基于红掌转录组序列的SSR标记分析与开发

本研究从红掌转录组共32 391条unigenes中搜索得到3 944个SSR位点,出现频率为12.17%。EST-SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的96.29%,其中二核苷重复为主要基序类型,占总SSR的51.01%,AG/CT重复类型出现最多。设计合成的200对SSR引物中有22对引物扩增条带清晰、多态性好,在18个红掌品种中得到有效性验证。结果表明,基于红掌转录组序列的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发可为红掌遗传多样性分析、分子育种等奠定重要基础。     

基于转录组测序的苦瓜热激蛋白相关基因分析

为获得苦瓜叶片高温胁迫状态下表达的相关基因,本研究以高温胁迫下苦瓜叶片为实验材料,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对正常温度(26℃)和高温胁迫(38℃)下苦瓜叶片转录测序后进行组装,再利用KEGG、Pfam、Swiss-Prot和NR数据库平台对热激蛋白的相关功能基因筛选,共获得24个热激蛋白相关基因,包括得20个热激蛋白基因、2个位于叶绿体中的小热激蛋白以及2个热激转录因子。聚类分析研究表明,涉及到热激蛋白相关的20个Unigene广泛分布于3大类中,其中c42567和c43094这两个亲缘关系最近;两个小热激蛋白c42963和c12133的亲缘关系次之;c35683和c3040两个热激转录因子亲缘关系最远。通过本次研究中获取的24个热激蛋白相关Unigene信息,有助于深入研究苦瓜耐高温胁迫机理等提供数据信息。     

基于油楠(Sindora glabra)转录组测序的SSR分子标记的开发

油楠(Sindora glabra)作为极具开发潜力的能源植物,在分子水平上的研究仅局限于ISSR分子标记。本研究利用Trinity软件对油楠转录组数据进行组装,共得到总长为48307806 bp的283998条Unigenes。利用MISA软件寻找到97443个含有SSR的重复基元。SSR位点中主要重复序列为单核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的67.68%和22.56%,其次是三核苷酸,占8.54%。利用Primer 3.0设计引物,并从中随机选择200对引物进行PCR扩增,其中有13对扩增出清晰条带,多态性高,重复性好。油楠SSR分子标记的开发对于研究其遗传多样性、重要性状基因定位及分子标记辅助选择育种等起到重要的推动作用。     

基于南美蟛蜞菊转录组测序的SSR分子标记开发及鉴定

南美蟛蜞菊(Wedelia trilobata)是华南地区危害严重的入侵植物,对其遗传多样性的研究仅局限于ISSR分子标记。本研究利用MISA软件对南美蟛蜞菊转录组测序获得的88 504条Unigene进行了SSR位点及特征分析,结果发现SSR位点23 338个,SSR出现频率为26.37%,发生频率为21.07%,平均距离为1 224.61 kb。其中单核苷酸重复所占比例最高,占总SSR位点的46.92%。二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型分别占26.66%和24.55%。本研究对南美蟛蜞菊转录组测序得到的23 338个SSR位点使用Primer 3软件进行引物设计,随机选择了200对引物进行了扩增实验验证,有效扩增55对,其中6对引物特异性高,重复性好。平均Shannon's多样性信息指数(Ⅰ)和多态性信息含量(PIC)分别为0.760和0.511,表明其具有较高的多态性。本研究结果为今后开展南美蟛蜞菊遗传多样性方面的研究提供了实验基础。     

苦瓜外观性状AFLP反应体系的建立及优化

为探讨苦瓜性状遗传多样性奠定基础,通过对酶切方法的比较研究,建立并优化了苦瓜AFLP反应体系,采用TaqI/VspI或EcorI/MseI两种限制性内切酶酶切组合对的苦瓜(Momordica charantia.L.)的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。结果表明EcorI/MseI内切酶进行双酶切时酶切效果较好并且扩增出的条带带纹清晰,扩增信号强度基本一致符合研究需求,并初步筛选得到了32对清晰、多态性高的AFLP引物。说明最适宜的酶切方法是使用EcorI/MseI组合进行双酶切,通过重复试验证明了该体系稳定可靠,可用于苦瓜性状遗传多样性的分析。     

基于RNA-seq牡丹SSR标记开发及通用性分析

从牡丹花色候选基因中开发一套SSR标记,为牡丹花色分子遗传学研究和分子标记辅助育种提供帮助.本研究基于高通量转录组测序技术(RNA-seq)获得了278条涉及调控牡丹花色形成的Unigenes序列,利用SSRIT在128条Unigenes中检测到215个SSR位点,出现频率为46.04％.其中优势重复基序为二核苷酸、三...     

