豚鼠钙调蛋白2基因编码区及3'端非编码区序列分析

目的比较分析豚鼠CaM2基因编码区及3'端非编码区序列,获得丰富的豚鼠CaM2基因生物遗传学信息。方法基因测序获得豚鼠CaM2基因编码区及3'端非编码区序列,通过genebank数据库获得不同种属CaM核苷酸序列,采用DNASTAR软件对CaM2不同部位序列进行多序列的比较分析。结果豚鼠CaM2基因编码区与人、小鼠和大鼠的同源率分别为96.7%、91.4%和90.5%,与人、小鼠、大鼠的CaMl和CaM3基因编码区序列的同源率在80%-85%之间。豚鼠CaM2基因3'端非编码区序列与人、小鼠和大鼠的同源率分别为94.2%、93.3%和90.0%,与人、小鼠、大鼠的CaM3基因3'端非编码区序列的同源率分别为26.8%、29.2%和25.9%,与CaMl的同源率在25%-63%之间。结论豚鼠CaM2基因编码区具有种属和亚型较高同源性特征,而CaM2基因3'端非编码区虽在不同种属中具有很高同源性,但在不同种属与其它亚型比对中同源性较低。     

麻疹病毒CC-47株非编码区核苷酸序列测定与比较

目的 测定麻疹病毒疫苗株长－47（CC－47）的非编码区核苷酸序列,并和其他麻疹病毒比较,为利用疫苗株病毒进一步研究奠定基础。方法 用RT－PCR分段扩增并克隆麻病毒CC－47株基因组全序列,用基因特异引物测定非编码区的核苷酸序列。结果 CC－47疫苗株非编码区在基因级上为7个不连续的片段,总计1791个核苷酸。与其他野毒株及Edmonston衍生5株疫苗株非编码区序列比较发现,CC－47疫苗株具有Edmonston凤苗株系列相同的4个特殊性的核苷酸替代位点,分别位于基因组3′末端第26位（U→A）、42位（U→G）和M／F基因间隔区FmRNA5′非翻译区的4978位（A→G）、5349位（A→G）,这些位点的改变可能会影响病毒mRNA的合成、加工和翻译次效率以及基因组的复制和包装。结论 不同基因型麻疹病毒具有同样的位点改变可能与病毒在半许可细胞中适应或减毒有关,多区域的核苷酸改变参与病毒的减毒过程。     

戊型肝炎病毒摩洛哥株非编码区基因序列鉴定及基因型分型

目的　检测戊型肝炎病毒 (HEV)摩洛哥株非编码区 (UTR)序列 ,探讨HEV非编码区序列能否作为其基因型分型的依据。方法　使用基于RNA连接酶的cDNA末端快速扩增法 (RLM RACE)扩增HEV摩洛哥株 5′和 3′端片段并测序。所得序列使用LASERGENE和PHYLIP软件包与其他 2 9株HEV序列比较。结果　只有基于甲基化帽子结构的RLM RACE扩增出了 5′端片段。HEV摩洛哥株 5′端UTR有 2 6个核苷酸 ,3′端polyA之前有 6 5个核苷酸。基于 3′端UTR序列的进化树与基于全基因序列的进化树不全相同。HEV 3′端至少需要 10 0个左右核苷酸长的序列才可进行HEV基因型分型。结论　HEV摩洛哥株 5′端有甲基化帽子结构。HEV 3′端UTR序列不能完全代替全基因组序列进行基因型分型。部分序列替代全基因组进行基因型分型时需要考虑其部位和长度因素。     

非编码区三核苷酸重复序列动态突变及相关疾病机制的研究进展

三核苷酸重复序列普遍存在于真核生物基因组。三核苷酸重复序列的动态突变与多种人类遗传疾病密切相关。这种动态突变可发生在基因的编码区和非编码区。非编码区三核苷酸动态突变引起的疾病有脆性X综合症 (FragileXsyndrome)、强直性肌营养不良症 (DM )、Friedreich共济失调 (FRDA) ,其遣传不稳定机制为发夹模式和重组修复 (基因转变 )模式     

北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析

目的了解北京地区新近报道的人Boca病毒（human bocavirus，HBoV）主要结构蛋白编码区基因的特征。方法选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722。应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增，对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定。将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析。结果从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCR扩增产物为2016bp，编码671个氨基酸。VP2蛋白是在不改变开放性读码框架（ORF）的情况下，由VP1蛋白编码区内起始合成，并与VP1终止于同一终止密码子，长度为1629bp，编码542个氨基酸。与HBoV原型株ST1、ST2株相比较，BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98％，但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较，同源性较低，其中核苷酸序列同源性低于60％，而氨基酸序列同源性低于50％。VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示。BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切。在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中，也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序（HDXXY）及Ca^2＋结合位点。结论已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因，将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础。     

