基于J2EE的中药有效成分化合物数据库的研究与构建(英文)

基于J2EE研究并建立了中药有效成分化合物数据库。该数据库包含了化合物的诸多信息,包括英文名称、物理化学性质、药理活性数据、分子式、分子量、CAS登记号以及其二维化学结构。通过XML作为数据交换格式导出了存储在Word表格中的有效成分化合物数据,并基于ISIS Base构建了中药有效成分化合物数据库。基于该数据库可进行数据挖掘,进而可在中药和西药之间、中药药效和有效成分之间进行关联规则、聚类分析等研究。     

血府逐瘀汤在心血管疾病方面的计算机药理学探讨

目的:探讨血府逐瘀汤在心血管疾病的药理学性质.方法:1.分子描述符的主成分分析法,研究血府逐瘀汤所含分子与药物/类药分子的化学空间分布;2.分子对接法和靶-配体空间分布,初步鉴定出血府逐瘀汤中治疗心血管疾病的有效成分群;3.药代动力学特征预测.结果:血府逐瘀汤所含分子比药物/类药分子有更优良的多样性,通过分子对接打分,有些化合物显示出多重激酶特性,但其药代动力学特征预测与实验有差别.结论:血府逐瘀汤中分子对心血管疾病多通路、潜在协同作用的药理学性质.     

基于生物网络的桂枝茯苓胶囊作用机理研究

利用计算药理学研究桂枝茯苓胶囊中的460个化合物的化学空间分布,并利用分子对接及生物网络分析方法研究了这些化合物与1053个FDA批准药物靶点的作用情况。化学空间分布研究结果表明桂枝茯苓胶囊中的大部分化合物具有较好的类药性,生物网络分析结果初步阐释了桂枝茯苓胶囊治疗妇科血瘀证可能的作用机理及潜在活性成分。     

基于网络药理学方法探讨银黄口服液抗呼吸道感染的作用机制

利用分子对接与网络分析方法研究银黄口服液所含222种化合物的化学空间分布,并探索了这些化合物与29个呼吸道感染相关靶标间的相互作用。化学空间分布结果表明,银黄口服液中大部分化合物具有明显的类药性;生物网络分析结果表明,银黄口服液抗呼吸道感染作用机制可能与靶向炎症反应中的相关酶有关。     

基于Android的移动化学计算平台研究

化学发现较多地依赖于研究者的经验与创意。随着信息技术的进步,计算化学作为化学的一个分支也在迅速地发展。移动互联网和云计算的出现使计算突破了时间和空间的制约,为计算化学提供了新的发展空间。本文研究并开发了一个基于Android的化学数据计算移动平台,实现了化学项目管理、数据分析以及数据查询等功能。项目管理包括项目创建、项目修改、项目删除和项目查询。在创建面向实验的项目时,本平台支持对化学方程式的编辑,在确定反应物和生成物的分子式后,系统将自动计算分子量并配平方程式。数据分析是对实验或计算结果进行处理和分析,包括计算化学反应的转化率、产率,对数据进行中心化、对数化等预处理,以及数据拟合与回归等,同时引入了图形化显示技术,可直观反映各种因素之间的关系。数据查询包括元素周期表查询、平台存储化合物查询和在线化合物数据库查询。在平台内部,构建了一张电子元素周期表,能够完成元素查询以及相关计算的自动检索:同时存储了与化学项目相关的化合物信息,并提供了一些常用在线化学数据库链接以扩展平台的功能。测试表明,所研发的移动化学计算平台实现了预期功能,性能稳定。     

基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文)

作为高通量筛选的一种有效方法,虚拟筛选得到了越来越广泛的应用。当靶分子结构未知时,往往使用基于配体的虚拟筛选方法。在基于配体的虚拟筛选方法中,相似性方法起着非常重要的作用。基于中药有效成分化合物数据库,进行了层次凝聚聚类分析。在化学信息系统中,有许多的距离/相似性度量方法和相似性系数。在化学结构的表示和特征选择方面,使用了广泛使用的Daylight分子指纹。采用CDK项目来计算基于Daylight分子指纹的Tanimoto系数作为分子相似性度量方法。对TCM数据库进行了层次凝聚聚类分析,并在聚类之前应用了化学结构领域知识来进行待聚类数据的预处理。在层次聚类时,设定了0.75作为聚类的相似度阈值。计算了层次聚类过程中Kelly方法中的惩罚值来获取最合适的簇数量,通过该方法得到的簇数量与采用0.75作为相似度阈值聚类得到的簇数量非常接近。针对每一个包含多个化合物的簇,选取了多个化合物作为该簇的代表性化合物。同时根据聚类结果分析了Tanimoto系数的缺点。在后续工作中,可对TCM数据库进行分子骨架分析和多样性分析,并基于分子骨架进行聚类。     