氮和钾元素对苦瓜皂苷的影响

为进一步优化苦瓜的氮钾肥施用方式,提高苦瓜中皂苷含量,选取苦瓜低皂苷含量品种‘206’、高皂苷品种‘优佳4号’为试验材料,以中皂苷品种‘疙瘩绿’为对照,采用根尖无损伤检测法,检测苦瓜根对氮和钾离子的吸收情况。结果表明,在幼果期‘优佳4号’根对氮离子的吸收显著高于‘疙瘩绿’和‘206’,而在幼苗期、幼果期对钾离子的释放比‘206’分别低40%和63.5%。田间栽培时以苦瓜品种、氮、钾元素为变量进行正交设计,并进行施肥验证,‘优佳4号’吸收氮元素和保有钾元素的能力更强,在低氮和低钾的情况下也可以产生高皂苷。中高含量的氮钾元素可以显著提高低皂苷品种的皂苷含量。在栽培生产中,高皂苷品种施肥可适当采用低氮和低钾措施,低皂苷品种要采用高氮和高钾措施。     

苦瓜多糖的提取纯化与测定方法研究进展

介绍了2000年以来国内学者对苦瓜多糖的研究情况,重点对苦瓜多糖的提取、纯化及测定方法的选用及效果进行了分析比较,以期对苦瓜多糖的进一步开发提供参考。     

铁筷子嫩叶转录组信息及SSR标记初步分析

铁筷子是毛茛科植物,既是重要中药材,也是新兴的高档宿根花卉。本研究以中国原产铁筷子幼嫩叶片为试材,采用二代测序技术对材料进行转录组测序,通过对原始数据进行质量控制,并用Trinity软件等对处理后数据进行拼接,获得了高质量转录本和Unigenes。对Unigenes进行序列比对、功能注释和分类、基因编码区预测及单核苷酸多肽标记(SSR)分析,结果显示,本次测序共获得转录本94 067条,代表的Unigene共有70 119条;Unigenes在非冗余蛋白数据库(Nr)比对,E值得分最高的物种中,睡莲占比最高;Unigenes在GO分类中注释到46个次级功能条目,在KOG功能分类中"翻译后修饰,蛋白开关和分子伴侣"功能注释到的基因最多;通过Nr数据库和软件分析,共有58 403个基因编码区被预测到;同时软件分析共获得SSR分子标记9 057条。本研究较早地为铁筷子的分子研究提供了转录组数据,相关研究结果对促进今后铁筷子基因发掘、分子标记育种等工作将产生积极意义。     

不同性型苦瓜生理生化特性的比较研究

为探讨不同性型苦瓜生理生化的差异，以全雌株（X黑-d-d），强雌性（越南苦瓜）和弱雌性植株（菲律宾苦瓜）为材料，取0．5cm长的茎尖和最上部第一片完全展开的叶片，测定其过氧化物酶（POD）、过氧化氢酶（CAT）、超氧化物歧化酶（SOD）的活性和蛋白质（Pr）含量。结果表明，在苦瓜植株茎尖中，全雌株的POD、SOD活性最高；而弱雌株CAT的活性显著强于全雌株和强雌株；同时弱雌株的蛋白质含量也最高。在叶片中，全雌株POD的活性明显高于强雌株和弱雌株；而弱雌株CAT的活性比其它两个性型的稍高；强雌株的SOD活性最高；蛋白质含量在不同性型间差异不明显。     

缓释肥料在苦瓜上的应用效果初报

采用田间试验的方法研究了混合（非包膜）型缓释肥料在苦瓜上的应用效果。结果表明,缓释肥比专用肥有一定的增产和改善品质的效果,肥效基本达到或超过常规分次施肥。缓释肥2号的增产效果明显,比专用肥处理增产14.9%~18.0%,比常规分次施肥增产6.9%~8.0%;其苦瓜Vc、粗蛋白含量比专用肥分别提高18.4%和34.9%,而对水溶性糖含量的影响不明显;其氮素农学利用率也比专用肥提高33.8%~62.0%。比常规分次施肥处理增加14.3%~23.1%。试验结果初步表明缓释肥2号的肥效明显,具有一定应用前景。