结内非霍奇金淋巴瘤编码区单碱基重复序列分析

目的 在结内非霍奇金淋巴瘤(NHL)中进行编码区单碱基重复序列长度变化分析及其与DNA错配修复相关性的研究。方法 收集活检所得51例结内非霍奇金淋巴瘤和9例淋巴结反应性增生的冷冻标本，并分离基因组DNA，通过荧光PCR法扩增，应用全自动DNA测序仪和GeneScan3．1软件进行片段分析，观察编码区单碱基微卫星位点TGF—βRⅡ、IGFⅡR、BAX、hMSH3和hMSH6大小的变化。结果 仅1例，T—淋巴母细胞性淋巴瘤出现TGF-βRⅡ长度变化，无其它异常。结论 结合前期BAT—26和BAT—25的分析结果，微卫星不稳定性和编码区单碱基重复序列变化在结内NHL中都较少见。     

中国人丙型肝炎病毒基因组3′端非编码区的研究

目的分析中国丙型肝炎病人ＨＣＶ基因组３′端非编码区（３′ＮＣＲ）,以促进对ＨＣＶ基因组复制机制的研究。方法采用两种方法,从上海地区感染ＨＣＶ的病人血清中,扩增获得ＨＣＶ基因组３′端非编码区：一是用套式ＰＣＲ直接扩增,二是先分别获得ＨＣＶ３′ＮＣＲ的前半部分和后半部分,再将两片段进行融合ＰＣＲ。ＰＣＲ产物进行测序后作同源性分析。在此基础上,建立了针对３′端非编码区的ＲＴＰＣＲ方法,并与基于５′端非编码区的ＲＴＰＣＲ方法检测ＨＣＶＲＮＡ的特异性和灵敏度比较。结果序列分析表明,中国丙型肝炎病人ＨＣＶ基因组３′非编码区由４部分组成：高度变异区、Ｐｏｌｙ（Ｕ）区、Ｐｏｌｙ（Ｕ／Ｃ）区和９８碱基区。同源性分析显示,９８碱基区在不同分离株间高度保守并与国外报道株一致,而Ｐｏｌｙ（ＵＵＣ）区存在较大差异。３′端非编码区和５′非编码区ＲＴＰＣＲ检测血清ＨＣＶＲＮＡ有较高符合率（９５％）。结论ＨＣＶ基因组３′端非编码区的３′末端（９８碱基）,在不同分离株间的高度保守性提示,该区在ＨＣＶ基因复制中起重要作用。基于３′非编码区的ＲＴＰＣＲ方法,将有助于ＨＣＶ感染的诊断。     

庚型肝炎病毒5‘非编码区基因分析及基因型的初步划分

为了分析我国庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）的基因结构特点，对２名个体供血者、２例慢性肝炎患者及２例肝硬化患者的血清标本进行了庚型肝炎病毒基因组５’非编码区２７７个核苷酸的基因扩增、分子克隆和序列分析，并利用基因分析软件处理结果。结果表明，分离出的６株ＨＧＶ５’非编码区基因序列（Ｇ００１～Ｇ００６）之间同源性在９６．２％以上。而与国外报道的３株ＨＧＶ序列比较同源性在８６．９％～９１．６％。通过对６株ＨＧＶ（Ｇ００１～Ｇ００６）及国外报道的３株ＨＧＶ基因序列变异性的比较，将ＨＧＶ基因型初步划分为不同的３个组。结果提示我国ＨＧＶ株５’非编码区序列有较高的同源性，而与国外报道的有较大差异，但不同毒株在此区域均可能形成稳定而相似的二级结构模式。     

延边地区汉族群体线粒体DNA编码区五个部分序列多态性

目的 了解中国汉族群体线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)5个编码区3954～4506nt、5218～5974nt、7942～8711nt、10296～10653nt及14496～14867nt的序列多态性.方法 采用PCR产物直接测序方法,对200名吉林省延边地区汉族无关个体进行序列多态性变化和单倍型分布调查.结果 在200名无关个体中,共分出110种单体型.遗传变异度为0.9879,偶合概率为0.0171.测序结果与Anderson标准序列比较,共检测出81个变异位点,其中66个与MITOMAP收录的基因突变相同,15个未见收录.结论 mtDNA编码区多态性位点作为mtDNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高mtDNA的个体识别能力.而且可为中国汉族群体的法医学个人识别、亲权鉴定及民族遗传学研究提供宝贵的基础数据资料.     

中国朝鲜族群体mtDNA编码区3954-4506nt序列多态性

目的 了解中国朝鲜族群体线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码区3954-4506nt的序列多态性.方法 采用PCR产物直接测序方法 对198名吉林省延边朝鲜族自治州朝鲜族无关个体进行单倍型分布调查.结果 在198名无关个体中,共分出21种单倍型.遗传变异度为0.5906,偶合概率为0.4124.测序结果 与Anderson序列比较,共检测出19个变异位点,14个与MITOMAP收录的基因突变相同,5个未见收录.结论 mtDNA编码区多态性位点作为mtDNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高mtDNA的个体识别能力,为mtDNA在中国朝鲜族法医学鉴定提供了基础数据.