古方“四物汤”治疗银屑病计算机网络药理学研究

采用化学空间、分子对接、网络技术等计算机药理学方法,研究古方"四物汤"治疗银屑病的药理学作用机制。结果表明:(1)四物汤中分子在化学空间上具有类药性质;(2)运用分子对接方法将四物汤中295个化合物与银屑病51个公认的靶标相互联系,分析四物汤治疗银屑病的可能作用机理及活性分子、有效成分群,揭示了四物汤多靶点、多药物、多途径的分子作用机制;(3)通过复杂网络分析探索四物汤治疗银屑病的配伍规律。结论:四物汤具有较好口服吸收性质:通过分子-靶标,靶标-靶标和分子-分子的网络分析推测四物汤主要是通过金属蛋白酶、表皮生长因子受体、一氧化氮合酶等抗银屑病表皮增殖、血管生成及异常的免疫调节机制:当归在四物汤治疗银屑病中发挥重要的作用。     

基于偏最小二乘法的二萜类生物碱化合物毒性定量构效关系研究

二萜类生物碱是一种从植物中提取的结构复杂的物质,具有很大药用价值。它不仅含有有效成分,还含有毒性成分。经研究它的毒性与其化学结构有关。为了研究它们之间的关系,本文使用定量构效关系方法研究其化合物的量化参数与毒性之间的关系,先计算30种该类化合物的三维结构理化参数,以这些结构参数作为自变量,以毒性数据值作为因变量,并利用偏最小二乘判别分析方法建立模型。结果表明该模型具有良好的预测能力。     

植物化学成分数据库分子式数据处理

为解决专业型化学数据库化合物检索和筛选难题,从研究化合物分子式的定义和基本构成入手,总结和归纳植物化学成分数据库中化合物分子式数据的类型及特点,得出的分子式表达式通式,设计算法程序分析和处理分子式数据,并生成分子式特征数据。在植物化学成分数据库中,结合分子式特征数据对化合物进行检索和筛选,实现了化合物的分子式综合检索技术。介绍分子式综合检索的应用实例,以此来丰富植物化学成分数据库的检索和筛选方式。分子式数据处理方法解决了用户在分子式检索时输入与数据库表达不一致的问题,提高了化合物检索和筛选效率。分子式数据处理方法还可以应用于功能材料数据库、药物化学数据库、天然产物数据库等专业型化学数据库的化合物检索和筛选。     

液晶型化学传感器的应用进展

液晶型化学传感器利用传感器检测目标化合物前后,液晶分子在敏感膜表面的取向变化,进行检测生物分子、有害化学物质.该文对液晶型化学传感器的工作原理和研究进展进行概述.     

具有高斯噪声不变性的特征描述算子

提出了一种对高斯模糊和高斯噪声鲁棒的图像纹理特征描述算子。通过对图像进行二进小波变换,得到图像4个尺度的横向和纵向滤波系数,在每个像素点排列这些系数,然后量化为一个8维的空间,并通过二进制编码变成一个整数。然后对图像进行分区域统计得到一个直方图序列作为图像的特征描述算子。由于仅利用了图像的边缘等高频信息,所以对高斯噪声更具有鲁棒性。通过人脸图片识别实验表明特征描述算子具有比LBP、LPQ等著名的特征描述算子具有更好的性能。     

解表植物类中药中微量元素与功效关系

为了探讨微量元素含量与解表中药功效的相关关系，用因子分析和聚类分析方法对10味解表植物类中药中16种微量元素测定数据进行了多因素分析。结果表明：因子分析证实了一个4因子模型能合理解释这些微量元素间的相关关系，证实了微量元素是决定中药功效的主要因素之一；样本聚类分析证明了10味解表中药合理地聚类成不同两组；显示了10味解表中药的分类结果和以中药功效为依据的自然分类的良好一致性，正确判断率90％，证明了中药微量元素含量是决定中药功效的物质基础之一，揭示了微量元素含量和中药功效之间存在的相关性。     

具有旋转鲁棒性的纹理谱描述子

为克服传统CS-LBP(Center-Symmetric Local Binary Patterns)描述子旋转鲁棒性较差的问题,从人眼视觉角度考虑,提出一种新的CS-LBP纹理谱描述子。将纹理模式的旋转变化与字符串的移位操作相结合,基于纹理模式等价类的思想,设计了更有效的方法提升新描述子的抗旋转能力。实验结果表明,新描述子及方法具有更强的旋转鲁棒性,使旋转纹理图像的聚类准确率提高了9%～38%。     

性味归经与抗衰老药效的BP神经网络研究

针对中药药效与其性味归经之间复杂的、不确定的关系,运用人工神经网络的理论和方法,建立中药抗衰老药效的BP神经网络模型,通过实例对抗衰老指标进行评价分析。经验证,用BP神经网络方法评价中药抗衰老药效是一种快速、可靠的方法。