旁组织正常表达,在肿瘤组织中表达率低,其表达水平和口腔鳞癌的分化程度,淋巴结转移及最终分期有相关性(P0.05)。结论:本研究结果揭示,CD9在口腔鳞状细胞癌的发生发展中起到重要作用,CD9蛋白水平的低表达或不表达可能预测着肿瘤具有更明显的恶性生物学行为,并可能成为口腔鳞状细胞癌预后的生物学指标及基因治疗的新靶点。     

癌症液体活检新思路：数字PCR检测DNA甲基化

癌症的早期诊断可提高患者生存率.微创采集人体体液的液体活检方法可避免传统肿瘤组织活检方法侵入性和异质性的问题,逐渐成为癌症诊断的新方式.另外,DNA甲基化作为预测癌症发生发展的标志物,引起了越来越多研究者的关注.但传统DNA甲基化的检测方法灵敏度不高,且容易出现假阳性.近年来,数字PCR技术因其超高的检测灵敏度和精确度、无需标准曲线即可进行核酸绝对定量检测的优势,被用于DNA甲基化的定量检测中.本文首先介绍了DNA甲基化与癌症发生发展的关系,总结了传统DNA甲基化检测方法及其在癌症临床诊断中的应用,阐述了基于不同核酸样本分散方法的数字PCR技术及其在微量DNA甲基化检测中的优势,总结了采用数字PCR技术检测癌症患者体液中DNA甲基化的具体步骤,列举了数字PCR技术在癌症DNA甲基化检测中的研究成果及应用进展,最后提出了数字PCR技术检测癌症DNA甲基化未来可能面临的挑战,并对数字PCR技术在癌症液体活检方面的应用前景进行了展望.     

星形细胞瘤生存预后相关miRNA-mRNA调控关系对筛选

利用GEO数据库中的芯片数据,筛选与星形细胞瘤生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为后续研究提供理论支持。下载芯片数据利用R语言进行差异表达分析,得到星形细胞瘤较正常组织表达显著改变的miRNA与mRNA;通过miRNA靶基因预测,将靶基因与差异表达mRNA取交集,明确mRNA与miRNA之间的关系;利用GEPIA2.0工具在TCGA数据库中筛选有生存价值的mRNA并验证表达情况,利用OncoLnc工具对相应miRNA进行生存分析。筛选到差异表达的miRNA 90个(表达上调22个,下调68个);差异表达的mRNA 644个(表达下调476个,上调168个);根据miRNA靶基因预测结果,整理出miRNA-mRNA关系对30个,对其中的mRNA与miRNA进行生存分析,共得到7个miRNA-mRNA关系对与LGG患者生存预后明显相关,未筛选到与GBM患者生存预后有关的调控关系对。本研究筛选到的7个miRNA-mRNA调控关系对与LGG患者生存预后显著相关,可为相关研究与治疗提供靶点和参考方向。     

DNA甲基化的生物信息学研究进展

作为重要的表观遗传学现象之一,DNA甲基化对基因的表达发挥重要的调控功能．随着高通量检测技术的不断发展,对DNA甲基化的生物信息学研究也成为DNA甲基化研究中的一个非常活跃的热点．对生物信息学在DNA甲基化状态的预测、CpG岛不易被甲基化的机制研究、探索DNA甲基化同其他表观遗传学现象之间的关系以及DNA异常甲基化同癌症的发生和发展之间的关系等方面的研究进展进行综述．     

MPTP诱导的帕金森病小鼠模型黑质脑组织DNA甲基化研究

为研究DNA甲基化在帕金森病发病机制中的作用,本研究用环境毒素1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶(MPTP)连续腹腔给药诱导小鼠帕金森病(Parkison's disease,PD)模型,应用ELISA检测小鼠黑质脑组织总体甲基化水平,应用实时荧光定量PCR方法检测DNA甲基转移酶表达水平,探讨MPTP诱导的小鼠PD模型黑质部位是否存在DNA甲基化异常.进一步应用甲基化DNA免疫共沉淀结合DNA甲基化芯片方法,构建MPTP诱导的小鼠PD模型黑质脑组织DNA甲基化谱,并寻找DNA甲基化修饰异常的PD相关基因对其进行验证.结果表明,模型组小鼠黑质脑组织DNA总体甲基化水平较对照组显著降低,Dnmt1的表达水平显著增高.利用DNA甲基化芯片在全基因组内筛选出甲基化差异修饰位点共48个,涉及44个基因,这些甲基化差异基因参与信号转导、分子转运、转录调控、发育、细胞分化、凋亡调控、氧化应激、蛋白质降解等生物学过程.在甲基化差异修饰基因中,对Uchl1基因及Arih2基因进行了甲基化水平以及表达水平的验证.结果表明,模型组小鼠黑质脑组织Uchl1启动子区域甲基化水平较对照组增高,m RNA及蛋白质表达水平降低,Arih2启动子区域甲基化水平较对照组降低,m RNA及蛋白质表达水平增高.实验结果进一步证实,DNA甲基化修饰异常在帕金森病发病机制中有重要作用,环境因素(如MPTP)可以通过改变DNA甲基化修饰参与帕金森病的发生发展.